Strain
Murine_JQ173883
(Region: ; Strain: Murine hepatitis virus strain S/3239-17, complete genome.; Date: )
Gene
1a
Description
Annotated in NCBI,
1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTCCCAGCCTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGACGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCGACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAAGTTGGGTGTGCTGCCTAAAACAGCAGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAATACCAGGGAGTGCTCTTGTGACGCCCACGTGGCTTTTCAACTCTTTACGGTCCAACCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGCCTTATAGGCTGGTTTGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCATTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTCCATCTTAACCCGGAAGAGAAGTACTCCTGCAAGGCGTATCGTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAATGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGATCCTCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTGTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTTGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGAATGTGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGTTGTGGCGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTTGCCGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGTCCAGGGTGTACCAAGAATTATATGCCCTGGGAATTGGAGGCCCAGTCATCAGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTCACTCAGAGCACTGACACAGTGAATCGTGAGTCCTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTGCCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTCCAAGAGACAGAGGCTATATGCCGTTCTCTGTATATGGATTATGTCCAGCACAAGTGCGGCAATCTCGAGCAGAGAGCCATCCTTGGACTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAACAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAAAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGCGGAGATGGTCTTGTACCCCTCCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGTCAAGCTTTTACCTCAGTGATGGTTAATTTTAGCCGAGAGGTAATTGACATGTGTATGGACATGGCATTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTAGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCCGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGATATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAAGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTCACTATCTTGTCTGGACTTACCGTTGTCAAGACTGCCTCAAACAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTTTGCCTGTGGGTTGCAGTGAGGCCACTTGTTTAGTGGGCGAAAGTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAATATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTATATATGGCCAAGTGCGGTGATCAATTCTACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTCCCCTGCGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATCATCTTCGCTTTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTCTACTTGATAGGTTGGCAGAAGATTATGTCTACCTTTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCGAGGATGTATTGTTCTTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTGCAGCAGATGATGTTGTAGATGCAGATGCAAACCAAGATGATGATGCCGATGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGATTTGGCGGATTCGGAAATTCGCGTTGCGCATACTGATGGTCAAGAAGAAATGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGCTCAAGTGGAGGCATTTGAAATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAGCCGAACTTAATGTGCCAGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTTGATGCCATATACTCAGAGGCGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGTACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCCTACAAGGCCGGCTATGACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGGGCGTGCCCAAGTCGATCATTCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTACTTCTTTTTAAGCCAGTGCAGCTTCCAAGCTTATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGGCATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGACATACCTTACACATTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAATTTTGTGCTTTTTATACGCCGAGAAAAGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTTGATGTTAATGATTGCCACTCTATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTTGTTACCAAATTTAATGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGTATGACATTTAGTATGTCTCCCTTTGAGATCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAGGGTTTTGCGCAGAGTTGGTGCTGAAGTCATCGTCAACCCTGCTAATGGGCGCATGGCTCATGGTGCGGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAAGCAGCTGGCAAAGCTTTTATTAATGAGACTGCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGTCAAGTTGGCGAATGCTATGAATCTACCGGTGGTAAATTATGTAAGAAAGTGCTTAACATTGTAGGACCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTAACTTATTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGCGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTCTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAACTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGTCCGGGTGAGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTCGACGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAG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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4YPT
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3D Structure
Ontologies
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4471
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
346.80153
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.00044
outside
1 - 2280
TMhelix
2281 - 2303
inside
2304 - 2396
TMhelix
2397 - 2419
outside
2420 - 2438
TMhelix
2439 - 2461
inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
3697 - 3700
TMhelix
3701 - 3723
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
3772 - 3794
outside
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TMhelix
3799 - 3821
inside
3822 - 3840
TMhelix
3841 - 3863
outside
3864 - 4471
