CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_FJ647223 (Region: USA: Pennsylvania;  Strain: Murine coronavirus MHV-1, complete genome.;  Date: presumed 1999)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  ORF1a polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAGGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGAGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCCTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGACGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCGACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAATTTGGGTGTGCTGCCTAAAACAGCTGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCCTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCGTTTGTGACGCCCACGTGGCATTTCAACTTTTTACGGTCCAGCCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGTTTTATAGGCTGGTTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCACTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTCTATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAAAGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGACCCTCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACCCTTGCTACTATACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAACCTGCACATCTCCTAGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCTCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATGCGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACTAAGCTGGGTGATTGCGGTTTTATCACACAGTTTGGCTATGTGGATTGCTGTGGTGACGCATGCGATTTTCGCGGCTGGGTACCAGGCAATATGATGGATGGTTTTCCATGCCCTGGGTGTAGCCGAAGTTACATGCCCTGGGAGTTGGAAGCTCAGTCATCAGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTGTTTACTCAGAGCACTGATACAGTGAACCGCGAGTCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGCGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTACTGGAGCCCGTATCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTCCAGGAGACAGAGGCTATATGCCGCTCCCTGTATATGGACTACGTTCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGGGCTATTCTTGGATTGGACGATGTCTACCATAGACAATTGCTTGTTAATAGGGGCGACTACAGTCTCCTCCTTGAAAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGTCTTGTACCTCTGCTATTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATCTAATTAAGAGTGGCCAGGCTTTTACCTCGATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGACTGACATGTGTATGGACATGGCGCTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAATATGTTAAAAAGGTTACTGGCAAACTGGCCGTGCGCTTTAAAGCGTTGGGCATAGCTGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTCTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCTGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGTCCCGTTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAATGCTGGAGGTTCCCTTGCGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCCAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGACAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTCGAGAGTACGCTTACCCCTTGTAAGGAGCATGATGTAATAGGCTCAAAGGTCTGTGCATTACTTGATAGGTTGACAGAAGACTATGTCTACCTCTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCCCGTATGTATTGCTCATTCTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTGCAGCTGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAAGAAGGGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGATTCGGCTGACTCGGAGATTTGTGTTGCGCACACTGGTGGTCAAGAAATGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGATATTGAAAAGGTTGAAGACTCCATCTTGGATGAGCTTCAAACCGAACTTAATGCGCCAGCGGACAAAACCTACGATGATGTTGTGGCATTTGATGCACTCTACTCGGATGCTTTGTCTGCGTTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTACTCGCCAGCTATAGAGCGTACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCCGGTTATAACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGCGCCCAAGTCTATTATTCTTCCACAAGGTGGCTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTTATCCTGAGCCAGTGTGGCTTTAACGCCTATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGGCATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGACATACCTTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGACAAATTTTGTGCTTTTTACACGCCAAGAAAGGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCATTCCATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCAAATTGACGGCAAAGTTGTTACCAAATTTAATGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGGATGACATTTAGTATGTCTCCCTTTGAGATCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTTTGCGCAGAGTTGGTGCTGAAGTCATCGTCAACCCTGCTAATGGGCGGATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAGGCGGCGGGCAAGTCTTTTATTAAAGAAACTGCTGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGAATGCTATGAGTCTACCGGCGGTAAATTATGTAAGAAAGTGCTTAACATTGTAGGACCTGATGCGCGAGGGCCTGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCCTAACTTACTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTTATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGTGCTATCGCTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTTTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGTCCGGGCGAGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAGCAGAGGGCGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTTTTTTGTGATGGTATAAATGTAACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGGTCT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Protein
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Summary

Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30
PF01831   Peptidase_C16
PF01661   Macro
PF16251   NAR
PF11963   DUF3477
PF09401   NSP10
PF08715   Viral_protease
PF08717   nsp8
PF08716   nsp7
Interpro
IPR036499   NSP9_sf
IPR014827   Viral_protease
IPR002589   Macro_dom
IPR014829   NSP8
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR038083   R1a/1ab
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR036333   NSP10_sf
IPR014828   NSP7
IPR032592   NAR_dom
IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR032505   Corona_NSP4_C
SUPFAM
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF159936   SSF159936
SSF144246   SSF144246
SSF143076   SSF143076
SSF140367   SSF140367
SSF101816   SSF101816
ProteinModelPortal
PDB
4YPT     E-value=0.0     Score= 776     Identity=94.83%     Cov(Q)=8.68%     Cov(P)=100.00%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host membrane  

Topology

Length:
4458
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
355.162859999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00055
outside
1  -  2272
TMhelix
2273  -  2295
inside
2296  -  2388
TMhelix
2389  -  2411
outside
2412  -  2425
TMhelix
2426  -  2448
inside
2449  -  2833
TMhelix
2834  -  2856
outside
2857  -  3103
TMhelix
3104  -  3126
inside
3127  -  3137
TMhelix
3138  -  3160
outside
3161  -  3195
TMhelix
3196  -  3218
inside
3219  -  3634
TMhelix
3635  -  3657
outside
3658  -  3660
TMhelix
3661  -  3683
inside
3684  -  3687
TMhelix
3688  -  3710
outside
3711  -  3729
TMhelix
3730  -  3752
inside
3753  -  3758
TMhelix
3759  -  3780
outside
3781  -  3794
TMhelix
3795  -  3817
inside
3818  -  3829
TMhelix
3830  -  3852
outside
3853  -  4458
 
 
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