CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Fish_NC_034440 (Region: Uganda;  Strain: Bat coronavirus isolate PREDICT/PDF-2180, complete genome.;  Date: 20-Feb-13)
Gene
ORF1b protein
Description
Annotated in NCBI,  ORF1b protein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGAGAATTACGAGCTAGAGAAGCACTGTTACGATTTGTTACGTGACTGTGACTCTGTGGCACCTCATGATTTCTTCGTCTTTGACGTCGACAAAACTAAAACTCCTCATATTGTGCGTCAGCGTTTAACTGAGTACACTATGATGGATCTTGTTTATGCATTGAGGCACTTTGATCAAAATAATTGTGAAGTGCTTAAAGCTATTTTAGTAAAGTATGATTGTTGTGATGCTACATACTTTGAAAATAAACTCTGGTTTGATTTTGTTGAAAATCCCAGTGTTATTGGTGTTTATCACAAACTTGGAGAACGGGTTCGCCAAGCTGTGTTAAGCACTGTTAAATTCTGTGACCACATGGTAAAGGCCGGTTTAGTCGGTGTTTTAACACTCGACAATCAGGACCTTAATGGTAAGTGGTATGATTTTGGTGATTTTGTAATCACACAACCCGGTTCAGGAGTGGCTATAGTTGATAGCTACTATTCTTATTTAATGCCTGTGCTCTCTATGACCAATTGTTTGGCAGCTGAGACTCACAGGGATTGTGATTTTAATAAGCCTCTCATTGAGTGGCCACTTACTGAGTATGATTTTACTGATTACAAAGTACAGCTCTTTGAGAAGTACTTTAAGTACTGGGATCAGACGTACCATGCTAATTGCGTGAATTGTACTGATGATCGTTGTGTGTTACATTGTGCTAATTTCAATGTATTATTTGCTATGACCATGCCTAAGACATGCTTTGGACCTATTGTCCGGAAGATATTTGTTGATGGTGTGCCATTTGTAGTATCTTGTGGTTATCACTACAAGGAATTAGGTTTAGTCATGAATATGGATGTTAGTCTTCATAGGCATAGACTTTCTCTTAAGGAGCTAATGATGTATGCAGCAGATCCTGCTATGCACATTGCCTCTTCAAACGCATTTCTTGATTTGAGGACATCATGTTTTAGTGTCGCAGCCTTAACCACAGGTCTGACCTTTCAGACCGTGCGGCCCGGCAATTTTAACCAGGATTTCTATGATTTCGTGGTCTCCAAAGGATTCTTTAAAGAGGGTTCTTCTGTTACTCTCAAACATTTCTTCTTTGCCCAAGATGGCAATGCTGCTATTACAGATTATAATTATTACTCTTATAATCTGCCCACTATGTGTGACATCAAGCAAATGTTGTTTTGCATGGAGGTTGTAAACAAGTACTTCGAGATCTATGACGGTGGTTGTCTTAATGCCTCTGAAGTGGTTGTTAATAATCTAGACAAAAGTGCTGGCCATCCTTTTAATAAGTTTGGAAAGGCTCGTGTCTATTATGAGAGCATGTCTTATCAGGAACAAGATGAACTCTTTGCCATGACAAAGCGTAACGTCATTCCTACCATGACTCAAATGAATTTAAAGTATGCTATTAGTGCCAAGAATAGAGCTCGCACTGTTGCAGGCGTCTCTATACTTAGCACCATGACTAATCGCCAGTACCATCAGAAAATGCTTAAGTCCATGGCTGCAACTCGTGGTTCGACTTGCGTCATTGGTACTACTAAGTTCTATGGTGGCTGGGATTTCATGCTTAAAACATTGTATAAAGATGTTGATAATCCACATCTTATGGGTTGGGATTACCCTAAGTGTGATAGAGCTATGCCCAATATGTGTAGAATTTTTGCTTCACTCATATTGGCTCGTAAGCATGGAACTTGTTGTACTACAAGGGACAGGTTTTACCGCTTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTGCTAAGTGAATATGTTCTGTGCGGTGGTGGTTACTACGTTAAACCTGGTGGTACCAGTAGCGGTGATGCCACAACTGCATACGCCAATAGTGTGTTTAATATTTTGCAGGCCACTACTGCGAATGTTAGTGCACTTATGGGTGCTAATGGCAACAAAATTGTTGACAAAGAAGTTAAAGACATGCAGTTTGAACTGTATGTCAATGTTTACAGGAGTACCAATCCTGATCCCAAATTTGTAGATAGGTATTATGCTTTTCTTAACAAGCACTTTTCTATGATGATATTATCTGATGATGGTGTTGTCTGCTATAATAGTGACTATGCAGCCAAAGGTTACATTGCTGGTATACAGAATTTTAAGGAAACGCTGTATTACCAGAACAATGTCTTTATGTCTGAAGCCAAATGCTGGGTGGAAACCGATCTGAAGAAAGGGCCACATGAATTTTGTTCACAGCATACGCTTTATATTAAGGATGGTGACGATGGTTACTTCCTGCCTTATCCAGACCCCTCTAGGATCTTGTCTGCCGGTTGCTTTGTAGATGATATCGTCAAGACTGACGGTACTCTCATGGTTGAGCGGTTTGTGTCATTAGCTATAGACGCATACCCTCTCACAAAGCATGAAGATATAGAATACCAAAATGTATTCTGGGTTTATTTACAGTATATTGAAAAGCTGTATAAAGACCTTACTGGCCACATGCTTGACAGTTATTCTGTTATGTTATGTGGTGATAATTCTGCTAAGTTTTGGGAGGAGGCATTTTATAGAGAACTCTATAGCTCTCCTACCACCTTGCAGGCTGTTGGTTCGTGTGTTGTATGCCATTCGCAGACATCCCTGCGCTGTGGTACATGCATACGCAGACCCTTTCTTTGTTGTAAGTGCTGCTATGATCACGTTATAGCAACTCCTCATAAAATGGTTCTGTCTGTTTCACCTTACGTCTGTAACGCACCTGGGTGTGATGTTGCTGACGTTACTAAACTATATTTAGGTGGTATGAGCTACTTCTGTGTAGATCATAGGCCTGTTTGTAGTTTTCCTCTTTGCACTAATGGTCTTGTATTTGGATTATACAAGAATATGTGCACAGGTAGTCCCTCTATAGTTGAATTCAATAGACTGGCTACATGTGACTGGACTGAAAGTGGTGACTATACACTTGCTAATACTACTACAGAACCACTTAAATTGTTTGCTGCTGAAACCCTACGTGCCACTGAAGAGGCATCTAAGCAGTCTTATGCAATTGCCACTATTAAAGAAATAGTTGGTGATAGACAATTACTACTTGTGTGGGAGGCTGGTAAATCCAAACCACCACTCAATCGTAATTATGTTTTTACTGGTTACCATATAACCAAAAATAGTAAGGTGCAGCTCGGTGAGTATATCTTCGAGCGCATTGATTACAGTGATGCTGTATCCTACAAGTCCAGTACAACGTATAAACTGACTGTAGGTGACATCTTTATACTTACCTCTCATTCGGTGGCTACCTTGACGGCACCCACAATTGTGAATCAAGAGAGGTATGTTAAAATAACTGGATTATATCCAACTATTACTGTTCCCGAGGAGTTTGCAAGCCATGTTGCCAACTTCCAAAAAGCAGGATATAGTAAGTATGTCACTGTCCAGGGACCACCTGGCACTGGCAAGAGTCATTTTGCTATAGGGTTAGCGATTTACTACCCTACAGCACGTGTTGTTTATACAGCTTGCTCACATGCTGCTGTTGATGCATTATGTGAGAAAGCTTTTAAATATTTGAACATTGCTAAATGTTCCCGTATTATTCCTGCCAAGGCACGTGTTGAGTGTTATGACAGGTTTAAGGTTAATGAAACAAATTCTCAATATTTGTTTAGTACTATTAATGCTTTACCAGAAACTTCTGCTGATATTCTGGTTGTTGATGAAGTTAGCATGTGCACTAATTATGATCTTTCTATCATTAATGCACGTGTTAAAGCTAAGCACATTGTCTATGTAGGTGATCCAGCACAGTTGCCAGCACCTAGGACTCTGCTTACTAGAGGCACATTGGAACCTGAAAATTTCAATAGTGTCACTAGGTTGATGTGTAACTTAGGACCTGACATATTTTTGAGTATGTGCTACAGGTGTCCTAAGGAGATTGTTAGTACTGTCAGTGCTCTTGTCTACAATAATAAATTGTTAGCCAAGAAGGAACTATCAGGACAGTGCTTTAAAATGCTCTATAAGGGCAATGTTACGCATGATGCTAGCTCTGCCATTAATAGACCACAACTTGCATTTGTCAAGAACTTTATAACTGCTAACCCAGCCTGGAGTAAGGCAGTCTTTATTTCACCTTATAATTCACAGAATGCTGTGGCTCGCTCTATGTTGGGCCTTACAACCCAAACTGTTGATTCTTCACAGGGTTCAGAATACCAATATGTCATTTTCTGTCAAACAGCAGATACTGCGCATGCTAACAACATTAATAGATTTAATGTTGCCATTACACGCGCACAGAAAGGTATTCTTTGTGTTATGACATCTCAAGCACTCTTTGATTCTCTGGAGTTTACTGAGTTGTCTTTTACTAATTATAAACTTCAGTCTCAGATTGTCACTGGACTTTTTAAAGATTGTTCCAGAGAAACCTCTGGCCTTTCACCTGCTTATGCACCAACATATGTTAGTGTTGATGATAAGTATAAAACGTGTGATGAGCTTTGCGTGAACCTCAATTTACCCGCAAACGTTCCATATTCACGTGTTATTTCCAGGATGGGCTTCAAGCTTGATGCTAGTGTCCCTGGTTATCCTAAACTCTTCATTACTCGTGAAGAGGCTGTTAGGCAGGTTCGAAGCTGGATAGGCTTCGACGTGGAAGGTGCTCATGCATCACGTAATGCATGCGGTACCAATGTGCCTTTACAATTAGGATTCTCTACCGGCGTGAACTTTGTTGTTCAGCCTGTAGGTGTTGTAGATACTGAGTGGGGGAATATGCTTACTGGCATTTCTGCCCGTCCTCCACCAGGTGAACAGTTTAAACACTTAGTTCCCCTTATGCATAAGGGAGCTGCGTGGCCTATTGTTAGACGACGTATAGTTCAAATGTTGTCAGACACTTTAGACAAATTGTCTGACTACTGTACGTTTGTTTGTTGGGCTCATGGCTTTGAATTGACATCTGCATCTTATTTTTGTAAGATAGGTAAAGAGCAGAAGTGTTGTATGTGTAATAGACG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Protein
MENYELEKHCYDLLRDCDSVAPHDFFVFDVDKTKTPHIVRQRLTEYTMMDLVYALRHFDQNNCEVLKAILVKYDCCDATYFENKLWFDFVENPSVIGVYHKLGERVRQAVLSTVKFCDHMVKAGLVGVLTLDNQDLNGKWYDFGDFVITQPGSGVAIVDSYYSYLMPVLSMTNCLAAETHRDCDFNKPLIEWPLTEYDFTDYKVQLFEKYFKYWDQTYHANCVNCTDDRCVLHCANFNVLFAMTMPKTCFGPIVRKIFVDGVPFVVSCGYHYKELGLVMNMDVSLHRHRLSLKELMMYAADPAMHIASSNAFLDLRTSCFSVAALTTGLTFQTVRPGNFNQDFYDFVVSKGFFKEGSSVTLKHFFFAQDGNAAITDYNYYSYNLPTMCDIKQMLFCMEVVNKYFEIYDGGCLNASEVVVNNLDKSAGHPFNKFGKARVYYESMSYQEQDELFAMTKRNVIPTMTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQYHQKMLKSMAATRGSTCVIGTTKFYGGWDFMLKTLYKDVDNPHLMGWDYPKCDRAMPNMCRIFASLILARKHGTCCTTRDRFYRLANECAQVLSEYVLCGGGYYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQATTANVSALMGANGNKIVDKEVKDMQFELYVNVYRSTNPDPKFVDRYYAFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSDYAAKGYIAGIQNFKETLYYQNNVFMSEAKCWVETDLKKGPHEFCSQHTLYIKDGDDGYFLPYPDPSRILSAGCFVDDIVKTDGTLMVERFVSLAIDAYPLTKHEDIEYQNVFWVYLQYIEKLYKDLTGHMLDSYSVMLCGDNSAKFWEEAFYRELYSSPTTLQAVGSCVVCHSQTSLRCGTCIRRPFLCCKCCYDHVIATPHKMVLSVSPYVCNAPGCDVADVTKLYLGGMSYFCVDHRPVCSFPLCTNGLVFGLYKNMCTGSPSIVEFNRLATCDWTESGDYTLANTTTEPLKLFAAETLRATEEASKQSYAIATIKEIVGDRQLLLVWEAGKSKPPLNRNYVFTGYHITKNSKVQLGEYIFERIDYSDAVSYKSSTTYKLTVGDIFILTSHSVATLTAPTIVNQERYVKITGLYPTITVPEEFASHVANFQKAGYSKYVTVQGPPGTGKSHFAIGLAIYYPTARVVYTACSHAAVDALCEKAFKYLNIAKCSRIIPAKARVECYDRFKVNETNSQYLFSTINALPETSADILVVDEVSMCTNYDLSIINARVKAKHIVYVGDPAQLPAPRTLLTRGTLEPENFNSVTRLMCNLGPDIFLSMCYRCPKEIVSTVSALVYNNKLLAKKELSGQCFKMLYKGNVTHDASSAINRPQLAFVKNFITANPAWSKAVFISPYNSQNAVARSMLGLTTQTVDSSQGSEYQYVIFCQTADTAHANNINRFNVAITRAQKGILCVMTSQALFDSLEFTELSFTNYKLQSQIVTGLFKDCSRETSGLSPAYAPTYVSVDDKYKTCDELCVNLNLPANVPYSRVISRMGFKLDASVPGYPKLFITREEAVRQVRSWIGFDVEGAHASRNACGTNVPLQLGFSTGVNFVVQPVGVVDTEWGNMLTGISARPPPGEQFKHLVPLMHKGAAWPIVRRRIVQMLSDTLDKLSDYCTFVCWAHGFELTSASYFCKIGKEQKCCMCNRRAAAYSSPLQSYACWSHSCGYDYVYNPFFVDVQQWGYVGNLATNHDRYCSVHQGAHVASNDAIMTRCLAIHACFIEHVDWDIEYPYISHEKKLNSCCRIVERNVVRAALLAGSFDRVYDIGNPKGIPIVDHPVVEWHYFDAQPLTRKVQQLFYTEDLASRFADGLCLFWNCNVPKYPNNAIVCRFDTRVHSEFNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAYDVSAFRDLKPLPFFYYSTTPCEVHGTGSMLEDIDYVPLKSAVCVTACNLGGAVCRKHATEYRDYMEAYNLVSASGFRLWCYKTFDIYNLWSTFTKVQGLENIAYNVVKQGHFTGVDGELPVAVVNDKIFTKSGVNDICVFENKTTLPTNVAFELYAKRVVRSHPDFKLLHNLQADICYKFVLWDYERCNIYGTATIGVCKYTDIEVNSALNICFDIRDNGSLEKFMTTPNAILISDRKIKNYPCMVGPDYAYFNGAIIRDSDTVKQPVKFYFYKKVNNEFVEFSDCAYTQGRSCSDFEAMSVMETDFLALDSDVFIKKYGLENYAFEHVVYGDFSHTTLGGLHLLIGLYKKHLDGHIIMEEMIRESSTIHNYFITETSTASFKAVCSVIDLKLDDFVQILKSQDLGVVSKVVKVPIDLTMIEFMLWCKDGQVQTFYPRLQASADWKPGQAMPSLFKVQNVNLERCELANYKQSIPMPRGVHMNIAKYMQLCQYLNTCTIAVPANMRVIHFGAGSDKGIAPGTSVLRQWLPTDAIIIDNDLNDFVSDADISLFGDCVTVRVGQQVDLVISDMYDPSTKNITGSNESKALFFTYLCNFINNNLALGGSVAIKITEHSWSVDLYEIMGKFAWWTVFCTNANASSSEGFLLGINYLGTIKENIDGGAMHANYIFWRNSNPMNLSTYSLFDLSKFQLKLKGTPVLQLKESQINELVISLLSQGKLLIRDNDVLSVSTDVLVNFYRGKR

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Pfam
PF06478   Corona_RPol_N
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF13087   AAA_12
PF06471   NSP11
Interpro
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037227   EndoU-like
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR027352   CV_ZBD
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009466   NSP11
SUPFAM
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF52540   SSF52540
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1333     Identity=72.51%     Cov(Q)=32.58%     Cov(P)=89.53%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host endoplasmic reticulum  

Topology

Length:
2624
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
0.274519999999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00344
outside
1  -  2624
 
 
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