CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_AC_000192 (Region: ;  Strain: Murine hepatitis virus strain JHM, complete genome.;  Date: )
Gene
orf1ab
Description
Annotated in NCBI,  orf1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCCTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGACGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCGACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGGTCAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTGTTCAGGCATGGGCTAAGTTGGGTGTGCTGCCTAAAACTCCGGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCTTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCGTTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTCAACTTTTTACGGTCCAGCCCGATGGTGTATGCCTGGGTAACGGCCGTTTTATAGGCTGGTTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCATTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAGGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAGGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTCGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTCCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAATGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGACCCTCGAGCTGTGATGCGCCTGCAGACTCTGGCTACTGTACGTAGCATTGAGTATGTGGGCCAACCGATCGAGGATATGGTTGATGGGGATGTGGTGATGCGTGAACCCGCTCACCTCCTCGCGCCCAATGCCATTGTTAAAAGGCTTCCCCGTCTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCTTCCGTTACAGAGTTTTGTTATAAAACTAAGTTGTGTGATTGTGGTTTTATCACACAGTTTGGCTATGTTGATTGCTGTGGTGACACCTGTGGTTTTCGTGGGTGGGTTCCTGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGCCCTGGGTGTTGTAAAAGTTACATGCCTTGGGAGTTGGAAGCTCAATCATCGGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTTACGCAGAGCACTGACACAGTGAATCGTGAGTCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTGGTGCTGCGTATTGGAGTCCATATCCTGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATATTCCTATTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTCCAGGAGACAGACGCTATATGTCGTTTTCTGTACATGGACTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGGGCTATCCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTTAACAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAAAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGCCTTGTACCCCTTCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGTCAAGCTTTTACCTCATTGATGGTTAACTTTAGCCGAGAGGTAGTTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAAGTAGCAGTGCGCTTTAAAGCGTTAGGCATTGCTGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGACTTAGCCGTGGACACTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTAGCCAATGGTGTTATAACCTTTATACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGACATTTTTCAAGGTCTTGATCGACTCTATGTCGGTCTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTCTGCCTGCATATATTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTCTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCGTTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCTCTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCTGTGGTGGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTCCCCTGCGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTTAAGGAGGTACCCTCCACGCGGAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCATGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGGTGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTCTACTTGAAAGGTTGGTGGACGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGAAGAAGTTATTGCCTCCCGTATGTATTGTTCCTTCTCTGCTCCTGATGAAGACTGCGTTGCAACAGATGTTGTATATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGATCCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAGGGAGCAGGTTGATTCGGCTGATTCGGAAATTTGTGTTGCGCACACTGGTGGTCAAGAAATGACTGAGCCTGATGTCGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGTGAGGCATGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGTCAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGATATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTAAGTGAGCTTCAAACCGAACTTAATGCGCCCGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCATATACTCAGAGACGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCAGCTATAGAGCGTACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGGGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGCGCCCAAGTCTATTATTCTTCCACAAGGTGGCTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTTTTCCTAAGCCAGTGTAGCTTCAAAGTTCATGCTAACTGGCGTTGTCTAAAGTGTGGCATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCGTGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGATATACCTTACACATTCGATTTTGGAGTGCGAGATGACAAATTTTGTGCTTTTTACACGCCGAGAAAAGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTTGATGTTAATGATTGCCACTCTATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTTGTTACCAAATTTAATGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGTATGACATTTAGTATGTCTCCCTTTGAGATCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTTTGCGCAGAGTTGGTGCTGAAGTCATCGTCAACCCTGCTAATGGGCGCATGGCTCATGGTGCGGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAAGCAGCGGGCAAAGCTTTTATTAATGAGACTGCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGGATGCTATGAGTCTACCGGTGGTAAATTATGTAAGAAAGTGCTTAACATTGTAGGACCAGATGCGCGAGGGCATGGCAACGAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACCACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTAACTTATCTACTTGGTGTAGTGACGAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAATAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCATTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTCTTTAGTGAATCAAGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTCAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGTCCGGGCGAGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTGCTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTTGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTTTTTTGTGATGGTATAAATGTAACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTATAGTGGTCTGTC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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGKTLVNHVRVDCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDEDPQKVEASTMMALQFGSAVLVKPSKRLSVQAWAKLGVLPKTPAMGLFKRFCLCNTRECVCDAHVAFQLFTVQPDGVCLGNGRFIGWFVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHFRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPRGKYSCKAYALLRGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELSPVWRDSLDNEVVVAWHVDRDPRAVMRLQTLATVRSIEYVGQPIEDMVDGDVVMREPAHLLAPNAIVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCDCGFITQFGYVDCCGDTCGFRGWVPGNMMDGFPCPGCCKSYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNRESFKLYGHAVVPFGGAAYWSPYPGMWLPVIWSSVKSYSYLTYTGVVGCKAIVQETDAICRFLYMDYVQHKCGNLEQRAILGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGLVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAFTSLMVNFSREVVDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKVTGKVAVRFKALGIAVVRKITEWFDLAVDTAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFIQEVPELVKNFVDKFKTFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLPAYIMPVGCSEATCLVGEIEPAVFEDDVVDVVKAPLTYQGCCKPPSSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVVFNDKPKVKEVPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHGVIGTKVCALLERLVDDYVYLFDEGGEEVIASRMYCSFSAPDEDCVATDVVYADENQDDDADDPVVLVADTQEEDGVAREQVDSADSEICVAHTGGQEMTEPDVVGSQTPIASAEETEVGEACDREGIAEVKATVCADALDACPDQVEAFDIEKVEDSILSELQTELNAPADKTYEDVLAFDAIYSETLSAFYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLGMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSAPKSIILPQGGYVADFAYFFLSQCSFKVHANWRCLKCGMELKLQGLDAVFFYGDVVSHMCKCGNSMTLLSADIPYTFDFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVDGKQIDGKVVTKFNGDKFDFMVGHGMTFSMSPFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDVIKVLRRVGAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAKAAGKAFINETADMVKAQGVCQVGGCYESTGGKLCKKVLNIVGPDARGHGNECYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNQDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSFQLAKNLCRDVKFVTNACSSLFSESSFVSSYDVLQEVEALRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKFDSVDGVRTIKYFECPGEVFVSSQGKKFGYVQNGSFKEASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVAEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFFQYSGLSAADLAAVKDAFGFDEPQLLQYYSMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQSNNNCYINVACLMLQHLSLKFPKWQWRRPGNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSTDFIRVELREADLSGATCDLEFICKCGVKQEQRKGVDAVMHFGTLDKSGLVKGYNIACTCGDKLVHCTQFNVPFLICSNTPEGKKLPDDVVAANIFTGGSVGHYTHVKCKPKYQLYDACNVSKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTYYLDDVKCVAYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKVEGVYTNFKLVGHDIAEKLNAKLGFDCNSPFMEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYSGGCVTFGKPVIWRGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDRRPVPSAVLVTGAASGADASAISTEPGTAKEQKACASDSVEDQIVMEAQKKSSVTTVAVKEVKLNGVKKPVKWNCSVVVNDPTSETKVVKSLSIVDVYDMFLTGCRYVVWTANELSRLINSPTVREYVKWGMSKLIIPANLLLLRDEKQEFVAPKVVKAKAIACYGAVKWFLLYCFSWIKFNTDNKVIYTTEVASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGPLPMFVGQIVAWVKTTFGVLTICDFYQVTDLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDNYESINVVQHVVDRRVSFDYISLFKLVVELVIGYSLYTVCFYPLFVLVGMQLLTTWLPEFFMLGTMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSKPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCNSWKPGNTFITHEAAADLSKELKRPVNPTDSAYYSVIEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVSASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLNAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSRTMFDLYVYSLLRHLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFVGCARRKCAIDSDVETKSITKSVMAAVNAGVEVTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQSNVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACVKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSRVLQWLFVANLICFIVLWALMPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIDNGVLRDVSVTDACFANKFNQFDQWYESTFGLVYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTKVLRYGFHVLHFITHAFATDRVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPHPYCYTEGVMHNASLYSSLVPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNSSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVQPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFLMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCITYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTDVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTATYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSADMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSDRMSLTVMSYQMQGSLLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVVMRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDFSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAILNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTVEQVLAAIKRLHSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVIKGTCCWILASTFLFCSIISAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVIFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVGYKQSFRGLAYAWLSYFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLVAMVFVTMRSINHDVFSTMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDIPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGVLSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALMLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPPLