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Strain
Pgo_410721 (Region: Asia / China / Guangdong;  Strain: BetaCoV/pangolin/Guandong/1/2019;  Date: 2019)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annoated by sequence mapping,  orf1ab polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGCTATCTCAGAGGCACGTCAACATCTCAAGGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAGGTTGAAAAAGGCGTCTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCTGATGCCCGAACTGCACCGCATGGCCATGTAATGGTTGAATTGGTTGCAGAACTCAATGGTGTTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTTCTCGTACCCCATGTGGGTGAAACACCTGTTGCTTACCGCAAAGTTCTTCTTCGCAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGTCACAGCTATGGCGCCGATCTAAAGTCCTATGACTTAGGTGACGAGCTGGGCACTGATCCTTATGAAGATTATCAAGAAAACTGGAACACTAAACATGGCAGTGGTGTAACTCGTGAGCTCATGCGTGAGCTTAATGGGGGCGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTACTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACTTGCTGGCGCGTGCTGGTAAAGCTTCTTGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTCTTGACACTAAGAGAGGTGTGTACTGCTGCCGTGAGCATGACCATGAAATTGCATGGTACACGGAACGCTCTGATAAGAGTTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAACTGGCAAAGAAATTTGACACTTTTACTGGGGAGTGCCCAAATTTTGTATTCCCTCTTAATTCAACTATCAAGACTATTCAACCTAGAGTTGAAAGGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGGATTCGATCTGTCTACCCTGTTGCTTCACCTAATGAATGCAACCAAATGTGCCTGTCAACTCTCATGAAGTGTAACCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACAGGCGATTTTGTTAGAGCCACTTGTGAGTTCTGTGGTACTGAAAATTTGACTAAAGATGGTGCTACAACTTGTGGTTACCTTCCTCAAAATGCTGTTGTCAAAATTTACTGTCCAGCATGTCATAACCCAGAAATAGGACCTGAGCATAGTCTTGCTGAATACCACAATGAATCTGGTCTAAAGACCACTCTTCGTAAGGGTGGTCGTACCATTTCATTTGGTGGTTGTGTCTTCTCCTATGTTGGCTGTCACAACAAATGTGCCTATTGGGTACCACGTGCTAGTGCAAACATAGGTTGCAATCACACAGGAGTTGTTGGAGAAGGTGCTGAAAGTCTGAATGACAACCTTCTTGAAATACTTCAGAAAGATAAAGTCAATATCAACATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATTGCCATTATATTGGCATCTTTCTCTGCTTCTACAAGTGCTTTTGTAGAAACTGTCAAAGGTTTGGATTATAAAACATTCAAACAGATTGTTGAATCCTGTGGTAACTTTAAAGTTACCAAAGGCAAAGCTAAGAAGGGTGCTTGGAATATTGGTGAGCAAAAATCAATACTGAGTCCTTTGTATGCATTTGCATCTGAAGCTGCTCGTGTTATACGCGCCATTTTCTCTCGTACTCTTGAAACTGCTCAACACTCAGTTCGTGTCCTACAACAGGCCGCTATAACTATTCTTGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTAGTTACTGACAACCTTGTTGTGATGGCATATATCACAGGTGGTGTTGTCCAAATGACATCACAGTGGCTTACAAATATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTTAAACCTATTCTTGAATGGCTTGAAGACAAATTCAAAGAGGGTGTTGAGTTTCTTAAAGATGGTTGGGAGATTGTTAAATTCATCTCAACATGