Strain
Bat_EU420137
(Region: Hong Kong; Strain: Bat coronavirus 1B strain AFCD307, complete genome.; Date: 2005)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCAGTCCAACCTTGTGACGTTGGCTTTTGCCAATGATTCGGAGATTTCTGCAGAAGGCTTTTGCGATGTTGAAACTGCCGTCTACGCTTTTAGCGTTTCCGCAGTCAACGGTTTCGCAGATTGCCGTTTTGTGGCCCAGGGCTTAGAAAATTGCCTTGTGGGTGTTGAAGCTGACGATTATGTCCTCTGTGTAGTGGGCGATGTTCAGCTCAAGGCATATATTGCCAAATTTTCTCATCGGCCATTCAACCTTCGTGGTTGGATCGTTCGATCTAATTCAAATTACTTCCTTGAAACCATGGATCTGGTTTTTGGCTGCGGTGCTGGCACTTCCATTCCTGTAGACAACTACATGTGTGGTGCTAATGGCAAGCCTGTGATTACAGAAGATATGTGGTATTTCTGTGACTACTTCGGTGATGATGGTGATAAAATCACTATCAATGGTCAAGAATACCACAAAGCATGGAATGTTACTCGTAGTGACGTTCCATACCAGTTCCAGAATGCTGGTACCATTCTTAGCATTGAATACGTGAGTACTGAAGCTCATGTTCTGCCTGATGGTGCTATTGCTAAAACTGCTAAGCCACCTAAGTTCTCTAAGAATGTTGTACTGTCTGAAAAATGCAAGGCTCTTTATGATGCCTGTGGCAGTCCATTCGTTACCAATGGTACCAATGTCCTTGAGGTAGTTACCAACCCTATCTTTGCGCATGGATTTGTGCAGTGTAAGTGTGGGTCTAAACATTGGACTACTGGTGACTGGTCTGGCTTTAAGTCAGTTTGTTGTGGCACACCAGGGCGTGTTCTTTGCACTGTCTTTGGTGGTGTTACACCTGGTTCAATTCTTCTGACATCAACTCGGGTTGATGCAACTCCTGGTGCTACGCGCTACTATCATGGCCTAACACTCAAACACATCTGTAATGTGGATGATGTGGCATGTTGGCGTGTGGTTAAAGTTCAAGCTGTTGCAGGTTTTGTGGTTAAGGGTTCACTCGAAGAGTGTGTCTCTACCTTTGACACCTGTACACACGACAACTTTACTACAGTTGCTAAGGCTTTTAAGTTGGGCATGCTGACTGGCAGCTTCTCTGACGATGTCGTTGCTAGTGTTATCAGCGGTTCACTTGATGTAGGTCTTTCAGTTCTGGATGTCACCACAGCTGTAACCAAACCATGGTTTGTACTGAAGTGCGGATCACTTCTTGAAACAGCTTGGGATGCACTTATCGTGGCCGTTAAACAACTTCCTGTTATGGCTAGTGAAGTGTTGAAATTCTTTAACAACCTCAGCCAAGTACTGATTGTTGTTAGAGATGGTGTCATTGACATCATTCATAATGTCCCAGAAGCTTTTAAGAGTGCTTTCGAGGTCTTCAAGGATCTCGTTTCTGGTGTATTCGACCTTGTTGTGGATCACTTCAAGGTCGCTAATAAGAAGTTCAAGCGTGCTGGCAATTACGTCCTCTTTGAAAATGCATTGGCTTGTATTGTCAGTGCGAAAGTCAAGGGCGTTAAGCAGGCAGGCCTTAAAAAGCTTCTGTATGCTAAAGCTATTGTTGGTGCTACGGTTAAAGTAACTGTTAGCCGTATTGAAACTGCCACTGTCAAACTTACTGAGTGTAAGCCCTCCAAATTTGTGAAGAAGGGCAATGTTGCTGTTATTAACGACATTGCATTTTTCCATAGTGATGGTGTTTACAGACTTATGAGTGACAGTGATGAGGTCTACGAGGACATTGCATTTACTGCAGAAGGTACCTCCCCAGTCAAAACAACAGTATTTAATTGTGCCAAACCAGATGGATTTCCTGACATCACTAGTACTGATGTTGAAGTCTTGGTCCGCGAGGTCAAAACTGCACTTGACAGCTTTTCAAGGGTCTATGACAAATACAGTTGTGCTGTTAAGAGTGGAGACTGTGTTGTTACACACAAGTATGTGTTCAATGTTCCTAGTTTTGTCGAAGACAAAACTATGTTTGTGGACCTCTGTAAGGATTATGTCGTGGATAGTGGCTTTGAAGCATTCTATGTGAATGCTCTTGCAGCTACTAATGCTGACGACTTTAATCCAGTCTACTCAGCCTTTGAAATCTTCAAAACTAAGGTTGAGTGCCCTGAAGAACTAAAGAATATTGATGGCGGTTCCATTTTTGAAACTTTCATCAATACTGTAAATGATGCTGTGAACTTTGTCAAGTCTCTAAAAATTGTAGTCACAGCTACTGAAGTCATGATCAATACTGTTAAGCGTTTCAAACGCTTTGCCAGCGTCCTTGCTAAACTATATAGTGAGTTTCTAACTTCTGTCAAGCGAGTTATCTCTATTGGCAGTGTTACTTGCTTTCACTATGGTTTTGTTAAGCCTATGTTAGTGATCAAAGATGTCTTCTATTGTATTGAAGATGCGATTGTAGACACTTTCAATGTCGCTACTGAAGCAGGCTTGAACACTGTGAAGACTTTCATTGGTGGTGACAGTTCCATTACTGTCTCACGTGTTGAAATTGCTAGCGTTGAGCTTGAAGCTGCTCAGTACGTTAAGCCAGAAGACAATGGTTACGTGAGTGTCATTGATGGTCACACATTTTATACTTGTGGTGACTATTACCACCCTTGTGACCAACAAAATTGTTTCTCACAGTGTTTTAAAAAGGTCGGTGGATCTGCTGTTACATTCTCTGAAAAAGTCGCTGTCAAACAAATTGACCCTGTTTACAAAGTAAAACTCATTTTTGAGTTCGAAGATGACACTATCAGTAGTGTCTGCAAGCAGGCAATTGGAAAGTACATCACTTTCGAAGGAAATGATTGGTCAAACTTTGAGGAAACTATCCATAACGCTATGAGTGTCGTTGGTGAATTTGTCGACTTACCTGACTACTACATCTATGATGAAGAGGGAGGTAATGATCTCAACAACTCTGTTATGATTTCTCAATGGCCAATGTTTGATCCATCTGCTCTCCAGCTTTTAGTTGCTGATTTGGGTGTCAACTGTGACTTCAATGGTAAATCTTCCATTGAAGAGTGCTTGACTTCTATCCCTGATACTGCTCTTTGCGTATCATTGGAGAAATCTTGTGATTGTGGCACCTTTAACGCTATCATGGAAGGCTTTGCACTTGATTTCAAACCTTGTGCTGATATCGATACTTGTGACAATTGTGGTGGTCTTTGTACTACTACTGTCCTAAGTATGACTGGTACTGGCTTTGTACGTTCTTGTGATGAACCACTCATGCCCTTTAATGTTACATTTGAAGGCTATGGTGTTTACAAGGATGTTTGTTTTGTCAATGATACAGTGCTGCCTCCTCCAATTGACGATGACTTGACACCTATTGAGGATGTTACAGAGGAAGATATCATTGTAGCTGAAGAAGTTGTTGATGTTGCTACCATCACAGCTGTAGAAGTTACTGATGCTGAACCTACTGTAATTACATCTGAAGAAGAAGTGAATGATGCTAATGAACCACAAGCAGAAGAAGAAGTAAAACCTGAAGAGGTTATTGACGTCTCTTCTGATCTTGATGATGTTAACAAGGCACTTTCATTCATGATGCCTCAAGAGACAAAGTTTGTGGACCCATTCAAATTCGATTATTTTGACCACGAAGGAATTCGTGTGCTTAGACAGAATAATAACAATTGTTGGGTCGCTACAACTTTAGTACAGTTGCAGCTTTCTGGTTTACTAGATGACGATGACTCAATGGCTTTATTTAAAGCTGGTAGTGTGTCACCACTAGTAAGAAAGTGTTATAATGCAACTGGTGCTATTATGGGCAGTCTAGGTGATTCATCTCAGTGTCTTGAAGTTCTTCTTAAGGATTTACACTCCATGTTTATCACTTGTGATTCCACTTGTGGTTGTGGTAGTGGTACTTATGAACTTAGTGGTTCTGTCTTTAGATTTATGCCTACCAGAGATAGTTTTGATTATGGTGCTTGCACAGTTTGTGGCAAAGTACTTAAACTCAAGATCAAGACACTGGTTGGCACTGGTATCTTCTGCCAGGACCCAAAACCTTTTAATACTGCACGTGCTATTGTTAAGCCAATTTGTGCAAGTATCTACCAGGGATCTACAACTAGTGGACACTATAAAACCAATGTTTATGGCAAGAGATTTTGCGTTGATGGTTCTGGTGTCAGCAGCATTTGCAATGGCAATGTCAATACAATCTTATTGAAAGATTGTAATTATGGCATTCCTGCTGAAGAACCTAAGCAAAAAGAGTTTGAGAAATTTGTCACACCTGACGATGTTGTACAAATTGCTCAACCAAAGCCTAAACCTTTTACTACTTATGACAACATTGAGTTTTACCAGGGTGATATTTCTGACTTAGTTGGTCTTGACTTTGATTTCATAGTCAATGCAGCCAATGAAAATCTGAAACATGCTGGTGGTGTTGCTGCTGCTATTGACAAGCTTACTGGCAATGAATTGCAGAGCTTGTCTAATAAGTATGTAAAAGCTAATGGTCAAGTTAAAGTTGGTTCTGGTGTCATGATACGTTGTAAGAAATACAGCGTTTTCAATGTTGTAGGACCCAGAAAAGGAAAAAATGCACCTACTCTTTTAGAGAAGTGTTATAAAACTATTCTCCATGAGAATGGTGTCCCTCTTACACCTCTTATTAGTGTTGGTATATTTGGTATACCTTTGGCAACATCTTTCGATGCTCTATTGAACACGTCCAGTGGTAGAACAGTTAGATGCTTTTGCTACACTGATAAGGAGTGTAATGAGATTAAAACACTTGTTTCTGATCGTAAGAAGCAAGTTAATGCTGTTACTGTGATTGCTGAAAACAAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGCTGAGAAAAAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGTTGAAAAAGAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGTTGAAAAAGAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGTTGAGAAAAAGCCTACTGCGGATGCTAAAAAGGCTGATAAAAAGCTTGCTAC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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
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IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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IPR036333 NSP10_sf
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IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
5GWZ
E-value=6e-147 Score= 459 Identity=70.20%
Cov(Q)=6.98% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4324
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
383.80738
Exp number, first 60 AAs:
0.00181
Total prob of N-in:
0.00062
outside
1 - 2175
TMhelix
2176 - 2195
inside
2196 - 2234
TMhelix
2235 - 2257
outside
2258 - 2323
TMhelix
2324 - 2346
inside
2347 - 2734
TMhelix
2735 - 2757
outside
2758 - 2988
TMhelix
2989 - 3011
inside
3012 - 3017
TMhelix
3018 - 3040
outside
3041 - 3043
TMhelix
3044 - 3066
inside
3067 - 3072
TMhelix
3073 - 3095
outside
3096 - 3400
TMhelix
3401 - 3423
inside
3424 - 3510
TMhelix
3511 - 3533
outside
3534 - 3542
TMhelix
3543 - 3562
inside
3563 - 3568
TMhelix
3569 - 3591
outside
3592 - 3605
TMhelix
3606 - 3628
inside
3629 - 3640
TMhelix
3641 - 3663
outside
3664 - 3672
TMhelix
3673 - 3690
inside
3691 - 3702
TMhelix
3703 - 3725
outside
3726 - 4324
