Strain
Avian_EU022525
(Region: USA: Indiana; Strain: Turkey coronavirus isolate TCoV-540, complete genome.; Date: 1994)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCTAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACACAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCAGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGCGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTTCACTTGCGCGGAAGTACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGTCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACTCTTGATGAAATTTTTGACCCCACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTTCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCTATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGATGCTTTAGGTTCAAATTTGAGTGCTCTTTGTCAGATTGTTAAAGCTCAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTCTCGAGAACGTGAGTGAATTACCGCAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTTTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAGGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAGGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAGAATATACCAAATGCACCAAGGGGTACTAAAGGGTTTGAAGTCATTGGCAATGCCAAGGGTACACAGGTTGTTGTGCGTGGCATGCGGAGTGACTTAACACTGCTTGACCAAAAAGCTGACATCCCTGTGGCGTCAGAAGGTTGGTCTGCAATTTTGGAAGGGCATCTTTGCTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGGTTTTATGCCGCACCCCTTTCTGGAAATTTTGCATTGCATGATGTTAATTGCTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCTGATATAAATGATGGACTCATTCTTGCAGCAATTTACTCATCTTACAATGTCTCAGAACTTGTGGCAGCTCTTAAAAAGGGTGAGCCGTTCAAATTCTTAGGCCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTGTCTTTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGCAGATGTCTTGAAGCTGTTTCAGTCAGCTCGTGTGCAGGTAGAAGATGTTTGGTCTTTATTTACTGAAAAGTCTTTTGAATTCTGGAAGCTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGACTTTGTGAAGACTCACTTTTGTAAGGCTCAAATGTCAATTGTTGTCCTAGCAGCAGTTTTTGGGGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAAGTCATCTATAAACTAGGTGGTCTTTTTACTAAAGTTGTTGACTTTTGTGAGAAACACTGGCAAGGGTTCTGCGTTCAGTTGAAGAAAGCTAAGCTCGTTGTCACTGAAACTCTTTGTGTTCTAAAGGGAGTTGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTCTGTACAAGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATCCATGGAGATTTACTCTTCTGGAAAGGAGGTGTACATAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTCTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATTTGGGTGGTGTCCAAGAAAAATCCATAGATTTTGAGGTTTGTGACGATGTAACACTTTCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATTGAAGATGATGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAGAAAGATGAGAACATCTATTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACTGTCACCTTTGGAGAAATTACTGTGAAAGAAATACCACCACCTGATATCGTTCCTATTAAGGTCAGCATTGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACGATCTTCAAGAAAGCTTACAAAGAGCCTATTGAAGTTGATACGGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGGGAAAATGTGTGATGACCTCAAATTGTTTCCGGAGGCACCTGAGCCCCCACCATTTGAGAATGTCGCCCTTGTTGATAAGAACGGTAAAGATTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGACTATGAGAGTGATGATGACATTGAGGAGGAAGATGCTGAGGAGTGCGATACTGACTCAGCTGATGCCGAAGAATGTGACACAGCCTCAGACTGTGAAGAGGAGGATGAGGATACTAAAGTGTGGGCTCTTATACAAGACCCGGCCAGTACTAAGTACCCTTTACCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTATAATGGGTTAATTGTACATAAGGACGCTTTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAGCTTTTTTCATTAATAATTGTTTTGAAGGAGCTGTTAAACCACTCCCGCAGAAAGTTATAGATGTTTTAGGAGACTGGGGTGAGGCCGTTGATGCACAAGAACAATTGTATCAGCAGGAGTCTACCCAAGTCATACTTGAGAAATCAGTTGAGGATTCTACTGGTAGTTGTGAGGCAATGCGAGCCGTTGTTGAGGAACATGTGGTTTCTGTATCTGAGGATAAGTCTGATGTAGTTGTTTATACATCTGCAGATCTAGAAGTTGCTAAAGAAACATCAGAAGAGTTGGATGAGTTCGTTCTCGTTTCTGATGTTCCTATTGTGTCTCAACAGAAAGAGGAGCCACAAGTTGAGCAAGAGCCTATTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAATTCAAAGTTAAACCAGCTACATGTGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTAGGTGACTTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAGTATAAAGAGTTTTGCATTGTAAACGCCGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGTGGCGTTGCAAAGGCAATTGCAGATTTTTGTGGACCCGATTTTGTGGAATATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAACAAAGACTTGTTACACCTTCGTTTGTCAAGGGCATTCAATGTGTGAACAATGTAGTAGGGCCTCGCCATGGGGACAGCAACTTGCGTGAGAAGCTTGTGGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTCTTCAATTATGTGGTGCCAGTTCTCTCGTCAGGGATTTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGATGCAATGCGTGAAGCCTTTGATGGTTGCGACATACGCGTTCTTTTGTTTTCTCTGAGTCAAGACCACATCGACTACTTTGATGCAACTTGTAAGCAGAAGACACTTTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCCGTTGTTGTAAGACCTGGCGACTCATTGAGTCAATTTGGACTGGTTTTTGCTAAAATCAAGGCAGTCTTTACAGCTGATGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTTCTTGATTATTATCATTTAGATGCGCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTCTTGCGCAGAAATGGAATGTCCAATATAGAGACAATTTTATTATATTAGAGTGGCGTGACGGAAATTGCTGGGTTAGTTCAATAGGAGTACTCCTTCAAGCTGCTAAGATTATGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGACGCATGGGCTAAGTTCTTGGGTGGTGATCCCACGGAATTTGTGGCCTGGTGTTATGCGAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTAGTTTTTCAGATGCCAATTGGCTTTTGGCTAATTTGTCAGAGTATTTTGATGCAGATTACAAAAATGCACTTCTTAAGAAGCGTGTGTCATGTAACTGCGGTGTAAAGAGTTATGAACTTACAGGTCTTGAAGCTTGTATACAACCAGTAAAGGCACCTAACCTATTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCTAATCTGTGGTGCAAATAGTATAGATGAAGTAATAGAAGCTTCACTACCATACTTATTGCTCTTTGCTACTGATGGCCCTGCTGCAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATAGGGTCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCATAGGTAAGGCTTACGATAATCTTGCTAAGGGCAGAAAATTTGGAAAGAAGTTGCCTTACATTACAGCAATGTATATGCGCTTTTCTCTTAAGAGTGAAAATCCTCTACCTGTTATTAAACAGATTAATGGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTTGCTACTAGTTCTAAGGCCAGTTTTGATGATCTTACTGGCTTTGAACATTGGTATGATAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGGCAATTTTGATGGGTATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCACTGATACTTAAGGTTAGAGGTGTTAAATCAGTTGTTGACTTTAGGTCAAAGGATGGTTTCACTTACAAGTTAACACCTGACACTGATGAAAATTCGAAAGCGCCAATTTATTATCCAGTCTTGGACGCTATTAGTCTTAAAGCAATATGGGTTGAAGGTGACGCTAATTTTGTTGTTGGGCACCCGAATTACTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTCTTTGGGAAAGTGCTGAGAGTTTTGTTAAAATAGGTGACAAAATTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGTAGAACATCTTAATAAACCTAATTTGGAGAGAATTTTCAATATTGCTAAGAAAGCGATTGTTGGATCTAGTGTTGT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAVRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSSLARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVASKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMDALGSNLSALCQIVKAQIARIFQKALAILENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVIGNAKGTQVVVRGMRSDLTLLDQKADIPVASEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVNCCERVVCLSDGVTPDINDGLILAAIYSSYNVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQVEDVWSLFTEKSFEFWKLAYGKVRNLEDFVKTHFCKAQMSIVVLAAVFGEGIWHLVSQVIYKLGGLFTKVVDFCEKHWQGFCVQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYKSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGGVQEKSIDFEVCDDVTLSENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGEITVKEIPPPDIVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVDTDLTVEQLLSVIYGKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDSADAEECDTASDCEEEDEDTKVWALIQDPASTKYPLPLDDDYSVYNGLIVHKDAFDVVNLPSGEEAFFINNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLYQQESTQVILEKSVEDSTGSCEAMRAVVEEHVVSVSEDKSDVVVYTSADLEVAKETSEELDEFVLVSDVPIVSQQKEEPQVEQEPIQVVKPQREKKAKKFKVKPATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEYKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKNVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFDGCDIRVLLFSLSQDHIDYFDATCKQKTLYLTEDGVKYRSVVVRPGDSLSQFGLVFAKIKAVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLDYYHLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFIILEWRDGNCWVSSIGVLLQAAKIMFRGFLADAWAKFLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGSFSDANWLLANLSEYFDADYKNALLKKRVSCNCGVKSYELTGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYSNCLICGANSIDEVIEASLPYLLLFATDGPAAVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAYDNLAKGRKFGKKLPYITAMYMRFSLKSENPLPVIKQINGKTKVVKEDVSNLATSSKASFDDLTGFEHWYDSNIYESLKVQETPGNFDGYVSFTTKEDSKLPLILKVRGVKSVVDFRSKDGFTYKLTPDTDENSKAPIYYPVLDAISLKAIWVEGDANFVVGHPNYYSKSLRIPTLWESAESFVKIGDKIDGVTMGLWRVEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCGKVISKAATFIADKVGGGVVLNITDGIKRLCGLTRGHFERKMSSQFLKTLMFFFFYFVKASAKSLVSSYKRVLCKVVFATLLIVWFMYTSNPVIFIGIRVLNFLFEDSLCGSYNDYGKDSFDVLRYCADDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKAASSGIVFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSTTVLQTGVGFLDWFVQTVFTNFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDVTCEVCKRVARSNRQEVSVAVGGRKQLVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAYAYHVVDEACVVDDFANLKYKAAIPGKDSAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEDAKNASIYYAQYLCKPILILDQVLYEQLVVEPVSKSVIDKVCSILSNIISVDTAALNYKAGTLRDAMLSVTKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGVRFFITKSGAKQVISCHTQKLLVEKKAGGIIGGTFKWFKSCCKWLLIFYVFFTLCCLGYYHMEMNKIHPMYDTNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDTCFSNKFASFDAFWGKSYENSRDCPIVTAIIDGAGTVAAGVPGFVDWVMDGVMFIHMVQTDRRPWYVPTWFNREIVGYTQDSIVTEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTLQLYCFNGDNDVPGALPFSSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIMHTPYIVKLLSDSYCRGSVCEYTKPGSCMSLNTQWVLFNDEYTVQPGVFCASTIRELVFNMVSTFFAGVNPNIYMHLATMFLILVAVVLIFAMVIKFQGVFKAYATVVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSVVAAILLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYVYTPLFFWCYGTTKNSRKLYDGNDFVGNYDLAAKSTFIIRGSEFVKLTNEVGDKFEAYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAVFKKLVFPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFTGDQWTDVLNLANNHEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMDDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVEEYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAMTGVDVCKLLRTIMVKSAQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQAGGVRLQFSIVRKATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAIPLKYYVHAAVILLTAVLFIAFTVKHVMAYMDTFLLPTLTTVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVAFDTMVPGMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQYMKLGFVVYTSSNTLTAYMEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLIVFKCAKWMLCYCNATYVNNYVLMAVIVNSIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKINPPNTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLNEYCDDILKRSTVLQSVIQEFSHIPSYAEYERAKSLYEKVLAESKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMSTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQANSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGVHVTYSTVVWNIDTVVDADGTELHPTSVGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPRGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCNFGIKVGDKVDVVYLYFIKNTMSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCPYCRAHIAHPVGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGHGCQCHALRQPKPSVQLVAGASDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 663 Identity=93.85%
Cov(Q)=9.07% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3945
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
403.44479
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00552
outside
1 - 1720
TMhelix
1721 - 1740
inside
1741 - 1746
TMhelix
1747 - 1769
outside
1770 - 1839
TMhelix
1840 - 1862
inside
1863 - 1881
TMhelix
1882 - 1904
outside
1905 - 2276
TMhelix
2277 - 2294
inside
2295 - 2551
TMhelix
2552 - 2574
outside
2575 - 2578
TMhelix
2579 - 2601
inside
2602 - 2607
TMhelix
2608 - 2625
outside
2626 - 2644
TMhelix
2645 - 2667
inside
2668 - 3089
TMhelix
3090 - 3112
outside
3113 - 3116
TMhelix
3117 - 3134
inside
3135 - 3146
TMhelix
3147 - 3169
outside
3170 - 3183
TMhelix
3184 - 3206
inside
3207 - 3217
TMhelix
3218 - 3240
outside
3241 - 3249
TMhelix
3250 - 3272
inside
3273 - 3291
TMhelix
3292 - 3314
outside
3315 - 3945
