Strain
Feline_DQ848678
(Region: ; Strain: Feline coronavirus strain FCoV C1Je, complete genome.; Date: )
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACATTTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGAGTCTTTGCAGGAAATTAAGTACTGCTATCGTAACGGTTTTGAAGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATAGTAATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAGGGCTTTGTCGTTAAGGCTAAATGCAATGGCGTTCTAGAGGACTTTGACCTTAAGATCGCCCGTACTGGAAATGGTGTCATATATGTCGATCAGTACATGTGTGGTGCCGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGTGACTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACACCATCATTTATGAAGGAGAGGAGTATCATTGCGCTTGGTTAACCGTGCGCGATGAGAAACCGTTGTGTCAACAAACTCTCCTCACTATTAAGGAAATCCAATACAATTTGGATGTTCCACACAAATTGCCAAATTGTGCCATCAGGGAAGTGGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTAGTTCTTTCCGAGGAGTATAGGAAACTTTATGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGTAATGGGGATAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCATTTCATTGCTGCCGTGCTTAAGTGCCCGTGTGGCTCAGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGCTGTGGTCTTCGTGGCAAAGTTAAAGGTGTCACACTAGGTGCTGTTAAACCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCCGGTAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTCTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAGTGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAATGACTTCATAAGACCAGAGAGTACTTCACTTATTGCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTCATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTGTCACAGGAAAGTTGGATATTAGTACTAACCTTTTCGGTAGTGCTAATCTACTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAGGAACTGCTTTGTTCCCTTAAACTCACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTGGTATCACTCTGCACTGCCACCTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTTGCAGCTAATAGTGTTAAGGACCTTATTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAGGCTTTTGATGTCTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAGTGCTTCATGCTTGGTTCTAAGTACTTGCTTTTTAACAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAAAAAGGTCTTGATAGTGCATTTTTTTTCACTAATTTGATTGGTGCCACTGTTAATGTGACACCGCAGAGAACAGAGGCTGCCAACATTAGCCTGAATAAGGTTGATGACGTTGCTACACCAGGTGAGGGTCATATTGTTATTGTTGGCGATATGGCCTTTTACAAGAGTGGTGAGTATTATTTTATGATGGCGAGTCCTGACTCTGTTCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCAGCTCAAGTGCCATCTTATAACATCGTCTATGATGTTGATGACGACACCAAGAGTAAGATGGTTGCCAAGATCGGGACATCATTTGATTTTGATGGTGACGTCGATGCTGCTATTGCTAAAGTTAATGACTTACTTGTTGAGTTTAGACAAGAAAAACTTTGTTTCAGAGCACTTAAAGATGGTGAAAACATCCTAGTAGAGGCGCATTTTAAAAAGTACAAAATGCCAGCTTGCCTTAAAAACCATGTAGGTTTGTGGGAAATCATAAAGAAAGATTCTGGTAAGAAGGGTTTTCTCGATACCTTCAACCATCTTAATGAATTGGAGGATATCAAGAATACAAAAGTTCAGGCTATTAAAAATATTCTTTGTCCTGATCTTCTACTTGAATTGGACTTTGGTGCCATATGGTATAGATGTATGCCGTCTTGCTCTGACACATCTATTTTAAGTAATGTTAAAATTATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTACTTTGTGATGGTTGTAATAGTTTTGCCAACCGTTTAACACTTAATTACAGTAAGCTTTGTGATACAGCTCGTAAGGATGTTGAAATTGGTGGCATACCATTTTCCACTTTTAAAACACCAGCTAACAGTTTTATTGATATGAAAGATGCTATTTACTCCGTAGTTGAATATGGTGAAGCATTCTCCTTTAAAACTGCGAGTGTACCTGTGAATAACAAAGGTATGGTGGTGAGTTATGACTGGTCAGACCCCATTCTGTTGGAACCTGCAGACTATGTGGAGCCTAAAGACAATGGTGATGTGATTATCATTGCTGGCTATACATTCTATAAAGATGACAATGATCATTTTTATCCATATGGTTCAGGCATGGTTGTACAGAAAATGTACAATAAAATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTACATTCTCAGAAGCTGTAAATGTTAAAGAGATAGCACCTGTTACACGTGTCAAACTCGAGTTTGAGTTTGACAATGAGGTAGTGACAAAAGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACCACATATAAGTTTACAGGCACAACTTGGGAAGATTTTGAAAGCTCCATCTGTGAAGAGATTGATAAAATCTTCGACGCTCTTGCTGATCAGGGTGTTGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACCTGTGGTGGTTTCGACATCAACAATACTGATGGTATCATGATCTCACAGTATGATGTTAACACTGCTGTTGATTACTCAGTCGAATCTGATGTGAGCGTAGAAGATGTTGCTTCCGATGCAGATGATGACAGTTCTGAAGAAATTGTTCTTGAAGATGAACAGTTTGTAGAAGAAATTGTGCTTGAAGAGGAACGGTTTGTTGAACAAGATGTGCTTGAAGAGGAACAGTCCGTTGATCAAGATTCCCCTGTTGAGGAAAGTGTTTCAACTTCTGTTGAAGAAGCATTTGAAACCTCTGCTAAAGAAGACCCCTGGGCCGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAAATAATACCTTCCTTTAAGCCTTTTAAAACCACAAATCTCAATGGTAGGATCATCCTTAAACAACAGGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGTTGTTATCAACTACAGGCATTTGACTTTTTTAACCATGAGTTGTGGGCTGATTTTAAGAAAGATAATGTTATGCCTTTTGTGAATTCTTGTTATGCAGCGGTTACCTTAAAGCAGGGTGATTCAGGAGATGCAGAGTATCTTTTAGAGACAATGCTCAATGATTATAGCACAGCTAAAGTGGTTCTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTCAAAGAAATAGTTTTAGAGCGAACTGTATTTAAGCTCACACCTCTTAAGGATGAGTTTAAGTACGGTGTCTGTAGTGATTGTAAACAAATTAACATGTGTAGATTTGCAAGTGTGGAGGGTTCTGGTGTCTTTGTTCATGATAAAATTGAAAAACAAACACCAACATCACAATTCATTGTGAAACCTACCATGCATGCAGTCTACATAGGTACAATACAGAATGGTCATTACATGATTGAAGATTGCATGCGGGAATATTGTGTGGATGGTATGGGAATTAGTCCCTGTAAACATAAGTTTTACACATCCACAGTGTTTCTTAATGCCAATGTAAAGACTGACTATAAAATTGTAGTTGAGCCACCTGTACCAGCTAAGCAAGAATGTGTAGAAGAACTTCAAAGTCCTAAAGATCTTATATCTCCATTTCATACAGTTGGAAAGGTTTCTTTTTACCAGGGAGATTTGGATGTTTTGATTAATTTCTTGGAGCCTGATGTTATTGTTAACGCAGCCAATGGTAACCTTAAAAATGTTGGTGGCGTTGCTAAAGCCATTGATGTGTTCACAGGTGGTAGGTTAACAAAACGTTCTAAGGAATACCTCAAATCTAACAACTCGATTGCTCCTGGTAATGCCGTGCTTTTTGAAAACGTAATTGAGAATCTTAGTGTTTTAAATGCTGTAGGACCACGTAGTGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGCAATGTTTACAAAGCAGTTGCTAAGTGTGACGGTAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTGTTTTTAATGTTAAACTGGAGATTTCATTGCAGTGTTTACTTAAAACTATTACTGATAGAGAGCTGAATGTCTTTGTTTACACTGACCAGGAGAGAATTACCATAGAAAACTTCTTCAAAGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTAAATCACAAGCGTGTGTCTGTACAGCTTGATAAAACTTATGGTGAACAACTTAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGATAAAGATGTCACCAATCAATTGCCTAGTGTGTCAGATGCTGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCATTGGACATTGATTGGGATGCACACTATGGCTTTTCAAATGCAGCAGCTTTTAGCGCCAGTTCTCATGAGGCTTATAGATTTGATGTTATAACACACAATAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAACTTGTTTAGCATTACAGAGGCTTAAACCAACATGGAAGTACCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGAGGATTTTCTCACGCGTAAGACTGCTGGATTTGTTCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAATAAAGGACAACCTGGTGATGCCGAGTTGACTTTGCATAAGCTTGGCGAGTTGATGGTAAGTGATAGTGTAGTCACTGTCACACATACAACTGCATGTGA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Protein
MSSKHFKILVNEDYQVNVPSLPFRESLQEIKYCYRNGFEGYVFVPEYRRDLVDSNRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFVVKAKCNGVLEDFDLKIARTGNGVIYVDQYMCGADGKPVIEGDFKDYFGDEDTIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIKEIQYNLDVPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAAVLKCPCGSESSGVGDWTGFKTACCGLRGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVSETVCTTDFEGELNDFIRPESTSLIACSIKRAFITGEVDDAVHDCIVTGKLDISTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVVSLCTATFTIMDYKPVFVVAANSVKDLIDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFMLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFFTNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVATPGEGHIVIVGDMAFYKSGEYYFMMASPDSVLVNNVFKAAQVPSYNIVYDVDDDTKSKMVAKIGTSFDFDGDVDAAIAKVNDLLVEFRQEKLCFRALKDGENILVEAHFKKYKMPACLKNHVGLWEIIKKDSGKKGFLDTFNHLNELEDIKNTKVQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPSCSDTSILSNVKIMLGNGVKVLCDGCNSFANRLTLNYSKLCDTARKDVEIGGIPFSTFKTPANSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVNNKGMVVSYDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIIIAGYTFYKDDNDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVTFSEAVNVKEIAPVTRVKLEFEFDNEVVTKVLEKVIGTTYKFTGTTWEDFESSICEEIDKIFDALADQGVELEGYFIYDTCGGFDINNTDGIMISQYDVNTAVDYSVESDVSVEDVASDADDDSSEEIVLEDEQFVEEIVLEEERFVEQDVLEEEQSVDQDSPVEESVSTSVEEAFETSAKEDPWAAAVDEQEAEQIIPSFKPFKTTNLNGRIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHELWADFKKDNVMPFVNSCYAAVTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVVLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLKDEFKYGVCSDCKQINMCRFASVEGSGVFVHDKIEKQTPTSQFIVKPTMHAVYIGTIQNGHYMIEDCMREYCVDGMGISPCKHKFYTSTVFLNANVKTDYKIVVEPPVPAKQECVEELQSPKDLISPFHTVGