Strain
Porcine_DQ811789
(Region: USA:Indiana; Strain: TGEV virulent Purdue; Date: 1952)
Gene
polyprotein orf1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein orf1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTCAAGATCCTTGTCAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGTCTTCCTATTCGTGACGTGTTACAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAATGGATTTGAGGGCTATGTTTTCGTACCAGAATACTGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTTGGTAACGGAGTAAGTGATCTTAAACCTGTTCTTCTTACCGAACCCTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATTGTTAGAGCTAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCTCGCACTGGCAGAGGTGCCATATATGTTGATCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTCATTGAAGGCGATTTTAAGGACTACTTCGGTGATGAAGACATCATTGAATTTGAAGGAGAGGAGTACCATTGCGCTTGGACAACTGTGCGCGATGAGAAACCGCTGAATCAGCAAACTCTCTTTACCATTCAGGAAATCCAATACAATCTGGACATTCCTCATAAATTGCCAAACTGTGCTACTAGACATGTAGCACCACCAGTCAAAAAGAACTCTAAAATAGTTCTGTCTGAAGATTACAAGAAGCTTTATGATATCTTCGGATCACCCTTTATGGGAAATGGTGACTGTCTTAGCAAATGCTTTGACACTCTTCATTTTATCGCTGCTACTCTTAGATGCCCGTGTGGTTCTGAAAGTAGCGGCGTTGGAGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCCTGTTGTGGTCTTTCTGGCAAAGTTAAGGGTGTCACTTTGGGTGATATTAAGCCTGGTGATGCTGTTGTCACTAGTATGAGCGCAGGTAAGGGAGTTAAGTTCTTTGCCAATTGTGTTCTTCAATATGCTGGTGATGTTGAAGGTGTCTCCATCTGGAAAGTTATTAAAACTTTTACAGTTGATGAGACTGTATGCACCCCTGGTTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATCAAACCTGAGAGCAAATCACTAGTTGCATGCAGCGTTAAAAGAGCATTCATTACTGGTGATATTGATGATGCTGTACATGATTGTATCATTACAGGAAAATTGGATCTTAGTACCAACCTTTTTGGTAATGTTGGTCTATTATTCAAGAAGACTCCATGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCACTTTTTGTAGACGCTTGGAAAGTAGTAGAGGAGCTTTGTGGTTCACTCACACTTACATACAAGCAAATTTATGAAGTTGTAGCATCACTTTGCACTTCTGCTTTTACGATTGTAAACTACAAGCCAACATTTGTGGTTCCAGACAATCGTGTTAAAGATCTTGTAGACAAGTGTGTGAAAGTTCTTGTAAAAGCATTTGATGTTTTTACGCAGATTATCACAATAGCTGGTATTGAGGCCAAATGCTTTGTGCTTGGTGCTAAATACCTGTTGTTCAATAATGCACTTGTCAAACTTGTCAGTGTTAAAATCCTTGGCAAGAAGCAAAAGGGTCTTGAATGTGCATTCTTTGCTACTAGCTTGGTTGGTGCAACTGTTAATGTGACACCTAAAAGAACAGAGACTGCCACTATCAGCTTGAACAAGGTTGATGATGTTGTAGCACCAGGAGAGGGTTATATCGTCATTGTTGGTGATATGGCTTTCTACAAGAGTGGTGAATATTATTTCATGATGTCTAGTCCTAATTCTGTTCTTACTAACAATGTTTTTAAAGCAGTTAAAGTTCCATCTTATGACATCGTGTATGATGTTGATAATGATACCAAAAGCAAAATGATTGCAAAACTTGGTTCATCATTTGAATATGATGGTGATATTGATGCTGCTATTGTAAAAGTCAATGAACTACTCATTGAATTTAGGCAGCAAAGCTTGTGCTTCAGAGCTTTTAAGGACGACAAAAGCATTTTTGTTGAAGCCTATTTTAAAAAGTATAAAATGCCAGCATGCCTTGCAAAACATATTGGTTTGTGGAACATCATAAAGAAAGATTCATGTAAGAGGGGTTTTCTTAATCTCTTCAATCACTTGAATGAATTGGAAGATATCAAAGAAACTAATATTCAGGCTATTAAAAACATTCTTTGCCCTGATCCTCTTCTTGATCTGGATTATGGTGCCATTTGGTACAATTGCATGCCAAGTTGCTCTGATCCTTCAGTTTTGGGGAGTGTTCAACTTTTGATCGGTAATGGTGTGAAAGTAGTTTGTGATGGCTGCAAAGGTTTTGCTAACCAACTTTCAAAAGGTTACAACAAGCTCTGTAATGCGGCTCGCAATGATATTGAGATCGGTGGTATACCATTTTCCACTTTTAAAACACCTACAAATACTTTTATTGAAATGACAGATGCTATCTATTCAGTTGTTGAACAAGGTAAGGCATTATCCTTTAGAGATGCTGATGTGCCAGTTGTAGACAATGGTACCATTTCTACTGCTGATTGGTCTGAACCCATTCTGCTTGAACCTGCTGAATATGTAAAACCAAAGAACAATGGTAATGTCATTGTTATTGCAGGTTATACATTTTATAAAGATGAGGATGAACATTTTTATCCTTATGGTTTTGGTAAAATTGTGCAGAGAATGTATAATAAAATGGGTGGTGGTGACAAAACTGTCTCATTTTCAGAAGAAGTAGATGTTCAAGAAATTGCACCTGTTACACGTGTTAAACTTGAATTCGAATTTGACAATGAAATTGTAACTGGTGTTCTTGAACGGGCTATTGGTACTAGATACAAATTTACTGGTACAACTTGGGAAGAATTTGAAGAGTCTATTTCTGAAGAACTCGATGCAATCTTTGATACTCTAGCAAACCAAGGTGTCGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACTTGTGGTGGCTTTGATATAAAAAATCCAGATGGTATTATGATCTCTCAGTATGATATCAATATTACTGCTGATGAAAAATCAGAAGTTAGTGCATCAAGTGAAGAAGAAGAAGTTGAATCTGTTGAAGAAGATCCTGAGAATGAAATTGTAGAAGCATCTGAAGGTGCTGAAGGGACTTCTTCTCAAGAAGAGGTTGAAACAGTAGAAGTTGCAGATATTACTTCTACAGAAGAAGATGTTGACATTGTTGAAGTATCTGCTAAAGATGACCCTTGGGCTGCAGCTGTTGATGTACAAGAAGCTGAACAATTTAATCCTTCTCTACCACCTTTCAAGACAACGAATCTCAACGGAAAAATTATCCTTAAGCAAGGGGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGTTGCTATCAGCTTCAGGCCTTTGATTTTTTCAACAATGAAGCTTGGGAGAAATTTAAGAAAGGTGATGTCATGGACTTTGTAAACCTTTGTTATGCAGCAACAACACTAGCAAGAGGTCATTCTGGTGATGCAGAGTATCTTCTTGAACTTATGCTCAATGATTATAGCACAGCCAAGATAGTACTTGCAGCTAAGTGTGGTTGTGGTGAAAAAGAAATTGTTTTGGAAAGAGCTGTTTTTAAACTCACCCCACTTAAGGAGAGTTTTAATTATGGTGTTTGTGGTGACTGCATGCAAGTTAACACCTGTAGATTTTTAAGTGTTGAAGGCTCTGGTGTTTTTGTTCATGACATATTAAGCAAGCAAACGCCAGAAGCTATGTTTGTTGTCAAACCTGTTATGCATGCAGTTTACACTGGCACAACTCAAAATGGCCATTACATGGTTGATGATATTGAACACGGTTATTGTGTAGATGGTATGGGTATTAAACCACTTAAGAAACGGTGTTATACATCCACATTGTTCATTAATGCCAATGTAATGACTAGAGCTGAAAAACCAAAACAAGAGTTTAAAGTTGAAAAAGTAGAACAGCAACCGATAGTGGAGGAAAACAAATCCTCTATTGAAAAAGAGGAAATTCAAAGTCCTAAAAACGATGATCTTATACTTCCATTTTACAAAGCTGGTAAACTTTCCTTTTATCAGGGTGCTTTGGATGTTTTGATCAATTTCTTGGAACCTGATGTTATTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACATGGGTGGTGTCGCAAGAGCCATCGATGTTTTCACTGGTGGCAAATTAACAGAACGTTCTAAGGATTATCTTAAAAAGAACAAATCTATTGCTCCTGGTAATGCTGTTTTCTTTGAAAATGTCATTGAGCATCTTAGTGTTTTGAATGCAGTTGGACCACGTAATGGTGACAGCCGAGTTGAAGCCAAACTTTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCAAAGTGTGAAGGAAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTTAATGTTAGACTTGAAACATCATTGCAGTGCTTACTTAAGACTGTGAATGACAGGGGATTGAATGTCTTCGTATACACTGACCAGGAGAGGCAAACTATTGAGAATTTCTTCTCTTGTTCTATCCCTGTCAATGTTACTGAGGATAATGTTAACCATGAACGTGTGTCTGTTTCTTTTGACAAAACATACGGTGAACAGCTTAAGGGCACCGTTGTCATCAAAGACAAAGATGTTACAAACCAGTTGCCTAGCGCTTTTGATGTTGGTCAAAAAGTTGTTAAGGCTATTGATATAGATTGGCAAGCTCATTATGGTTTCCGTGATGCTGCTGCTTTTAGCGCTAGTAGTCATGATGCTTATAAATTTGAAGTTGTTACACATAGCAATTTCATTGTGCATAAGCAGACTGACAACAACTGTTGGATTAATGCAATTTGTCTTGCATTACAGAGACTCAAGCCACAGTGGAAATTTCCTGGTGTTAGAGGTCTCTGGAATGAATTTCTTGAGCGTAAAACACAAGGTTTTGTACATATGTTGTATCACATTTCTGGAGTAAAGAAAGGTGAGCCAGGTGATGCTGAATTAATGCTGCATAAACTTGGTGACTTGATGGACAATGATTGTGAAATCATTGTCACACACACTACAGCATG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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=0.0 Score= 628 Identity=99.67%
Cov(Q)=7.57% Cov(P)=98.06%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4017
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
442.723619999998
Exp number, first 60 AAs:
0.0002
Total prob of N-in:
0.00033
outside
1 - 1834
TMhelix
1835 - 1853
inside
1854 - 1890
TMhelix
1891 - 1913
outside
1914 - 1975
TMhelix
1976 - 1998
inside
1999 - 2004
TMhelix
2005 - 2024
outside
2025 - 2028
TMhelix
2029 - 2051
inside
2052 - 2400
TMhelix
2401 - 2423
outside
2424 - 2495
TMhelix
2496 - 2518
inside
2519 - 2658
TMhelix
2659 - 2681
outside
2682 - 2690
TMhelix
2691 - 2713
inside
2714 - 2719
TMhelix
2720 - 2742
outside
2743 - 2745
TMhelix
2746 - 2768
inside
2769 - 3185
TMhelix
3186 - 3208
outside
3209 - 3212
TMhelix
3213 - 3235
inside
3236 - 3241
TMhelix
3242 - 3264
outside
3265 - 3283
TMhelix
3284 - 3306
inside
3307 - 3312
TMhelix
3313 - 3332
outside
3333 - 3363
TMhelix
3364 - 3386
inside
3387 - 3392
TMhelix
3393 - 3415
outside
3416 - 4017