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAAGAAAGTGTCCAAACATTCTTTAAGCTTGTAAACAAATTCCTAGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGGGCTAAACTCAAGGCTGTGAATTTGGGTGAAACATTTATTGCACACTCAAAAGGATTATATAGAAAGTGTGTCAAACCCAGAGAAGAAACTGGTTTACTCATGCCTCTGAAAGCTCCTAAAGAAATTGTTTTCTTAGAAGGAGAAACACTCCCTACGGAAGTGTTGACAGAGGAAGTCATTTTGAAAACTGGTGAATTACAACCACTGGAACAACCTACATGTGAAGCTATTGATGCTCCACTAGTTGGTACACCAGTCTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATTAAAGATACAGAGAAGTATTGTGCTCTTGCACCTAACATGATGGTTACAAATAACACCTTCACACTTAAAGGTGGTGCACCAACAAAAGTTACTTTTGGTGATGACACCGTAATTGAAGTACAGGGTTACAAAAGTGTAAGTATCACTTTTGAACTCGATGAGAGAGTAGATAAAGTACTTAATGAAAAGTGCTCTAACTACACAGTTGAACTTGGAACAGAAGTAAATGAGTTTGCTTGTGTTGTCGCTGATGCTGTTATAAAGACTTTACAGCCAGTATCTGAATTACTTACACCACTAGGCATAGATTTAGACGAGTGGGGTATGGCAACATACTACTTGTTTGATGAATCTGGTGAGTTTAATTTAGCCTCTCATATGTACTGTTCTTTCTATCCTCCAGATGAGGATTATGAAGAAGATGAGTGTGAAGAGGAACAGTATGAACCATCAACTCAGTATGAGTATGGTACAGAGGATGATTACCAAGGTAAATCTTTGGAATTTGGTTCAACCTCTTCTGCTTCTCAAATAGAAGAAGAACCAGAGGAAGATTGGTTAGAAGATGGCAATGAGGAAATTGCTATGCAAGAAGAGCAGACAACAACTGTTGAAGTGCAATCTCAGGAGATTGACTCTACACCAGTTGTCTCTGAGATAAATGAATCAGTGAACAATTTTACTGGTTATTTAAAACTCACTAACAATGTTTTCATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAACAGGTGAAACCAACAGTAGTTGTTAATGCAGCTAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCTGGAGCTTTAAACAAAGCTACAAACAACGCTATGCAAGTAGAATCAGACAATTACATAGCCACAAACGGACCTCTGAATGTTGGTGGTAGTTGTGTTCTGAGTGGACATAATCTTGCTAAAAATTGTCTTCATGTTGTTGGTCCTAATATCAACAAGGGTGAAAGCATTCAACTTCTTAAAACTGCATATGAAAATTTCAATCAGTATGATACTTTACTAGCACCTTTATTGTCAGCAGGCATCTTTGGTGCTGACCCTGTCCAATCCTTAAGAGTTTGTGTAGACACTGTTCGCACAAATGTTTACTTGACTGTCTTTGACAAAGATCTCTATGAAAAACTTGTTTCTAGCTTTTTAGAAATGAAGAGTGAGGCACAAGTAGAACAACAGATTGCTGAAGTTCCTAAAATGGAAGTTGAGCCACCAACAACTGAAAATAAACCTTCAGTTGAACAAAAGCAACAGGCTGAAGAAAAGAAAGTCAAGGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACCACTTTGGAAGAAACTAAGTTTCTCACAGAGAATTTGTTACTTTATATAGACATTAATGGCAACCTTCATCCAGATTCTGCCATGCTTGTTAAAGACACTGACACCACCTTTCTAAAGAAAGATGCTCCTTACATAGTAGGTGATGTCATTAAGGAAGGTGTTTTAACTGCTGTAGTTATACCTACTAAAAAAGCTGGTGGTACTACCGAAATGCTTACAAAAGCATTAAAGAAGTTACCAGTAGACAATTATATAACCACCTACCCTGGACAGGGTAATAATGGTTATACATTAGAAGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGCAAGAGCGCTTTTTACATACTACCATCCATTGTCTCTAATGAGAAAGAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCTGAGGAAACACGTAAATTAATGCCTGTTTGTATGGAAACTAAAGCTATAGTTTCAACCATACAACGTAAATACAAGGGTATTAAAATACAGGAAGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGGTTTTACTTCTATACTAGTAAAACAACAGTAGCATCACTCATCAACACACTTAACAATCTAAATGAGACTCTCGTTACAATGCCTTTGGGTTATGTAACACATGGCCTTAACCTAGAAGAAGCTGCGCGGTACATGAGATCTCTTAAGGTACCAGCGACAGTTTCTGTTTCTTCACCAGATGCTGTAACAGCATATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCAAAAACACCTGAAGAACATTTCATAGAAACCATCTCTCTAGCTGGTTCTTACAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCAACACAACTTGGTATAGAATTTCTTAAAAGAGGTGATAAAACTGTTTATTACACCATTAACCCTATTGCTTTTCATACAGAGGGTCAAATTATCACCTTTGATGATTTAAAAACACTTCTCTCATTGAGAGAGGTTAGAACAATCAAAGTGTTTACAACTGTAGACAATGTTAATCTCCATACACAAGTCGTGGACATGTCTATGACTTATGGACAACAGTTTGGTCCCACTTATTTGGATGGAGCTGATGTCACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAGACATTTTATGTCTTGCCTAATGATGACACATTACGTGCAGAGGCTTTTGAGTACTACCATACAACAGATGCTAGTTTTCTTGGTAGGTACATGTCAGCTTTAAACCATACCAAGAAGTGGAAATACCCACAGGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAGTGGGCAGATAACAATTG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Protein
MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEAISEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVFIKRSDARTAPHGHVMVELVAELNGVQYGRSGETLGVLVPHVGETPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSYDLGDELGTDPYEDYQENWNTKHGSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNYCGPDGYPLECIKDLLARAGKASCTLSEQLDFLDTKRGVYCCREHDHEIAWYTERSDKSYELQTPFEIKLAKKFDTFTGECPNFVFPLNSTIKTIQPRVERKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCNHCGETSWQTGDFVRATCEFCGTENLTKDGATTCGYLPQNAVVKIYCPACHNPEIGPEHSLAEYHNESGLKTTLRKGGRTISFGGCVFSYVGCHNKCAYWVPRASANIGCNHTGVVGEGAESLNDNLLEILQKDKVNINIVGDFKLNEEIAIILASFSASTSAFVETVKGLDYKTFKQIVESCGNFKVTKGKAKKGAWNIGEQKSILSPLYAFASEAARVIRAIFSRTLETAQHSVRVLQQAAITILDGISQYSLRLIDAMMFTSDLVTDNLVVMAYITGGVVQMTSQWLTNIFGTVYEKLKPILEWLEDKFKEGVEFLKDGWEIVKFISTCACEIVGGQIVTCAKEIKESVQTFFKLVNKFLALCADSIIIGGAKLKAVNLGETFIAHSKGLYRKCVKPREETGLLMPLKAPKEIVFLEGETLPTEVLTEEVILKTGELQPLEQPTCEAIDAPLVGTPVCINGLMLLEIKDTEKYCALAPNMMVTNNTFTLKGGAPTKVTFGDDTVIEVQGYKSVSITFELDERVDKVLNEKCSNYTVELGTEVNEFACVVADAVIKTLQPVSELLTPLGIDLDEWGMATYYLFDESGEFNLASHMYCSFYPPDEDYEEDECEEEQYEPSTQYEYGTEDDYQGKSLEFGSTSSASQIEEEPEEDWLEDGNEEIAMQEEQTTTVEVQSQEIDSTPVVSEINESVNNFTGYLKLTNNVFIKNADIVEEAKQVKPTVVVNAANVYLKHGGGVAGALNKATNNAMQVESDNYIATNGPLNVGGSCVLSGHNLAKNCLHVVGPNINKGESIQLLKTAYENFNQYDTLLAPLLSAGIFGADPVQSLRVCVDTVRTNVYLTVFDKDLYEKLVSSFLEMKSEAQVEQQIAEVPKMEVEPPTTENKPSVEQKQQAEEKKVKACVEEVTTTLEETKFLTENLLLYIDINGNLHPDSAMLVKDTDTTFLKKDAPYIVGDVIKEGVLTAVVIPTKKAGGTTEMLTKALKKLPVDNYITTYPGQGNNGYTLEEAKTVLKKCKSAFYILPSIVSNEKEEILGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPVCMETKAIVSTIQRKYKGIKIQEGVVDYGARFYFYTSKTTVASLINTLNNLNETLVTMPLGYVTHGLNLEEAARYMRSLKVPATVSVSSPDAVTAYNGYLTSSSKTPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQSTQLGIEFLKRGDKTVYYTINPIAFHTEGQIITFDDLKTLLSLREVRTIKVFTTVDNVNLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRAEAFEYYHTTDASFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLALQQIELKFNPPALQDAYYRARAGDAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMNYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQLKKGVQVPCVCGKQATQYLVQQESPFVMMSAPPADYELKHGTFVCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKPVTYKLDGVVCTEIDPKLDNYYKKDNAYFTEQPIDLVPNQPYPNASFDNFKFVCDNIKFADDLNQLAGYKKPASRELKVTFFPDLNGDVVAIDYKHYTPSFKKGAKLLHKPVVWHVNNTTNKATYKPNTWCIRCLWSTKPVETSNSFDVLESEDTQGMDNLACEDLKHVSEEVVENPTIQKDILECNVKTTEVVGDVILKPANDXVKITEEVGHTDLMAAYVESSSLTIKKPNELSRVLGLKTIATHGLAAINSVPWDTIVNYAKPFLNKVVNVTTNIVTRCLNRVCTNYMPYFFTLLLQLCTFTKSTNSRIKASMPTTIAKNTVKSVGKFCVEASFNYLKSPNFSKLINVVIWFLLLSVCLGSLIYSTAALGVLMSNLGMPSYCTGYREGYLNSTNVTTATYCTGSIPCSVCLSGLDSLDTYPSLETIQVTISSFKWDLTAFGLVAEWFLAYILFTRFFYVLGLAAIMQLFFSYFAVHFISNSWLMWLIINLVQMAPISAMVRMYIFFASFYYVWKSYVHVVDGCTSSTCMMCYKRNRATRVECTTIVNGVRRSFYVYANGGKGFCKLHNWNCVNCDTFCAGSTFISDEVARDLSLQFKRPINPTDQSSYVVDSVSVKNGSIHLYFDKAGQKTYERHSLSHFVNLDNLRANNTKGSLPINVIVFDGKSKCEESSAKAASVYYSQLMCQPILLLDQALVSDVGDSTEVAVKMFDAYVNTFSSTFNVPMEKLKALVATAEAELAKNVSLDNVLATFISAARQGFVDSDVETKDVVECLKLSHQSDIEVTGDSCNNYMLTYNKVENMTPRDLGACIDCSARHINAQVAKSHNIALIWNIKDFMSLSEQLRKQIRSAAKKNNLPFKLTCATTRQVVNVVTTKIALKGGKIVNNWLKQLIKVTLVFLLVAATFYLITPVHVMSKHTDFASEIIGYKAIDGGVTRDISSTDTCFANKHADFDTWFSQRGGSYTNDKACPLVAAVITREVGFVVPGLPGTILRATNGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLIEYTDFATSACVLAAECTIFKDASGKPVPYCYDTNVLEGSVSYESLRPDTRYVLMDGSIIQFPNTYLEGSVRVVTTFDSEYCRHGTCERSEAGICVSTSGRWVLNNDHYRSLPGVFCGVDAVNLLTNMFTPLIQPIGALDISASIVAGGIVAIIVTCLAYYFMRFRRAFGEYSHVVAFNTLLFLMSFTVLCLTPVYSFLPGVYSVIYLYLTFYLTNDVSFLAHIQWMVMFTPLVPFWITIVYVICISTKHFYWFFSNYLKRRVVFNGVSFSTFEEAALCTFLLNKEMYLKLRSDVLLPLTQYNRYLALYNKYKYFSGAMDTTSYREAACCHLAKALNDFSNSGSDVLYQPPQTSITSAVLQSGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGTFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQSAVKRTIKGTHHWLLLTVLTSLLVLVQSTQWSLFFFVYENAFLPFAMGIIAMSAFAMMFVKHKHAFLCLFLLPSLATVAYFNMVYMPASWVMRIMTWLDMVDTSLSGFKLKDCVMYASAVVLLILMTARTVYDDGARRVWTLMNVLTLVYKVYYGNALDQAISMWALIISVTSNYSGVVTTVMFMARGIVFMCVEYCPIFFITGNTLQCIMLVYCFLGYFCTCYFGLFCLLNRYFRLTLGVYDYLVSTQEFRYMNSQGLLPPKNSIDAFKLNIKLLGVGGKPCIKVATVQSKMSDVKCTSVVXFLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINKLCEEMLDNRATLQAIASEFSSLPSYAAFATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVIPDYNTYKNTCDGTTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEISMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQNNELSPVALRQMSCAAGTTQTACTDDNALAYYNTTKGGRFVLALLSDLQDLKWARFPKSDGTGTIYTELEPPCRFVTDTPKGPKVKYLYFIKGLNNLNRGMVLGSLAATVRLQAGNATEVPANSTVLSFCAFAVDAAKAYKDYLASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESFGGASCCLYCRCHIDHPNPKGFCDLKGKYVQIPTTCANDPVGFTLKNTVCTVCGMWKGYGCSCDQLREPMLQSADAQSFLNXVCGVSAARLTPCGTGTSTDVVYRAFDIYNDKVAGFAKFLKTNCCRFQEKDEDGNLIDSYFIVKRHTFSNYQHEETIYNLLKDCPAVAKHDFFKFRIDGDMVPHISRQRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCDDEYFNKKDWYDFVENPDILRVYANLGERVRQALLKTVQFCDAMRDAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPVVDSYYSLLMPILTLTRALTAESHVDTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSAGFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYIRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDNTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNAPGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDRELHLSWEVGKPRPPLNRNYVFTGYRVTKNSKVQIGEYTFEKGDYGDAVVYRGTTTYKLNVGDYFVLTSHTVMPLSAPTLVPQEHYVRITGLYPTLNISDEFSSNVANYQKVGMQKYSTLQGPPGTGKSHFAIGLALYYPSARIVYTACSHAAVDALCEKALKYLPIDKCSRIIPARARVECFDKFKVNSTLEQYVFCTVNALPETTADIVVFDEISMATNYDLSVVNARLRAKHYVYIGDPAQLPAPRTLLTKGTLEPEYFNSVCRLMKTIGPDMFLGTCRRCPAEIVDTVSALVYDNKLKAHKEKSAQCFKMFYKGVITHDVSSAINRPQIGVVREFLTRNPAWRKAVFISPYNSQNAVASKILGLPTQTVDSSQGSEYDYVIFTQTTETAHSCNVNRFNVAITRAKVGILCIMSDRDLYDKLQFTSLEIPRRNVATLQAENVTGLFKDCSKVINGLHPTQAPTHLSVDTKFKTEGLCVDIPGIPKDMTYRRLISMMGFKMNYQVNGYPNMFITREEAIRHVRAWIGFDVEGCHATREAVGTNLPLQLGFSTGVNLVAVPTGYVDTPNNTDFTRVSAKPPPGDQFKHLIPLMYKGLPWNVVRIKIVQMLSDTLKNLSDRVVFVLWAHGFELTSMKYFVKIGPERTCCLCDRRATCFSTASDTYACWHHSIGFDYVYNPFMIDVQQWGFTGNLQSNHDLYCQVHGNAHVASCDAIMTRCLAVHECFVKRVDWTVEYPIIGDELKINAACRKVQHMVVKAALLADKFSVLHDIGNPKAIKCVPQAEVEWKFYDAQPCSDKAYKIEELYYSYATHSDKFTDGVCLFWNCNVDRYPANSIVCRFDTRVLSNLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFDKSAFVNLKQLPFFYYSDSPCESHGKQVVSDIDYVPLKSATCITRCNLGGAVCRHHANEYRLYLDAYNMMISAGFSLWVYKQFDTYNLWNTFTRLQSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKREAPAHVSTIGVCTMTDIAKKPTESVCAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEHIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRSKDSPLELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKLQSSQAWQPGVAMPNLYKMQRMLLEKCDLQNYGDSATLPKGIMMNVAKYTQLCQYLNTLTLAVPYNMRVIHFGAGSDKGVAPGTAVLRQWLPTGTLLVDSDLNDFVSDADSTLIGDCATVHTANKWDLIISDMYDPKTKNVTKENDSKEGFFTYICGFIQQKLALGGSVAIKITEHSWNADLYKLMGHFAWWTAFVTNVNASSSEAFLIGCNYLGKPREQIDGYVMHANYIFWRNTNPIQLSSYSLFDMSKFPLKLRGTAVMSLKEGQINDMILSLLSKGRLIIRENNRVVISSDVLVNN

