Strain
Murine_JF792616
(Region: ; Strain: Rat coronavirus isolate 681, complete genome.; Date: )
Gene
1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAGAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTATAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATCTTTGTAGATGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGATTATGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAATTTGGGTGTGCTGCCTAGAACACCAGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAATACCAGGGGGTGTTCTTGTGACGTCCACGTGGCTTTTCAACTCTTTACCGTTCAACCCGATGGCGTATGCCTAGGTAATGGACGTTTTATAGGCTGGTTTGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAGCCCTGGTCCATCCTTCTTCGCAAGGGTGGTAACAAGGGGTCTGTGACATCCGGCCACCGCCGTGCTGTTACCATGCCTGTGTATCACTTTAATGTGGAGGATGCTTGCGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGTCAGAGTACTCTCGCAAGGCGTATACTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAACCCATCCTTTTTGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGTGATCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAATGAAGTAGTTGTGGCCTGGCATGTTGATCGTGACCCGCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTCTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACAGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTAGCAGCTGATGCCGTTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGATTGTGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGCTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGCGGATGGGTACCGGGCAATATGCTGGATGGCTTTCCTTGCCCAGGGTGTAGCAAAAGTTACATGCCATGGGAACTGGAAGCTCAATCATCAGGTGTAATCCCAGAAGGAGGTGTTCTGTTTACTCAGAGCACTGATACGGTGAATCGTGAGGCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTACCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAGTTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAGGAGACAGATGCTATATGCCGGTCTCTATATATGGACTACGTTCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGATCAGAGAGCTACTCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAATTGCTTGTAAATAGAGGTGACTATAGTCTCCTACTTGAAAATGTAGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGTTTTGTACCTCTTCTGCTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGCCAGGCCTACACCTCGATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGATTGACATGTGTATGGACATGGCATTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGTTTACTGGCAAACTAGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCCGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTCGCAGTGGCCAATGGTGTCATAACATTTGTTCAGGAGGCTCCTGAGCTAGTCAAGAATTTTGTTGCCAAGTTCAGGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAACAGGGTATGTCTGGCTGGCAGTAAGTTTTATGAAGTTGTGCAGAAGTCTTTGTCTGCATATGTTTTGCCTGTTGGTTGCAGTGAGGCCACTTGTTTAGTGGGCGAAAGTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGGTGTGGTTAAGACCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTAGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCCGTGGTTGTTGATAACGACACTGTCGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGATTCCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTTAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGAAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTCGCAGCAGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATGCACAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGAGGTGGATTCTGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTGGTCAAGATGAATTGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGCGAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTAGAGGCATTTGAAATTGAAGAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAGCAGACAGGACCTATGAGGATGTTTTGGCATTTGATGCCATATACTCAGAGGCTTTGTCTGCAGTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCCACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGATAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAGGTCGATTATTCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTACTTTTTAAGTCAGTGTAGCTTTAAAGCTCATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGACATGGAGTTAAAGCTGCAAGGTTTGGATGCCATGTTCTTTTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAGTGGCATGACCTTGTTGTCTGCGGATATACCGTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCGAGAAAGGCTTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCATTCCATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCTAATTGATGGTAAGAACGTTACCAAATTTACTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGGATGACATTTAGTATGTCACCCTTTGAGACCGCCCAGTTATACGGTTCATGTATAACGCCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGCTCGCTTGGTTGAGGCCGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGGATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAGGCGGCGGGCAAGTTTTTTATTAAAGAAACTGCCGATATGGTGAAGAATCAAGGTGTTTGTCTAGTTGGCGAATGCTATGAATCTGCTGGTGGTAAATTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTGGGACCAGATGCTCCGAGGCAAGGTAGGCAATGTTACTCACTCCTAGAGCGTGCATATCAGCATATTAATAAGTGTGATAATGTTGTTACCACTCTAATATCGGCTGGCATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTGACTTATTTACTTGGTGTTGTGACTAAGAATGTTATTCTTGTTAGCAACAACAAAGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGCCAAGTTACTTCTGTGGCTGGTACTAAAGCACTGTCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGTCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTGATTCGCTTTTTGGCGCGTCCTGCTTCGTGGCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAATTGCTGCAACATGATATACAGTTGGATGATGACGCACGTGTTTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGCCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAACTTGATGTTGTGGATGGTGTTAGAACCATTAAGCATTTTGAGTGTCCGGGAGAGATTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTTATTTAAAGTGGCGAGTGTTAGTCAAATACGGGCTCTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGCACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGGTCTGTCTGA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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009466 NSP11
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR038083 R1a/1ab
IPR036499 NSP9_sf
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1298 Identity=66.06%
Cov(Q)=12.93% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
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GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7176
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
350.712929999993
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00077
outside
1 - 2282
TMhelix
2283 - 2305
inside
2306 - 2393
TMhelix
2394 - 2416
outside
2417 - 2435
TMhelix
2436 - 2458
inside
2459 - 2843
TMhelix
2844 - 2866
outside
2867 - 3113
TMhelix
3114 - 3136
inside
3137 - 3147
TMhelix
3148 - 3170
outside
3171 - 3205
TMhelix
3206 - 3228
inside
3229 - 3644
TMhelix
3645 - 3667
outside
3668 - 3670
TMhelix
3671 - 3693
inside
3694 - 3697
TMhelix
3698 - 3720
outside
3721 - 3739
TMhelix
3740 - 3762
inside
3763 - 3768
TMhelix
3769 - 3790
outside
3791 - 3804
TMhelix
3805 - 3827
inside
3828 - 3839
TMhelix
3840 - 3862
outside
3863 - 7176
