Strain
Murine_JF792617
(Region: ; Strain: Rat coronavirus isolate 8190, complete genome.; Date: )
Gene
1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAGAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATCTTTGTAGATAAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGATTATGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAATTTGGGTGTGCTGCCTAGAACACCAGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAATACCAGGGGGTGTTCTTGTGACGTCCACGTGGCTTTTCAACTCTTTACCGTTCAACCCGATGGCGTATGGCTAGGTAATGGACGTTTTATAGGCTGGTTTGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAGCCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAGGGGTCTGTGACATCCGGCCACCGCCGTGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTGGAGGATGCTTGCGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCTCGCAAGGCGTATACTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAACCCATCCTTTTTGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGTGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTATTCCCTGTGTGGCGTGAATCCTTAGATAATGAAGTAGTTGTGGCCTGGCATGTTGATCGTGACCCGCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTCTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACAGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGCGCCTGCTCATCTTCTAGCAGCTGATGCCCTTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGATTGTGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGCTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGCGGATGGGTACCGGGCAATATGCTGGATGGTTTTCCTTGCCCAGGGTGTAGCAAAAGTTACATGCCATGGGAACTGGAAGCTCAATCATCAGGTGTAATCCCAGAAGGAGGTGTTCTGTTTACTCAGAGCACTGATACGGTGAATCGTGAGGCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTACCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAGTTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAGGAGACAGATGCTATATGCCGGTCTCTATATATGGACTACGTTCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGATCAGAGAGCTACTCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAATTGCTTGTAAATAGAGGTGACTATAGTCTCCTACTTGAAAATGTAGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTTGCCACCTGCGGAGATGGTTTTGTACCTCTTCTGCTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGCCAGGCCTACACCTCGATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGATTGACATGTGTATGGACATGGCATTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGTTTACTGGCAAACTAGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCCGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTCGCAGTGGCCAATGGTGTCATAACATTTGTTCAGGAGGCTCCTGAGCTAGTCAAGAATTTTGTTGCCAAGTTCAGGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAACAGGGTATGTCTGGCTGGCAGTAAGGTTTATGAGGTTGTGCAGAAGTCTTTGTCTGCATATGTTTTGCCTGTTGGTTGCAGTGAGGCCACTTGTTTAGTGGGCGAAAGTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGGTGTGGTTAAGACCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTAGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCCGTGGTTGTTGATAACGACACTGTCGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGATTCCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTTAGTCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGAAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTCGCAGCAGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATGCACAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGAGGTGGATTCTGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTGGTCAAGATGAATTGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGAAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGCGAACTGTGTGTGCTGATGATTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGAAATCGAAGAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAAGCGACAGGACCTATGAGGATGTTTTGGCATTTGATGCCATATACTCAAAGGCTTTGTCTGCAGTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCCACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGATAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAGGTCGATTATTCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTACTTTTTAAGTCAGTGTAGCTTTAAAGCTCATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGACATGGCGTTAAAGCTGCAAGGTTTGGATGCCATGTTCTTTTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAGTGGCATGACCTTGTTGTCTGCGGATATACCGTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCGAGAAAGGTTTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCATTCCATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCTAATTGATGGTAAGAACGTTACCAAATTTACTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGGATGACATTTAGTATGTCACCCTTTGAGACCGCCCAGTTATACGGTTCATGTATAACGCCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGCTCGCTTGGTTGAGGCCGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGGATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAGGCGGCGGGCAAGTTTTTTATTAAAGAAACTGCCGATATGGTGAAGAATCAAGGTGTTTGTCTAGTTGGCGAATGCTATGAATCTGCTGGTGGTAAATTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTGGGACCAGATGCTCGAGGGCAAGGTAGGCAATGTTACTCACTCCTAGAGCGTGCATATCAGCATATTAATAAGTGTGATAATGTTGTTACCACTCTAATATCGGCTGGCATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTGACTTATTTACTTGGTGTTGTGACTAAGAATGTTATTCTTGTTAGCAACAACAAAGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGCCAAGTTACTTCTGTGGCTGGTACTAAAGCACTGTCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGTCGTGATGTAAAGTTTGAGACGAATGCATGTGATACGCTTTTTGGCGCGTCCTGCTTCGTGGCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAATTGCTGCGACATGATATACAGTTGGATGATGACGCACGTGTTTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGCCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAACTTGATGTTGTGGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAGTGTCCGGGAGAGATTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTTATTTAAAGTGGCGAGTGTTAGTCAAATACGGGCTCTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGCACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAACAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGGTCTGTCTGA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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGRTLVNHVRVDCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDKDPQKVEASTMMALQFGSAVLIMPSKRLSIQAWANLGVLPRTPAMGLFKRVCLCNTRGCSCDVHVAFQLFTVQPDGVWLGNGRFIGWFVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPKGKYSRKAYTLLKGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELFPVWRESLDNEVVVAWHVDRDPRAVMRLQTLATLRSIDYVGQPTEDVVDGDVVVRAPAHLLAADALVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCDCGFITQFGYVDCCGDTCDFRGWVPGNMLDGFPCPGCSKSYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNREAFKLYGHAVVPFGSAVYWSPYPGMWLPVVWSSVKSYSGLTYTGVVGCKAIVQETDAICRSLYMDYVQHKCGNLDQRATLGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGFVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAYTSMMVNFSHEVIDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKFTGKLAVRFKALGVAVVRKITEWFDLAVDIAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFVQEAPELVKNFVAKFRAFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLSAYVLPVGCSEATCLVGESEPAVFEDDVVGVVKTPLTYQGCCKPPTSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVVFNDKPKVKEVPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHDVIGTKVCALLDRLAEDYVYLFDEGGDEVIAPRMYCSFSAPDDEDCVAADVVDADENQDDDADDSVVLVADAQEDGVAKEQVEVDSEICVAHTGGQDELTEPDAVGSQTPIASAEKTEVGEASDREGIAEAKRTVCADDLDACPDQVEAFEIEEVEDSILDELQTELNAPSDRTYEDVLAFDAIYSKALSAVYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLEMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSVPRSIILPQGGYVADFAYYFLSQCSFKAHANWRCLKCDMALKLQGLDAMFFYGDVVSHMCKCGSGMTLLSADIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVDGKLIDGKNVTKFTGDKFDFMVGHGMTFSMSPFETAQLYGSCITPNVCFVKGDVIKVARLVEAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAKAAGKFFIKETADMVKNQGVCLVGECYESAGGKLCKKVLNIVGPDARGQGRQCYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNKDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSLQLAKNLCRDVKFETNACDTLFGASCFVASYDVLQEVELLRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKLDVVDGVRTIKYFECPGEIFVSSQGKKFGYVQNGLFKVASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVTEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFFQYSGLSEADLVAVKDAFGFDEPQLLKYYNMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQSNNNCYINVACLMLQHLNLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSTDFIRVVLREADLSGATCDLEFICKCGVKQDQRKGVDAVMHFGTLDKSDLVKGYNIACTCGSKLVHCTQFNVPFLICSYTPEGRKLPDDVVAANIFTGGSLGHYTHVKCKPKYQLYDACNVSKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLATYYLDDEKCVAYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKXDGVYTNFKLXGHSIAEKLXAKLGFDCDSPFVEYKITEWPTATGDVXLASDDLYVSRYLSGCITFGKPVVWLGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDKEPVPAAVLVTGVPSADASADAGTAKEQKACASDNVEEQVVTEVHQEPSVSAVDVKEVKLNGVKKPVKVEDSVVVNDPTSDTKVVKSLSIVDVYDMFLTGCKYVVWTANELSRLVNSPTVREYVKWGMGKIVNSTKLLLLRDERQEFVAPKVVKAKAIACYGAVKWFFFYCFSWIKFNTDNKVIYTTELASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGSLPTFVGQIVAWFKTTFGVSTICDFYQVTDLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDSYDAINVVQHVVDRRVSFDYISILKLVVELIIGYSLYTVCFYPLFVLIGMQLLTTWLPEFFMLETMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSNPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCDSWKPGNTFITLEAAADLSKELKRPVNPTDSAYYSVTEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVSASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLGAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSQTMFDLYVDSLLNVLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFVGCARRKCAIDSDVETRSITKSVMSAVNAGVDFTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQSNVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACSKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSKFLQWLFVANLICFIVLWALIPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIENGVLRDVSVTDATSANKFNQFDQWYESTFGLAYYRTSSCPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTKVLRHGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPHPYCYTEGVMHNASLYSSLVPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNSSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVQPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFMMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCIIYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTEVRSDGTFEEMALTTFMITKVSYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAXCSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSDDMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSDRMSLTVMSYQMQGSLLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVVMRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDLSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAILNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVXDALASMTGVTVEQVLAAIKRLYSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVIKGTCCWILASTFLFCSIIAAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLXVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLIAMVFVTMRSINHDVFSIMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDVPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGVLSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPKNSFEALVLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLHALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKXSGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQSIQDADGAVKQLNEIDVNSIWPLVIAANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTIGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVLYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNGFGVQV
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR018995
RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4YPT
E-value=0.0 Score= 769 Identity=94.57%
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3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4467
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
350.522929999998
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.00105
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
2844 - 2866
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
3205 - 3227
inside
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TMhelix
3644 - 3666
outside
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TMhelix
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inside
3693 - 3696
TMhelix
3697 - 3719
outside
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TMhelix
3739 - 3761
inside
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TMhelix
3768 - 3789
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
3839 - 3861
outside
3862 - 4467
