Strain
Porcine_DQ811787
(Region: USAIndiana; Strain: Alphacoronavirus 1; Date: )
Gene
replicase 1a
Description
Annotated in NCBI,
replicase 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTCAAGATCCTCGTCAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGTCTTCCTATTCGTGACGTGTTACAGGAAATCAAGTACTGTTACCGTAATGGATTTGAGGGCTATGTTTTCGTACCAGAATACTGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTTGGTAACGGAGTAAGTAATCTTAAACCTGTTCTTCTTACCGAACCCTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATTGTTAGATCTAACTGCAATGGCGTTCTCGAGGACTTTGACTTTAAAATTGCTCGTACTGGCAGAGGTGTCATATATGTTGATCAATATATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTCATTGAAGGCGATTTTAAGGACTACTTCGGTGATGAAGACATCATTGAATTTGAAGGAGAGGAGTACCATTGCGCTTGGACAACTGTGCGCGATGAGAAACCGCTGAATCAGCAAACTCTCTTTACCATTCAGGAAATTCAATACAACCTGGACATTCCTCATAAGTTGCCTAACTGTGCTACTAGACATGTAGCACCACCAGTCAAAAAGAACTCTAAAATAGTTCTGTCTGAAGATTACAAGAAGCTCTATGATATCTTCGGATCACCTTTTATGGGAAATGGTGACTGTCTTAGCAAATGCTTTGACACTCTTCATTTTATCGCTGCCACTCTTAGATGCCCGTGTGGTTCTGAAAGTAGCGGCGTTGGAGATTGGACTGGGTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTTCTGGCAAAGTTAAGGGTGTCACTTTAGGTGATATTAAGCCTGGTGATGCTGTTGTCACTAGTATGAGCGCAGGTAAGGGAGTTAAGTTCTTTGCCAATTGTGTTCTTCAATATGCTGGTGACGTTGAAGGTGTCTCTATATGGAAAGTTATTAAAACTTTTACAGTTGATGAGACCGTGTGCACCCTTGGTTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATCAAACCTGAGAGCAAATCACTAATTGCATGCAGTGTTAAAAGAGCATTCATTACTGGTGAGATTGATGATGCTGTACATGATTGTATCATTACAGGAAAATTGGATCTTAGTACAAACCTTTTTGGTAACGTTGGTCTATTATTCAAGAAGCCTCCATGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCACTTTTTGTGGATGCTTGGAAAGTAGTGGAGGAGCTTTGTGGTTCACTCACACTTACATACAAGCAAATTTATGAAGTTGTAGCATCACTTTGCAATTCTGTTTTTACGATTGTAAACTACAAGCCAACATTTGTGGTTCCAGACAATCGTGTTAAAGACCTTGTAGACAAGTGTGTGAAAGTTCTTGTAAAAGCATTTGATGTTTTTACGCAGAATATTATAATAGCTGGTATTGAGGCCAAATGCTTTGTTCTTGGTGCTAAATACCTGTTGTTCAATAATGCACTTGTCAAACTTGTCAGTGTTAAAATCCTTGGCAAGAAGCAAAAGGGTCTTGAATGTGCATTCTTTGCTACTAGCTTGGTTGGTGCAACTGCTAATGTGACACCTACAAGAACGGAGACTGCCACTATCAGCTTGAACAAGGTTGATGATGTTGTAGCACCAGGAGAGGGTTATATCGTCATTGTTGGTGATATGGCTTTCTATAAGAGTGGTGAATATTATTTCATGATGTCTAGTCCTAATTCTGTTCTTACTAACAATGTTTTTAAAGCAGTTAAAGTTCCATCTTATGACATCGTGTATGATGTTGATAATGATACCAAAAGCAAAATGATTGCAAAACTTGGTTCATCATTTGAATATGATGGTGATATTGATGCTGCTATTGTAAAAGTCAATGAATTACTCATTGAATTTAGGCAGCAAAGCTTGTGCTTCAGAGCTCTTAAGGACGACAAAACTATTTTTGTTGAAGCCTACTTTAAAAAGTATAAAATGCCAGCATGCCTTGCAAACCATATTGGTTTGTGGAACATCATAAAGAAAGATTCATGTAAGAAGGGTTTTCTTAATCTCTTCAATCATTTGAATGAATTGGAAGATATCAAAGAAACTAATATCCAGGCTATTAAAAACATTCTTTGTCCTGATCCTCTTCTTGATCTGGATTATGGTGCCATTTGGTACAATTGCATGCCAAGCTGCTCTGATTCCTCAGTTTTGGGGAGTGTTCAACTTTTGATTGGTAATGGTGTGAAAGTGGTTTGTGATGGTTGCAAAGGTTTTGCTAATCAACTTTCAAAAGGTTACAACAAGCTCTGTAATGCGGCTCGTAATGATATTGAGATCGGTGGTATACCATTTTCCACTTTTAAAACACCTACAAATACTTTTATTGAAATGACAGATGCTATCTATTCAGTTGTTGAACAAGGTGAGGCATTATCCTTTAGAGATGCTGATGTGCCAGTCGTAGACGATGGTACCATTGCTACTGTTGATTGGTCTGAACCCATTCTGCTTGAACCTGCTGAATATGTAAAACCAAAGAACAATGGTAATGTCATTGTTATTGCAGGTTATACATTTTATAAAGACGAGGATGAACATTTTTATCCTTATGGTTTTGGTAAAATTGTGCAGAGAATGTATAATAAAATGGGTGGTGGTGACAAAGTTGTCTCATTTTCAGACGAAGTAGATGTTCAAGAAATTGCACCTGTTACACGTGTTAAACTTGAATTCGAATTTGATAATGAAATTGTAACTGGTGTTCTTGAACGGGCTATTGGTACTAGATACACATTTACTGGTACAACTTGGGAAGAATTTGAAGAGTCTATTTCTGAAGAACTCGATGCAATCTTTGATACTTTAGCAAACCAAGGTGTCGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACTTGTGGTGGCTTTGATATAAAAAATCCAGATGGTATTATGATCTCTCAGTATGATATTACTGCTGATGAAAAATCAGAAGTTAGTGCATCAAGTGAAAAAGAAGAAGTTGACTCTGTTGAAGAAAATCCTGGGGTTGAAGTCGAAGCATCTGAAGGTGCTGAAGGGATTTCTTCTCAAGAAGAGGCTGAAACAGTAGAAGTTGCAGATCTTACTTCTACAGAAGAAGATGTTGACATTATTGAAGTATCTGCTAAAGATGACCCTTGGGCTGCAGCTGTTGATGTACAAGAAGCTGAACAATTTAACCCTTCTTTACCACCTTTCAAGACAACGAATCTCAACGGAAAAATTATCCTTAAGCAAGGGGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGTTGCTACCAGCTTCAGGCTTTTGATTTTTTCAACAATGAAGCTTGGGAGAAATTTAAGAAAGGTGATGTCATGGACTTTGTAAACCTGTGTTATGCAGCAACAACACTAGCAAGAGGTCATTCTGGTGATGCAGATTATCTTCTTGAACTTATGCTCAATGATTATAGCACAGCCAAGATAGTACTTGCAGCTACGTGTGGTTGTGGTGAAAAAGAAATTGTTTTGGAAAGAGCTGTTTTTAAACTCACCCCACTTAAGGAGAGTTTTAGTTATGGTGTTTGTGGTGACTGCATGCAAGTTAACACCTGTAGATTTTTAAGTGTTGAAGGCTCCGGTGTTTTTGTTCATGACATATTAAGCAAGCAAACGCCAGAATCTATGTTTATTGTCAAACCTGTTATGCACGCAGTTTACACTGGCACAACTCAAAATGGCCATTACATGGTTGATGATATTGAACATGGTTATTGTGTGGATGGTATGGGTATTAAACCACTCAAGAAACGGTGTTATACATCCACATTGTTCATTAATGCCAATGTAATGACTAGAGCTGAAAAACCAAAACAAGAGTTTAAAGTTGGAAAAGTAGAACAGCAACTTATAGTGGAGGATAGTAAATCCTCTATTGAAAAAGAGGAAATTCAAAGTCCTAAAAACGATGATCTTATACTGCCATTTTACAAAGTTGGTAAACTTTCCTTTTATCATGGTGCTTTGGATGTTTTGATCAATTTCTTGGAACCTGATGTTATTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACATGGGTGGTGTCGCAAGAGCCATCGATGTTGTCACTGGTGGCAAATTAACAGAACGTTCTAAGGATTATCTTAAAAAGAACAAATCTATTGCTCCTGGTAATGCTGTTTTCTTTGAAAATGTCATTGAGCATCTTAGTGTTTTGAATGCAGTTGGACCACGTAATGGTGACAGCCGAGTTGAAGCTAAACTTTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCAAAGTGTGAAGGAAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTTAATGTTAGACTTGAAACATCATTGCAGTGCTTACTTAAGACTGTGAATGACAGGGGATTGAATGTCTTCGTATATACTGACCAGGAAAGGCAAACTATTGAGAATTTCTTTTCTTGTTCTATCCCTGTCAATGTTACTGAGGATAATGTTAACCATGAACGTGTGTCTGTTTCTTTTGACAAAACATATGGTGAACAGCTTAAGGGCACCGTTGTCATCAAAGATAAAGATGTTACAAACCAGTTGCCTAGCGCATTTGATGTTGGTCAAAAAGTTGTTAAGGTTATTGATATAGATTGGCAAGCTCATTATGGTTTCCGTGATGCTGCTGCTTTTAGCGCTAGTAGTCATGATGCTTACAAATTTGAAGTTGTTACACATAGCAATTTCATTGTGCATAAGCAGACTGACAACAATTGTTGGATTAATGCAATTTGTCTTGCATTACAGAGACTCAAGCCACAGTGGAAATTTCCTGGTGTTAGAGGTCTCTGGAATGAATTTCTTGAGCGTAAAACACAAGGTTTTGTACATATGTTGTATCACATTTCTGGAGTAAAGAAAGGTGAGCCAGGTGATGCTGAATTAATGTTGCATAAACTTGGTGACTTGATGGACAATGATTGTGAAATCATTGTCACACACACTACAGCATGTGACAAGTG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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=0.0 Score= 627 Identity=99.34%
Cov(Q)=7.57% Cov(P)=98.06%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4014
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
438.047989999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00095
Total prob of N-in:
0.00089
outside
1 - 1831
TMhelix
1832 - 1850
inside
1851 - 1887
TMhelix
1888 - 1910
outside
1911 - 1972
TMhelix
1973 - 1995
inside
1996 - 2001
TMhelix
2002 - 2021
outside
2022 - 2025
TMhelix
2026 - 2048
inside
2049 - 2397
TMhelix
2398 - 2420
outside
2421 - 2492
TMhelix
2493 - 2515
inside
2516 - 2655
TMhelix
2656 - 2678
outside
2679 - 2687
TMhelix
2688 - 2710
inside
2711 - 2716
TMhelix
2717 - 2739
outside
2740 - 2742
TMhelix
2743 - 2765
inside
2766 - 3182
TMhelix
3183 - 3205
outside
3206 - 3209
TMhelix
3210 - 3232
inside
3233 - 3238
TMhelix
3239 - 3261
outside
3262 - 3280
TMhelix
3281 - 3303
inside
3304 - 3309
TMhelix
3310 - 3329
outside
3330 - 3360
TMhelix
3361 - 3383
inside
3384 - 3389
TMhelix
3390 - 3412
outside
3413 - 4014
