Strain
Avian_EU022526
(Region: USA: Indiana; Strain: Turkey coronavirus isolate TCoV-ATCC, complete genome.; Date: 2008)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCACGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTTTGTGACGCTTTATTCTTCTATACGTCACACAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCATTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAGTCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGCGTCCCAGCAAAAGTCTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCATTTGCGCGGAAGTACCGGCAATTGTTGAAAACAGCATGTCAGTGGTCCCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACTCTTGATGAAATTTTTCACCCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTACAATTTGAGTGCTCTTTTTCAAATTGTAAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTGCCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCTTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTAGTTGTGGAAAGGACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGCCTTGCAAGTATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAACGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTTACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGCACTAAAGGTTTTGAAGTTGTTGGCAATGCCAAAGGTACACAAGTTGTTTTGCGTGGTATGCGGAACGACTTAACGCTGCTTGACCAAAGAGCTGACGTTCCTGTGGGGTCTGAAGGGTGGTCTGCAATTCTAGAGGGGCATCTTTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTCTATGCGGCGCCTCTTTCAGGAAATTTTGCATTGCATGATGTTTATTGTTGCGAGCGTGTTGTTTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTTGCAGCAATTTACTCATCTTCTAGTGTCTTAGAACTTGTGGCAGCCCTTAAAAAGGGTGAGCCACTCAAATTCTTAGGCCACAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTGTCTTTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGCAGATGTTCTGAAGCTGTTTCAGTCAGCTCGTGTGCAGGTAGAAGATGTTTGGTCTTCATTTACTGAAAAGTCTTTTGAATTCTGGAAGCTCGCATATGGAAAAGTGCGCAACCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTTATTTTTTTAAAGCTCAAATGTCAATTGTAGTTCTAGCAGTAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCGCAGGTCATCTATAAAATAGGTGGTCTTTTCACTAAAGTTGTTGATTTCTGTGAGAAACACTGGAAAGGGTTTTGTGCACAGTTGAAAAAGGCTAAGCTCATTGTGACTGAAACTCTTTGTGTTCTAAAGGGAGTTGCACAGCACTGTTTCCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTCTGTATAAGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTGTTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGGTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGGTGTCCAAGAAAAGCCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGGCGTAACACTTCCAGAAAACCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCAGCTTCAAAAAGGATGAGAACACCTATTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACTACATTGATAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTCAGCATCGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAACACAATCTTCAAGAAGGCTTATAAAGAGCCTATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTTTCTGTGATCCATGAGAAAATGTGTGATGATCTTAAACTGTTTCCTGAGGCACCAGAGCCTCCACCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAGGAACGGGAAAGATTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAAAGCGATGGTGACATTGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGACACAGCTTCAGGTGAAGATGAGGAGTGCGACACTAGTTCAGAATATGAAGAAGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCAGCAAGTAATAAATATCCCCTGCCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTATAATGGATGTATTGTTCACAAAGACGCTCTTGATGTTGTAAATTTACCATCTGGTGAAGAGACTTTAGTTGTCAATAACTGGTTTGAGGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGCGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTTTCAACAGGAATCTACTCAAGTCATACTTGAGAAATTAGTTGCGGATTCTACTGGTAGTTGTGAGGCAATGGTTGAACGAGCCGTTGTTGAAGAACAGGATGTAGTTTCTGTATTTGAGGACAAGTCTGATGTAGTTGTTTATACACCTGCAGATCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAGGTGGATGAGTTTGTTCTCATTCTTGATTTTCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGAGCCACAGGTTGTGCAAGAGTCTACTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGCGAAGAAGGCTAAAAAGTTAAAAGTTAAATCAGCTACATGTGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAGTATAAAGGGTTCTGCATTGTAAATGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGTGGTGTTGCAAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAACAAAGACTTGTTACACCTTCGTTTGTCAAGGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGGGACAGCAACTTGCGTGAGAAGCTCGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTCTTCAATTATGCTGTGCCAGTTCTCTCGTCAGGGATCTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTGATGGTTGTGACATACGCGTCCTCTTGTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATCGATTATTTTGATGCAACTTGCAAGCAGAAGACAGTCTATCTTACAGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCTGCTGTTTTGAAACCTGGTGATCTTTTAAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCAAAGAATAAGACAGTTTTTACAGCCGATGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTACGTGCCCACGACTGATAAAAACATTCTTGAATATTATCATTTAGAAGCGCAAAAGTATGTGATATATTTGCAGACGCTTGCGCAGAAATGGAAAGTCCACTATAGGGACAATCTTATTATATTAGAGTGGCGTGATGGAAACTGCTGGGTTAGTTCAGTAGTAGTACTCCTTCAAGCTGCTAAAATTAGGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAATTCCTAGGTGGTGATCCTACGGAATTTGTTGCATGGTGTTATGCAAGTTGTAATGCCAAAGTAGGTGATTTTTCAGATGCTAATTGGCTTTTGGCGAATTTGGCAGAACATTTTGATGCAGATTACACAAATGCACTTCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAATTGTGGTGTTAAGAGCTATGAGTTTAGGGGTATTGAAGCATGTATTCAGCCGGTAAGGGCACCTAACCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCAATTTGTGGTGCAAATAGTATGGATGAAGTAATAGAAGCTTCCTTACCTTACTTATTGCTCCTTGCAAGTAACGGTCCTGCTACAGTAGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGTTCCACTAACAGTGGTCATTGTTATGCACAAGCCATAGGTAAGGCTTATGATAATCTTGCTAAAGATAGAAAGTTTGGAAAGAAGTCGCCCTACACTACAGCACTGTATACGCGCTTCGTTCTCAAAAATGAAACCTCTTTACCTGTTGTCAAACAGAGCAAGAGTAACACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACATTGCTACTAGTTCTAAGGTCAGTTTTGATGATCTTACTGATTTCGAATACTGGTATGATAGTAACATCTATGAAACTCTTAAAGTTCAGGAAATACCTAATAATTTGGATGGATATGTGTCATTTACAACAAATGAAGATTCTAAGTTACCACTGGTACTTAATGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAGGTCGAAGGATGGTTTCACTTACAAGTTAACACCTGATACTGGTGAAAATTCAAAAGTGCCAATTTACTATCCAGTCTTGGATTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTGGAGGGTACTGCTAACTTTGTTGTTGGTCATCCAAATTATTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTGTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACATCTTAACAAACCTAATCTTGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTAT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFRQKFDRSLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRQLLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFHPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGYNLSALFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVLRGMRNDLTLLDQRADVPVGSEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVYCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSSSVLELVAALKKGEPLKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQVEDVWSSFTEKSFEFWKLAYGKVRNLEEVVKTYFFKAQMSIVVLAVVLGEGIWHLVSQVIYKIGGLFTKVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLIVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYKSFKKCALGRIHGDLFFWKGGVHKIVQDGDEVWVDAIDSIDVEDLGGVQEKPIDFEVCEGVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFSFKKDENTYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTTLIEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIHEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDRNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDGDIEEEDAEECDTASGEDEECDTSSEYEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETLVVNNWFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLFQQESTQVILEKLVADSTGSCEAMVERAVVEEQDVVSVFEDKSDVVVYTPADLEVVKETAEEVDEFVLILDFPKEEVVSQEKEEPQVVQESTQVVKPQRAKKAKKLKVKSATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEYKGFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKNVLVDGVFNYAVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFDGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDATCKQKTVYLTEDGVKYRSAVLKPGDLLSQFGQVFAKNKTVFTADDVEDKEILYVPTTDKNILEYYHLEAQKYVIYLQTLAQKWKVHYRDNLIILEWRDGNCWVSSVVVLLQAAKIRFRGFLAEAWAKFLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEHFDADYTNALLKRRVSCNCGVKSYEFRGIEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPICGANSMDEVIEASLPYLLLLASNGPATVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYAQAIGKAYDNLAKDRKFGKKSPYTTALYTRFVLKNETSLPVVKQSKSNTKVVKEDVSNIATSSKVSFDDLTDFEYWYDSNIYETLKVQEIPNNLDGYVSFTTNEDSKLPLVLNVRGIKSVVDFRSKDGFTYKLTPDTGENSKVPIYYPVLDSISLKAIWVEGTANFVVGHPNYYSKSLRIPTLWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGFSVVTTQCSKLISKAATFIADKIGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERRLSPQFIKTLIFFLFYFIKASAKGLVASYKSVLCKVVLATLLVVWFIYTSNPVMFTGTRVLDLLFEGSLCDPYNDYGKDSFDVLRYCAGDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQIYKAASSGIVFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTNFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDVTCEVCKRVARSNRQEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDAYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAYAYHVVDDACVVDDFVNLKYKAATPGKDSAPPAVKCFSVSDVLKKAVFLKDALKCEQISNDAFIVCNTQSLHALEDAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYDKLVVEPVSKSVVDKVCNILSNIISVDTAALNYKAGTLRDVLLSITKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLTKLSDGCLKYLISATVKSGCRFFITKSGAKQVISCHIQKLLVEKKAGGVVNNTFKWFKSCFKRFFIFYILFTACCLGYYYMETNRSFVHPMYDVNSTLHVEGFKVIDKGVLREIMPEDTRFSNKYVNFDSFWGKPYDNSRNCPIVTAVIDGDGTVAVGVPGFVSWVMDGAIFLHMTQTERKPWYIPTWFDREIVGYTQDSIINEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGENDAPGALPFGSIMPHRVYLQPNGVRLIVPQQILHTPYIAKFVLDSYCRGSVCEYTRPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTFRELMFNMVSTFFTGVNPNIYIQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSILAVILLLIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPMWLACCYLGFVIYMYTPLVVWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEAYLSAYARLKYYSGTGSEQDYMQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPPYSIGVSRLQAGFMKLVYPSSAVEKCVVCVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGQSSGDQWSDVLTLANNHESEVVTQNGVTLTVVSTRSRGALLILQTAVANADTPTYKSVKANSGDSFTIACTYGGTAVGLYPATMRSNGTVRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIVSVKESSFSLPKWLESTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLRAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWVSDPIYGQYNFEDELTPESVFNQTGGVKLQSSIVRRATSWFWSRCVLACFLFVLSATVLFTAVPLKYYVHAAVILLIAVLVISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTIVPWLLLPLVLYTAFKCVQGCYMDSFNTSKSQFLLMLYQFTKLGFVSYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLLVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKINPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKTGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDMAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLMKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPVTWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSVGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGYETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDSLRQSKPSVQSAAGAPDFDKNYLNRVRGSSEARLIPLANGCDPDVVKRAFDVCNKESAGMFQNLKRNCARFQEVRDTEDGTLEYCDSYFVVKQTTPSNYEHEKACYEDLKSEVTADHDFFVFNKNIYNISRQRLTKYTMMDFCYALRHFDPKDCEVLKEILVTYGCIEDYHPKWFEENKDWYDPIENPKYYAMLAKMGPIVRRALLNAIEFGNLVVEKGYVGVVTLDNQDLNGKFYDFGDFQKTAPGAGVPVFDTYYSYMMPIIAMTDALAPERYFEYDVHKGYKSYDLLKYDYTEEKQELFRKYFKYWGPREYHPNCRDCSDDRCLIHCANFNILFSTLIPQTSFGNLCRKVLIDGVPLIATCGYHSKELGVIMNQDNTMSFSKMGLSQLMQFVGDPALLVGTSNNLVDLRTSCFSVCALASGITHQTVKPGHFNKDFYDFAEKAGMFKEGSSIPLKHFFYPQTGNAAINDYDYYRYNRPTMFDIRQLLFCLEVTSKYFECYEGGCIPASQVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARLYYEMSLEEQDQLFESTKKNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQFHQKILKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLRNLIQGVEDPILMGWDYPKCDRAMPNLLRITASLVLARKHTNCCTWSERIYRLYNECAQVLSETVLATGGIYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNIIQATSANVARLLSVITRDIVYDDIKSLQYELYQQVYRRVNFDPAFVEKFYSYLCKNFSLMILSDDGVVCYNNTLAKQGLVADISGFREILYYQNNVYMADSKCWVEPDLEKGPHEFCSQHTMLVEVDGEPKYLPYPDPSRILGACVFVDDVDKTEPVAVMERYIALAIDAYPLVHHDNEEYKKVFFVLLSYIRKLYQELSQNMLMDYSFVMDIDKGSKFWEQEFYENMYRAPTTLQSCGVCVVCNSQTILRCGNCIRKPFLCCKCCYDHVMHTDHKNVLSINPYICSQPGCGEADVTKLYLGGMSYFCGNHKPKLSIPLVSNGTVFGIYRANCAGSDNVDDFNQLATTNWSTVEPYILANRCNDSLRRFAAETVKATEELHKQQFASAEVREVLSDRELILSWEPGKTGPPLNRNYVFTGYHFTRTSKVQLGDFTFEKGEGKDVVYYRGTSTAKLVWFGDIFVLTSHNVVSLVAPTLCPQQTFSRFVNLRPNVMVPECFVNNIPLYHLVGKQKRTTVQGPPGSGKSHFAIGLAAYFSNARVVFTACSHAAVDALCEKAFKFLKVDDCTRIVPQRTTIDCFSKFKANDTGKKYIFSTINALPEVSCDILLVDEVSMLTNYELSFINGKINYQYVVYIGDPAQLPAPRTLLNGSLSPKDYNVVTNLMVCVKPDIFLAKCYRCPKEIVDTVSTLVYDGKFIANYPESRQCFRVIVNNGNSDVGHESGSAYNTTQLEFVKDFVCRNKEWREATFISPYNAMNQRAYRMLGLNVQTVDSSQGSEYEYVVFCVTADSQHALNINRFNVALTRAKRGILVVMRQRDELYSALKFTELDSETSLQGTGLFKICNKEFCGVHPAYAVTTKGLAGTYKVNDERGALVNVEVGSEITYKHLISLLGFKMSVNVEGCHNMFITRDEAIRNVRGWIGFDVEATHACGTNIGTNLPFQVGFSTGADFVVTPEGLVDTSIGNNFEPVNSKAPPGEQFNHLRSLFKSAKPWHVIRPRIVQMLADNLCNVSDCVVFVTWCHGLELTTLRYFVKIGKEQFCSCGSRATTFNSHTQAYACWKHCLGFDFVYNPLLVDIQQWGYSGNLQFNRDLHCNVHGHAHVASADAIMTRCLAINNAFCQDVNWDLTYPHIANEDEVNSSCRYLHRMYRNACVDALKVNVVYDIGNPKGIKCVRRGDLSFRLYDRNPIVPNVKQFEYDYNQHKDKFADGLCMFWNCNVDCYPDNSLVCRYDTRNLSVFNLPGCNGGSLYVNKHAFHTPKFDRISFRNLKAMPFFFYDSSPCETIQVDGVAQDLVSLATKDCITKCNIGGAVCKKHAQMYAEFVTSYNAAVTAGFTFWVTNNFNPYNLWKSFSALQSIDNMAYNMYKGGHYDSIAGEMPTVITGDKVFVIDQGVKKAVFVNQTTLPTSVAFELYAKRNIRTLPNNRILKGLGVDVTNGFVIWDYENQTPLYRNTVKVCAYTDIEPNGLIVLYDDRYGDYQSFLAADNAVLVSTQCYKRYSYVEIPSNLLVQNGIPLKDGANLYVYKRVNGAFVTLPNTLNTQGRSYETFEPRSDVERDFLDMSEEDFVEKYGKDLGLQHILYGEVDKPQLGGLHTVLGMYRLLRAHKLNAKSVTNSDSDVMQNYFVSSDMGSYQQVCTVVDLLLDDFLELLSSILKEYGTNKSKVVTVSIDYHSINFMTWFEDGSIKTCYPQLQSAWTCGYNMPELYKVQNRVMEPCNIPNYGVGITLPSGIMMNVAKYTQLCQYLSKTTMCVPHNMRVMHFGAGSDKGVAPGSTVLKQWCPEGTLLVDNDIVDYVSDAHVSVLSDCNKYKTEHKFDPVISDMYTDNDSKRKHEGVIANNGNDDVFVYLSSLLRSNLALVGSFAVKLTETSWHESLYDIAQDCAWWTMFCTAVNASSSEAFLIGVNYLGASEKVKVSGKTLHANYIFWRNCNYLQTSAYSIFDVAKFELKLKATPVVSLKTEQKTDLVFGLVKSGKLLVRDVGAVVLPDDNLVTCM
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009003
Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR040795 Nsp1a_N
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1153 Identity=60.81%
Cov(Q)=14.07% Cov(P)=97.80%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6637
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
388.969949999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.01096
outside
1 - 1741
TMhelix
1742 - 1764
inside
1765 - 1845
TMhelix
1846 - 1868
outside
1869 - 1887
TMhelix
1888 - 1910
inside
1911 - 2283
TMhelix
2284 - 2301
outside
2302 - 2372
TMhelix
2373 - 2395
inside
2396 - 2559
TMhelix
2560 - 2582
outside
2583 - 2586
TMhelix
2587 - 2609
inside
2610 - 2615
TMhelix
2616 - 2638
outside
2639 - 2652
TMhelix
2653 - 2675
inside
2676 - 3097
TMhelix
3098 - 3120
outside
3121 - 3124
TMhelix
3125 - 3147
inside
3148 - 3153
TMhelix
3154 - 3176
outside
3177 - 3195
TMhelix
3196 - 3218
inside
3219 - 3229
TMhelix
3230 - 3252
outside
3253 - 3261
TMhelix
3262 - 3284
inside
3285 - 3303
TMhelix
3304 - 3326
outside
3327 - 6637
