CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Human_OC43_KY967361 (Region: USA;  Strain: Human coronavirus OC43 strain SC2345, complete genome.;  Date: 2015)
Gene
replicase polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein 1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGTCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAACTACACTGGGCTCCAGAATTTCCATGGATGTTTGAGGACGCAGAGGAGAAGTTGGACAACCCTAGTAGTTCAGAGGTGGATATGATTTGCTCCACCACTGCGCAAAAGCTGGAAACAGACGGAATTTGTCCTGAAAATCATGTGATGGTGGATTGTCGCCGACTTCTTAAACAAGAGTGTTGTGTGCAGTCTAGCCTAATACGTGAAATTGTTATGAATGCAAGTCCATATCATTTGGAGGTGCTACTTCAAGATGCTTTGCAGTCCCGTGAAGCAGTTTTGGTTACAACCCCCTTAGGTATGTCCTTAGAGGCATGCTATGTGAGAGGTTGTAATCCTAAAGGATGGACCATGGGTTTGTTTCGGCGTAGAAGTGTGTGTAACACTGGTCGTTGCACTGTTAATAAGCATGTGGCCTATCAGTTATATATGATTGATCCTACGGGTGTCTGTCTTGGTGCAGGTCAATTCGTGGGTTGGGTCATACCCTTAGCCTTTATGCCTGTGCAATCCCGGAAATTTATTGTTCCATGGGTTATGTACTTGCGTAAGCGTGGCGAAAAGGGTGCTTATAATAAAGATCATGGATGTGGCGGTTTTGGACATGTTTATGATTTTAAAGTTGAAGATGCTTATGACCAGGTGCATGATGAGCCTAAGGGTAAGTTTTCTAAGAAGGCTTATGCTTTAATTAGAGGGTATCGTGGTGTTAAACCACTTCTCTATGTAGACCAGTATGGTTGTGATTATACTGGTAGTCTTGCAGATGGCTTAGAGGCTTATGCTGATAAGACATTGCAAGAAATGAAGGCATTATTTCCTACTTGGAGTCAGGAACTCCCTTTTGATGTAATTGTGGCATGGCATGTTGTGCGTGATCCACGTTATGTTATGAGATTGCAGAGTGCTGCTACTATATGTAGTGTTGCATATGTTGCTAATCCTACTGAAGACTTGTGTGATGGTTCTGTTGTTATAAAAGAACCTGTGCATGTTTATGCAGATGACTCTATTATTTTACGTCAATATAATTTATTTGACATTATGAGTCATTTTTATATGGAGGCAGATACAGTTGTAAATGCTTTTTATGGTGTTGCTTTGAAAGATTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGTTACATTGATTGCGAACAAGACTCGTGTGATTTTAAAGGTTGGATTCCTGGTAACATGATAGATGGTTTTGCTTGCACCACTTGTGGTCATGTTTATGAAGTAGGTGATTTGATAGCACAATCTTCAGGTGTTTTGCCTGTTAACCCTGTATTGCATACTAAGAGTGCAGCAGGTTATGGTGGTTTTGGTTGTAAAGATTCTTTTACTCTGTATGGCCAAACTGTAGTTTATTTTGGAGGTTGTGTGTATTGGAGTCCAGCACGTAATATATGGATTCCTATATTAAAATCCTCTGTTAAGTCATATGACAGTTTGGTTTATACTGGAGTTTTAGGTTGCAAGGCTATTGTAAAGGAAACAAATCTCATTTGCAAAGCTCTGTACCTTGATTATGTTCAACACAAGTGTGGCAATTTACACCAACGGGAGTTGCTAGGTGTTTCAGATGTGTGGCATAAACAATTGCTAATAAATAGAGGTGTTTATAAACCTCTGTTAGAGAATATTGATTATTTTAATATGCGACGCGCTAAATTTAGTTTAGAAACTTTTACTGTTTGTGCAGATGGCTTTATGCCTTTTCTTTTAGATGATTTAGTTCCACGCGCATATTATTTGGCAGTAAGTGGTCAAGCATTTTGTGATTATGCAGATAAACTTTGCCATGCTGTTGTGTCTAAGAGTAAAGAGTTACTTGATGTGTCTCTGGATTCTTTAGGTGCAGCTATACATTATTTGAATTCTAAGATTGTTGATTTGGCTCAACATTTTAGTGATTTTGGAACAAGTTTTGTTTCTAAAATTGTTCATTTCTTTAAGACTTTTACTACTAGCACTGCTCTTGCATTTGCATGGGTTTTATTTCATGTTTTGCATGGTGCTTATATAGTAGTGGAGAGTGATATATATTTTGTTAAAAACATTCCTCGTTATGCTAGTGCTGTTGCACAAGCATTTCAGAGTGTTGCTAAAGTTGTACTGGACTCTTTAAGAGTTACTTTTATTGATGGCCTTTCTTGTTTTAAGATTGGACGTAGAAGAATTTGTCTTTCAGGCAGAAAAATTTATGAAGTTGCGCGTGGCTTGTTACATTCATCCCAATTGCCATTAGATGTTTATGATTTAACCATGCCTAGTCAAGTTCAGAAAGCCAAGCAAAAACCTATTTATTTAAAAGGTTCTGGTTCTGATTTTTCATTAGCGGATAGTGTAGTTGAAGTTGTTACAACTTCACTTACACCATGTGGCTATTCTGAACCACCTAAAGTTGCAGATAAAATTTGCATTGTAGATAATGTTTATATGGCCAAGGCTGGTGATAAATATTACCCTGTTGTGGTTGATGATCATGTTGGACTCTTGGATCAAGCATGGAGAGTTCCTTGTGCTGGACGGCGTGTTACATTTAAGGAACAGCCTACAGTAAAGGAGATTATAAGCATGCCTAAGATTATTAAGGTTTTTTATGAGCTTGACAATGATTTTAATACTATTTTAAATACTGCGTGTGGAGTGTTTGAAGTGGATGATACTGTCGATATGGAGGAATTTTATGCTGTGGTGATTGATGCCATAGAAGAGAAACTTTCTCCATGTAAGGAGCTTGAAGGTGTAGGTGCTAAAGTTAGTGCCTTTTTACAGAAATTAGAGGATAATCCCCTATTTTTATTTGATGAGGCTGGCGAAGAAGTTTTTGCTCCTAAATTGTATTGTGCCTTTACAGCTCCTGAAGATGATGACTTTCTTGAGGAAAGTGATGTTGAAGAAGATGATGTAGAAGGTGAGGAAACTGATTTAACTATCACAAGTGCTGGACAGCCTTGTGTTGCTAGTGAACAGGAGGAATCTTCTGAAGTCTTAGAGGACACTTTGGATGATGGTCCAAGTGTGGAGACATCTGATTCACAAGTTGAAGAAGATGTAGAAATGTCGGATTTTGTTGATCTTGAATCTGTGATTCAGGATTATGAAAATGTTTGTTTTGAGTTTTATACTACAGAGCCAGAATTTGTTAAAGTTTTGGGTCTGTATGTGCCTAAAGCAACTCGCAACAATTGCTGGTTGCGATCAGTTTTGGCAGTGATGCAGAAATTGCCCTGTCAATTTAAAGATAAAAATTTGCAGGATCTTTGGGTGTTATACAAGCAACAGTATAGTCAGTTGTTTGTTGATACCTTGGTTAATAAGATACCTGCTAATATTGTACTTCCACAAGGTGGTTATGTTGCTGATTTTGCATATTGGTTTTTAACCTTATGTGATTGGCAGTGTGTTGCATACTGGAAATGCATTAAATGTGATTTAGCTCTTAAGCTTAAAGGCTTGGATGCTATGTTCTTTTATGGTGATGTTGTCTCACATATATGCAAGTGTGGTGAGTCTATGGTACTTATTGATGTTGATGTGCCATTTACAGCCCACTTTGCTCTTAAAGATAAGTTGTTTTGTGCATTTATTACTAAGCGTATTGTGTATAAAGCAGCTTGTGTTGTGGATGTTAATGATAGTCATTCTATGGCTGTTGTTGATGGCAAACAAATTGATGATCATCGTATCACTAGTATTACTAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGGTATGTCATTTTCAATGACTACTTTTGAAATTGCCCAATTGTATGGTTCTTGTATAACACCTAATGTGTGTTTTGTTAAAGGTGATATAATTAAAGTGTCTAAGCTTGTTAAAGCAGAAGTTGTTGTAAACCCTGCTAATGGCCATATGGTACATGGTGGTGGTGTTGCAAAAGCTATTGCAGTAGCAGCTGGACAGCAGTTTGTTAAAGAGACTACCAATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACTGGAGATTGTTATGTCTCTACAGGGGGCAAATTATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGACCTGATGCGAGAACACAGGGTAAACAAAGTTATGTATTGTTAGAGCGTGTTTATAAACATTTTAACAACTATGACTGTGTTGTTACAACTTTGATCTCAGCTGGTATATTTAGTGTGCCTTCTGATGTGTCTTTAACATATCTACTTGGTACTGCTAAGAAACAAGTTGTTCTTGTTAGCAATAATCAAGAGGATTTTGATCTTATTTCTAAGTGTCAGATAACTGCTGTTGAGGGCACTAAGAAATTGGCAGCGCGTCTTTCCTTTAATGTTGGACGTTCCATTGTTTACGAAACAGATGCTAATAAGTTGATTTTAATCAATGATGTTGCATTTGTTTCGACATTTAATGTTTTACAGGATGTTTTATCCTTAAGACATGATATAGCACTTGATGATGATGCACGAACCTTCGTTCAGAGCAATGTTGATGTTCTACCTGAGGGTTGGCGTGTTGTCAATAAGTTTTATCAAATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAGTATTTTGAGTGTACTGGAGGCATAGATATATGCAGCCAGGATAAAGTTTTTGGTTATGTACAGCAGGGTATTTTTAATAAGGCTACTGTTGCTCAAATTAAAGCCTTGTTTTTGGATAAAGTGGACATCTTGCTAACTGTTGATGGTGTTAATTTCACTAATAGGTTTGTGCCTGTTGGTGATAGTTTTGGTAAGAGTCTAGGAAATGTGTTTTGTGATGGAGTTAATGTCACGAAGCATAAGTGTGATATAAATTATAAAGGTAAAGTCTTTTTCCAGTTTGATAATCTTTCTAGTGAAGATTTAAAGGCTGTAAGAAGTTCCTTTAATTTTGATCAGAAGGAATTGCTTGCCTATTACAACATGCTTGTTAATTGTTTTAAGTGGCAGGTTGTTGTTAATGGTACGTATTTCACTTTTAAGCAAGC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Protein
