Strain
Whale_EU111742
(Region: USA; Strain: Coronavirus SW1, complete genome.; Date: 2008)
Gene
ORF 1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF 1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTAAGTACCAAAAGTCAGTAGTTTCTACTAGAAATGCAAAGGTGGAGGTGGTTTACACCAGACCAGGCTTGCCGTTCCTGGATTACCTGCGCATCATGTATGGACCAACTAAGAAGTTGGATCAGATAAAGGACACCTCCATTGGAGAAGTTCATTGTGGGGATAAGGTCCTTAAATTTATCAAGAACCCCGTAGTGGGTATTGTTTGTAATGAAGGTGATGTACCCTTTTCAGAACTTGAAGAAAAGTATGGAGGGAATGAGCTTACTAAGCTCTATCAGCACCTTGCTGCTACTCAGTCTATTTGGAGCAAAAGCTCTGCCGATTTGGTGGCAAAGGCTGAGTCTGTGGCGCATGTTGAAGGAATTGATAGATTGGTTGGATGTTACAACCTTCGTATCAATATGTGTGCAACTCTTGCAGTGCTTAAGAACTTCCTTTTTAAGATTGAAGGTCTTGTTAAGAATGTAGCTGAGAGCTATATTGAACCTATGCAGGGTGAGTTTGATGCTTTGCTTGGTAATTACCTAGCGAGTGTTAAAATTACACCTACTGTTGTTAAGGAGTTGGCAAAATTGGCCAAGTCCATTCCTATGCTGAAAGTTGAGAACCATGTGCTGCGTTTGTTCGGAGCGGGTGGTGATTTTGTTGATTGTATCAACAAGTTCCTTTCAGATGTGTATTATAAACATCCTGGGCATGTGGAATATCATGGTGTGAAGGTTTCCGCCACGATTTTCTATCGCAACAACCGTGCAAAGATAAGCCGTGCGTATATCATGCCACCAAAAGTTGTTTGCAAGCCCGATGTGTATTTTGAAGCTACACCTGCTACTCAGTTTCAAACTGTGATTGTTGAAGGAAGTGGAGAGGAAGTGCATGAGCTCCGCCAAGTTATTGGTGAAGTACCAGAAGGACAGAAAGGCATTATTGTGCTTTCTGATGGTGCTGCCTATTTTAAGTACCTAGGTTCAGATGGAAAGGAATACCTTTCACTCTGGGTAGGTGTGGGATGCCTTAAATACCCTATTTATGTGTCAGAGCAACCTGCAGCAGTTAAATTTGCTGAGGCTGTGTCAGTGTTGGAATATGAACAAGAAGAAGAGCCGGACATTGCGATTAGATGCAAGTTCAGATGTTTTAATGGCAACCACATTGAAAAAGACCTTGATAAGGCAATTGATGAAATTGTATTTGAAACAGAGTGTACCATTGAGGAAGTTCATGCAGTGTTTTATACCAGAATGTGTGAATATTTTGAAGAGCAAGGTAGCTCTGAAGAAATTCCACTTTTTGAAGAAACTGCCCTTGTGGATCCTGATTACCGTCTTTTGGATGGTCTCAGAAAGGTTGTTAGATTAGTCATGTTGGGTGAAGTCGCCGATGCGGAGGACGAAGACAACTATGATTGGAATGATGAAGATGCAGAGTCCCAGCCACCTGATGTTGAATCTGAAGAGCAGGTTCAAGATGAGGATGACTCTGTTGAAGTAGATGAAGGTGATTATGAAGAAGACACCTTTAACCTAGCTATGGGTGTACCTATGATCCATAGCGATGATGAGCTTGACCTTGTATGTGATGTTGATGATGATGAGCTGGTTGACGAGGGCGAAGAGCCTGATGTGCGGAGTTCATCAGAAGAGACTGACCTTGAGGTTAATGTTCAGTGTAATGATGATGCAGGTTGGTCTGAGGATCCTCTGGTGGTTGATGAGGATTCAGCAGACACCTCTGCTCAAGAAGAAGATGAAAACGAAAGTGCTAGTGCGCCTGAAACCTCTCAAGAGGATATGGAAACTACACCTGAGACATCTCATAATAAAAACGAAGTTGCTAGTGCAATGGAAACCACATATATTACCAATGACATGGCGGTGTGTAATCCAGAAGCCTTTGTTGATGGAGATATAGTGGAAATTGAAAATCAATTTTCTAGTGTTATTGAGGAGGGCGAGAAAAACGCTACCTCAGCTAGTGCAGATATTGTAAAATCTGCGGTAGGTCTCGTTGACCCGCGGAGCGATTCCTTGACTGACCAGCAGTCGGGTGTTGGTGACCTTGTGTGTAAACAGGTTGTTAGTAGTGTGGCTACGGTGCAGAGCGAAGTGGTAGGCGAAGGCAGTCCCGTACATACGCCTGATGCTGACGCGCTCATTGCAAGCTCCACTGCTAACCAAGGAGTAGTGACCAAAGGATTCGAGAGTGCTTCAAATGATGAAGAGTCTGTTAGTGGGGCTGAGAGTGTTTTACCCCTTACTGATTGTGATACTAGTTCATCTAGTAATTCTGCCAAACCTCTGCAACAGCGGCAAAAGAGGCTGAAAAAGAGAAAGGCTAAAAAATCTGGTGCTGATGCTGATACTGATCCCTCGAACTATTCTGGTATAAAGGGGGTTAGGGATGATTGTAGAGATGAATCAGCTCAGGCTTCGTGTAAGAGTGTATCCTCTGAGGAAGTGACAGATGTTGTTAAAGAAGATGAAGATTGGGGAAAAGCTGTTGATGCTCAGGAATGTAAAAACCTGGCAGGGCAGACTAAACCCTTCATCTTTTATGGAGATTTACAGGAGTTGCTGAAGCAACTTGGCGGGTTTGGTTCCATAATCATTAATGCCGCTAATGAAAGATTGCAGCATGGAGGTGGTTTTGCTAAAGTTGTAGCGAGTTTGGCAGGCCAACTGTTTATTAAGAAGTGTGAAGGTATAATTCGCACAAAGGGACCTGTGCCAATGGATACACGTATGGTTCAAACTGGTCCTTATAATTGTAGTATGTATGGAGTAAAGGCTATTAGAAATGCTGTTGCACCCAGAGGGAATGAACAGGATATTGAATCCAAGCTTAATACAACTTATTACCATGCTATTCAGGATATTGTGAATAAGCCTGAGGTTATTATAACACCCTTGTTAGGGGCGGGGATATTTAATGTAGATCCTGAGTTGAGTCTTAAAGCACTCCTTAGGTATGCCACAAATAATGTGGTTATTATTACCAATGAGAAAAAGCAGTTTGAAATGCTTAAAGCTCATGGTTTAATTGAAGCCACTTTTTCAGGCGTGAAAGCTTCTGCTCCAGGTACTTCGGTGAAGAGCGAAAAGGAGTTGGATTGGTCTGATAAAAGAACTGAAGAGGAAGAAGCTAATGTCCCAGGTACTTCGGTGAAAGACATAAGCACACCTAGAAGTGAGGCTCAAGTTGTTACTCCTGAGGAGAAAATTAATGAAGAACCTAAGCCTGAAAAAGCTGAGGAGGTTAAGAATTATTGGAAAAGCGAGTGTACTCGTGAATTGAATCTTGGTGCCGTCAGAGGATTAAATGGCATCTATAAATGTAAAAAGAGTGTTTTTCATGGTAGTTGTAATAATCCAGAACATAAGGGTTATTGTTGTGTATGTAATGGACATGTGTCGGAGGTAGTGTATTACTCTACCTTTGATGGTGTTAATTACAAAACCCATAAATTTAGTAATTTGGGTAAATTAGTGAAAGACGTCATAGGTGATAAAGTCTATGTTGATGGAGTTTGTGTAGATAACAAACCATTGTTTGAGATCCAACCAGGATCAACATTTTTGCGCTTGTATCCAATTTCTGATGCTGATAAACAGCATATTAAAAATTATTATGAGCTAAGTTCAAAACAATATGGTGTGTTTGCTGCAGTTTATGCAAGAGAGCACCCCATTATTGAAAGTGGTGGTTTGAGATACTTAAAACAGAAAAATAATAACTGTTTTGTGTCTACTGCCTTAGTTATGTTACAGCACTTGAAGCTTGAATTCAAGGGGATAGTTAAAGAATTATGGAGCAACTTTTTGGCTGGAGATGCTCGTGGAATTGTAGCTTATACCTATGCATTACTCTATCCTACTGTAAAGTATGGAGATATGGGTGATGCAGAAGAGGTAGTACTTAAGTACCTTAATAAGGCAAAATTATGTGCACAATTGACATTAAATATTAAGTGCAAATGTGGTGAAAGAAATCACACTTTTAGTGGTGTAGATGCTGTTTACTGCATTGCTGATGTTTCTACTAGACATAAAGCGTTAACGAGCCGCATAGTGTGTGCTTGTGATAATGTTAAATCTAGTATTGTGTATGCAGATCTTCCTTTTGTTTTTGTTCATCGTAATGTTACGACTAAGATAAAGTTAGAGGAAGACTTTGTTTGTGCAAATATTTTTAAGCATGGTTCACATTATTGTGGTACTAATGCAATGTATAGTTATGATTCTATGAGTTCTAAAGCAGGAAAGCCGATTTTAGAATCCAGTTTTTCTGCCATTGTATTTGAAGGATTTTTTAAGGCCAATACCGAAGTCTCAGAGGCGATAGATGAGGCCATTGAGAACGGTGTGGATATTCACGGAAGTGAGGAAAACCAGGATGCTGATGCTGGAAAGCAACATGCGGGAAGTACCTTCACTCCCCCTCGAAAAGGCGACACCCGAGGTGCCATTGGGCGTACTGTGGTGGACGTCCCCAGTAAAGGTGATGTAGGGAGTGCGGTGAAAACTGTAGAGAGTGTGAGTAATGTTATCAGTGTTCGTCAGGACCCACATTCCCATGTGAATAATTTTGAAGTCCTTAGTGTGCAAAGTTTGCCCGCTGAGAGTGCTGATCCTGTTGTAAAGAAAGCTAGTGTAGTTACTATGACGGGTGATTTTAAACCCTTTAAAGTAGGAAACACTACTGTTAAACCTGGTAAAGGGCCTCAATTAGAGGAGTATTTAACGTTAGATGTGATTAAGCAAGCTTGGATAACTGGCGATTACAATGTTGTAATTCGCCGGACATCCACCCTAACAAAGATGTTGGGAGTTGTAGCAATGGATACAGGCAAAATAGTGTTTGATAGTATGCTTAAGGCAGCAAATGCTATTATTGATTATGTAAAGAGACATAACCTTCAGAAGAAGGCAATACAAGAAGCAAAGGAAGTTGCTACTATGTTGTCTCCTTATATGGATGTTAAGGTAGTAAAAGG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Protein
MSKYQKSVVSTRNAKVEVVYTRPGLPFLDYLRIMYGPTKKLDQIKDTSIGEVHCGDKVLKFIKNPVVGIVCNEGDVPFSELEEKYGGNELTKLYQHLAATQSIWSKSSADLVAKAESVAHVEGIDRLVGCYNLRINMCATLAVLKNFLFKIEGLVKNVAESYIEPMQGEFDALLGNYLASVKITPTVVKELAKLAKSIPMLKVENHVLRLFGAGGDFVDCINKFLSDVYYKHPGHVEYHGVKVSATIFYRNNRAKISRAYIMPPKVVCKPDVYFEATPATQFQTVIVEGSGEEVHELRQVIGEVPEGQKGIIVLSDGAAYFKYLGSDGKEYLSLWVGVGCLKYPIYVSEQPAAVKFAEAVSVLEYEQEEEPDIAIRCKFRCFNGNHIEKDLDKAIDEIVFETECTIEEVHAVFYTRMCEYFEEQGSSEEIPLFEETALVDPDYRLLDGLRKVVRLVMLGEVADAEDEDNYDWNDEDAESQPPDVESEEQVQDEDDSVEVDEGDYEEDTFNLAMGVPMIHSDDELDLVCDVDDDELVDEGEEPDVRSSSEETDLEVNVQCNDDAGWSEDPLVVDEDSADTSAQEEDENESASAPETSQEDMETTPETSHNKNEVASAMETTYITNDMAVCNPEAFVDGDIVEIENQFSSVIEEGEKNATSASADIVKSAVGLVDPRSDSLTDQQSGVGDLVCKQVVSSVATVQSEVVGEGSPVHTPDADALIASSTANQGVVTKGFESASNDEESVSGAESVLPLTDCDTSSSSNSAKPLQQRQKRLKKRKAKKSGADADTDPSNYSGIKGVRDDCRDESAQASCKSVSSEEVTDVVKEDEDWGKAVDAQECKNLAGQTKPFIFYGDLQELLKQLGGFGSIIINAANERLQHGGGFAKVVASLAGQLFIKKCEGIIRTKGPVPMDTRMVQTGPYNCSMYGVKAIRNAVAPRGNEQDIESKLNTTYYHAIQDIVNKPEVIITPLLGAGIFNVDPELSLKALLRYATNNVVIITNEKKQFEMLKAHGLIEATFSGVKASAPGTSVKSEKELDWSDKRTEEEEANVPGTSVKDISTPRSEAQVVTPEEKINEEPKPEKAEEVKNYWKSECTRELNLGAVRGLNGIYKCKKSVFHGSCNNPEHKGYCCVCNGHVSEVVYYSTFDGVNYKTHKFSNLGKLVKDVIGDKVYVDGVCVDNKPLFEIQPGSTFLRLYPISDADKQHIKNYYELSSKQYGVFAAVYAREHPIIESGGLRYLKQKNNNCFVSTALVMLQHLKLEFKGIVKELWSNFLAGDARGIVAYTYALLYPTVKYGDMGDAEEVVLKYLNKAKLCAQLTLNIKCKCGERNHTFSGVDAVYCIADVSTRHKALTSRIVCACDNVKSSIVYADLPFVFVHRNVTTKIKLEEDFVCANIFKHGSHYCGTNAMYSYDSMSSKAGKPILESSFSAIVFEGFFKANTEVSEAIDEAIENGVDIHGSEENQDADAGKQHAGSTFTPPRKGDTRGAIGRTVVDVPSKGDVGSAVKTVESVSNVISVRQDPHSHVNNFEVLSVQSLPAESADPVVKKASVVTMTGDFKPFKVGNTTVKPGKGPQLEEYLTLDVIKQAWITGDYNVVIRRTSTLTKMLGVVAMDTGKIVFDSMLKAANAIIDYVKRHNLQKKAIQEAKEVATMLSPYMDVKVVKGMLFNVWSYLLTVLPLLQKPTELYGECLKRSSKVVGGVKASTWAVMILACMCWWRQRQIAAGAVRLANWFTLGYLCYDYNTYSDYHFNVFDYCNGTLCELCLSGVDSLHLYKHAKTTYQKVVTTDFVGYAPLYFILQAVFFKSAAMLSGLLFMIKFTINFGVFNTGIYIVDYVVSTIANTIDPIMISTIVCGMIKLYRIANHYFYGCKNPACDKCHAATVSERTELSCVVGSKRFPYYVYANSVAKMCGKHMWCCKNCDVFGEGNTFISTAIVGDLTDKIRRKVKATSEALAIATLIEEGDNYELHYKLNGAEGSRVYDKNQFWNCAIPVSDASKCGKFEPDNFITYNASSQSELSLAKQCAVYYAQVLSRPTIIVPLSQEEYTSGKVTRTQVTRLLDLCDDYYGISDAEVKMSVIKSNTGATLSAAVQQYVAKIVPSQVMNLDVDFLLFCDRYGLTPSQAAYNNAVPNSTCNLDAYEGEQFLRVKEQVKSAFVQFGVKYVDFKMALNDSKIAILQYDFLKSLPGNYLPSLLMRIRQAGVTLRVTTSQIMQQDTLGGVRVTMVEDRVSKTQKMPKKKGGNPPSWTRRFFNFMQESFKMSLIGVLLGALMISLIAPTFTPSVVELAASGYKVIDNGVIRPIVETDNCFANKYAGFNDWYYGFVGKYPYNSVDCPVVVALTTIMDANMKGAIVPGYAGNMAWLNGQIVHYRHEFSWFTGSSAEGIVGYTRDIVVYGEDFIKSLALISARCVKLMMVSERLYCYGGSNDAIDALPFTAIQPHVVYNDAIGVGKLVVPEQLLYKPYIVYTQAREYCRAGVCEQAKEGYCINFNGEWALFNQHYTSKDGVYCGETPMSVVMSIINAYIYQGTTTSFFNRFCVLSVMMLIALVALVYVVKFQAFFKTYAGLACAILLSWGFNAIMLLSYSVNPIVVMPLIVVYMYVALTVTTPTAIIMHVAFLVTIVPMLPYSLMAIYGAYVLLMYTSVACWFVKTKVSSGKLFEKGEFVADFDTAARSTFLINNSVYVKLVNEVGDKFQKYLSGYARLKYYSGSGGDQECLDACRATLANALENFKNTQVEVLYTPPRFGVNLVTRLQAGIKKMVAPSSAVEQCVVSVVHGNTQLNGLWLNDYVLCPRHILGKYTGEQWRDALINANNFDFHILYKGMELQVVGRELVGALLKLKVSMVNANTPKYKFAKARIGDNFSIACAYNGHVSGLYTVTLRENGTLKGSFMSGSCGSVGYNVTNEGVEFVYMHHLELPGCVHGGSDLHGIFYGGYVDEEVLQRIPPAPANSRNIVAWLYAAVYNNCDWFVKYGPKQVMSVEDFNEWASGYGFTKFEYHLAFDVFSAATGVSVEQMLAAIKELADGWNYAPVLGSFHLDDEYSPEMIMQQTSGIVLQSNVKKATKGFLSRLGYWLVMVILTVYASCNVVPLDMLPQLIMSVGVGFAIMFVTLKHQHFFMTTAIIPYVVTSILGMALEKPVFYNGWYFSFFHDFLKYVGIEATHQYAWMLLPFALYVAYNVAKGVGSTLINFNAGGISLWNSLVYGMRWGSTLRFLYTALMSDNVFETFGSSGEFYINMHMACVGLFSSDPASGYIIMWIVKQVNYVGYLAYFTELSYYTFVFYSCVLCYMFSCYFGLFWFTNKVLGTTFGKYPYKVSAGQFKYMMLNGMRGPRSTADVLITNMRLAGIGGERTITVSTVQSKLTDVKCATVVLMQLLTKLNVEANSRLHKHLVQTHNDILAESDPAICIEKLTGMLMTLLSIDSTLDVKALCDELLAKESVLQAVTDEFCALPSYVDYEKARAAYEEIQKNSTNPQEIKAYKKAMNIAKSVLDRDIAVQKKLDAMAERAMSTMYKEAKSSEKKTRLVSSLHALLFSMIKRLDSDQVADVFEKARNGVVPLASVPITCSNKLTIVIPDMSLWEKVVVHDYVVYGNIVWDINEVVDMDGNQILPCRVSGEASWPLEVRLVRNGKLVGDLALLQNNELLPTGIKKSPCVAGANQERCAVPANAYYTSLKGQHFVAAITSEDPTLKYASFTGASGNLVVVELEPPCKFGVKTPDGAVKVMHLYFVKNVKNIVRGMVLGALTNVVALQHGVSTESVENCGILSLCSFALDAKECYLEYIKEGGAPLSNCVKMLTLHTGSGAAVTVKPAPTPEQDSFGGASVCLYCRAHISHPGVYGVCQFKGKFVQIPVEEKDPVGFCLRNKICTVCQMWIGFGCQCDSLRKDPLPIDPKPAAMPIRPKELLGVRAAGENSQDSAGFHHPGLDFTRVGANSESLELQSVPQNYLNGYGVSVKLD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
2Q6F
E-value=6e-99 Score= 321 Identity=49.84%
Cov(Q)=7.85% Cov(P)=100.65%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3964
Number of predicted TMHs:
12
Exp number of AAs in TMHs:
331.190089999998
Exp number, first 60 AAs:
0.01735
Total prob of N-in:
0.00225
outside
1 - 2265
TMhelix
2266 - 2288
inside
2289 - 2535
TMhelix
2536 - 2558
outside
2559 - 2567
TMhelix
2568 - 2590
inside
2591 - 2594
TMhelix
2595 - 2617
outside
2618 - 2631
TMhelix
2632 - 2654
inside
2655 - 3071
TMhelix
3072 - 3094
outside
3095 - 3097
TMhelix
3098 - 3117
inside
3118 - 3121
TMhelix
3122 - 3141
outside
3142 - 3160
TMhelix
3161 - 3183
inside
3184 - 3187
TMhelix
3188 - 3210
outside
3211 - 3254
TMhelix
3255 - 3277
inside
3278 - 3283
TMhelix
3284 - 3306
outside
3307 - 3964