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Pfam
PF11501   Nsp1
PF11633   SUD-M
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF16251   NAR
PF12379   DUF3655
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF06478   Corona_RPol_N
PF16348   Corona_NSP4_C
PF12124   Nsp3_PL2pro
PF09401   NSP10
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30
PF08715   Viral_protease
PF06460   NSP16
Interpro
IPR021590   NSP1
IPR014829   NSP8
IPR037227   EndoU-like
IPR024358   SARS-CoV_Nsp3_N
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR014827   Viral_protease
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR002589   Macro_dom
IPR038166   Nsp3_PL2pro_sf
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR022733   Nsp3_PL2pro
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083   R1a/1ab
IPR038030   NSP1_sf
IPR036499   NSP9_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR038400   Nsp3_coronavir_sf
IPR009466   NSP11
IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR042570   NAR_sf
IPR014828   NSP7
IPR027352   CV_ZBD
IPR032592   NAR_dom
IPR024375   Nsp3_coronavir
IPR036333   NSP10_sf
SUPFAM
SSF101816   SSF101816
SSF159936   SSF159936
SSF144246   SSF144246
SSF52540   SSF52540
SSF160099   SSF160099
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF142877   SSF142877
SSF140367   SSF140367
SSF53335   SSF53335
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1906     Identity=96.14%     Cov(Q)=13.15%     Cov(P)=97.70%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7090
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
348.396339999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00002
outside
1  -  2223
TMhelix
2224  -  2246
inside
2247  -  2329
TMhelix
2330  -  2352
outside
2353  -  2356
TMhelix
2357  -  2379
inside
2380  -  2765
TMhelix
2766  -  2788
outside
2789  -  3035
TMhelix
3036  -  3058
inside
3059  -  3069
TMhelix
3070  -  3104
outside
3105  -  3118
TMhelix
3119  -  3141
inside
3142  -  3573
TMhelix
3574  -  3593
outside
3594  -  3602
TMhelix
3603  -  3622
inside
3623  -  3628
TMhelix
3629  -  3651
outside
3652  -  3674
TMhelix
3675  -  3694
inside
3695  -  3713
TMhelix
3714  -  3733
outside
3734  -  3742
TMhelix
3743  -  3765
inside
3766  -  3771
TMhelix
3772  -  3794
outside
3795  -  7090
 
 
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