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAPNVWHIQSIQDADGAVKQLNEIDVNSTWPLVISANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNIPTQCYYNTTGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNRVRGTSVNARLVPCASGLDTDVQLRAFDICNANRAGIGLYYKVNCFRFQRVDEEGNKLDKFFVVKRTNLEVYNKEKECYELTKDCGVVAEHEFFTFDVEGSRVPHIVRKDLSKFTMLDLCYALRHFDRNDCSTLKEILLTYAECDESYFQKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTANFADTLVEAGLVGVLTLDNQDLYGQWYDFGDFVKTVPCCGVAVADSYYSYMMPMLTMCHALDSELFVNGTYREFDLVQYDFTDFKLELFNKYFKHWSMTYHPNTSECEDDRCIIHCANFNILFSMVLPKTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALLDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYEFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVVEVVNKYFEIYEGGCIPATQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDSPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDSCCSHTDRFYRLANECAQVLGEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGHKIEDLSIRELQKRLYSNVYRADHVDPAFVSEYYEFLNKHFSMIILSDDGVVCYNSEFASKGYIANISDFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVETDIEKGPHEFCSQHTMLVKMDGDEVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENPEYQNVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSISVILSTCDGQKFTDETFYKNMYLRSAVMQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCAYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEAHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIEDFNKIASCKWTEVDDYVLANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQCYASATIREIVSDRELILSWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTNNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFILTSHAVSSLSAPTLVPQENYTSVRFASAYSVPETFQNNVPNYQHIGIKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGHAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAHKFLNINDCARIVPAKLRVDCYDKFNVNDTTRKYVFTTINALPELVTDIIVVDEVSMLTNYELSVINSRVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLNKGTLEPRYFNSVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYNNKLKAKNDNSAMCFKVYYKGQTTHESSSAVNMQQIHLISKLLKANPSWSNAVFISPYNSQNYVAKRVLGLQTQTADSAQGSAYDFVIYSQTAQTAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSSMQLIGVFNFTTLTLDKINNPRLQCTTNLFKDCSKSYVGIPPCAFLLAVDDKYKVSGNLAVCLNVADSAVTYSRLISLMGFKLDLTLDGYCKLFITRDEAIKRVRAWVGFDAEGAHATRDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGMFAERDGYVFKKAAARAPPGEQFKHLVPLMSRGQKWDVVRIRIVQMLSDHLVDLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKVGKEVVCSVCNKRATCFNSRTGYYGCWRHSYSCDYLYNPLIVDIQQWGYTGSLTSNHDPICSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVHDCFCKSVNWNLEYPIISNEVSVNTSCRLLQRVMFRAAMLCNRYDVCYDIGNPKGLACVKGYDFKFYDASPVVKSVKQFVYKYEAHKDQFLDGLCMFWNCNVDKYPANAVVCRFDTRVLSKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTNPFTRAAFENLKPMPFFYYSDTPCVYMEGMESKQVDYVPLRSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTRLQSLENVVYNLVNAGHFDGRAGELPCAVIGEKVIAKIQNEDVVVFKNNTPFPTNVAVELFAERSIRPHPELKLFRSSNIHVCWNHVLWDYAKDSVFCSSTYKVCKYTDLQCIESLNVLFDGRDNGALEAFKKCRNGVYINTTKIKSLSMIKGPQRADLNGVVVEKVGDSDVEFWFAMRRDGDDVIFSRTGSLEPSHYRSPQGNPGGNRVGDLSGNEALARGTIFTQSRFLSSFSPRSEMEKDFMDLDEDVFIAKYSLQDYAFEHVVYGSFNQKIIGGLHLLIGLARRPKKSNLVIQEFVPYDSSIHSYFITDENSGSSESVCTVIDLLLDDFVDIVKSLNLKCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAAADWKPGYVMPVLYKYLESPMERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLSTTTLAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPSGSILVDNDMNPFVSDSVASYYGNCITLPFDCQWDLIISDMYDPLTKNIGEYNVSKDGFFTYLCHLIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTIFCTNVNASSSEGFLIGINWLNRTRNEIDGKTMHANYLFWRNSTMWNGGAYSLFDMTKFPLKAAGTAVVSLKPDQINDLVLSLIEKGKLLVRDTRKEVFVGDSLVNVK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF13087   AAA_12
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
PF11963   DUF3477
PF16251   NAR
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF01831   Peptidase_C16
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
Interpro
IPR027352   CV_ZBD
IPR032592   NAR_dom
IPR014828   NSP7
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR036333   NSP10_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083   R1a/1ab
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466   NSP11
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499   NSP9_sf
IPR014829   NSP8
IPR014827   Viral_protease
IPR042515   Nsp15_N
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
SUPFAM
SSF144246   SSF144246
SSF159936   SSF159936
SSF52540   SSF52540
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF101816   SSF101816
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1290     Identity=65.95%     Cov(Q)=12.92%     Cov(P)=97.17%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7180
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
357.124529999992
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00066
outside
1  -  2227
TMhelix
2228  -  2246
inside
2247  -  2284
TMhelix
2285  -  2307
outside
2308  -  2321
TMhelix
2322  -  2344
inside
2345  -  2403
TMhelix
2404  -  2426
outside
2427  -  2440
TMhelix
2441  -  2463
inside
2464  -  2848
TMhelix
2849  -  2871
outside
2872  -  3118
TMhelix
3119  -  3141
inside
3142  -  3152
TMhelix
3153  -  3175
outside
3176  -  3210
TMhelix
3211  -  3233
inside
3234  -  3649
TMhelix
3650  -  3672
outside
3673  -  3675
TMhelix
3676  -  3698
inside
3699  -  3702
TMhelix
3703  -  3725
outside
3726  -  3744
TMhelix
3745  -  3767
inside
3768  -  3773
TMhelix
3774  -  3796
outside
3797  -  3810
TMhelix
3811  -  3833
inside
3834  -  3845
TMhelix
3846  -  3868
outside
3869  -  7180
 
 
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