CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_FJ647222 (Region: USA: Pennsylvania;  Strain: Murine coronavirus SA59/RJHM, complete genome.;  Date: presumed 1999)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  ORF1a polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCCTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGACGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCGACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGGTCAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTGTTCAGGCATGGGCTAAGTTGGGTGTGCTGCCTAAAACTCCGGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCTTCTGCCTGTGTAATACCAGGGAGTGCGTTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTCAACTTTTTACGGTCCAGCCCGATGGTGTATGCCTGGGTAACGGCCGTTTTATAGGCTGGTTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAGGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCATTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAGGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAGGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTCGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTCCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAATGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGACCCTCGAGCTGTGATGCGCCTGCAGACTCTGGCTACTGTACGTAGCATTGAGTATGTGGGCCAACCGATCGAGGATATGGTTGATGGGGATGTGGTGATGCGTGAACCCGCTCACCTCCTCGCGCCCAATGCCATTGTTAAAAGGCTTCCCCGTCTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCTTCCGTTACAGAGTTTTGTTATAAAACTAAGTTGTGTGATTGTGGTTTTATCACACAGTTTGGCTATGTTGATTGCTGTGGTGACACCTGTGGTTTTCGTGGGTGGGTTCCTGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGCCCTGGGTGTTGTAAAAGTTACATGCCTTGGGAGTTGGAAGCTCAATCATCGGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTTACGCAGAGCACTGACACAGTGAATCGTGAGTCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTGGTGCTGCGTATTGGAGTCCATATCCTGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATATTCCTATTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTCCAGGAGACAGACGCTATATGTCGTTCTCTGTACATGGACTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGGGCTATCCTTGGAGTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTTAACAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAAAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGCCTTGTACCCCTTCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGTCAAGCTTTTACCTCATTGATGGTTAACTTTAGCCGAGAGGTAGTTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTAGCAGTGCGCTTTAAAGCGTTAGGCATTGCTGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGACTTAGCCGTGGACACTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGACATTTTTCAAGGTCTTGATCGACTCTATGTCGGTCTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTCTGCCTGCATATATTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTCTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCGTTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCTCTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCTGTGGTGGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTCCCCTGCGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTTAAGGAGGTACCCTCCACGCGGAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCATGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGGTGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTCTACTTGAAAGGTTGGTGGACGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGAAGAAGTTATTGCCTCCCGTATGTATTGTTCCTTCTCTGCTCCTGATGAAGACTGCGTTGCAACAGATGTTGTATATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGATCCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGATTCGGCTGATTCGGAAATTTGTGTTGCGCACACTGGTGGTCAAGAAATGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGTGAGGCATGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGTCAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGATATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTAAGTGAGCTTCAAACCGAACTTAATGCGCCCGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCATATACTCAGAGACGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCAGCTATAGAGCGTACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGGGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGCGCCCAAGTCTATTATTCTTCCACAAGGTGGCTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTTTTCCTAAGCCAGTGTAGCTTCAAAGTTCATGCTAACTGGCGTTGTCTAAAGTGTGGCATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGACATACCTTACACATTGCATTTTGGAGTGCGAGATGACAAATTTTGTGCTTTTTACACGCCGAGAAAAGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTTGATGTTAATGATTGCCACTCTATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTTGTTACCAAATTTAATGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGTATGACATTTAGTATGTCTCCCTTTGAGATCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTTTGCGCAGAGTTGGTGCTGAAGTCATCGTCAACCCTGCTAATGGGCGCATGGCTCATGGTGCGGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAAGCAGCGGGCAAAGCTTTTATTAATGAGACTGCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGGATGCTATGAGTCTACCGGTGGTAAATTATGTAAGAAAGTGCTTAACATTGTAGGACCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACCACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTAACTTATCTACTTGGTGTAGTGACGAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAATAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCATTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTCTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTCAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGTCCGGGCGAGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTGCTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTTGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTTTTTTGTGATGGTATAAATGTAACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTATAGTGGTCTGTC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Protein
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Summary

Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30
PF01831   Peptidase_C16
PF01661   Macro
PF16251   NAR
PF11963   DUF3477
PF09401   NSP10
PF08715   Viral_protease
PF08717   nsp8
PF08716   nsp7
Interpro
IPR036499   NSP9_sf
IPR014827   Viral_protease
IPR002589   Macro_dom
IPR014829   NSP8
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR038083   R1a/1ab
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR036333   NSP10_sf
IPR014828   NSP7
IPR032592   NAR_dom
IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR032505   Corona_NSP4_C
SUPFAM
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF159936   SSF159936
SSF144246   SSF144246
SSF143076   SSF143076
SSF140367   SSF140367
SSF101816   SSF101816
ProteinModelPortal
PDB
4YPT     E-value=0.0     Score= 778     Identity=95.35%     Cov(Q)=8.65%     Cov(P)=100.00%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host membrane  

Topology

Length:
4473
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
354.05706
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00064
outside
1  -  2227
TMhelix
2228  -  2246
inside
2247  -  2284
TMhelix
2285  -  2307
outside
2308  -  2321
TMhelix
2322  -  2344
inside
2345  -  2403
TMhelix
2404  -  2426
outside
2427  -  2440
TMhelix
2441  -  2463
inside
2464  -  2848
TMhelix
2849  -  2871
outside
2872  -  3118
TMhelix
3119  -  3141
inside
3142  -  3152
TMhelix
3153  -  3175
outside
3176  -  3210
TMhelix
3211  -  3233
inside
3234  -  3649
TMhelix
3650  -  3672
outside
3673  -  3675
TMhelix
3676  -  3698
inside
3699  -  3702
TMhelix
3703  -  3725
outside
3726  -  3744
TMhelix
3745  -  3767
inside
3768  -  3773
TMhelix
3774  -  3795
outside
3796  -  3809
TMhelix
3810  -  3832
inside
3833  -  3844
TMhelix
3845  -  3867
outside
3868  -  4473
 
 
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