MSKINKYGLELHWAPEFPWMFEDAEEKLDNPSSSEVDMICSTTAQKLETDGICPENHVMVDCRRLLKQECCVQSSLIREIVMNASPYHLEVLLQDALQSREAVLVTTPLGMSLEACYVRGCNPKGWTMGLFRRRSVCNTGRCTVNKHVAYQLYMIDPTGVCLGAGQFVGWVIPLAFMPVQSRKFIVPWVMYLRKRGEKGAYNKDHGCGGFGHVYDFKVEDAYDQVHDEPKGKFSKKAYALIRGYRGVKPLLYVDQYGCDYTGSLADGLEAYADKTLQEMKALFPTWSQELPFDVIVAWHVVRDPRYVMRLQSAATICSVAYVANPTEDLCDGSVVIKEPVHVYADDSIILRQYNLFDIMSHFYMEADTVVNAFYGVALKDCGFVMQFGYIDCEQDSCDFKGWIPGNMIDGFACTTCGHVYEVGDLIAQSSGVLPVNPVLHTKSAAGYGGFGCKDSFTLYGQTVVYFGGCVYWSPARNIWIPILKSSVKSYDSLVYTGVLGCKAIVKETNLICKALYLDYVQHKCGNLHQRELLGVSDVWHKQLLINRGVYKPLLENIDYFNMRRAKFSLETFTVCADGFMPFLLDDLVPRAYYLAVSGQAFCDYADKLCHAVVSKSKELLDVSLDSLGAAIHYLNSKIVDLAQHFSDFGTSFVSKIVHFFKTFTTSTALAFAWVLFHVLHGAYIVVESDIYFVKNIPRYASAVAQAFQSVAKVVLDSLRVTFIDGLSCFKIGRRRICLSGRKIYEVARGLLHSSQLPLDVYDLTMPSQVQKAKQKPIYLKGSGSDFSLADSVVEVVTTSLTPCGYSEPPKVADKICIVDNVYMAKAGDKYYPVVVDDHVGLLDQAWRVPCAGRRVTFKEQPTVKEIISMPKIIKVFYELDNDFNTILNTACGVFEVDDTVDMEEFYAVVIDAIEEKLSPCKELEGVGAKVSAFLQKLEDNPLFLFDEAGEEVFAPKLYCAFTAPEDDDFLEESDVEEDDVEGEETDLTITSAGQPCVASEQEESSEVLEDTLDDGPSVETSDSQVEEDVEMSDFVDLESVIQDYENVCFEFYTTEPEFVKVLGLYVPKATRNNCWLRSVLAVMQKLPCQFKDKNLQDLWVLYKQQYSQLFVDTLVNKIPANIVLPQGGYVADFAYWFLTLCDWQCVAYWKCIKCDLALKLKGLDAMFFYGDVVSHICKCGESMVLIDVDVPFTAHFALKDKLFCAFITKRIVYKAACVVDVNDSHSMAVVDGKQIDDHRITSITSDKFDFIIGHGMSFSMTTFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDIIKVSKLVKAEVVVNPANGHMVHGGGVAKAIAVAAGQQFVKETTNMVKSKGVCATGDCYVSTGGKLCKTVLNVVGPDARTQGKQSYVLLERVYKHFNNYDCVVTTLISAGIFSVPSDVSLTYLLGTAKKQVVLVSNNQEDFDLISKCQITAVEGTKKLAARLSFNVGRSIVYETDANKLILINDVAFVSTFNVLQDVLSLRHDIALDDDARTFVQSNVDVLPEGWRVVNKFYQINGVRTVKYFECTGGIDICSQDKVFGYVQQGIFNKATVAQIKALFLDKVDILLTVDGVNFTNRFVPVGDSFGKSLGNVFCDGVNVTKHKCDINYKGKVFFQFDNLSSEDLKAVRSSFNFDQKELLAYYNMLVNCFKWQVVVNGTYFTFKQANNNCFVNVSCLMLQSLHLTFKIVQWQEAWLEFRSGRPARFVALVLAKGGFKFGDPADSRDFLRVVFSQVDLTGAICDFEIACKCGVKQEQRTGLDAVMHFGTLSREDLEIGYTVDCSCGKKLIHCVRFDVPFLICSNTPASVKLPKGVGSANIFIGDNVGHYVHVKCEQSYQLYDASNVKKVTDVTGKLSDCLYLKNLKQTFKSVLTTYYLDDVKKIEYKPDLSQYYCDGGKYYTQRIIKAQFKTFEKVDGVYTNFKLIGHTVCDSLNSKLGFDSSKEFVEYKITEWPTATGDVVLANDDLYVKRYERGCITFGKPVIWLSHEKASLNSLTYFNRPLLVDDNKFDVLKVDDVDDSGDSSESGVKETKEINIIKLSGVKKPFKVEDSVIVNDDTSETKYVKSLSIVDVYDMWLTGCKYVVRTANALSRAVNVPTIRKFIKFGMTLVSIPIDLLNLREIKPAVNVVKAVRNKTSACFNFIKWLFVLLFGWIKISADNKVIYTTEIASKLTCKLVALAFKNAFLTFKWSMVARGACIIATIFLLWFNFIYANVIFSDFYLPKIGFLPTFVGKIAQWIKNTFSLVTICDLYSIQDVGFKNQYCNGSIACQFCLAGFDMLDNYKAIDVVQYEADRRAFVDYTGVLKIVIELIVSYALYTAWFYPLFALISIQILTTWLPELFMLSTLHWSFRLLVALANMLPAHVFMRFYIIIASFIKLFSLFKHVAYGCSKSGCLFCYKRNRSLRVKCSTIVGGMIRYYDVMANGGTGFCSKHQWNCIDCDSYKPGNTFITVEAALDLSKELKRPIQPTDVAYHTVTDVKQVGCSMRLFYDRDGQRIYDDVNASLFVDYSNLLHSKVKSVPNMHVVVVENDADKANFLNAAVFYAQSLFRPILMVDKNLITTANTGTSVTETMFDVYVDTFLSMFDVDKKSLNALIATAHSSIKQGTQIYKVLDTFLSCARKSCSIDSDVDTKCLADSVMSAVSAGLELTDESCNNLVPTYLKSDNIVAADLGVLIQNSAKHVQGNVAKIAGVSCIWSVDAFNQFSSDFQHKLKKACCKTGLKLKLTYNKQMANVSVLTTPFSLKGGAVFSYFVYVCFVLSLVCFIGLWCVMPTYTVHKSDFQLPVYASYKVLDNGVIRDVSVEDVCFANKFEQFDQWYESTFGLSYYSNSMACPIVVAVIDQDFGSTVFNVPTKVLRYGYHVLHFITHALSADGVQCYTPHSQISYSNFYASGCVLSSACTMFTMADGSPQPYCYTDGLMQNASLYSSLVPHVRYNLANAKGFIRFPEVLREGLVRVVRTRSMSYCRVGLCEEADEGICFNFNGSWVLNNDYYRSLPGTFCGRDVFDLIYQLFKGLAQPVDFLALTASSIAGAILAVIVVLVFYYLIKLKRAFGDYTSVVFVNVIVWCVNFMMLFVFQVYPTLSCVYAICYFYATLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPLWFCLLYIAVVVSNHAFWVFSYCRKLGTTVRSDGTFEEMALTTFMITKDSYCKLKNSLSDVAFNRYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKAMDTFTNNNGSDVLYQPPTASVSTSFLQSGIVKMVNPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSASDMTNPDYTNLLCRVTSSDFTVLFDRLSLTVMSYQMRGCMLVLTVTLQNSRTPKYTFGVVKPGDTFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSYTIKGSFLCGSCGSVGYVIMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGDFYGPYKDAQVVQLPIQDYIQSVNFLAWLYAAILNNCNWFIQSDKCSVEDFNVWALSNGFSQVKSDLVIDALASMTGVSLETLLAAIKRLKNGFQGRQIMGSCSFEDELTPSDVYQQLAGIKLQSKRTRLFKGTVCWIMASTFLFSCIITAFVKWTMFMYVTTNMFSITFCALCVISLAMLLVKHKHLYLTMYITPVLFTLLYNNYLVVYKHTFRGYVYAWLSYYVPSVEYTYTDEVIYGMLLLVGMVFVTLRSINHDLFSFIMFVGRLISVFSLWYKGSNLEEEILLMLASLFGTYTWTTVLSMAVAKVIAKWVAVNVLYFTDIPQIKIVLLCYLFIGYIISCYWGLFSLMNSLFRMPLGXXXXXXXXXXXXXXXANGLRPPKNSFEALMLNFKLLGIGGVPIIEVSQFQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWHYCSTLHNEILATSDLSVAFEKLAQLLIVLFANPAAVDSKCLTSIEEVCDDYAKDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEVAKKNLDEARFSGSANQQQLKQLEKACNIAKSAYERDRAVAKKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLAANTLNIIVPDKSVYDQIVDNIYVTYAGNVWQIQTIQDSDGTNKQLNEISDDCNWPLVIIANRYNEVPATVLQNNELMPAKLKIQVVNSGPDQTCNTPTQCYYNNSNNGKIVYAILSDVDGLKYTKILKDDGNFVVLELDPPCKFTVQDAKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGTATEYASNSSILSLCAFSVDPKKTYLDFIQQGGTPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTSQDSYGGASVCIYCRARVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPVGIKDPVSYVLTHDVCRVCGFWRDGSCSCVSTDTTVQSKDTNFLNRVRGASVDARLVPCASGLSTDVQLRAFDIYNASVAGIGLHLKVNCCRFQRVDENGDKLDQFFVVKRTDLTIYNREMKCYERVKDCKFVAEHDFFTFDVEGSRVPHIVRKDLTKYTMLDLCYALRHFDRNDCMLLCDILSIYAGCEQSYFTKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALVSATEFADKLVEVGLVGVLTLDNQDLNGKWYDFGDYVIAAPGCGVAIADSYYSYIMPMLTMCHALDCELYVNNAYRLFDLVQYDFTDYKLELFNKYFKHWSMPYHPNTVDCQDDRCIIHCANFNILFSMVLPNTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGIVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALYDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYDFVLSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVYKYFEIYDGGCIPASQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDNPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHETCCSQSDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCALMSCNGNKIEDLSIRALQKRLYSHVYRSDKVDSTFVTEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSDYASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSESKCWVEHDINNGPHEFCSQHTMLVKMDGDDVYLPYPNPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENEEYQKVFRVYLAYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDESFYKNMYLRSAVMQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCCYDHVMATDHKYVLSVSPYVCNAPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGLVFGLYKQSCTGSPYIDDFNRIASCKWTDVDDYILANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQSYASATIQEIVSERELILSWEIGKVKPPLNKNYVFTGYHFTKNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFVLTSHSVANLSAPTLVPQENYSSIRFASVYSVLETFQNNVVNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVFYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAYKFLNINDCTRIVPAKVRVECYDKFKINDTTRKYVFTTINALPEMVTDIVVVDEVSMLTNYELSVINARIRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLSKGTLEPKYFNTVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYENKLKAKNESSSLCFKVYYKGVTTHESSSAVNMQQIYLINKFLKANPLWHKAVFISPYNSQNFAAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSNMQLFEALQFTTLTLDKVPQAVETKVQCSTNLFKDCSKSYSGYHPAHAPSFLAVDDKYKATGDLAVCLGIGDSAVTYSRLISLMGFKLDVTLDGYCKLFITKEEAVKRVRAWVGFDAEGAHATLDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGLFADRDGYSFKKAVAKAPPGEQFKHLIPLMTRGHRWDVVRPRIVQMFADHLIDLSDCVVLVTWAANFELTCLRYFAKVGREISCNVCTKRATVYNSRTGYYGCWRHSVTCDYLYNPLIVDIQQWGYIGSLSSNHDLYCSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVYDCFCNNINWNVEYPIISNELSINTSCRVLQRVILKAAMLCNRYTLCYDIGNPKGIACVKDFDFKFYDAQPIVKSVKTLLYSFEAHKDSFKDGLCMFWNCNVDKYPPNAVVCRFDTRVLNNLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTKPFARAAFEHLKPMPFFYYSDTPCVYMDGMDAKQVDYVPLKSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTKLQSLENVVYNLVKTGHYTGQAGEMPCAIINDKVVTKIDKEDVVIFINNTTYPTNVAVELFAKRSVRHHPELKLFRNLNIDVCWKHVIWDYARESIFCSNTYGVCMYTDLKFIDKLNVLFDGRDNGAFEAFKRSNNGVYISTTKVKSLSMIRGPPRAELNGVVVDKVGDTDCVFYFAVRKEGQDVIFSQFDSLGVSSNQSPQGNLGSNGKPGNVGGNDALSTSTIFTQSRVISSFTCRTDMEKDFIALDQDVFIQKYGLEDYAFEHIVYGNFNQKIIGGLHLLIGLYRRQQTSNLVVQEFVSYDSSIHSYFITDEKSGGSKSVCTVIDILLDDFVTLVKSLNLNCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNDEKVMTFYPRLQAASDWKPGYSMPVLYKYLNSPMERVSLWNYGKPVTLPTGCMMNVAKYTQLCQYLNTTTLAVPVNMRVLHLGAGSEKGVAPGSAVLRQWLPAGTILVDNDLYPFVSDSVATYFGDCITLPFDCQWDLIISDMYDPITKNIGEYNVSKDGFFTYICHMIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYNLMGYFAFWTVFCTNANASSSEGFLIGINYLCKPKVEIDGNVMHANYLFWRNSTVWNGGAYSLFDMAKFPLKLAGTAVINLRADQINDMVYSLLEKGKLLIRDTNKEVFVGDSLVNVI

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF06478   Corona_RPol_N
PF11963   DUF3477
PF09401   NSP10
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF13087   AAA_12
PF08717   nsp8
PF08716   nsp7
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF01831   Peptidase_C16
PF05409   Peptidase_C30
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF16251   NAR
Interpro
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466   NSP11
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827   Viral_protease
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR014829   NSP8
IPR036333   NSP10_sf
IPR032592   NAR_dom
IPR027352   CV_ZBD
IPR014828   NSP7
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR038083   R1a/1ab
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR037227   EndoU-like
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
SUPFAM
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF144246   SSF144246
SSF159936   SSF159936
SSF52540   SSF52540
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1273     Identity=66.38%     Cov(Q)=13.08%     Cov(P)=97.17%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7095
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
386.612989999995
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.24486
outside
1  -  2192
TMhelix
2193  -  2215
inside
2216  -  2221
TMhelix
2222  -  2241
outside
2242  -  2308
TMhelix
2309  -  2331
inside
2332  -  2351
TMhelix
2352  -  2374
outside
2375  -  2751
TMhelix
2752  -  2774
inside
2775  -  3028
TMhelix
3029  -  3051
outside
3052  -  3060
TMhelix
3061  -  3083
inside
3084  -  3089
TMhelix
3090  -  3112
outside
3113  -  3121
TMhelix
3122  -  3144
inside
3145  -  3559
TMhelix
3560  -  3582
outside
3583  -  3585
TMhelix
3586  -  3608
inside
3609  -  3612
TMhelix
3613  -  3635
outside
3636  -  3654
TMhelix
3655  -  3677
inside
3678  -  3683
TMhelix
3684  -  3701
outside
3702  -  3710
TMhelix
3711  -  3733
inside
3734  -  3752
TMhelix
3753  -  3775
outside
3776  -  7095
 
 
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