CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_JQ173883 (Region: ;  Strain: Murine hepatitis virus strain S/3239-17, complete genome.;  Date: )
Gene
1ab
Description
Annotated in NCBI,  1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTCCCAGCCTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGACGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCGACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAAGTTGGGTGTGCTGCCTAAAACAGCAGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAATACCAGGGAGTGCTCTTGTGACGCCCACGTGGCTTTTCAACTCTTTACGGTCCAACCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGCCTTATAGGCTGGTTTGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCATTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTCCATCTTAACCCGGAAGAGAAGTACTCCTGCAAGGCGTATCGTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAATGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGATCCTCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTGTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTTGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGAATGTGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGTTGTGGCGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTTGCCGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGTCCAGGGTGTACCAAGAATTATATGCCCTGGGAATTGGAGGCCCAGTCATCAGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTCACTCAGAGCACTGACACAGTGAATCGTGAGTCCTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTGCCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTCCAAGAGACAGAGGCTATATGCCGTTCTCTGTATATGGATTATGTCCAGCACAAGTGCGGCAATCTCGAGCAGAGAGCCATCCTTGGACTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAACAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAAAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGCGGAGATGGTCTTGTACCCCTCCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGTCAAGCTTTTACCTCAGTGATGGTTAATTTTAGCCGAGAGGTAATTGACATGTGTATGGACATGGCATTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTAGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCCGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGATATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAAGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTCACTATCTTGTCTGGACTTACCGTTGTCAAGACTGCCTCAAACAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTTTGCCTGTGGGTTGCAGTGAGGCCACTTGTTTAGTGGGCGAAAGTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAATATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTATATATGGCCAAGTGCGGTGATCAATTCTACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTCCCCTGCGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATCATCTTCGCTTTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTCTACTTGATAGGTTGGCAGAAGATTATGTCTACCTTTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCGAGGATGTATTGTTCTTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTGCAGCAGATGATGTTGTAGATGCAGATGCAAACCAAGATGATGATGCCGATGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGATTTGGCGGATTCGGAAATTCGCGTTGCGCATACTGATGGTCAAGAAGAAATGACTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGCTCAAGTGGAGGCATTTGAAATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAGCCGAACTTAATGTGCCAGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTTGATGCCATATACTCAGAGGCGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGTACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCCTACAAGGCCGGCTATGACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGGGCGTGCCCAAGTCGATCATTCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTACTTCTTTTTAAGCCAGTGCAGCTTCCAAGCTTATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGGCATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGACATACCTTACACATTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAATTTTGTGCTTTTTATACGCCGAGAAAAGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTTGATGTTAATGATTGCCACTCTATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTTGTTACCAAATTTAATGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGTATGACATTTAGTATGTCTCCCTTTGAGATCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAGGGTTTTGCGCAGAGTTGGTGCTGAAGTCATCGTCAACCCTGCTAATGGGCGCATGGCTCATGGTGCGGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAAGCAGCTGGCAAAGCTTTTATTAATGAGACTGCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGTCAAGTTGGCGAATGCTATGAATCTACCGGTGGTAAATTATGTAAGAAAGTGCTTAACATTGTAGGACCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTAACTTATTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGCGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTCTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAACTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGTCCGGGTGAGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTCGACGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAG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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGKTLVNHVRVDCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDEDPQKVEASTMMALQFGSAVLVKPSKRLSIQAWAKLGVLPKTAAMGLFKRVCLCNTRECSCDAHVAFQLFTVQPDGVCLGNGRLIGWFVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHFRