Strain
Murine_AF208067
(Region: ; Strain: Murine hepatitis virus strain ML-10, complete genome.; Date: )
Gene
RNA-directed RNA polymerase
Description
Annotated in NCBI,
RNA-directed RNA polymerase
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAGCCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCAAAAACTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGAATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAATGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATTTTTGTAGATGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGACTAATTTGGGTGTGCTTCCCAAAACAGCTGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCTCTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTCACCTTTTTACGGTCCAACCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGTTTTATAGGCTGGTTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCACTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGCGATCTCACCTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTGGATAGTGAAGTCCTTGTGGCTTGGCACGTTGATCGAGATCCTCGGGCTGCTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTGTACGTTGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTCGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTCTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGAATGCGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGTTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTTGCCGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGTCCAGGGTGTACCAAAAATTATATGCCCTGGGAATTGGAGGCCCAGTCATCAGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTCACTCAGAGCACTGATACAGTGAATCGTGAGTCCTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTGCCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTAGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAAGAGACAGACGCTATATGTCGTTCTCTGTATATGGATTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGAGCTATCCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAATAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAGAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGTCTTGTACCCCTCCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTGATTAAGAGTGGTCAAGCTTTCACCTCTATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGACTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTGGCCGTGCGCTTTAAAGCGTGGGGTGTAGCCGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGATTTAGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTGTGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTGTATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTTTACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTTCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGAGTTTAACGACAAGCCCAAAGTCAGGAAGATACCCTCCACCCGTAAGATTAAGATCACCTTCGCACTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTTTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGGAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATCGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTGCAGCGGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGAAGACTCAGCAGTCCTTGTCGCTGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGGGCAGGTTGAGGCGGATTCGGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTAGTCAAGAAGAATTGGCTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTGTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGAAATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCGTATGCTCAGAGGCGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTCTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCCGGCTATGACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAAGTCTATTATCCGTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTCTTTCTAAGCCAGTGTAGCTTTAAAGCTTATGCTAACTGGCGTTGTTTAGAGTGTGACATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGGGACGTTGTGTCTCATATGTGCAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGATATACCCTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCAAGAAAGGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCACTCTATGGCTGTAGTAGAGGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTGGTTACCAAATTTATTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTTACGGGATGACATTTAGTATGTCTCCTTTTGAACTCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGTTCGCTTAGTTAATGCTGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGTATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTGAAAAGGCGGGCAGTGCTTTTATTAAAGAAACCTCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGAATGCTATGAATCTGCCGGTGGTAAGTTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTAGGGCCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTCTCCCTAACTTACTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTTTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTCGTTAACAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGCCCGGGCGGGATTTTTGTATCCAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTCGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGCGTAGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTTACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGATTTGTCCGAGGC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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4YPT
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3D Structure
Ontologies
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4467
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
347.211879999999
Exp number, first 60 AAs:
4e-05
Total prob of N-in:
0.00030
outside
1 - 2276
TMhelix
2277 - 2299
inside
2300 - 2397
TMhelix
2398 - 2420
outside
2421 - 2434
TMhelix
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inside
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TMhelix
2843 - 2865
outside
2866 - 3112
TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
3205 - 3227
inside
3228 - 3643
TMhelix
3644 - 3666
outside
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TMhelix
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inside
3693 - 3696
TMhelix
3697 - 3719
outside
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TMhelix
3739 - 3761
inside
3762 - 3767
TMhelix
3768 - 3789
outside
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TMhelix
3804 - 3826
inside
3827 - 3838
TMhelix
3839 - 3861
outside
3862 - 4467
