Strain
Feline_EU186072
(Region: USA; Strain: Feline coronavirus isolate Black, complete genome.; Date: )
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACCACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTGCTGCAGGACATTAAGTACTGCTACCGCAACGGTTTTGAGGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACTGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAAGGCTTCATTGTTAGAGCCAATTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATCGCCCGTACTGGAAATGGCGCCATATATGTGGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCTGTCATTGATGGCGAATTTAGGGATTACTTCGGTGATGAGGATGTTATCATTTATGAAGGGGAAGAGTATCATTGTGCTTGGCTAACTGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAACTCTTCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAACCTGGACATCCCACATAAATTGCCAAATTGTGCTATTAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTTGTTCTTTCTGAGGAGTATAGAAAACTCTATGACATCTTCGGCTCACCATTTATGGGCAATGGAGATAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCACTTCATTGCTGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGCGCCGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCTTGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAGCCAGGTGACGCCGTTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTCTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGCCTTCATTAGACCTGAGAGTACTTCACTTGTCTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTCATCACAGGGGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTGTTTGGTAGTGCTAGCCTACTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGTCGATGCTTGGAAAGTTATTGAGGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATCTATGATGTAGTGGCATCACTCTGCACTTCCACCTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTGGTTTCATCTAATAGCGTTAAGAGTCTCGTTGACAAGTGTGTCAAAATTCTTGTGAAAGCCTTTGACGTTTTCACACAGGCAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAATGCTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTCGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTTTTTGCCACTAATTTAATTGGTGCCACTGTTAATGTGACACCACAGAGGACCGAGGCTGCTAACATTAGCCTGAATAAGGTAGAGGATGTTGTCACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATCGTTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGGAGAATACTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCAGTCCTTGTTAGTAATGTTTTTAAAGCCGCGCGAGTGCCGTCTTATAACATTGTTTATGATGTGAATGATGACACCAAGAGTAAGATGGTGGTCAAAATTGGAACATCATTTGAATTTGATGGTGACCTCGCCGCTGCTGTTACTAAGGTTAATGACTTACTTGTTGAGTTTAGACAAGGAAAGCTTTATTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATACTTTAAGAAATACAAAATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTCGGTTTATGGGACATTATAAAACGAGATTCTGACAGGAAGGGTTTTCTTGACACCTTCAATCATCTTAATGATTTGGAGGATGTCAAGGATACAAAAATTCAGGCCATTAAAAACATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTTGAATTGGACTTTGGTGCAATATGGTATAGATGTATGCCAGCCTGCTCTGATGTGTCTATTTTGGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGTCATAGCTTTGCTAACCGCCTAACAGTTAACTACAGCAAACTGTGTGATACAGCTCGTAAAGACATTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGCTTCATCGACATGAAAGATGCCATTTACTCTGTAGTTGAATATGGTGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCAACGTCACAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCCGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATTGTTATTGCTGGATACACCTTTTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAAATGTATAACAAGTTGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTCAGACAATGTTAATGTTAGAGAGATAGAATCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTTGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACCAAATATAAGTTTATAGGTACCACTTGGGAAGAGTTTGAAGATTCTATCTCCGAGACACTTGACAAAATTTTTGACACGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTATTTTATTTATGACACATGCGGTGGATTTGACATTAATAACCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTACGATCTTAACACAGCTGCTGATGACAAGAGCGACTCTGATGCAAGCGTGGAAGACACCTCTTTGATTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAGGATAGTGCTTCAACTGCTGATGCCGAATACGTTTCACCCGTGGTTGCCGATGGTGAAGACTTTGTTGAACAAGTTTCTCTTGTAGAGGAAAGTGGTGTTTTAACTCCTGTTGCAAACCCTGATGGGCAACTCTCCTCAGTAGAGGAAAAAATTGAAGTTTCTGCTAAGAATGATCCATGGGCTGCTGCCGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCAAAACCTTCCTTGGCACCCTTTAGGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATCCTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGCTGTTACCAGCTGCAAGCTTTTGATTTCTTTAAACACGATTTGTGGGATGATTTTAAGAAAGGTGACGTTATGCCTTTCGTGAATTTCTGTTATGCAGCTATAACTTTGAAGCAAGGTGATTCGGGGGATGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAGAGTCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAGGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATTAACATGTGTGAGTTTGCTAGCGTGGAAGGTTCAGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACGCCTATGTCACAATTCATTGTGACACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTTCAACACAGAGTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCACGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTTGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAACTGAATCTAAAACTATGGTTGAACTACCTGTGCCCGTAAAGGATAAGTGCGTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATCTTATACTACCCTTCTATAAAGCGGGAAAAGTCTCATTTTACCAAGGAGATTTAGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAACCTGATGTCGTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAAGCACATGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAAGAATATCTTAAATCCAACAAATCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGTAATGTCTACAAAGCAATTGCCAGGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATCAGTGTTGGTATCTTTAAAGTCAAACTGGAAGTTTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAATTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTGAATCAAAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGAACTGTTATTATTAAAGACAAAGATGTCACCAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGTCGGTGAAAAAGTTGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTACTATGGCTTTCCAAATGCAGCGGCTTTTAGCGCCAGTTCCCATGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCTACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATTCGTTTCTCACGCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCACATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGCTGACTTTACATAAGCTTGGTGCGTTGATGTCAAGTGATAGTGTAGTCACTGTCAC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Protein