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVIVNAANGNLKNVGGVAKAIDVFTGGRLTKRSKEYLKSNNSIAPGNAVLFENVIENLSVLNAVGPRSGDSRVEGKLCNVYKAVAKCDGKILTPLISVGVFNVKLEISLQCLLKTITDRELNVFVYTDQERITIENFFKGTIPVKVTEDTVNHKRVSVQLDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDIDWDAHYGFSNAAAFSASSHEAYRFDVITHNNFIVHKQTDNNCWVNATCLALQRLKPTWKYPGVKSLWEDFLTRKTAGFVHMLYHISGLNKGQPGDAELTLHKLGELMVSDSVVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLICGSDETCVHGVSVNVKITSVKGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNSLMVDAEKAYHFKKDLLQVTTAIVSNFITTAPKIENSLNVQSLKESNTDRVFREVEKIPKTIVREIKLLAIESGADYTISTLGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPYVFKNLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVMHKLVCSGSVQVYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFIFLVVFGNNYVRCVLMYFISQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESIAVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDNTFICDEIVRDLGNSVKLTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTAYDYDVKNKKYSIQEVLKTMYLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSELLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVNVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGTSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSTLSSTAQKILVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSPKNGSGFFDVLKQLKQIFWCVVLFITLYGLCSVYSVATQSYIDSADGYEYMVIKNGIVQPFDDSINCVHNTYKGFVMWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGSAVSKSAYFDTCVFNSACTTLTGLGGTIVYCAKQGLVEGSKLYSELMPDYFYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECIESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSTLGFLKNVFALFNSNMSVVATPGAMLVNIIIACFAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAVVYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETIVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDILYTPPTISVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSARYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSIKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNFEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNATMTLESYNAWAKTNSFTDIVSTDAFSMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPMMTAVAILFSFWLEFFMYTPFTWINPSFVSVILAITTIFSVLLVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLSTVHNVVWDMTYYESLQVLVENTNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTENHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFVSYKFAYYVVVYVMQPSFVYDFGFVKCISIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCEDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTTDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFERESSVQKKLDKMAEQAAAGMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAAAATRLIVVTPNIEVLSKIRQENNVHYAGAMWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASENGKSFIYAFLASDNNLKYVKWESNNDIIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRYKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATIDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 613 Identity=96.04%
Cov(Q)=7.53% Cov(P)=98.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4026
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
431.095419999998
Exp number, first 60 AAs:
0.00028
Total prob of N-in:
0.00053
outside
1 - 1843
TMhelix
1844 - 1862
inside
1863 - 1901
TMhelix
1902 - 1924
outside
1925 - 1979
TMhelix
1980 - 1997
inside
1998 - 2003
TMhelix
2004 - 2023
outside
2024 - 2037
TMhelix
2038 - 2060
inside
2061 - 2409
TMhelix
2410 - 2432
outside
2433 - 2504
TMhelix
2505 - 2527
inside
2528 - 2667
TMhelix
2668 - 2690
outside
2691 - 2699
TMhelix
2700 - 2722
inside
2723 - 2728
TMhelix
2729 - 2751
outside
2752 - 2754
TMhelix
2755 - 2777
inside
2778 - 3194
TMhelix
3195 - 3217
outside
3218 - 3221
TMhelix
3222 - 3244
inside
3245 - 3250
TMhelix
3251 - 3273
outside
3274 - 3292
TMhelix
3293 - 3315
inside
3316 - 3321
TMhelix
3322 - 3344
outside
3345 - 3370
TMhelix
3371 - 3389
inside
3390 - 3401
TMhelix
3402 - 3424
outside
3425 - 4026
