CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Bat_EF203067 (Region: ;  Strain: Bat coronavirus HKU2 strain HKU2/HK/33/2006, complete genome.;  Date: )
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,  spike glycoprotein
Location
EF203067(+):20476-23862
GenBank Accession
ABQ57232.1
 

Sequence

CDS
ATGAAACTTTTTATAGTTTTTGTGCTCCTTTTTAGGGTGTGTTATTGCTGTGACTATGTAGACTTCCGTTTGTTTAATGGGATTTTTTCTACCAGTCGTGGCTTAAGTAATACAACTACTGTTATTACTGGTGCATATCCATCTACTAACAAAGCCAAATGGTTTTGTCCTACTAATGTTGGTAGGCCTGTTGGTACAGGTGTTGGTATAGGTGTGTATGCGCAGACTGCTCAAGCTTCCTATGAGACTGGAGGATCGGGTGCTGGTGGGTATACTTTTAGTGTATCACCCAAGCATGTCACTAATTTGACGTGGTCATTGTGGGTACATAGACCGTGGGGTGCTAATGCTAACGTCACTGTGCGATTGTGCAGATGGTGGCAGAAGTTTTCCTTTAATGAGACAGCCCACTTTCAACCTGCTGGTCCTAGTAGTGCCTTTGAGTGCCTTGTTAATGGTAGTTTTCCGTCCTCACAACATAAAGGTTATATGTTTGGTGTTACTTGGTATAATGATTTTGTACGTATTATATTTCCACCCACTGTTTTTGAGCTTCAGTTAGATGGGTTGCAATGGGAGTATGTACAGTTTACTGGTCCAGTTAATGCTGGGCGTATGACCAAATTTAATGTTGTGACAGAGATTTCTAGTGTTTTAGTTTTAACAGATCAAAGTGGTGCTGTTACTAGGTATTCGTATTGCGCCGATGGTTTTGTCAATGGTCTTCAATGTAAGTTGAGACTTTTTGATATCCCGCCTGGCGTATATTCTAATAGTGAAGTTGAATACCCTGTAGCACTTTACACTGTTGTTCATAATATGTCAGTATGCCCCCAGCGCCCTGAGAGTTATTGTGGGTCTAATTATTGTCCATTTAAAAGGGTTGTATTTTCTAATTGTGTTGTTAATTACACTAGTTGGACTAGTGGCTTGTTACGTGATTATCAACATCTTGTGCTGCCTAATGGCAAGTTCAACCCATTTACGGAGTGTAATGGTTTGAACCGCATTGTTGATGACTGTGTTACAGGCTTTGTTTTAAGGGTTGGTCGTGGCACAGCTGTTAATCGTACTGTTATAACACCATATCTTAAGCTTAATGAATGTTTTGGTTGGTCATGGAATGATTATCAAGACAGCATTTATGATTGGTGGATAGCTGATTTTGTGTCGACAGGTGCTTTTGTTTGCGAGAAAAATCCTGATGCGCCACGAACTGGTGTTTGTATTACTTACACTATTGAGAAGGTCACGTTTCAGGGTGTTCTCTATGAGAGTAATTTTACATTTGCCCAGTATTATAATGTACTTTATTTTGGTTCACAGCTTAAGTACGTTCGTATTTTGGGCAAAGTTTATGAGGTTGCACCTTGTTTTGAAGCTTCCTATGATGTGCTTTTTCGTAGTAGTTCCTCCTTTGGTTTGTTATATAGGAGTTTTGATTGTAATCAGCTACGTATTAGTGCATCACGGTTTGCCGAGCGGCTCTTACCGTCTCATAATGGTACTGCTACTGCCCTAGGTTGTTTATTTAATGCCACCTACGCTCCTAATGATACTATGGTGAACTGTACTAACCCTCTTGGTGATGGGTTTTGTGCTGATTTACTTAGTAATGTCGTTGTGCGGCGTATGACATTCGAGAAACATGACACCACCTATGTGGCACCAGTTACCATAGAACGGTTTACTGAGTTACCACTGGATCACCAGTTAGTTTTGACAGAGCAGTTTTTGCAAACTACCATGCCCAAATTTAGCATTAGTTGCGAAACATATATTTGTGATGTTAGCAAAGCATGCAAAAATTTGTTATTTAGGTATGGTGGTTTTTGTCAGAAAATTGAGGCTGACATTCGGGGTGCTGGTGTTTTGCTTGACAGTGATGTTAGTGGTCTGTATTCCACTATTGCTGCTAAGACAAGCTCTATTATGCCTACTACAGATCGCTTCAATGTGTCGCAATTTTTCTTGCCTAAAGTGCAGTCAACTTCAGAGCGCTTTGAGTCTAGGTCTGTTATAGAGGATTTGCTATTTAGCAAAATAGAGACGACCGGCCCTGGTTTTTATGGTGACTATTATAATTGTAAGAAAAATGCTATACAGGACCTTACTTGTGCACAGTATCATAATGGTATACTTGTTATACCACCAGTTATGGATGCTGAGACATTGGGGATGTATGGCGGTATTGCAGCTGCTTCTCTTACACTTGGTATTTTTGGCGGTCAAGCTGGTATTACTACCTGGTCACTTGCCATGGCTGGACGCCTTAATGCATTAGGTGTGGTTCAGAATGCATTGGTTGATGATGTTAATAAATTGGCTAATGGCTTCAATCAGTTGACTGCTAGTGTTAGTAAGCTTGCTTTAACAACATCAAGTGCTTTGCAGGCTATTCAAGCTGTTGTTAACCAAAATGCTGCTCAAGTTGAGTCTCTTGTTAGTGGTATCACTGAAAATTTTGGTGCTATTAGTACTAATTTTAAGGTTATATCACAGCGTCTTGACAAGCTTGAGGCTGATGTTCAGATGGATAGGCTTATTAATGGAAGAATGAATGTCTTACAGCTTTTTGTTACCAATTATAAGCTGAAGATCGCCGAGCTACGTAACACACACCGTTATGTTCAATCTTTGATCAATGAGTGTGTTTATGCTCAGAGTCTAAGAAATGGCTTTTGTGGTCAGGGCCTACATGTACTTTCCCTTATGCAGAATGCACCTAGTGGTATAATGTTTTTTCATTACTCACTTATACCTAATAACACTATTATTGTTAAGACCACACCAGGTCTTTGTGAGAGTGATGAATTAGGTTCTAAGTGCATTGTTGCTAAGGATGGTGTATTAGTCTCTGCTAATTTAAGCTATTGGCAGTGGTCACCGCGTAACCTTTATAAACCAGAAAATTTGACCTTTGCTAATGTTATTGCTGTCTCTCGTGGTGCTAATTACACTACATTGAATAGAACCTTTGATATACCTGAGTTGAATAACACTTTTCCAATTGAGGAGGAGTTTCGTGAATATTTTCAGAATATGTCATCTGAATTACAGGCCCTGAAAAATTTGACTGCTGACATGAGCAAGCTCAATATTAGTGCTGAGATTCAGCTTATTAATGAGATTGCTCACAATGTTTCTAACATGCGCGTTGAGGTTGAGAAATTCCAGCGCTATGTTAATTATGTCAAATGGGCTTGGTGGCAGTGGCTTATTATTTTTATAGCTTTGACTTTGCTTGCTGGTCTTATGCTTTGGTGCTGTCTTGCTACAGGCTGTTGTGGTATGTGTGGTTGCTTAGCAGCTACTTGTGCCTCATGTTGTGATTGTAGAGGAACTAAACTTCAATCTTACGAGATTGAAAAGGTCCATATTCAGTAA
Protein
MKLFIVFVLLFRVCYCCDYVDFRLFNGIFSTSRGLSNTTTVITGAYPSTNKAKWFCPTNVGRPVGTGVGIGVYAQTAQASYETGGSGAGGYTFSVSPKHVTNLTWSLWVHRPWGANANVTVRLCRWWQKFSFNETAHFQPAGPSSAFECLVNGSFPSSQHKGYMFGVTWYNDFVRIIFPPTVFELQLDGLQWEYVQFTGPVNAGRMTKFNVVTEISSVLVLTDQSGAVTRYSYCADGFVNGLQCKLRLFDIPPGVYSNSEVEYPVALYTVVHNMSVCPQRPESYCGSNYCPFKRVVFSNCVVNYTSWTSGLLRDYQHLVLPNGKFNPFTECNGLNRIVDDCVTGFVLRVGRGTAVNRTVITPYLKLNECFGWSWNDYQDSIYDWWIADFVSTGAFVCEKNPDAPRTGVCITYTIEKVTFQGVLYESNFTFAQYYNVLYFGSQLKYVRILGKVYEVAPCFEASYDVLFRSSSSFGLLYRSFDCNQLRISASRFAERLLPSHNGTATALGCLFNATYAPNDTMVNCTNPLGDGFCADLLSNVVVRRMTFEKHDTTYVAPVTIERFTELPLDHQLVLTEQFLQTTMPKFSISCETYICDVSKACKNLLFRYGGFCQKIEADIRGAGVLLDSDVSGLYSTIAAKTSSIMPTTDRFNVSQFFLPKVQSTSERFESRSVIEDLLFSKIETTGPGFYGDYYNCKKNAIQDLTCAQYHNGILVIPPVMDAETLGMYGGIAAASLTLGIFGGQAGITTWSLAMAGRLNALGVVQNALVDDVNKLANGFNQLTASVSKLALTTSSALQAIQAVVNQNAAQVESLVSGITENFGAISTNFKVISQRLDKLEADVQMDRLINGRMNVLQLFVTNYKLKIAELRNTHRYVQSLINECVYAQSLRNGFCGQGLHVLSLMQNAPSGIMFFHYSLIPNNTIIVKTTPGLCESDELGSKCIVAKDGVLVSANLSYWQWSPRNLYKPENLTFANVIAVSRGANYTTLNRTFDIPELNNTFPIEEEFREYFQNMSSELQALKNLTADMSKLNISAEIQLINEIAHNVSNMRVEVEKFQRYVNYVKWAWWQWLIIFIALTLLAGLMLWCCLATGCCGMCGCLAATCASCCDCRGTKLQSYEIEKVHIQ

Summary

Uniprot
A0A240FW36  
Pubmed
28637760   
EMBL
KY967725    ASF90470.1   
Pfam
PF01601   Corona_S2
Interpro
IPR002552   Corona_S2
ProteinModelPortal
A0A240FW36  
PDB
6ACK     E-value=2e-84     Score= 299     Identity=30.67%     Cov(Q)=62.15%     Cov(P)=58.27%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0019031  C:viral envelope
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0061025  P:membrane fusion
 GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
1128
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
24.89127
Exp number, first 60 AAs:
0.36616
Total prob of N-in:
0.01754
outside
1  -  1066
TMhelix
1067  -  1089
inside
1090  -  1128
 
 
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