CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_FJ647221 (Region: USA: Pennsylvania;  Strain: Murine coronavirus repA59/RJHM, complete genome.;  Date: presumed 1999)
Gene
ORF1b polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  ORF1b polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
CTGTTCCTGTGTAGGCACAGGCTCCCAGTTTCAGTCAAAAGACACGAACTTTTTAAACGGGTTCGGGGTACAAGTGTAAATGCCCGTCTTGTACCCTGTGCCAGTGGCTTGGACACTGATGTTCAATTAAGGGCATTTGACATTTGTAATGCTAATCGAGCTGGCATTGGTTTGTATTATAAAGTGAATTGCTGCCGCTTCCAGCGTTTAGATGAGGACGGCAACAAGTTGGATAAGTTCTTTGTTGTTAAAAGAACTAATTTAGAAGTGTATAATAAGGAGAAAGAATGCTATGAGTTGACAAAAGAATGCGGTGTTGTGGCTGAACACGAGTTCTTCACATTTGATGTGGAGGGAAGTCGGGTACCACACATAGTCCGTAAAGATCTTTCAAAGTTTACTATGTTAGATCTTTGCTATGCATTGCGTCATTTTGACCGCAATGATTGTTCAACTCTTAAGGAAATTCTCCTTACATATGCTGAGTGTGAAGAGTCCTACTTCCAAAAGAAGGACTGGTATGATTTTGTTGAGAATCCTGATATAATTAATGTGTATAAAAAGCTTGGTCCTATATTTAATAGAGCCCTGCTTAACACTGCCAAGTTTGCAGACGCATTAGTGGAGGCAGGCTTAGTAGGTGTTTTAACACTTGATAATCAAGATTTATATGGTCAATGGTATGACTTTGGAGATTTTGTCAAGACAGTACCTGGTTGTGGTGTTGCCGTGGCAGACTCTTATTATTCATATATGATGCCAATGCTGACTATGTGTCATGCGTTGGATAGTGAGTTGTTTGTTAATGGTACTTATAGGGAGTTTGACCTTGTTCAGTATGATTTTACTGATTTCAAGCTAGAGCTCTTCACTAAGTATTTTAAGCATTGGAGTATGACCTACCACCCGAACACCTGTGAGTGCGAGGATGACAGGTGCATTATTCATTGCGCCAATTTTAATATACTTTTTAGTATGGTCTTACCTAAGACCTGTTTTGGGCCTCTTGTTAGGCAGATATTTGTGGATGGTGTTCCTTTCGTTGTGTCGATCGGTTACCATTATAAAGAATTAGGTGTTGTTATGAATATGGATGTGGATACACATCGTTATCGCTTGTCTCTTAAGGACTTGCTTTTGTATGCTGCAGACCCTGCCCTTCATGTGGCGTCTGCTAGTGCACTGCTTGATTTGCGCACATGTTGTTTTAGCGTTGCAGCTATTACAAGTGGCGTAAAATTTCAAACAGTTAAACCTGGAAATTTTAATCAGGATTTTTATGAGTTTATTTTGAGTAAAGGCCTGCTTAAAGAGGGGAGCTCCGTTGATTTGAAGCACTTCTTCTTTACGCAGGATGGTAATGCTGCTATTACTGATTATAATTATTACAAGTATAATCTACCCACCATGGTGGATATTAAGCAGTTGTTGTTTGTTTTAGAAGTTGTTAATAAGTATTTTGAGATCTATGAGGGTGGGTGTATACCCGCAACACAGGTCATTGTTAATAATTATGATAAGAGTGCTGGCTATCCATTTAATAAATTTGGAAAGGCCAGGCTCTATTATGAGGCATTATCATTTGAGGAGCAGGATGAAATTTATGCGTATACCAAACGCAATGTCCTGCCGACCCTAACTCAAATGAATCTTAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGGGCCCGCACCGTTGCTGGTGTCTCTATTCTCAGTACTATGACTGGCAGAATGTTTCATCAAAAGTGTCTAAAGAGTATAGCAGCTACTCGCGGTGTTCCTGTAGTTATAGGCACCACGAAGTTCTATGGCGGTTGGGATGATATGTTACGCCGCCTTATTAAAGATGTTGATAGTCCTGTACTCATGGGTTGGGACTATCCTAAATGTGATCGTGCTATGCCAAACATACTGCGTATTGTTAGTAGTTTGGTGCTAGCCCGTAAACATGATTCGTGCTGTTCGCATACGGATAGATTCTATCGTCTTGCGAACGAGTGCGCCCAAGTTTTGAGTGAAATTGTTATGTGTGGTGGTTGTTATTATGTTAAACCAGGTGGCACTAGTAGTGGGGATGCAACCACTGCTTTTGCTAATTCTGTGTTTAACATTTGTCAAGCTGTTTCCGCCAATGTATGCTCGCTTATGGCATGCAATGGACACAAAATTGAAGATTTGAGTATACGCGAGTTACAAAAGCGCCTATACTCTAATGTCTATCGTGCGGACCATGTTGACCCCGCATTTGTTAGTGAGTATTATGAGTTTTTAAATAAGCATTTTAGTATGATGATTTTGAGTGATGATGGTGTTGTGTGTTATAATTCAGAGTTTGCGTCCAAGGGTTATATTGCTAATATAAGTGCCTTTCAACAGGTATTATATTATCAAAATAATGTGTTTATGTCTGAGGCCAAATGTTGGGTAGAAACAGACATCGAAAAGGGACCGCATGAATTTTGTTCTCAACATACAATGCTAGTCAAGATGGATGGTGATGAAGTCTACCTTCCATACCCTGATCCTTCGAGAATCTTAGGAGCAGGCTGTTTTGTTGATGATTTATTAAAGACTGATAGCGTTCTCTTGATAGAGCGTTTCGTAAGTCTTGCAATTGATGCTTATCCTTTAGTATACCATGAGAACCCAGAGTATCAAAATGTGTTCCGGGTATATTTAGAATATATAAAGAAGCTGTACAATGATCTCGGTAATCAGATCCTGGACAGCTACAGTGTTATTTTAAGTACTTGTGATGGTCAAAAGTTTACTGATGAGACCTTTTACAAGAACATGTATTTAAGAAGTGCAGTGCTGCAAAGCGTTGGTGCCTGCGTTGTCTGTAGTTCTCAAACATCATTACGTTGTGGCAGTTGCATACGCAAGCCTTTGCTGTGTTGCAAATGCGCCTATGATCATGTTATGTCCACTGATCATAAATATGTCCTGAGTGTGTCACCATATGTGTGTAATTCACCGGGATGTGATGTAAATGATGTTACCAAATTGTATTTAGGTGGTATGTCATATTATTGTGAGGACCATAAACCACAGTATTCATTCAAATTGGTGATGAATGGTATGGTTTTTGGTTTATATAAACAATCTTGTACTGGTTCGCCCTACATAGAGGATTTTAATAAAATAGCTAGTTGCAAATGGACAGAAGTCGATGATTATGTGCTAGCTAATGAATGCACCGAACGCCTTAAATTGTTTGCCGCAGAAACGCAGAAGGCCACAGAAGAGGCCTTTAAGCAATGTTATGCGTCAGCAACGATCCGTGAGATCGTGAGCGATCGGGAGTTAATTTTATCTTGGGAAATTGGTAAAGTGAGACCACCACTTAATAAAAATTATGTTTTTACTGGCTACCATTTTACTAATAATGGTAAGACAGTTTTAGGTGAGTATGTTTTTGATAAGAGTGAGTTGACTAATGGTGTGTACTATCGCGCCACAACCACTTATAAGTTATCTGTAGGTGATGTGTTCATTTTAACATCACACGCAGTGTCTAGTTTAAGTGCTCCTACATTAGTACCGCAGGAGAATTATACTAGCATTCGTTTTGCTAGTGTTTATAGTGTGCCTGAGACGTTTCAGAATAATGTGCCTAATTATCAGCACATTGGAATGAAGCGCTATTGTACTGTACAGGGACCGCCTGGTACTGGTAAGTCCCATCTAGCCATTGGGCTAGCTGTTTATTATTGTACAGCGCGCGTGGTGTATACCGCTGCTAGCCATGCTGCAGTTGACGCGCTGTGTGAAAAGGCACATAAATTTTTAAATATTAATGACTGCACGCGTATTGTTCCTGCAAAGGTGCGTGTAGATTGTTATGATAAATTTAAGGTCAATGACACCACTCGCAAGTATGTGTTTACTACAATAAATGCATTACCTGAGTTGGTGACTGACATTATTGTCGTTGATGAAGTTAGTATGCTTACCAACTATGAGCTGTCTGTTATTAACAGTCGTGTTAGGGCTAAGCATTATGTGTATATTGGAGACCCTGCGCAGTTACCTGCACCACGTGTGCTACTGAATAAGGGAACTCTAGAACCTAGATATTTTAATTCCGTTACCAAGCTAATGTGTTGTTTGGGTCCAGATATTTTCTTGGGCACCTGTTATAGATGCCCTAAGGAGATTGTGGATACGGTGTCAGCCTTGGTTTATAATAATAAGCTGAAGGCTAACAATGATAATAGCTCCATGTGCTTTAAGGTTTATTATAAGGGCCAGACTACACATGAGAGTTCTAGTGCTGTTAATATGCAGCAAATACATTTAATTAGTAAGTTTTTAAAGGCAAACCCCAGTTGGAGTAACGCCGTATTTATTAGTCCTTATAATAGTCAGAACTATGTTGCTAAGAGAGTCTTGGGATTACAAACCCAGACAGTAGACTCAGCGCAGGGTTCTGAATATGATTTTGTTATTTATTCACAGACTGCGGAAACAGCGCATTCTGTCAATGTAAATAGATTCAATGTTGCTATTACACGTGCTAAGAAGGGTATTCTCTGTGTCATGAGTAGTATGCAATTATTTGAGTCTCTTAATTTTACTACACTGACGTTGGATAAGATTAACAATCCACGATTACAGTGTACTACAAATTTGTTTAAGGATTGTAGCAGGAGCTATGTAGGATATCACCCAGCCCATGCACCATCCTTTTTGGCAGTTGATGACAAATATAAGGTAGGCGGTGATTTAGCCGTTTGCCTTAATGTTGCTGATTCTGCTGTCACTTATTCGCGGCTTATATCACTCATGGGATTCAAGCTTGACTTGACCCTTGATGGTTATTGTAAGCTGTTTATAACTAGAGATGAAGCTATCAAACGTGTTAGAGCCTGGGTTGGCTTCGATGCAGAAGGTGCCCATGCGATACGTGATAGCATTGGGACAAATTTCCCATTACAATTAGGCTTTTCGACTGGAATTGATTTTGTTGTCGAAGCCACTGGAATGTTTGCTGAGAGAGA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Protein
LFLCRHRLPVSVKRHELFKRVRGTSVNARLVPCASGLDTDVQLRAFDICNANRAGIGLYYKVNCCRFQRLDEDGNKLDKFFVVKRTNLEVYNKEKECYELTKECGVVAEHEFFTFDVEGSRVPHIVRKDLSKFTMLDLCYALRHFDRNDCSTLKEILLTYAECEESYFQKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADALVEAGLVGVLTLDNQDLYGQWYDFGDFVKTVPGCGVAVADSYYSYMMPMLTMCHALDSELFVNGTYREFDLVQYDFTDFKLELFTKYFKHWSMTYHPNTCECEDDRCIIHCANFNILFSMVLPKTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALLDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYEFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVNKYFEIYEGGCIPATQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDSPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDSCCSHTDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGHKIEDLSIRELQKRLYSNVYRADHVDPAFVSEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSEFASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVETDIEKGPHEFCSQHTMLVKMDGDEVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENPEYQNVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDETFYKNMYLRSAVLQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCAYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIEDFNKIASCKWTEVDDYVLANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQCYASATIREIVSDRELILSWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTNNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFILTSHAVSSLSAPTLVPQENYTSIRFASVYSVPETFQNNVPNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAHKFLNINDCTRIVPAKVRVDCYDKFKVNDTTRKYVFTTINALPELVTDIIVVDEVSMLTNYELSVINSRVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLNKGTLEPRYFNSVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYNNKLKANNDNSSMCFKVYYKGQTTHESSSAVNMQQIHLISKFLKANPSWSNAVFISPYNSQNYVAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDFVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSSMQLFESLNFTTLTLDKINNPRLQCTTNLFKDCSRSYVGYHPAHAPSFLAVDDKYKVGGDLAVCLNVADSAVTYSRLISLMGFKLDLTLDGYCKLFITRDEAIKRVRAWVGFDAEGAHAIRDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGMFAERDGYVFKKAAARAPPGEQFKHLIPLMSRGQKWDVVRIRIVQMLSDHLVDLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKVGREVVCSVCTKRATCFNSRTGYYGCWRHSYSCDYLYNPLIVDIQQWGYTGSLTSNHDPICSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVHDCFCKSVNWNLEYPIISNEVSVNTSCRLLQRVMFRAAMLCNRYDVCYDIGNPKGLACVKGYDFKFYDASPVVKSVKQFVYKYEAHKDQFLDGLCMFWNCNVDKYPANAVVCRFDTRVLNKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTSPFTRAAFENLKPMPFFYYSDTPCVYMEGMESKQVDYVPLRSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTRLQSLENVVYNLVNAGHFDGRAGELPCAVIGEKVIAKIQNEDVVVFKNNTPFPTNVAVELFAKRSIRPHPELKLFRNLNIDVCWSHVLWDYAKDSVFCSSTYKVCKYTDLQCIESLNVLFDGRDNGALEAFKKCRNGVYINTTKIKSLSMIKGPQRADLNGVVVEKVGDSDVEFWFAVRKDGDDVIFSRTGSLEPSHYRSPQGNPGGNRVGDLSGNEALARGTIFTQSRLLSSFTPRSEMEKDFMDLDDDVFIAKYSLQDYAFEHVVYGSFNQKIIGGLHLLIGLARRQQKSNLVIQEFVTYDSSIHSYFITDENSGSSKSVCTVIDLLLDDFVDIVKSLNLKCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAAADWKPGYVMPVLYKYLESPLERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLSTTTLAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPAGSILVDNDVNPFVSDSVASYYGNCITLPFDCQWDLIISDMYDPLTKNIGEYNVSKDGFFTYLCHLIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTIFCTNVNASSSEGFLIGINWLNKTRTEIDGKTMHANYLFWRNSTMWNGGAYSLFDMSKFPLKAAGTAVVSLKPDQINDLVLSLIEKGKLLVRDTRKEVFVGDSLVNVK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Uniprot
Pfam
PF06478   Corona_RPol_N
PF06460   NSP16
PF00680   RdRP_1
PF13087   AAA_12
PF06471   NSP11
Interpro
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR027352   CV_ZBD
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037227   EndoU-like
IPR009466   NSP11
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
SUPFAM
SSF52540   SSF52540
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1290     Identity=65.77%     Cov(Q)=34.10%     Cov(P)=97.59%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
2733
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
1.25083
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00038
outside
1  -  2733
 
 
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