Strain
Pgo_410543
(Region: Asia / China / Guangxi; Strain: BetaCoV/pangolin/Guangxi/P3B/2017; Date: 2017)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annoated by sequence mapping,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
NNACTCGATGGTGTTCAGTACGGTCGTAGCGGTGAGACTCTTGGTGTTCTTGTACCACATGTTGGTGAAACACCTGTTGCTTATCGCAAAATTCTTCTCCGTAAGAATGTCAACTGGAACACTAAACATGGCAGTGGTGTAACTCGTGAGCTCATGCGTGAGCTTAATGGGGGCGCATACACTCGCTATGTAGACAATAACTTCTGTGGCCCTGACGGCTACCCTCTTGAAGGTGTGTACTGCTGCCGTGAACATGAACATGAAATTGTTTGGTACACGGAACGCTCCGACAAGAGCTACGAATTACAGACACCTTTTGAAATCAAATTGGCAAAGAAATTTGACAATTTCACAGGGGAATGTCCAAACTTTGTCTTCCCACTAAATTCTACAATCAAGACCATTCAACCACGTGTTGAAAAGAAAAAGCTTGAGGGTTTTATGGGTnnATTCGATCTGTCTATCCTGTTGCATCACCAAATGAATGCAACCCAATGCACCTTTCGACGCTTATGAAGTGTGAACATTGTAGTGAAACTTCATGGCAAACTGGTGACTTCCTTAAAGCCACTTGTGAATTTTGTGGTACTGAAAATCAAGTCAAAGAAGGACCTACCACTTGTGGTTACCTTCCTCAAAATGCTGTAGTAAAAATTTTTTGTCCAGCATGTCATAATCCAGAAATGGGACCTGAGCACAGTCTCGCAGAATACCATAATGAATCTGGTATTAAAACCACTCTTCGTAAAGGTGGTCGTACCAAAGCATTTGGAGGATGTGTGTTCTCTTATGTGGGCTGTCACAACnnTGTGCCTATTGGGTGCCTCGTGCTGCTGCTAACGTAGGACGTAACCACACAGGAGTTGTGGGAGAAGGTTCTGAAAGTCTCAATGATAACCTTCTTGAAATACTTACTAAGGAGAAAGTCAACATTAACATTGTTGGTGACTTTAAACTGACTGAAGAGATCGCCATAATCTTGGCATCTTTTTCTGCATCCACGAGTGCTTTCGTGGAAACTGTGAAGGGCTTGGATTACAAGTCTTTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAACTTTAAAGTAACCAAGGGAAAATTCAAGAAGAATGCTTGGAATATTGGTGAACCAAAGTCCATACTGAGCCCTCTGTATGCATTTCCCTCAGAAGCTGCTCGTGTGGTACGTTCCATTTTTTCACGCACTCTTGAAACTGCTCAACACTCTGTGCGTGTCTTGCAAAAGGCCGCTATTACAATTCTGGACGGAATTTCACAGTACTCACTCAGATTGATTGATGCTATGTTGTTCACGTCTGAACTTACAACAGACAGTATCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGGTGTTGTACAAATGACTACACAATGGCTTACCAATATTTTTGGTACTGTGTATGAAAAATTGAAACCTATTCTTGACTGGCTTGAAGAGAAGTTCAAGGAAGGGATAGAGTTTCTTAAGGACGGTTGGGAGATTGTAAAATTCATCACAACCTGTTCTTGTGAAATCATTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAACTTAAAGACAGTGTGAAGAAATTTTTCAAACTGGTTAACAAATTTCTTGCTCTTTGTGCTGATTCCATCGTCATTGGTGGTGCAAAACTTAAAGCTTTGAATTTGGGAGAAACCTTTGTCGCACACTCCAGAGGACTCTACAAAAAGTGTGTGAAATCCAGAGGAGACTCTGGTTTACTCATGCCTCTAAAAGCACCAAAAGAAGTTATCTTCCTTGATGGAGAAACTTTGCCTACAGAGGTACTTTCAGAAGAAGTAATACTAAAAACTGGTGAATTACAACCACTTGAGGAACCAACTGCACAGGCAGTTGAAGTACCACTCGTAGGTACACCAGTTTGCATTAATGGATTAATGCTGCTTGAAATTAAAGATACTGAAAAGTATTGTGCTCTTGCACCTAACATGATGGTCACTAATAATACCTTCACTCTAAAAGGTGGTGCACCAACCAAAGTCACATTTGGTGATGACACAGTCATTGAAGTCCAAGGCTACAAGAATGTGAATATCACATTTGAATTGGATGAACGAGTAGATAAAGTACTCAACGAAAAGTGCTCTAACTACACTGTAGAACTTGGAACCAACATAGATGAATTGGCTTGTGTTGTAGCTGAGGCAGTAATAAAGACTTTGCAACCTGTTTCAGAATTACTTACACCGCTAGGCATTGACTTAGACGAGTGGGGTGTTGCAACCTATTACTTGTTTGACGAGTCTGGTGAGTATACTTTGTCTTCACGTATGTATTGTTCATTCTATCCTCCAGATGAGGATTATGAAGAAGAATACAGCGAAGAGGAACAACCTGAACAACCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAATCTGATTACAAAGGTTTGCCTTTGGAATTTGGTGCATCTTCTGTACAACAACAGGAAGAACAAGAAGAAGATTGGTTAGAAACTGAAGCTGAAGTGGTGGAACAAGAAGTTACACCAACTGAGCAAGAGGAAGAGCTACCAATCACTGAAATTGTTCCTGCAGTGGAACAAACTACAATTGTAGAGCTAGAATGTGATAATTTCACTGGTTATTTAAAACTCACTGATAATGTTTCCATTAAAAATGTGGATATTGTAAGTGAGGCTAAAAATGTAAAACCTACAATAGTGGTTAATGCTGCTAATGTACACCTAAAACATGGTGGTGGTGTTGCTGGTGCTCTTAACAAAGCTACTAACAACGCTATGCAAATTGAGTCTGATGACTACATTGCCAGAAATGGACCACTAAACGTGGGTGGTAGTTGTCTTCTAAATGGACACAATTTGGCTAAAAACTGCCTTCATGTTGTTGGTCCTAATCTCAACAAGGGTGAAGACATTCAATTACTTAAAGTTGCCTATGAAAATTTCAATCATCATGAAAAATTACTTGCACCACTTCTCTCAGCAGGCATCTTTGGTGCACAACCAATCnnTCTTTGAAGGTGTGTATTGAAACAGTACGCACACAAGTCTTTTTAGCTGTCTTTGACAAGGACCTCTATGAAGAACTTGTAGCTAGCTTTTTAGAAATGAAAAGTGAGACTAAAGTACAAGATCACTTTGACGTCGTTGAGACTAAGGTTGAAATTACACCTGAAGAATCTGCTTCAAGTGAGAAACCTACCAAGGAAGAGCCTAAAAAGGTGAAACCTTGTATTGAAGAAGTTACAACTACTCTAGAAGAAACTAAGTTTCTTACAGAAAACTTGTTACTGTATGCAGACATTAATGGTAATCTGTATCCAGATTCAACCAGTCTTGTGGAAAATGTTGATGTCACCTTCCTTAAAAAGGATGCTCCTTATATAGTAGGTGACATAATTACTAGTGGTAATTTAACAACCGTTGTCATACCAACAAAGAAAGCAGGTGGTACTACAGAAATGCTTGCAAAGGCATTGCGTAAAGTACCTACTGACCATTATATAACCACCTACCCCGGACAGGGTTGCGTTGGTTATACAATTGAGGAAGCAAAAACAGCTCTTAAGAAGAGTAAGAGTGCTTATTATGTATTACCCTCTATAATTCCAAATAAGAAAGAAGAAATTCTTGGTACTGTTTCTTGGAACTTGCGTGAAATGCTTACGCATGCTGAAGAAACACGTAAATTAATGCCTATTTGCATGGATACAAAGGCTATAATGTCTACTGTGCAAAGGAAGTATAAGGGTATTAAGATACAGGAGGGAGTCGTGGACTACGGTGTAnnTTTTACTTCTATACTAGTAAAACACCTGTAGCTACACTTATTGCAACTCTTAATTCATTAGGAGAAACCTTGGTCACAATGCCTTTGGGTTATGTGACACATGGTTTAAATTTAGAAGAGGCTGCTAGGTATATGAGATCACTCAAAGTACCCGCAACCGTTTCTGTTTCTTCACCAGATGCTGTTACAGCATATAATGGTTACCTTACTTCCTCTTCAAAGACTCCTGAAGAGCATTTCATAGAAACCATCTCACTAGCTGGTTCATATAAAGACTGGTCCTATTCAGGACAGGCTACTGAATTAGGTATTGAATTTCTTAAAAGAGGTGACAAAGTTGTCTACCACACAACTAGTAAACCAATCACTTTCCACATGGATGGTGAGGTTATTAACATTGACAGTCTTAAGACACTCCTAGCTCTTAGGGAAGTTAAGACCATTAAGGTGTTTACCACAGTTGACAACATTAATCTTCACACTCAAGTTGTGGACATGTCTATGACTTATGGACAACAGTTTGGTCCAACCTACTTGGACGGAGCTGACGTTACAAAGATTAAACCTCATGCATCTCATGACAGCAAGACATTTTATGTGTTGCCTAATGATGATACACTACGCAGTGAGGCTTTTGAGTACTATCACACAACTGATGAAAGTTTTCTAGGTAGATACATGTCAGCATTAAATCATACTAAGAAATGGAAATTTCCACAGGTTAATGGTTTAACATCCATTAAATGGGCAGATAACAATTGTTACCTAGCCACAGCCTTATTAACTCTTCAACAGATAGAATTGAAGTTTAATCCACCAGCATTGCAAGACGCCTACTACAGGGCTAGAGCTGGTGATGCTGCAAATTTCTGTGCACTTATACTTGCTTACTGTAATAAAACAGTGGGTGAGCTAGGTGATGTAAGAGAAACAATGAGTCATTTGTTTCAACATGCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCCTAAATGTGGTGTGTAAAACTTGTGGACAGCAACAAACTACCTTAAAGGGTGTAGAGGCTGTAATGTATATGGGTACACTTTCTTATGAACAACTTAAGAGAGGTGTAACTGTACCGTGTGTTTGTGGAAGACAAGCTACACAGTATTTAGTACAACAAGAGTCATCTTTTGTTATGATGTCTGCACCACCTGCTGAATATAAACTAAAGCATGGTACTTTCTTGTGTGCTAGT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Protein
xLDGVQYGRSGETLGVLVPHVGETPVAYRKILLRKNVNWNTKHGSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNFCGPDGYPLEGVYCCREHEHEIVWYTERSDKSYELQTPFEIKLAKKFDNFTGECPNFVFPLNSTIKTIQPRVEKKKLEGFMGXIRSVYPVASPNECNPMHLSTLMKCEHCSETSWQTGDFLKATCEFCGTENQVKEGPTTCGYLPQNAVVKIFCPACHNPEMGPEHSLAEYHNESGIKTTLRKGGRTKAFGGCVFSYVGCHNXCAYWVPRAAANVGRNHTGVVGEGSESLNDNLLEILTKEKVNINIVGDFKLTEEIAIILASFSASTSAFVETVKGLDYKSFKQIVESCGNFKVTKGKFKKNAWNIGEPKSILSPLYAFPSEAARVVRSIFSRTLETAQHSVRVLQKAAITILDGISQYSLRLIDAMLFTSELTTDSIxxxxxxxGGVVQMTTQWLTNIFGTVYEKLKPILDWLEEKFKEGIEFLKDGWEIVKFITTCSCEIIxxxxxxxxTELKDSVKKFFKLVNKFLALCADSIVIGGAKLKALNLGETFVAHSRGLYKKCVKSRGDSGLLMPLKAPKEVIFLDGETLPTEVLSEEVILKTGELQPLEEPTAQAVEVPLVGTPVCINGLMLLEIKDTEKYCALAPNMMVTNNTFTLKGGAPTKVTFGDDTVIEVQGYKNVNITFELDERVDKVLNEKCSNYTVELGTNIDELACVVAEAVIKTLQPVSELLTPLGIDLDEWGVATYYLFDESGEYTLSSRMYCSFYPPDEDYEEEYSEEEQPEQPTQYEYGTESDYKGLPLEFGASSVQQQEEQEEDWLETEAEVVEQEVTPTEQEEELPITEIVPAVEQTTIVELECDNFTGYLKLTDNVSIKNVDIVSEAKNVKPTIVVNAANVHLKHGGGVAGALNKATNNAMQIESDDYIARNGPLNVGGSCLLNGHNLAKNCLHVVGPNLNKGEDIQLLKVAYENFNHHEKLLAPLLSAGIFGAQPIXSLKVCIETVRTQVFLAVFDKDLYEELVASFLEMKSETKVQDHFDVVETKVEITPEESASSEKPTKEEPKKVKPCIEEVTTTLEETKFLTENLLLYADINGNLYPDSTSLVENVDVTFLKKDAPYIVGDIITSGNLTTVVIPTKKAGGTTEMLAKALRKVPTDHYITTYPGQGCVGYTIEEAKTALKKSKSAYYVLPSIIPNKKEEILGTVSWNLREMLTHAEETRKLMPICMDTKAIMSTVQRKYKGIKIQEGVVDYGVXFYFYTSKTPVATLIATLNSLGETLVTMPLGYVTHGLNLEEAARYMRSLKVPATVSVSSPDAVTAYNGYLTSSSKTPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQATELGIEFLKRGDKVVYHTTSKPITFHMDGEVINIDSLKTLLALREVKTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHASHDSKTFYVLPNDDTLRSEAFEYYHTTDESFLGRYMSALNHTKKWKFPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGDAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSHLFQHAxxxxxxxVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQLKRGVTVPCVCGRQATQYLVQQESSFVMMSAPPAEYKLKHGTFLCASEYTGNYxCGHYKHITSKETLYVIDGALLSKTSEYKGPVTDVFYKENSYTTTIKPIVYKLDGVVCTEIDPKLDGYYKKDNAYFTEQPIDxxPTQPYPNSNFDNFKFVCDNTKFADDLNQMSGYKKPASRELKIXFFPDLNxxxVAIDYKHYTPSFKKGAKLLHKPIVWHVNNTINKATFKPNTWCLRCLWSTKPVETSNIFDVLQSEDTQGMETLACEDTKLVTEEVVETPTIQKDIVECDVKTTEVVGDVILKPAQDGVKITEEVGHEDLMAAYVDNTSLTIKKPNELSVIGVARCLNRICVNYMPYVLTLLLQFCTFTRSTNSRIKASMPTTIAKNTPHLIILKSPNFSKLITIIVWFLLLSVCLGSLIYXVCLSGMDSLDAYPALETIQVTISSFKWDLTAFGIIAxxxxxxxLFTRFFYVLGLAAIMQLFFGYFAVHFISNSWLMWLIINLVQMAPISAMVRMYIFxASFYYVWxSYIHVVDGCTSSTCMMCYKRNRATRVECTTIVNGVRRSFYVYANGGKGFCKLHNWNCVNCDTFCAGSTFISDEVARDLSLQFKRPINPTDQSSYVVDSVAVKNGSLHLYFDKAGQKTYERHSLSHFCXEVAVKMFDAYVNTFSSTFNVPMDKLKTLIATAETELAKNVSLDNVLSTFISAARQGFVDSDVDTKDVVECLKISHQSDIEVTVENMTPRDLGACIDCSARHINAQVAKSHNISLIWNIKDFMSLSEQLRKQIRSAAKKNNLPFKLTCATTRQVVNVVTTKIALKGGKFVTNWFKYLLKATLVCVVIACVFYFITPVHVLTKHGDFADEIIGYKAIEDGVTRDISSNDNCFANKHVGFDSWFSQRGGSYTNDKTCPIVAAVITRDVGFVVPGLPGTIFRTLSGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLIEYTDFATSACVLAAECTIFKDAAGKPVPYCYDTNVLEGSVPYESLRPDTRYVLMDGSIIQFPNTYLEGSVRVVTTFDSEYCRHGTCEKSEAGICVSTSGRWVLNNDYYRSLPGVFCGVDSVNLLTXMFTPLIQPIGALDISASIVAGGLVAIFVTCLAYYFMRFRRAFGEYSHVDAFNTLLFLMSFXPFWITIVYVICISTKHCYWFFSNYLRRRVYKYFSGAMDTTSYREAACCHLAKALNDFSNSGSDVLYQPPQTSITSAVLQSGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTAEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVHLRVIGHSMQNCVLKLKVDAANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGTFYGPFVDRQTAQAAGTDTVITINVLAWLYAAVINGDRWFLNRYTTTLNDFNLVAMKFNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSAILEDEFTPFDVVRQCSGVTFQSAIKRTVKGTHHWLLLTILTSLLVLVQSTQWSLFFFVYENAFLPFALGIIAMSAFAMMFVKHKHAFLCLFLLPSLATVAYFNMVYMPASWVMRIMTWLDMVDTSLSGYKLKDCIMYASAIILLILMTARTVYDDGARRVWTLMNVLTLVYKVYYGNALDQAISMWALIISVTSNYSGVVTTVMFLARGIVFMCVExxxxxxxxxxxxxCIMLVXCFLxxxCTCYFxLLCLLNRYFRLTLGVYDYLVSTQEFRYMNSQGLLPPKNSIDAFKLNVKLLGIGGKPCIKVATVQSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINKLCEEMLDNRATLQAIASEFSSLPxYAAFATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMXFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVVPDYNTYKNTCEGSTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEITMDNSPNIAWPLIVTALRANSAVKLQNNELSPVALRQMSCAAGTTQTACNEDNALAYYNTSKGGRFVLALLSDLQDLKWARFPKSDGTGTIYTELEPPCRFVTDTPKGPKVKYLYFIKGLNNLNRGMVLGSLAATVRLQAGNATEVPANSTVLSFCAFAVDASKAYRDYLASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESxGGASCCLYCRCHIDHPNPKGYCELKGKYVQIPTTCANDPVGFTLKxTVCTVCxMWKGYGCSCDQLREPMLQSADAQSFLNXVCGVSAARLTPCGTGTSTDVVYRAFDIYNEKVAGFAKFLKTNCCRFQEKDEDGNLIDSYFIVKRHTFSNYQHEEAIYNLLKDCPAVAVHDFFKFRVDGDMVPHISRQRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCTDDYFNKKDWYDFVENPDILRVYANLGERVRQALLKTVQFCDAMRDAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPIVDSYYSLLMPILTLTRALAAESHLDADLTKPYVKWDLLKYDFTEERLNLFNRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNIHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVXTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWNNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIGDKYIRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKDLHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDSTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNATGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKAHXPPISFPLCANGQVFGLYKxTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDREL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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Pfam
Interpro
IPR021590
NSP1
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR024358 SARS-CoV_Nsp3_N
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR038166 Nsp3_PL2pro_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR022733 Nsp3_PL2pro
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR038030 NSP1_sf
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009466 NSP11
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR042570 NAR_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR032592 NAR_dom
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1906 Identity=96.14%
Cov(Q)=13.15% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6475
Number of predicted TMHs:
12
Exp number of AAs in TMHs:
335.898499999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00242
Total prob of N-in:
0.00180
outside
1 - 2020
TMhelix
2021 - 2043
inside
2044 - 2087
TMhelix
2088 - 2110
outside
2111 - 2129
TMhelix
2130 - 2152
inside
2153 - 2445
TMhelix
2446 - 2468
outside
2469 - 2721
TMhelix
2722 - 2744
inside
2745 - 2756
TMhelix
2757 - 2779
outside
2780 - 3160
TMhelix
3161 - 3178
inside
3179 - 3184
TMhelix
3185 - 3207
outside
3208 - 3221
TMhelix
3222 - 3244
inside
3245 - 3264
TMhelix
3265 - 3284
outside
3285 - 3315
TMhelix
3316 - 3338
inside
3339 - 3357
TMhelix
3358 - 3380
outside
3381 - 6475