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPEEKYSCKAYRLLKGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELFPVWRDSLDNEVVVAWHVDRDPRAVMRLQTLATVRSIDYVGQPTEDVVDGDVVVREPAHLLAANAIVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCECGFITQFGYVDCCGDTCDFRGWVAGNMMDGFPCPGCTKNYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNRESFKLYGHAVVPFGSAVYWSPCPGMWLPVIWSSVKSYSGLTYTGVVGCKAIVQETEAICRSLYMDYVQHKCGNLEQRAILGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGLVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAFTSVMVNFSREVIDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKVTGKLAVRFKALGVAVVRKITEWFDLAVDIAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFVQEVPELVKNFVDKFKAFFKVLIDSMSVTILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLSAYVLPVGCSEATCLVGESEPAVFEDDVVDVVKAPLIYQGCCKPPTSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVVFNDKPKVKEVPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHDVIGTKVCALLDRLAEDYVYLFDEGGDEVIAPRMYCSFSAPDDEDCVAADDVVDADANQDDDADDSVVLVADTQEEDGVAKEQVDLADSEIRVAHTDGQEEMTEPDAVGSQTPIASAEETEVGEASDREGIAEAKATVCADALDACPAQVEAFEIEKVEDSILDELQAELNVPADKTYEDVLAFDAIYSEALSAFYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLEMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKGVPKSIILPQGGYVADFAYFFLSQCSFQAYANWRCLKCGMELKLQGLDAMFFYGDVVSHMCKCGNSMTLLSADIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVDGKQIDGKVVTKFNGDKFDFMVGHGMTFSMSPFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDVIRVLRRVGAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAKAAGKAFINETADMVKAQGVCQVGECYESTGGKLCKKVLNIVGPDARGHGKQCYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNQDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSLQLAKNLRRDVKFVTNACSSLFSESCFVSSYDVLQEVEALRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKFDSVDGVRTIKYFECPGEVFVSSQGKKFGYVQNGSFKEASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVAEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFFQYSGLSEADLVAVKDAFGFDESQLLKYYNMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQANNNCYVNAACLMLQHLSLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSTDFMRVVLREADLSGATCNLEFVCKCGVKQEQRKGIDAVMHFGTLDKGDLVKGYNIACTCGSKLVHCTQFNVPFLICSNTPEGRKLPDDVVAANIFTGGNLGHYTHVKCKPKYQLYDACNVSKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTYYLDDVKCVEYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKVDGVYTNFKLVGHSIAEKLNAKLGFDCNSPFVEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYSSGCITFGKPVVWLGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDKGPVPAAVLVTGVPSAGAAAGAGIAKEQKACASDNVEEQVVTEVRQEPSVSAADVKEVKLNGVKKPVKVEGSVVVNDPTSDTKVVKSLSIVDVYDMFLTGCKYVVWTANELSRLVNSPTVKEYVKWGMGKIVIPAKLLLRDEKQEFVAPKVVKAKAIACYGAVKWLLLYCFSWIKFNTDNKVIYTTEVASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGPLPTFVGQIVVWVKATFGVPTICDFYQVTGLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDNYDAINVVQHVVDRRVSFDYISLLKLVVELIIGYSLYTVCFYPLFVLIGMQLLTTWLPEFFMLETMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSKPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCDSWKPGNTFITHEAAADLSRELKRPVNPTDAAYYSVTEVKQVGCSMRLFYERAGQRVYDDVSASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLGAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSQTMFDLYVDSLLNVLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFIGCARRKCAIDSDVETKSITKSIMSAVNAGVEFTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQSNAKHVQANVAKAANVACIWSVDVFNQLSADLQHRLRKACSKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSRMLQWLFVANLICFIVLWAFMPTYAVHKSDMQLSLYASFKVIDNGVLRDVSVTDACFANKFNQFDQWYESTFGLAYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTKVLRYGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTIVAHADGTPQPYCYTEGVMHNASLYSSLAPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNSSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVQPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFLMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCISYVAVVVSNHALWLFSYCRKLGTEVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMDTFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSADMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSGRMSLTVMSYQMQGCQLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVTMRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDFSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAIFNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTVEQVLAAIKRLHSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVIKGTFCWILASTFLFCSIISAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLFAMVFVTMRSINHDVFSIMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLRTAKVIAKWLAVNVLYFTDVPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGVLSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALMLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQSIQDADGAVKQLNEIDVNSTWPLVIAANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTTGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVSYVLTHDVCQVCAFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLKRVRGTSVNARLVPCASGLDTDVQLRAFDICNAYRAGIGLYYKVNCCRFQCVDEYGNKLDKFFVVKRTNLEVYNKEKECYELTKDCGVVAEHEFFTFDVEGSRVPHIVRKDLSKFTMLDLCYALRHFDRNDCSTLKEILLTYAECEESYFQKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADALVEAGLVGVLTLDNQDLYGQWYDFGDFVKTVPGCGVAVADSYYSYMMPMLTMCHALDSELFINGTYREFDLVQYDFTDFKLELFNKYFKHWSMTYHPNTCECEDDRCIIHCANFNILFSMVLPKTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALLDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYEFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVNKYFEIYEGGCIPATQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDSPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDSCCSHTDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGHKIEDLSIRELQKRLYSNVYRADHVDPAFVSEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSEFASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVETDIEKGPHEFCSQHTMLVKMDGDEVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENPEYQNVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDETFYKNMYLRSAVMQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCAYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEAHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIEDFNKIASCKWTEVDDYVLANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQCYASATIREIVSDRELILSWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTSNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFILTSHAVSSLSAPTLVPQLNYTSIRFASVYSVPETFQNNVPNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAHKFLNINDCTRIVPAKVRVDCYDKFKVNDTTRKYVFTTINALPELVTDIIVVDEVSMLTNYELSVINSRVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLNKGTLEPRYFNSVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYNNKLKAKNDNSSMCFKVYYKGQTTHESSSAVNMQQIHLISKFLKANPSWSNAVFISPYNSQNYVAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDFVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSSMQLFESLNFTTLTLDKINNPRLQCTTNLFKDCSRSYEGYHPAHAPSFLAVDDKYKVGGDLAVCLNVADSAVTYSRLISLMGFKLDLTLDGYCKLFITRDEAIKRVRAWVGFDAEGAHATRDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGMFAERDGYVFKKAVARAPPGDQFKHLVPLMSRGQKWDVVRTRIVQMLSDHLVDLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKVGKEVVCSVCNKRATCFNSRTGYYGCWRHSYSCDYLYNPLIVDIQQWGYTGSLTSNHDPICSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVHDCFCKFVNWNLEYPIISNEVSVNASCRSLQRVMFRAAMLCNRYDVCYDIGNPKGLACVKGYDFKFYDASPVVKSVKQFVYKYEAHKDQFLDGLCMFWNCNVDKYPANAVVCRFDTRVLNKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTSPFTRAAFENLKPMPFFYYSDTPCVYMEGMESKQVDYVPLRSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTRLQSLENVVYNLVNAGHFDGRAGELPCAVIGEKVIAKIQNEDVVVFKNNTPFPTNVAVELFAKRSIRPHPELKLFRNLNIDVCWSHVLWDYTKDSVFCSSTYKVCKYTDLQCIESLNVLFDGRDNGALEAFKKCRNGVYINTTKIKSLSMIKGPQRADLNGVVVEKVGDSDVEFWFAMRKDGDDVIFSRTGSLEPSHYRSPQGNPGGNRVGDLSGNEALARGTIFTQSRLLSSFTPRSEMEKDFMDLDDAVFIAKYSLQDYAFEHVVYGSFNQKIIGGLHLLIGLARRQRKSNLVIQEFVPYDSSIQSYFITDENSGSSKSVCTVIDLLLDDFVDIVKSLNLNCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAAADWKPGYVMPVLYKYLESPLERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLSTTTLAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPAGSILVDNDMNPFVSDSVASYYGSCITLPFDCQWDLIISDMYDPLTKNIGEYNVSKDGFFTYLCHLIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTIFCTNVNASSSEGFLIGINWLNKTRTEIDGKTMHANYLFWRNSTMWNGGAYSLFDMTKFPLKAAGTAVVSLKPDQINDLVLSLIEKGKLLVRDTRKEVFVGDSLVNVK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF13087   AAA_12
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
PF11963   DUF3477
PF16251   NAR
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF01831   Peptidase_C16
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
Interpro
IPR027352   CV_ZBD
IPR032592   NAR_dom
IPR014828   NSP7
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR036333   NSP10_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083   R1a/1ab
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466   NSP11
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499   NSP9_sf
IPR014829   NSP8
IPR014827   Viral_protease
IPR042515   Nsp15_N
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
SUPFAM
SSF144246   SSF144246
SSF159936   SSF159936
SSF52540   SSF52540
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF101816   SSF101816
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1296     Identity=66.16%     Cov(Q)=12.93%     Cov(P)=97.17%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7179
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
348.057369999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00044
outside
1  -  2280
TMhelix
2281  -  2303
inside
2304  -  2396
TMhelix
2397  -  2419
outside
2420  -  2438
TMhelix
2439  -  2461
inside
2462  -  2846
TMhelix
2847  -  2869
outside
2870  -  3116
TMhelix
3117  -  3139
inside
3140  -  3150
TMhelix
3151  -  3173
outside
3174  -  3201
TMhelix
3202  -  3224
inside
3225  -  3647
TMhelix
3648  -  3670
outside
3671  -  3673
TMhelix
3674  -  3696
inside
3697  -  3700
TMhelix
3701  -  3723
outside
3724  -  3742
TMhelix
3743  -  3765
inside
3766  -  3771
TMhelix
3772  -  3794
outside
3795  -  3798
TMhelix
3799  -  3821
inside
3822  -  3840
TMhelix
3841  -  3863
outside
3864  -  7179
 
 
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