MSSKQFKILVNEDHQVNVPSLPFRDVLQDIKYCYRNGFEGYVFVPEYCRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIDGEFRDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLLGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNAFIRPESTSLVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSASLLFKKTPWFVQKCGAIFVDAWKVIEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSTFTIMDYKPVFVVSSNSVKSLVDKCVKILVKAFDVFTQAITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVEDVVTPGEGHIVIVGDMAFYKSGEYYFMMASPDSVLVSNVFKAARVPSYNIVYDVNDDTKSKMVVKIGTSFEFDGDLAAAVTKVNDLLVEFRQGKLYFRALKDGENILVEAYFKKYKMPVCLKNHVGLWDIIKRDSDRKGFLDTFNHLNDLEDVKDTKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPACSDVSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHSFANRLTVNYSKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGNVTTDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKLGGGDKSVSFSDNVNVREIESVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFIGTTWEEFEDSISETLDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAADDKSDSDASVEDTSLISDNEDVEQIEEDSASTADAEYVSPVVADGEDFVEQVSLVEESGVLTPVANPDGQLSSVEEKIEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLAPFRTTNLNGKIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFKHDLWDDFKKGDVMPFVNFCYAAITLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTARVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLRNEFKYGVCGDCKQINMCEFASVEGSGVFVHDRIEKQTPMSQFIVTPTMHAVYTGSTQSGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPCKHKFYTSTLFLNANVMTTESKTMVELPVPVKDKCVEECQSPKDLILPFYKAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVVVNAANGDLKHMGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKSIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIARCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERITIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVIIKDKDVTNQLPSVSDVGEKVVKALDVDWNAYYGFPNAAAFSASSHDAYKFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDSFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGALMSSDSVVTVTHTTACDKCAKVETFTGSVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDIIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKSLLQVTTSIASNFVANTPKEEIVPTNLAKEPNTARVFIEVEESPKNIVRKEKLLAIESGVDYTITTLGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFRNLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYIKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFIFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFLPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSEGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEDCYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGVLITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKNGSGFFDVLKQLKQLFWCLVFVITICGLCSVYSFATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQSFDDSINCVHNTYKGFTVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKNSYFDTCVFNSACTTLTGIGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELLPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSTLGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYVMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGVVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNTSMTLESYNSWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPIEVIRQMYGVNLQGGKVKSLFYPVMTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSIILAITTLVSVLLVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATAHNFVWDMTCYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVAVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFATTVFVMFNIVKLLGMIGEPWTDDYILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFVSYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCISIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSFKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPDVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIESYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEQARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAAGMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMAFECGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKSLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGTTIDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 622 Identity=99.01%
Cov(Q)=7.49% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4031
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
427.358069999999
Exp number, first 60 AAs:
0.0003
Total prob of N-in:
0.00029
outside
1 - 1848
TMhelix
1849 - 1867
inside
1868 - 1906
TMhelix
1907 - 1929
outside
1930 - 1984
TMhelix
1985 - 2002
inside
2003 - 2008
TMhelix
2009 - 2028
outside
2029 - 2042
TMhelix
2043 - 2065
inside
2066 - 2414
TMhelix
2415 - 2437
outside
2438 - 2509
TMhelix
2510 - 2532
inside
2533 - 2672
TMhelix
2673 - 2695
outside
2696 - 2704
TMhelix
2705 - 2727
inside
2728 - 2733
TMhelix
2734 - 2756
outside
2757 - 2759
TMhelix
2760 - 2782
inside
2783 - 3199
TMhelix
3200 - 3222
outside
3223 - 3226
TMhelix
3227 - 3249
inside
3250 - 3255
TMhelix
3256 - 3278
outside
3279 - 3297
TMhelix
3298 - 3320
inside
3321 - 3326
TMhelix
3327 - 3349
outside
3350 - 3375
TMhelix
3376 - 3394
inside
3395 - 3406
TMhelix
3407 - 3429
outside
3430 - 4031
