Strain
Avian_EU714028
(Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus isolate ZJ971, complete genome.; Date: 1997)
Gene
1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTTTTCTACACGTCACACAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCATTTAGGCAAAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTTTGTGGTCTCTTCCTATTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGCGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTTTTGCACGGAAGTACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACAGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACGCTTGACGAAATTTTTGACTCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGTTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGCCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTACATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACAGAAGATGTGTGGTCTGCGTTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTTTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTATTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTCTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAAAACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACTGATTTAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCTGCAAGTAATAAATACCCTCTTCCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTTTAATGGATGTATTGTACATAAGGACGCTCTTGACGTCGTAAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTTGTCAACAACTGCTTTGAGGGAGCTGTAAAACCACTGCCTCAGAAAGTTGTTGATGTTCTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCGCAAGAGCAAATTGCACAAACTACTTCAGAGGAAACCCCTATCAGTAGTTTGGAGGCAACTATTGAGCAAGTTGTTGTTGAGGAACAGAAAATAATTTCTGTTGTTGAAGAAGAACAGCAGGTGGCGGTCTACACACCTGCAGACCTACAAGTTGTTGAAGAAACACCAGATGAGTTTATTCTTATTGCTGATGTTTCCACAGAAGAAATTGTGCCTCATGAAGAAAAGGAGTCACAGATTGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAATCTACTACATGTGAGAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACATGTGTGGGTGACCTAACGGTAGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGTAACTTGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTCTTCTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGCTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCGGTTTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGCAGACGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTTGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCACAACTTTTGGGTGGAGACCCAACTGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAATGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTACACGCAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTTCAAAGAATTCGCCATACATTACAGCAATGTATACGCGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAGCTCTCTGTCTGTTGTTAAACAGAGTAAGAGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTGCCAACCTTGTTACTAGTTCTAAAGCCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACATTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAAATACCTGTGAATTTGGATGAGTATGTGTCATTTACAACGAAAGAAGATACTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTTGACTTTATTTCAAGAGACGGTTTCTCTTATAAGTTAACACCTGACATTGAAGAAAATTCAAAAGCGCCAGTCTACTACCCAGTCTTAGACTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTAGACGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACAGCTTAACAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGGATCCAGTGTTGTTACTACACAATGTAGTAAATTAATTAGTAAAGCAGCTACATTCATTGCTGATAAAGTAGGTGGGGGTGTAGTTCGTAATATTACAGATAGAATTAAGGGTCTTTGTGGATTTACACGTGGGCATTTTGAAAGAAAATTGTCTCCACAATTCATAAAAACACTTATATTCTTCTTCTTTTACTTTGTAAAGGCTAGTGCTAAGAGTGTTGCCACTAGTTATAAGCGTGTGTTATGTAAGGTGGTTTTTACCACGCTATTTATATTATGGTTTATGTACACAAGTAAACCAGTAACTTTTACTGGAACACGTGTGCTAGACTTCTTATTTGAGGGTTCTTTATGTGGTCCTTATAATGACTATGGTAAAGACTCATTTGACGTACTACGCTATTGTGGAGATGATTTTACTTGTCGTGTATGTTTACATGATAAAGATTCACTTCATTTGTATAAGCATGCTTATAGCGTAGAACAGGTTTATAAAGATGCAGCTTCTGGCATTAGTTTTAATTGGAATTGGCTTTATTTGGTCTTTCTAATATTATTTGTTAAACCAGTAGCAGGTTTTGTTATTATTTGCTATTGTGTTAAGTACTTGGTATTGAGTTCAACTGTGTTGCAAACTGGTGTAGGTTTTATGGACTGGTTTATTCAAACAGTTTTTACTCACTTTAATTTTATGGGTGCAGGTTTCTATTTCTGGCTCTTTTATAAATTGTACATACAGGTTCATCATATACTGTATTGTAAGGATATAACATGTGAAGTGTGTAAGAGAGTTGCACGCAGTAACAGGCATGAGGTTAGTGTTGTTGTTGGTGGACGCAAGCAAATTGTGCATGTGTACACTAACTCTGGTTACAACTTTTGTAAGAGACATAATTGGTATTGTAGGAATTGTGATGTATATGGTCACCAAAACACATTTATGTCTCCTGAAGTTGCTGGCGAGCTTTCTGAAAAGCTTAAACGCCATGTTAAACCTACAGCACATGCTTACCACGTTGTGGATGAGGCTTGCGTAGTTGATGATTTTGTTAACTTAAAATACAAAGCTGCAACTCCTGGTAAGGATGGTGCACCTCCTGCAGTTAAATGTTTCAGTGTTACAGATTTCTTGAAGAAAGCTGTTTTTCTTAAGGATGCGCTGAAATGTGAACAAATATCTAATGATGGTTTTATAGTGTGTAATACGCAGAGTGCGCATGCTTTAGAGGAAGCAAAGAATGCAGCCATCTATTATGCGCAATACCTGTGTAAACCTATACTTATACTCGACCAGGCACTCTACCAGAATTTAATAGTGGAACCTGTATCGAAGAGCGTTGTCAACAAAGTGTGTGACATTTTGTCTAGGATAATTTCTGTAGATACTGCATCTTTGGATTATAAAGCAGGTACAATTCGTGATGCCTTGCTGTCTGTTACTAAAGATGAAGAAGCTGTAGATATGGCTATCTTCTGTCATAATCATGAAGTTGAATATACAGGTGATGGTTTTACTAATGTTATACCGTCATATGGTATAGACACTGATAAATTAACACCTCGTGATAGAGGGTTTTTGATAAATGCAGATGCTTCTGTTGCTAACTTAAGAGTTAAAAATGCTCCGCCGGTAGTATGGAAGTTCTCTGATCTTATTAAGTTGTCTGACAGTTGTCTTAAATATTTAATCTCAGCAACTGTCAAGTCAGGGTCTCGTTTCTTTATAACAAGATCTGGTGCTAAACAAATTTTTTCTTGTAGTACTCAGAAATTGTTGGTAGAGAAAAAGGCTGGTGGTGTCATTAGTGGTACCTTTAATTGGTTTAAGAGTTGTTGTAAATGGCTCTTGATCTTCTATGTGCTTTTTACATTGTGTTGTTTGGGTTGTTATCATATGGAGACGAATAAAAGTTTTGTTCATCCTATGTATGATGTTAACTCTACAATGCATGTTGAAGGCTTTAAGGTTATAGATAAAGGTGTTATTAGAGACATTGTACCAGAGGATGCTTGTTTCTCTAATAAGTTTGCTAACTTTGATGCATTTTGGGGTAAACCATATGTGAATAGTAGGGACTGTCCAATTGTTACAGCAGTCATGGATGGCGCTGGAACAATAGCAGCTGGTGTTCCTGGTTTTGTAGACTGGGTTCTTGATGGTGTTATGTTTGTACACATGACACAAACAGAAAGAAAACCCTGGTACATTCCCACGTGGTTTAACAGAGAAATTGTTGGTTACACTCAGGATTCAATTATTACTGAAGGTAGTTTTTATACATCTATAGCTTTGTTTTCAGCTAGGTGTTTATATTTAACAGCCAGCAATACACCACAATTGTATTGTTTTAATGGTCATAATGATGCTCCTGGAGCCTTACCATTTAGCAGTATCACTCCACACAGGGTCTACTTCCAACCAAATGGTGTTAGGCTTATAATTCCTCAACAAATAATGCACACACCCTACGTAGTAAAGTTTTTATCAGACAGCTATTGTAGAGGTAGTGTATGTGAGTATACTAAACCGGGTTATTGTGTCTCACTAACTTCCCAATGGGTTTTATTTAATGACGAATACACAAGTAAACCAGGAGTATTCTGTGGTTCTACTGTTAGAGAACTTATGTTTAATATGGTTAGTACATTTTTTACTGGTGTCAACCCTAATATTTATATGCAGCTGGCGACTATGTTCTTAATACTAGTTGTTGTTGTGTTAATTTTTGCAATGGTTATAAAGTTTCAAGGTGTTTTTAAAGCTTATGCAACCATTGTGTTTACAATAATGCTAGTTTGGGTTGTTAATGCATTTATTTTGTGTGTACATAGTTATAATAGTGTTGTGGCTGTTATACTACTAGTAATCTATTGTTATGCATCATTGGTTACAAGTCGTAATACTGCTATAATAATGCATTGTTGGCTTGTGTTTACCTTTGGTTTAATTGTACCCATATGGTTGGCGTGTTGCTACCTGGCATTTGTTTTATATATGTACACACCATTGTTTTTCTGGTGTTACGGTACTACTAAAAACACTCGTAAATTGTATGATGGCAACGAGTTTGTTGGTACTTATGATCTTGCTGCGAAGAGCACCTTTGTTATTCGCGGTCCTGAATTTGTTAAGCTTACGAACGAGATAGGTGATAAGTTTGAACACTATCTCTCAGCGTATGCTAGACTTAAATACTACTCAGGCACTGGCAGTGAACAAGATTATCTGCAAGCTTGTCGTGCATGGTTAGCTTATGCTTTGGACCAATATAGAAATAGTGGTGTGGAAATTGTGTATACTCCACCACGTTACTCTATTGGTGTTAGTAGATTACAGGCCGGTTTTAAGAAACTAGTTTCTCCTAGTAGTGTTGTTGAAAAGTGCATTGTTAGTGTCTCTTATAGAGGTAATAATCTTAATGGACTGTGGCTAGGTGATACTATCTACTGTCCGCGACATGTTCTAGGCAAGTTCTCAGGTGACCAATGGAATGATGTACTTAACCTTGCTAATAATCATGAGTTTGAAGTTGTAACTCAAAATAATGTTACTTTGAATGTTGTCAGTAGGAGGCTAAAAGGTGCAGTTTTGATTTTACAAACTGCTGTTGCTAATGCTGAAACTCCAAAGTATAAGTTTGTTAAAGCCAATTGTGGAGATAGTTTTACGATTGCTTGTTCCTATGGTGGTACAGTTGTTGGACTCTACCCTGTTACTATGCGCTCTAATGGTACTATTAGGGCGTCTTTCTTAGCAGGAGCGTGTGGTTCTCCAGGTTTTAATATAGAAAAGGGTGTAGTTAACTTTTATTATATGCACCATCTTGAGTTGCCTAATGCATTACACACAGGAACTGACCTAATGGGAGAGTTCTATGGTGGTTATGTGGACGAAGAGGTTGCACAAAGGGTGCCACCAGATAATTTAGTTACTAACAATATTGTAGCATGGCTTTATGCCGCAATTATTAGTGTTAAGGAGAGTAGTTTCTCACTGCCTAAATGGTTGGATAGTACTACTGTCAGTGTTGAAGACTACAATAAGTGGGCTGGTGATAATGGTTTTACACCATTTTCTACTAGTACTGCTATTACTAAATTAAGTGCTATAACGGGAGTAGATGTTTGTAAACTCCTTCGCACTATTATGGTAAAAAGTAGTCAATGGGGTAGTGATCCCATTTTAGGACAATATAATTTTGAAGATGAATTGACACCAGAGTCCGTTTTTAATCAGATAGGTGGTGTTAGATTACAGTCTTCTTTTGTAAGAAGAGCCACATCCTGGTTTTGGAGTAGATGTGTGTTAGCTTGCTTCTTATTTGTGTTGTGTGCTATTGTCTTGTTTACGGCAGTGCCACTTAAATATTATGTACATGCAGCCGTTATTTTGTTAACAGCTGTGCTCTTCATTTCTTTTACTGTTAAACATGTTATGGCATATATGGATACTTTTCTACTGCCAACATTGCTTACAGTCATTATTGGAGTTTGTGCTGAAGTACCTTTCATCTACAATACTCTAATTAGTAGGATAGTTGTCTTTGTTAGTCAATGGTATGATCCTGTAGTCTTTGATACTATGGTACCATGGATGTTCTTGCCACTAGTGTTGTACACAGCATTTAAGTGTGTGCAGGGTTGCTATAGTGTGAATTCTTTCAATACTTCTTTGCTAGTACTGTACCAGTTCTTGAAGTTAGGCTTTGTTATTTATGCCTCTTCTAGCACGCTGGCAGCATACACAGAAGGTAATTGGGATTTATTTTTTGAATTAGTTCACACTACTGTGTTGGCTAATGTTAGTAGTAATTCCTTAATAGGTTTGTTTGTGTTCAAGTTAGCTAAGTGGATGTTGTATTATTGTAATGCTACATACTTTAATAATTATGTGCTAATGGCTGTCATTATTAATGGCTTTGGTTGGCTCTTCACTTGTTACTTTGGAGTTTATTGGTGGATTAATAAGGTTTTTGGTTTAACCTTAGGTAAATATGAATTCAAAGTTTCAGTAGACCAATATAGGTATATGTGTCTTCATAAGATAAATTCGCCTAAAACTGTGTGGGAAGTTTTTTCGACAAATATACTTATACAAGGAATTGGTGGTGATCGTGTGTTGCCTATTGCTACAGTTCAATCTAAATTGAGTGATGTAAAGTGTACAACTGTTGTTTTAATGCAGCTTTTGACTAAGCTTAATGTTGAAGCAAATTCAAAAATGCATGCTTATCTTGTTGATTTACACAATAAAATCCTTGCATCTGATGATGTTGGAGAGTGCATGGATAATTTGTTGGGTATGCTTGTTACACTATTTTGTATAGATTCTACTATTGATTTGAGTGAGTATTGTGATGATATACTTAAGAGGTCAACTGTTTTACAGTCAGTTACTCAAGAGTTCTCACACATACCCTCTTATGCTGAATATGAAAGAGCTAAGAATCTTTATGAAAAGGTTTTAGCTGATTCTAAAAATGGTGGTGTAACACAGCAAGAGCTTGCTGCATATCGTAAAGCTGCCAATATTGCAAAGTCAGTTTTTGATAGAGACTTGGCTGTTCAAAAGAAGTTAGACAGCATGGCAGAACGTGCTATGACAACAATGTATAAAGAGGCGCGTGTAACTGATAGACGAGCAAAATTAGTTTCATCACTACATGCGTTACTGTTTTCAATGCTCAAGAAAATAGATTCTGAAAAGCTTAATGTATTATTTGATCAGGCTAGTAGTGGTGTTGTACCTCTAGCTACTGTTCCAATTGTTTGTAGTAATAAGCTTACCCTTGTAATACCAGATCCAGAAACTTGGGTCAAGTGTGTGGAAGGTATGCATGTTACTTACTCAACAGTTGTCTGGAATATAGACACTGTTATTGATGCTGATGGCACAGAATTACATCCTACTTCTACAGGTAGTGGATTGACATACTGTGTAAGTGGTGACAATATAGCGTGGCCTTTAAAGGTTAGCTTAACTAGAAATGGGCATAATAGAGTTGACGTTGCTTTGCAGAATAATGAGCTTATGCCTCATGGTGTAAAAACAAAGGCTTGCGTAGCAGGTGTAGATCAAGCACATTGTAGCGTAGAGTCTAAATGTTATTATACAAATATTAGTGGCAATTCAGTTGTAGCTGCTATTACTTCTTCAAATCCAAATCTGAAAGTAGCTTCGTTTTTGAACGAGGCAGGCAATCAGATTTATGTAGACTTAGATCCACCATGTAAATTTGGCATGAAGGTGGGTGACAAGGTTGAGGTTGTTTACTTGTATTTTATAAAGAATACAAGGTCGATTGTTAGGGGTATGGTACTTGGTGCTATATCTAATGTTGTTGTCTTACAGTCTAAAGGGCATGAAACAGAGGAAGTGGATGCTGTTGGCATACTTTCACTTTGCTCATTTGCAGTAGATCCTGCAGACACGTATTGTAAATATGTGGCAGCAGGTAATCAACCTTTAGGTAACTGTGTTAAAATGTTGACAGTTCATAATGGTAGTGGCTTTGCTATAACATCGAAGCCTAGTCCAACTCCTGATCAGGATTCTTATGGAGGAGCTTCTGTGTGTCTCTATTGTAGAGCACACATAGCACATCCAGGAGGTGCAGGAAATTTAGATGGACGTTGTTTATTTAAAGGTTCTTTTGTGCAAATACCTACTACGGAGAAAGACCCCGTTGGATTCTGTCTACGTAATAAGGTTTGCACTGTTTGTCAGTGTTGGATTGGTTATGGATGTCAGTGCGATGCACTTAGACAACCAAAACCTTCTGTTCAATCAGCTGCCGGTGTAGCTGATTTTGATAAGAATTATTTAAACGGGTACGGGGTAGCAGTGAGGCTCGGCTGA
Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDSTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSVLFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWPAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFTLHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLISQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDLECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVFNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQIAQTTSEETPISSLEATIEQVVVEEQKIISVVEEEQQVAVYTPADLQVVEETPDEFILIADVSTEEIVPHEEKESQIEQEPIQVVKSQREKKAKKFKVKSTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLHDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSATVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKIRFKGFLAEAWAQLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFSKNSPYITAMYTRFSLKSESSLSVVKQSKSKTKVVKEDVANLVTSSKASFDDLTDFEHWYDSNIYESLKVQEIPVNLDEYVSFTTKEDTKLPLTLKVRGIKSVVDFISRDGFSYKLTPDIEENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVDGSANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWRAEQLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISKAATFIADKVGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSKPVTFTGTRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAASGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFMDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDDFVNLKYKAATPGKDGAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVNKVCDILSRIISVDTASLDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHMETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNSRDCPIVTAVMDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGHNDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLTSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGTYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSVVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNHEFEVVTQNNVTLNVVSRRLKGAVLILQTAVANAETPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSPGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLDSTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSFVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLISRIVVFVSQWYDPVVFDTMVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYSVNSFNTSLLVLYQFLKLGFVIYASSSTLAAYTEGNWDLFFELVHTTVLANVSSNSLIGLFVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIINGFGWLFTCYFGVYWWINKVFGLTLGKYEFKVSVDQYRYMCLHKINSPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVDLHNKILASDDVGECMDNLLGMLVTLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCVSGDNIAWPLKVSLTRNGHNRVDVALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSVQSAAGVADFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 670 Identity=94.41%
Cov(Q)=9.10% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3933
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
380.25061
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00605
outside
1 - 1697
TMhelix
1698 - 1715
inside
1716 - 1727
TMhelix
1728 - 1745
outside
1746 - 1824
TMhelix
1825 - 1847
inside
1848 - 1866
TMhelix
1867 - 1889
outside
1890 - 2538
TMhelix
2539 - 2561
inside
2562 - 2565
TMhelix
2566 - 2588
outside
2589 - 2591
TMhelix
2592 - 2611
inside
2612 - 2623
TMhelix
2624 - 2646
outside
2647 - 2868
TMhelix
2869 - 2886
inside
2887 - 3076
TMhelix
3077 - 3099
outside
3100 - 3103
TMhelix
3104 - 3123
inside
3124 - 3134
TMhelix
3135 - 3157
outside
3158 - 3176
TMhelix
3177 - 3199
inside
3200 - 3205
TMhelix
3206 - 3228
outside
3229 - 3237
TMhelix
3238 - 3260
inside
3261 - 3279
TMhelix
3280 - 3302
outside
3303 - 3933
