Strain
Hedgehog_MK679660
(Region: United Kingdom; Strain: Hedgehog coronavirus 1, complete genome.; Date: 2014)
Gene
ORF 1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGCGACTGGTGAGGGTTCTCAAGGTGCGAGAGCCACGTATAGAGCAGCGCTCAACAATGAAAAACGTTCTGACCATGTTGCCCTAACTGTGCCATGCTGTGGCACAGGGGCTAAGGTTACAGCTCTTTCACCTTGGTTCATGGATGGCACAATAGCCTATGAAACCGTGAAGGAAATGCTTTTAAAAGGAGAACCTCTCCTGTTCGCTCCAATTAATTTGAGCGGTTTTACTAAGTTTCTCCCAGGCCCCCGTGTTTACCTGGTTGAGAGACTTACTGGAGGTACTTACTCCGAACCATTTCTTGTCAACCAATTGGCTTTTTCCGATGAGCAGGATGGTCCCATGATGGGTACTACTCTGCAGGGCAAACCTATTGGATTTTTCTTTCCTTTCGACGAAGAGCTTGTTACAGGTACTTATACCTTCAAGTTACGTAAGAATGGACTTGGTGGACAATTGTTCCGCGAGGTTCCTCGGTTTGACAACCATGATTTTCATGGTATTGAAGATTTTTCCCAGATTGTTGAAGACTTACAGGAGGATCCTAAAGGAAAGTTTTCTAACAAGCTGTATAAGAAACTGTGTGGTGGTGATGTCATACCTGTGGATCAATATATGTGTGGTTTTGATGGAGTTCCTGTCAAACCATATTTGGATCTAGCTACTAAAGAAGGTCTAACAAAGTTGGCAGATGTTGAAGCCGATGTTCGTTCACGTGTGGATAAACATGGTTTTCTCATTTTTAAAGGAGTAACATATAGAGTTGTTTGGTTTACTGAGCGCAAGGACGTTGATTATGGTAAACAAACACTCTTTACAATGAATTGTGTGATGCAACGTAATGGTGTTCAAGATGTACCAGCACACCCTTTCACTTTAGGAGCACGAGTGGAACAACTTAAACCGCATGTTGCTAAAGGCAATCTAGTAGGCCTTACATTGAAAGCAAAAATTCTTTATACAATGTATGGCGAAGATGCTGTTGAAGAACCTTCTTACATTTATCATTCTGCTTTTGTAGATTGTAGTAGTTGTAACGAAGGTAAGTGGTGTACAGGTAATGCTGTGGCTGGATTTGCATGTGAATGTGGAGCGTCATATACTGCTAAAGAAGTGCTCTTACAATCGTCAGGATTAGTAAAACCTAATGCCTTGTTTTGTGCAACATGTCCCTTTGCACAAGGAGACCGTTGTTCTTTAGATTGTAAACACACAACACCTCAGGTCGTTAGCTACTTGAGTGAGAAGTGTGTTGTTTTTCCATCAGGTAAGAGCTTCGTGCTAGCATTTGGAGGCTCTTTGTTTACATATATGGGTTGTTCACAGGGTACTATGTATTTTGTACCTAGAGCAAAATCCGTTGTTTCAAAGATTGGCACAGCTTGCTTTACAGGATGTGTCGGTGCTTGGGATAAAGTGCAACAAGTGGCAAATCTTTTTACACAGAAGGCACAACAGCAGCTGAATTTTGTTAATGAATTTGTAGTTAGTGATGTCGTGTTAGCTATTTTAACTGGCACCACATCTAGAATGGATGAATTACGTGGTCTTTTGAAGGATATTACTTTTGAGAAGCTGCGTGATTATTGTGATAAACATGGTATTAAGGTTACCATGGGTGATTATGTTGATAGTGCTATTAATGTAGGAGGCTCAAATTTGAAGTCTGCTGCTATTAATGCACCATTTGTAGTCCTACCAAAACTTGGTGAGTCTTTTAAGAAAATTGCTGCAGTACCGTTTAAACTTAGCAATTCATTTTTACAGACATGGGAGTATTTGTCAGACTGTATTGTATATAGAGTACTCCCTTATGAGTTGGAAGATGTGTCTGACTTTGTACAGTTGCTGTTTAATTGTGTTGAAATTTCAGCAGCATCAATGTATTTTGCATCGGTTGTTATTAGAGAAAAAGTTAACACGATGTTTAATGCATTACCAGTCTCTGTCCAAACAGCTGCAAAGAGTTTTATTGATGTCTGTTTGCGTGCTACATTATGCACTGTAAAATTTTTAAATGATTTGTTGAGCCTTGTTAAATTGGTAGTTTACAAGGCTTTTGTGTATACCAGTGCAGGATTTGTGTCAATGCTGGAGAAAACTTCGCCTGCAGCTCAAAAGTTGCTTGATGTTTTGTCTAAAGCATTTAAATTGCTGCATAAGAAAGTTTCATGGGCTGGTTCGAAGGTCCAAGCTGTTATTTATGAAGGTAAAGATGCCTTAGTGTTTTCTTCGGGAACATATCATTGTGTAACAGCACCTGGAAGTGTTGTAGGTGCACATCTTGATGCCACAATACCTGGTGAAGTTGTTAAGAAGCAGCTTTCTATGTTAACTGCTACAAATTACTCAACAACTGTTGATGTCAGGCCTAAAACTAGAAATGTGGAATTAGTTTATGGCCAATTGGAAACAACTAATATGCATAGTCCAGATGTTGTCGCTGGGGATTATGTTATTATTAGTGATAAGGTTTTTGTACGTAGTGAGGAGGATGGTCGAATAGCATTCTATCCTATGTGTACAAATGGAAAGGCAGTACCATGTATGTTTACACTTAAAGGTGGTGCACCTCTTAAGAGAGTTTCTTTTGGCAATGATGAAGTTCACGAAATTGACTCTGTTAGAACGGTTACAGTGGAGTATAACATACATCCTGTTTTGGATACTCTGCTTAGTAATACGGAACTCAAGACATTTGTTGTGGATAAAGATCTTACATTATCAGAATTTGCACTTGTCGTACAAGAAGCTGTTGCTGATTTGTTAGCTAAGCTCCTCCGCGGCATAGTGTTAGATGATTTTGATTTGGAAGATTTTATAGATACCAAAGTTTATGTTTTTAATTTAGATGGTGATGAAGTTTGGAAATCTACTATGATTTTCTCTATCCATCCTATTGATTGTGAGGATGAGGAAGTAGATGAGGCCCTGGAAGAGGATTGTTATTCTAGTGAGGAGGAAGAATCAGATTCTTGGGCCGAGATGGTTGATGCTATATTCCCCTTGAGTGATGAAACAGAGGGTGATGTAGTTGTAGAAGAACAATCTCTAGTTGATGATGCAGATTTAGTCTCACCGTCTGCGGTGGCGGAAAAAATAGTGCCAATGCATGATGTAAGTGATGGCTCTGCTTCAAACAATGAAGAGACTGTGTCTGCAGATGATGAGCCGAAAGGAGTTGCGCCGCCAGTAGAGGAAGTAATTGTAGAGACTAAAGTACCTACAACGCCAATATTGGAAGAAAGTGCCAACCCAGTGCTCGCTGATGCAGACAGTTCAAAACAGCCAGAGTGTGTAGAACATTCTGTAATAGTAGAAACCACAAACACATCGGAGGTTTGTGTTGATGTAGAACGTAGTGTGGTCGATCAAATTAGTGAAGAAGTGCCGAAAGGAGCTGCACCGTCTGGCGTGGAAGAAGAAAAGCCATGTCAGGAAGTAAGTGTATGCCCAGAGCTATCGCTTAAAGCTGATAAACCGCATTTAGTTGATAATGAAAAACAACTTGTTAAAGTTGATGTTGTTAGTGATGGTCAAGTAGACCCCCTTAAAAATTATAAATATAAAGTTTTGAGTGGCAATGTCACTATTGTATTAGCAGATGCTATTAAATTGGCAAAGTGCTTTACTTCTAGTGTGTTGGTGAATGCTGCTAACATTCACCTAAAACATGCTGGTGGTATAGCATATGCAATTGATAGTGCCTCTAAAGGTGCTGTTCAAAAGGAGTCAGATGACTATATTAAGAATAATGGTGCATTACAAGTTGGTGATGCTGTTTTACTTAATGGGCATGGCCTAGCAAAGCATATTTTGCATGTAGTAGGTCCTGATGCAAGGCAAGGACAGGATGTAACATTGCTTTCTAAATGTTATAAAGCTATGAATGCACATCCTTTAATTATTACACCATTAGTGTCAGCCGGCATTTTTGGTGTTGACCCTAAGGTTTCCTTGCAAATGTTACAGCAGGTTGCAAAGACTAGGTTCTTGGTCTGTGTAAATTCTGCTACTATATATGAAGAGTTGACAAAAGTGGTAATACCACGTGGTCTAACTTTTTCATTTGAGGGCATGAAGAGTGCTGTTGGTAAGGCCAAGGAATATGGATTCACCATGTTCATTTGTGTGGATAATAAACAAAATCTTAAGCTGTTAAAAACACTAGGTGTTAAAGCTGATAAGAAACAGTCCACAGTGAATGGTGTCAAGTATTATTGCTATACATCTGAAGACACTGTCCCTAATTTAGTGGCTGTAGCTAATAAACAAAAAGGTATTGTAGCCTTACCTTTGGGTTATGTTACTCATGGGTTTGATTTAATGCAAGCAGCTGCGATAGTTAAAATGGTAACAGTGCCATATGTGTGTCTGCTTGCTAATAAAGAGCAATTGGCTATAATTCAAGGTGATGTACTGAAGAGTACGCCATTTGAAGAATTTGTCAGTGGTATTAAAAAGAATGGTTATCCACACTGGCAATTAGTCCAAGGTGAAATATTGGTTAATGGTGTTTCATATAGTAAGTTGTTACAATGGTCTGATCAAACTGTTGTGCACAGTAGTAGTAAATTGTTTGTTTTAAAGAATGGCAATTTACTGCCCTTCAAAAGTGTAGAACAGTGTCGTTCATATTTGAATTCTAGAACGACGCAACAGTTAGACATCGAAGTGCTTGTCACCGTCGATGGCGTTAATTTTAGAACTGTTATTCTAAATAATAAGAACACCTTTAGAAGCCAACTGGGTACAGTGTTTCTAGATGGTGTAGATGTGTCTGATACCATACCAAGTGTAAATAAGCATGGTGCCAGTCTTTATATTGCAGATAATTTTTCTAAGGAAGAATTAGCTGCAGTTAAAGAAACGTATGGCGTTGAAGATCCAACGTTTTTATATAAGTATTATTCCATTCGCACCAAGGTAGTAAAATGGAAAATGGCTATGTGTGAAGGTTCACCTTCTCTCTGTCTTAATAGTAATAATTG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Protein
MSSATGEGSQGARATYRAALNNEKRSDHVALTVPCCGTGAKVTALSPWFMDGTIAYETVKEMLLKGEPLLFAPINLSGFTKFLPGPRVYLVERLTGGTYSEPFLVNQLAFSDEQDGPMMGTTLQGKPIGFFFPFDEELVTGTYTFKLRKNGLGGQLFREVPRFDNHDFHGIEDFSQIVEDLQEDPKGKFSNKLYKKLCGGDVIPVDQYMCGFDGVPVKPYLDLATKEGLTKLADVEADVRSRVDKHGFLIFKGVTYRVVWFTERKDVDYGKQTLFTMNCVMQRNGVQDVPAHPFTLGARVEQLKPHVAKGNLVGLTLKAKILYTMYGEDAVEEPSYIYHSAFVDCSSCNEGKWCTGNAVAGFACECGASYTAKEVLLQSSGLVKPNALFCATCPFAQGDRCSLDCKHTTPQVVSYLSEKCVVFPSGKSFVLAFGGSLFTYMGCSQGTMYFVPRAKSVVSKIGTACFTGCVGAWDKVQQVANLFTQKAQQQLNFVNEFVVSDVVLAILTGTTSRMDELRGLLKDITFEKLRDYCDKHGIKVTMGDYVDSAINVGGSNLKSAAINAPFVVLPKLGESFKKIAAVPFKLSNSFLQTWEYLSDCIVYRVLPYELEDVSDFVQLLFNCVEISAASMYFASVVIREKVNTMFNALPVSVQTAAKSFIDVCLRATLCTVKFLNDLLSLVKLVVYKAFVYTSAGFVSMLEKTSPAAQKLLDVLSKAFKLLHKKVSWAGSKVQAVIYEGKDALVFSSGTYHCVTAPGSVVGAHLDATIPGEVVKKQLSMLTATNYSTTVDVRPKTRNVELVYGQLETTNMHSPDVVAGDYVIISDKVFVRSEEDGRIAFYPMCTNGKAVPCMFTLKGGAPLKRVSFGNDEVHEIDSVRTVTVEYNIHPVLDTLLSNTELKTFVVDKDLTLSEFALVVQEAVADLLAKLLRGIVLDDFDLEDFIDTKVYVFNLDGDEVWKSTMIFSIHPIDCEDEEVDEALEEDCYSSEEEESDSWAEMVDAIFPLSDETEGDVVVEEQSLVDDADLVSPSAVAEKIVPMHDVSDGSASNNEETVSADDEPKGVAPPVEEVIVETKVPTTPILEESANPVLADADSSKQPECVEHSVIVETTNTSEVCVDVERSVVDQISEEVPKGAAPSGVEEEKPCQEVSVCPELSLKADKPHLVDNEKQLVKVDVVSDGQVDPLKNYKYKVLSGNVTIVLADAIKLAKCFTSSVLVNAANIHLKHAGGIAYAIDSASKGAVQKESDDYIKNNGALQVGDAVLLNGHGLAKHILHVVGPDARQGQDVTLLSKCYKAMNAHPLIITPLVSAGIFGVDPKVSLQMLQQVAKTRFLVCVNSATIYEELTKVVIPRGLTFSFEGMKSAVGKAKEYGFTMFICVDNKQNLKLLKTLGVKADKKQSTVNGVKYYCYTSEDTVPNLVAVANKQKGIVALPLGYVTHGFDLMQAAAIVKMVTVPYVCLLANKEQLAIIQGDVLKSTPFEEFVSGIKKNGYPHWQLVQGEILVNGVSYSKLLQWSDQTVVHSSSKLFVLKNGNLLPFKSVEQCRSYLNSRTTQQLDIEVLVTVDGVNFRTVILNNKNTFRSQLGTVFLDGVDVSDTIPSVNKHGASLYIADNFSKEELAAVKETYGVEDPTFLYKYYSIRTKVVKWKMAMCEGSPSLCLNSNNCYLNAAVMMLDCLRDIKFNIPALQSAYMKFKGGDFGDFISLLMAYGNCTYGQPDDASMLLHTALSKAELLVSARMVWREWCDHCGVKDVVITGIKACVYLGMHTLEELRACNHHICQCGGVRFRQLIECVTPWLLLSGPPNEELVVNPDFVAFNVFIGHEAGVGHYVHARVKKGLLYKYDSGNLTKASDWKCKVTDKLYPGQKYTAECEIVVYSLDGNQKAEKQPDFSSYYVKDGKYYTNKPSLEFTPVTVSSGVVYTNSCFIANDGDAISSAFNKLLGFDKNKPVSKQLTYSLLPNEDGDVLLAEFKFYDPMYKNGAAYKGKPILWVNNGLYDSKLNKYNRASLRQVFDVQPVEVKNRFASLKVEEVDEKHSSHVQEEDLVSEKSELKIVKCKGLSKPFVKNGFSFIVDDKGILTVEYLTREDMHTLYVNPKSQIIVLKDNWLSGLFQMHTVQSGDLNVVASSGSLTKKVKLLFKTSSMCKEFLSRTFVATKCVNSVVSATVRKVCCNKDVFVKLFSFIKMLCFIPLRHFNKQKERVNVDVNALSIAGVVTGNVIKQCCSTGLYLFKQKLRRLDWKQSLRLLLFMLTTVIMLLSLYHLYVFNAVLTSDVIKEVNTGIKGVYYRISSYLGVTSVCDGFSSSYRNVSFNRDDYCEKFGYVCHWCLMRQDSLTQYSAIQIVQTNLSHYVLSIDWIWFWIELGIAYLMYTPAFNWVLLACTLQYFFSQTSHIISWRSYNFVMSGVYLLTTYIPLCGLLRVYNVLATLWYLRRFYNHVINGCKDTACMLCYKRNRLTRVEASTVVCGVKRTFYITANGGISFCSRHNWNCVDCDTAGLGNTFICEEVANDLTTSLRRLVKPTDRSHYYVESVEVKNSVVQLNYTRDGQLCYERVPLCNFSNLDKFKFKEVCKSTTGIPEFNFVIYDSTDRGQENLARAACVYYSQVLCKSILLVDSNLMNTVGDSSAIAIRMLDSFINSFASLYNVSRDKLEKLISTAKDCVKRGEDLQSVLKTFIQAARVHANVESDVETDSIVDGIQYAHKNDIELVTDSFNNYIPSYVKPDSIATVDLGCLIDLKAASVNPASMRNANGACVWNIDAYLKLSDSLKRQIRVACRKCSLNFKLTTSKLRAQDNILSVKFSVTKFVGGSLNSKLCTWLLKMYAGFTICLLILAILMYCILPTFNMAKVDFNNDRILGYKVVDNGIVRDIDSDDKCFANKYNAFDAWYQQEFGSSYDNDYNCPVVVAVIAGITGERVPSVPTSLTWAGNQILFFVSRVFATNNNICYTPSMEIVYEKFSDSGCVLSSECTLFKDAVGNMVPYCYDANVLPGAVPYDTMLPHVRYDLYDSNMFIKFPEVVVGGTLRVVKTLKTQYCRLGSCEWSEAGICVSTNGSWMLNNEHYARKPGVYCGSDYLDMVRRSVVDLFQPITYFQLTTSLFMGFCLCLGFVVVFYYVNKVKRAFADYTQCVLIAVMATGLNGLCLCFVVSNPFLIIPYSAFYYYSTFYVTNEPAVVMHASWLIMFLPVASVWVVCSYLAAICFRHCFWVLAYFSRKKVDVFTDGKLTCTFQEAAANIFVVNRDTYVALRNAISQEVYNKYLGMFNKYKYFSGVMDTAAYREASAAHLAKALQVFSENGNDLLYQPPNCSVASSVLQSGLVKMAYPSGAVEQCIVQVTCGSMTLNGLWLDNIVYCPRHVMCPQDQLVDPNYDALLNSMTNHSFIIQRHGKLTANLRCIGHAMHGTLLKLTVDSANPETPAYTFTTIKQGSSFSVLACYNGRPSGTYTVVMRPNSTIKGSFLCGSCGSVGYVKEGNVINFCYMHQMELANGTHTGSSFDGKMYGNFQDRQIYQAQLSDKHCTTNVVAWLYAAVLNGCNWFVKPNKTGVAAFNEWALSNQFTEFVSTQALELLAVKTGVQIEQLLYSIQQLNNGFQGNVILGSTMLEDEYTPEDVNMQMMGVVMQSSVRKITYGFTHWLLATSVLTYVVILQLTKFTIWNFLFNVIPLQLTPIMFGVLALAMLCVKHKHAFLTTFLLPGALCLTYANLVYEPNTPVSSFLIMCVNWLNPDGTYMRTTHMDLGVYVSLCLALLVAVRRLYKPSVTNCAFALTSLVMWFYSYSVGDASSPIVYLQFVTAATSDYMVTVFLSVNVAKCLVYLTSMYFTTLSVVVPEVKIVLLMYICIGFICTMYFGVFSFLNLKMRSPMGVYSYEVSTQEFRYMNANGLRAPRNSWDAMVLNFKLLGVGGVPCIKIASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWSHCVKLHNDILSTSDPSEAFEKFAALLATLMSFSGSVDLEALASELLDNTSVLQSTLTEFSHLASYAELETAQRSYQEAVASGDASPQMLKALQKAVNVAKNTYEKDKAIARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCVPLSIIPLCASNKLRVVIPDMQIWKQVVTYPVLSYAGALWDITLINNVDGEVVRPSDVIDTNEGLTWPLLLECTRAVASAVKLQNNEIKPTGLKTMVVAAGQEQNSCTVKSVAYYEPVQGRKMLMGILAEDAHLKWARVEGQDGFMTIELQPPCKFLIAGSKGPEVRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVRLQAGSNTEYASNSSVLSLVNFAVDPVKAYTDYVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNLDQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGKFVQIPAQCTRDPVGFCLANVQCNVCQYWVGYGCNCDSLRENTMLHSKDTNFLNESGVLL
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014828
NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR014822 NSP9
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IPR014827 Viral_protease
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5C3N
E-value=1e-165 Score= 513 Identity=78.98%
Cov(Q)=6.61% Cov(P)=96.41%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4460
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
334.32228
Exp number, first 60 AAs:
0.04517
Total prob of N-in:
0.00563
outside
1 - 2245
TMhelix
2246 - 2268
inside
2269 - 2366
TMhelix
2367 - 2389
outside
2390 - 2403
TMhelix
2404 - 2426
inside
2427 - 2823
TMhelix
2824 - 2846
outside
2847 - 3095
TMhelix
3096 - 3118
inside
3119 - 3138
TMhelix
3139 - 3161
outside
3162 - 3180
TMhelix
3181 - 3203
inside
3204 - 3630
TMhelix
3631 - 3648
outside
3649 - 3657
TMhelix
3658 - 3680
inside
3681 - 3686
TMhelix
3687 - 3706
outside
3707 - 3732
TMhelix
3733 - 3752
inside
3753 - 3758
TMhelix
3759 - 3779
outside
3780 - 3798
TMhelix
3799 - 3821
inside
3822 - 3832
TMhelix
3833 - 3855
outside
3856 - 4460
