Strain
Murine_AB551247
(Region: Australia:Melbourne; Strain: Murine hepatitis virus RNA, complete genome, strain: MHV-MI.; Date: 1994)
Gene
replicase polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCTAAAGCCAAAGGAACCAGTTTAGCTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGATGAGGATCCCCAAAAGGTGGAGTCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCAAATTTGGGTGTGCTGCCTAAAACACATGCCATGGGGCTGTTCAAGCGCTACTGCCTGTGTAATACCAGGGGTTGCTCTTGTGATGCCCACGTGGCATTTCAATTGTTTATGGTCCAACCTGATGGCGTTTGTCTGGGTAATGGCCGTTTTATTGGTTGGTTTGTTCCAACAACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAATAAGGGATCTGTGACATTCGGCCATTTTCGCCGTGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAACGTGGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCCAGCAAGGCGTATGCTCTGCTTAAGGGCTATCGTGGTGTTAAACCCGTCCTATTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGTGTGACTCCTTAGATAAGGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGACCCTCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTGTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTAGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCTCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGTTGTGTAATTGTGGTTTTATTACACAGTTTGGCTATGTTGATTGCTGTGGAGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTCCCCGGCAATATGATGGATGGCTTCCCTTGCCCTGGCTGTAGCAAAAACTATATGCCATGGGAATTAGAGGCTCAGTCATCTGGTGTGATCCCAGAAGGTGCAGTTCTCTTTACAGTGAGCAATGACACTGTGAACCGTGAGTCCTTTAAGATTTACGGTCATGCTGTCGTACCTTTTGGTGGTTGTGTGTATTGGAGTCCCTACCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGCTGTTGGTTGCAAGGCAATTGTACAGGAAACAGAGGCTATATGCCGTTCTCTGTATATGGACTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGGGCTATCCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAATAGGGGTGACTATAGTCTTCTCCTTGAGAATTTGGATTTGTTTATTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGCGGAGATGGTCTTGTACCGCTGCTGCTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGTCAAGCTTTTACCTCAGTGATGGTTAACTTTAGCCGAGAGGTAGTTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAATATGTTAAAAAAGTTACCGGCAAGCTGGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCTGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGACCTTGCCGTGGACACTGCTGCTAGTGCCGCCGGGTGGCTCTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGGTATAACCTTTGTACAGGATGTGCCTGAGTTGGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTGTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCCATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGGCTGCCTCAAATAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGCAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTATGCCTGTGGGATGTAGTGAGGCCACTTGTCTAGTGGGCGAAACTGGACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAGTTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCGGTGGTGGTTGATAACGATACTGTTGGCGTTCTAGATCAGTGTTGGAGATTCCCCTGCGCAGGCCGGAAAGTTGAATTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGATACCCTCCACGAGAAAGATTAAGATTATTTTTGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTGTCGAAGACGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGTTGCTTGATGTTGTGCTTGATGCAGTTGAGAGCGCGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATTTGATAGGCACAAAAGTCTGTGCACTACTTGAGAGGTTGGCAGATGAGTATGTCTACCTTTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATTGGCCCCCGCATGTATTGCTCATTCTCCGCTCCTGATGAGGAAGACTGCGTTGCAGCGGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATAATGCTGACGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAGGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGATGTGGCGGATTCGGAAATTTGTGTTGCGCACACCGGTGGTCAAGAAATGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCATGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCAAAGGTGACTGTGTGTGTTGATACTTTAGATGCCTGTCCCGATCAAGTGAAGGCATTTGATATAGAAAAGGTTGAAGATTCCATCTTGGATGAGCTTCGGCTTGAACTTAATGCGCCCGCGGACAAGACCTATGAGGATGTTGTGGCATTTGATGCACTCTACTTGGATGCTTTGTCTGCATTTTATGCTGTGCCAGGTGATGAAACATACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCAGCTATAGAGCGTACCAACTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTAGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGACCAGTGCTTCGTTGACAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAAGTCAATTATTCTTCCACAAGGTGGCTTTGTGGCAGATTTTGCCTATTTCTTTTTAAGCCAGTGTAGCTTTAAGGCTCATGCGAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGACATGGAGCTGAAGCTGCTAGGCTTGGATGCCATGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGCAAGTGTGGTAATAGCATGACATTGTTGTCTGCACATATACCGTACACCTTGCATTTTGGAGTGCGAGACGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCAAGAAAGGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGCCATTCCATGGCTGTTGTGGATGGCACGCAAATTGATGGTAAAAAGGTTACCAGATTTAGTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCACGGGATGACATTTAGTATGTCACCCTTTGAGATCGCCCAGTTATACGGTTTATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGCTCAGCGTGTTGGAGCTGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGGATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAGGCAGCTGGCAAGGCTTTTATTAAAGAAACTGCCGAAATGGTTAAGAGTCAGGGTGTTTGTCAAGTTGGCGAATGCTATGAATCTGCCGGAGGTAAATTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTGGGACCGGACGCTCGAGGGCATGGCAAGCAATGTTATTCACTTTTAGAGCGTGCATATCAGCACCTTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCAGCTGGCATATTCAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTAACTTACTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTTATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTTTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCACTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGCTTGCCCACTGACTGGCGTCTTGTTAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTCGAACCATTAAGTATTTTGAATGCCCGGGCGGGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAGAAGTTTGGTTACGTCCAGAATGGTTCATTTAAAGTGGCGAGTGTCAGCCAAATAAGGGCTTTACTTGCTAGTAAGATTGATGTCTTGCTTACCGTTGATGGTGTTAACTTTCGCTCCTGCTGTGTAGCGGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTCTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTCGGTGTAGTGCCATTCACAAAGGTAAGGTATTCTTTCAGTACAGCGAGTTGTC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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKAKGTSLANHVRVDCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDEDPQKVESSTMMALQFGSAVLVKPSKRLSIQAWANLGVLPKTHAMGLFKRYCLCNTRGCSCDAHVAFQLFMVQPDGVCLGNGRFIGWFVPTTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTFGHFRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPKGKYSSKAYALLKGYRGVKPVLFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELFPVWCDSLDKEVVVAWHVDRDPRAVMRLQTLATVRSIDYVGQPTEDVVDGDVVVREPAHLLAANAIVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCNCGFITQFGYVDCCGDTCDFRGWVPGNMMDGFPCPGCSKNYMPWELEAQSSGVIPEGAVLFTVSNDTVNRESFKIYGHAVVPFGGCVYWSPYPGMWLPVIWSSVKSYSGLTYTGAVGCKAIVQETEAICRSLYMDYVQHKCGNLEQRAILGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENLDLFIKRRAEFACKFATCGDGLVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAFTSVMVNFSREVVDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKVTGKLAVRFKALGVAVVRKITEWFDLAVDTAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGGITFVQDVPELVKNFVDKFKAFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKAASNRVCLAGSKVYAVVQKSLSAYVMPVGCSEATCLVGETGPAVFEDDVVDVVKAPLTYQGCCKPPTSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGRKVEFNDKPKVKEIPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKTCSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESALSPCKEHDLIGTKVCALLERLADEYVYLFDEGGDEVIGPRMYCSFSAPDEEDCVAADVVDADENQDNADDSVVLVADTQEEDGVAKEQVDVADSEICVAHTGGQEMTEPDAVGSQTPIASAEETEVGEACDREGIAEAKVTVCVDTLDACPDQVKAFDIEKVEDSILDELRLELNAPADKTYEDVVAFDALYLDALSAFYAVPGDETYFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLEMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSVPKSIILPQGGFVADFAYFFLSQCSFKAHANWRCLKCDMELKLLGLDAMFFYGDVVSHMCKCGNSMTLLSAHIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVDGTQIDGKKVTRFSGDKFDFMVGHGMTFSMSPFEIAQLYGLCITPNVCFVKGDVIKVAQRVGAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAKAAGKAFIKETAEMVKSQGVCQVGECYESAGGKLCKKVLNIVGPDARGHGKQCYSLLERAYQHLNKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNQDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSLQLAKNLCRDVKFVTNACSSLFSESCFVSSYDVLQEVEALRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKFDSVDGVRTIKYFECPGGVFVSSQGKKFGYVQNGSFKVASVSQIRALLASKIDVLLTVDGVNFRSCCVAEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFFQYSELSAADLVAVKDAFGFDQSQLLKYYNMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQANNNCYINVACLMLQHLNLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLARGSFKFNEPSDSTDFMRVVLREADLSNATCDLEFVCKCGVKQEQRKGVDAVMHFGTLDKSDLVKGYNIACTCGSKLVHCTQFNVPFLICSNTPEGKKLPDEVVAANIFTGGSLGHYTHVKCKPKYQLFDACKVDKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTFYLDDVKCVEYKPDLGQYYCEAGKYYTKPIIKAQFRTFEKVEGVYTNFKLVGHSIAETLNAKLGFDCNSPFVEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYSNGCVTFGKPVIWLSHDDASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDKKPVALPVEPVDAAKPVVLVAPKEDGVAKEQGVVVDDKKANVVADVKEVKLNGVKKPTKVEDSVVVNDPTGDTKVVKSLSIVDVYDMFLTGCRYVVWTANELSRLVNSPTVREYVKWGMSKLIIPANLLLLRDERQEFVAPKVVKAKAIACYGAVKWFLLYCFSWIKFNTDNKVIYTTEVASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWNIVSRGFFLVAMVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGFFPTFVGQIVAWVKNTFGLATICDFYQASDVGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDHYDAINVVQHVVDRRVVFDYISLFKLVVELVIGYSLYTVCFYPLFVLIGMQLLTTWLPEFFMLETMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKIYCLCRHVMYGCSKPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCAKHQWNCINCSSYGPGNTFITHEAAVDLSKELKRPVNPTDSAYYLVTEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVSASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENDADKAGFLNAAVFYAQSLYRPVLMVEKKLITTANTGLAVSQTMFDLYVDSLLSVLDVDRKGLTSFVNAAHNSLKEGVQLEKVMDTFVGCARRKCAIDSDVETKSITKSVMSAVNAGIECTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQANVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACSKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSRILQWLFVANLICFIVLWALMPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIDNGVLRDVSVTDACFANKFVQFEQWYESTFGLVYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTKVLRYGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPQPYCYTEGVMHNASLYGSLAPHVRYNLANLNGYIRFPEVVSEGVVRIVRTRAMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNGSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLINQVLGGLVRPIDFFALTASSVAGATLAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFLMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCIIYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTEVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGSDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSADMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMFDRMNLTVMSYQMQGSILVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRAQGAFHVTMRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDFSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAILNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTIEQVLAAIKRLHSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSSRTRVIKGTCCWILASTFLFCSIISAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLVAMVFVTMRSINHDVFSIMFLVGRFVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDVPQIKLVLLGYLCIGYVCCCYWGVLSLLNSISRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALMLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQSIQDADGAVKQLNEIDVNSTWPLVISANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLKTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTTGTGRIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTCLDYIQQGGAPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRARVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVSYVLTHDVCQVCGYWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNGFGVQV
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR029063
SAM-dependent_MTases
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4YPT
E-value=0.0 Score= 764 Identity=93.54%
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3D Structure
Ontologies
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4460
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
353.820809999999
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.00085
outside
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TMhelix
2275 - 2297
inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
3663 - 3685
inside
3686 - 3689
TMhelix
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outside
3713 - 3731
TMhelix
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inside
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TMhelix
3761 - 3782
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
3832 - 3854
outside
3855 - 4460
