Strain
Avian_FJ376619
(Region: Hong Kong; Strain: Bulbul coronavirus HKU11-934; Date: 7-Jan)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGTTAAGAACGTGTCAAAACGCAGCCCTATTGTGCTGCCACAAATACAACCACCTCCTCTCCAGCTGTTTATAGCAGTTGCTGCAGCTGAAGAAGGTCATCCAAAAGACCTTAAGTATTTGGGTAATTATAATCTGGTCACCTCGAAAGTAATTCCTGGTGTCCAGGTTTTAAACCCCAAAATATCACTTACTGAGTTTGAGCAGCTGTTTGGAGCACAACCTGTGTTACGTGCATTGCGTAACCTTGTTGTTGAAACCCGCAATGCTGCGTGGAATGGCTCCAAGCAGGATTTTGCTGCCAAAGCTCAAAGTCTTACCTTTACTGATCACGTTTTGAGGGCAATGATCAAATATTGCCCTCCGCGTGTTTCTGCACTTGCATCTTTGGCTCTGTTTTACAGAATTGTGAAAATAGATGCCAAAGATCTTTGTGATGTTGCCATTGATTGTGCCATTGAGGTTGCATACAGTGGTAAGACTGAACAACATTTTGCTGACGCTAAAAGTGTTGTTCTTACCCACAAGGATGGTTATCTCACTTTGTCGGCTGACTGTGTTGGGATTCCATTCACGTCCACACTTCTGGCCCAAGCTAAACCTAGCAATGGAGCCATGATCTATTCTGACTATTTGCTTTACCCAGGTGCCACCATACGCATTGTAGATGGAAAGCCAGTAGCACTAGTCACGAAGCCCATTGTTGCTATCATACAATCAACTCCATTTGTTGAAGAAGATGTTAGCCTTCTACCTGACTACAACCAGACACCAGCTATTCAGGTAGCTGGTGTTGATTGTGTTGTTAATGGTGTTTCTTACCTTAAGACACATGACAATCCACCACTCTACTATCCAAGAGTAAAGGGCGGTGTTGTCAATGTACCTCTAAAGCAACAGGGAACTGCAGCTAAAAAGCTGTCTGTTGTTTTCCATGCTAAGCCTGATGATGTTTTGATGGCTTTTATCCAACTTCAGGAGTTTCTTAACAGAACCACTGGCTCTGTTGTTGACATTGCTGATCAAACAACCTATGATGTTGCCCCGAATGTGACTGTCACCATAGGCACTTCTAAACCTGGCGACATAGTAGTTTCAAATGAAGATGAATACCTTAAGTGTTTTGAAACACCTGAAGTTTCAGCACTTTACAAGGTCTTCCAAACTGAATCATGGGCCGTAGTTGAACAGAAGTTTCGTAGACTTCGTGTTCGAGCGGCTGATGCTTTGTATGATTTTATTAGTTTTTTGCAGTCTTTGGCAGATAACTTTAAACCACTTTTTGTAGCTGTTGAAGCTGTTATAGCTCAGCTGCAGAACATTACTCTTGATCTTGCTGTTAGCATTAATAAAATGCGTATCACATATACAGCAGGACATCTTGTAGTTGATGCTTCCAACTTTGTTGTGAAGCTTATCCAACCACTCTGTGACTTTATTACGCCTTTCTTGCGTAAAATTGCAGGGTTTGCCACTTATGCGTATGGAAAGAGTATGTTACTCTTTACATCCGCTGGTACATTTTTGTTGAAGCAAACTACAGGTGTTGTCAATAAGGCATGTTATGTCTTTGATGTGTCTCCTGACTACCCTGTTGACCTTACAACAGACAAAATATACCATGAAGATAGCTTACATCCAACTGATGACAAACCTACTAGGGCTCTAGAGGTTGTTAGTGTTGTTGTTGGTAATGCTATTCTTCAAATGGCTACTGATGGTGTTGCATACTACCCTACTGATGGTAAGTATGCATCTACACCAGCATTTAAAGCAGGGTCGGATGAATTAAACATAGTTTTTACATGTGACCTCTTTGATGATGACACAAATGCCATGATCAACGAAACATTGGTTGGTTATGAGCTTAACAATCTTGTGGCACCCAGAAATTCAACACCCAGAGACATTGCTACTCTGGTTGTGAATACACTTGTTGATGCCATTACTGATCATTACCCTGAAAAATGCCTTGATTTGCCTGAAAATTATCAGGTATTTTCAACGCATGATGATATGCCTCTCACTAATGAACATATACCTGGTCATCTTACCCTTTATGTACAAGCCATGGAGGGTAGTGATGATGGTGATGATATCATTATAGAAGAGGATGAATATTCTTGTGAGGATGATGGTGCCGATGAAGGAGTCATACCACAGTGTTGGGATGTTCCCAATTTAGACACTATTCTTACAAAAATTAAAAAGGATGAACCCTGCGTTGAAGTACAACAAGGTGTTCAAAATGCAGAATCTACTAATGTAGAGGCTTCTTCATTAGTGGAAAATACCCAACAAACTACTGACGATGCTCAGGAGACTGAATTGTCTACTGAGACTAGTGAGCATTTGTTGGTTATTAATGATGACGAGTTTTTGGCTATTCCAGAATTCGACCGTCCACTTAAAGATTACATTCAAGAAAAACAACTTGATGTAATTATAGAAGAGTCAGAATCATCATCTGTTACTAGTAACAGTCCAGAACCGGTTGGTGATGATGTGCCTAGTGCACTTGATGATTCCAACATTCACACAGCATCTGAGACACCTTCGGATGAAGAGTTTCAGGACGCAGAGTGTGGTAATGATGATGTTTCAACTATTATTACTGATAGTACGGAAAATGGTGAAGAGGACCCATTGCCGGAAACTATTGTTAATCAACCATTTATAGTAGACAATAATCTACCAGTATGTGCAATCAAGGAACCTAGTTCTACTAAGGTTGAGTTGGTTGTTGGTGATTTGGCTACTATTAAGTTTGACAACTCTGTTTTGGTTAATCCAGCTAACCCACAGCTTACTAATGGTGGAGGGGCTGCTAAAGCCATTGCAGATCTTGCAGGACCTGAATACCAGGCACATTGTAACAAAATAGCACCTATAACTGGTGTTGTTGTTACAGAGCCTTACAATGCAAGAACTGTTGGTGTTGCATGCATTTTGCATGTAGTACCACCGAAGGGTACAGATGCTGATGTTCAGGAAAAGCTTTATGAAGCTTACCGCAGCATCTTAACAGAACCAGCACACTATGTAATTCCGTTACTTGGTGCTGGAATTTATGGTTGCAATCCGGTACATTCTCTGGATGCCTTTAAAAAGGCATGTCCACCTGATATAGGACGTGTGACCATTGTTACTAAAGACGTCAATCATGTACAATTGTGGGATGCCCTCAATCGTACTGTTGTACGTACCACAAAAGACTTTGACCAAATAACCACCCAGGCATTGACGCCTCAAGGTATCCTTGATGCCAATTTGTTTGATGGTGATACATTTGTTCAAGAACCTGTGCCAGACGTAGTTTATTTAGCTGTTGATGACTCAGTTCAGGAGCAGGCTAAAGAACTAGGTCTAACATTGTCTCAGTATTGCAAGTACCTAAAGGCATGTCACCATAAATGGGTTACCGTGCGTACAAATGGTATATTGCATTTAAAACAAAAGGATAATAACTGTTTTGTTAGTGCAGCTATTAACCTCTTCCAAGCCACTCATTATAAACTCCGACCGGCTATTGATCAGCTGTACCAGGAGTATTTGAATGGCAATCCCTGTCGGTTTGTTGCATGGATTTATGCTTCAATCGATCAAACTATTGGAGATATGGGTTGTCCTCAACAGGTTACTTCCCTGCTGGTCAACAACTCAAATTCTAAATTTTCAGGCACCGTTCATTGTTGTAAGACTTATTTTACACATGATGGTGTTGTATCTAATGTTAGAGAATTTGATCTCTTACAACCCAAAGTGTTTTGTATGCGTTGTGATACCTGGACTACATTTTCGGCTGAAAATGTTGAAGGTGTTATCGTTTTAGGTAACACCCCTGGTAAGGCACCAACTCATGCAATTCAATTTGGTAATTCCCATTGTTGGTATACAAATGGGAAGAAATCTGTTAATGGCTATGACATCGATTCAGATGTAGTGGCCATTTACCATAAATTTCAAACCACACCTGTTCGGAATATTGTGGTTACACAACCAATTTCCACTAGTAATACATTTAGTGTGTTGCCAGTGCAGGATATTCCTAAGGAATCAATTCTTAATGATGACCCTAGTGTTGTAGTGGTTAGCAGTAAGAAAGCACAGAACCATGAAGTCTTAGACAATCCAAATTGTTTGGATTTGCTAGATGTGTGGATTCGTAAACCCAAATATGTCATGGTTAAATCATGGGATGTTGTGGGTAAACCGCTTTTTAAGACTGGTAAAGTTGTCTTACTTAGTGGTAAACATCTTACACGCATTTATGACTACCTGTGTAGCATAGGTGCTATTGACACTACAGCTAAACTTTCTATAAGTTTAGCATATAAATGTGTTAAACGCGTTTTACCGTCGTCTAACACATTAATTCGCACAATCAAAGGTTTGTTCTATTCATTTAGAACTATACTTTTTGCATGTGCTCCATTTTTACTATTGCCAGCAGTTGCTAGTATATTAGCATCTGGTTATCAGCTTGGTGTGTATGTTTATGCAAAGACAGGCATTCCTTGCTATGGTAATAGTACAGATCACTATGACTATCAATCATTTTGTGCAGGAGATTTAACTTGCCTTGCATGTTTTGATGGTCAAGATTCTTTACATTTGTATAAGCATTTACGTGTAGATCAAAGAACCTATGGTTCTAATGATTACACAACACATGCTTTAGCAATTGTATTACTTTTAGCAAACACTACTTTAGTCCTTTTGACTTTAGTAGCTTGCTTTTTGTTTAACTTTTATAAATTTACAATTCCATTTTATGGTGTTGTATCTGTAGACTACCAGACAACCCTTGTAGTTGTCTTTTCAGTCTACTATTTATTGAGGGTTGTTAAGTTTTTAAGACATATAGCTAAGGGGTGTAAAACACCTACTTGTACTATATGTTCCAAACTTAGAATACCACCCACTATTACTGTAGATACTATAGTTCAGGGTAGAAAATACCCTTCTGTAGTACAAACAAATGCTGGGTTTAAAATATG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Protein
MVKNVSKRSPIVLPQIQPPPLQLFIAVAAAEEGHPKDLKYLGNYNLVTSKVIPGVQVLNPKISLTEFEQLFGAQPVLRALRNLVVETRNAAWNGSKQDFAAKAQSLTFTDHVLRAMIKYCPPRVSALASLALFYRIVKIDAKDLCDVAIDCAIEVAYSGKTEQHFADAKSVVLTHKDGYLTLSADCVGIPFTSTLLAQAKPSNGAMIYSDYLLYPGATIRIVDGKPVALVTKPIVAIIQSTPFVEEDVSLLPDYNQTPAIQVAGVDCVVNGVSYLKTHDNPPLYYPRVKGGVVNVPLKQQGTAAKKLSVVFHAKPDDVLMAFIQLQEFLNRTTGSVVDIADQTTYDVAPNVTVTIGTSKPGDIVVSNEDEYLKCFETPEVSALYKVFQTESWAVVEQKFRRLRVRAADALYDFISFLQSLADNFKPLFVAVEAVIAQLQNITLDLAVSINKMRITYTAGHLVVDASNFVVKLIQPLCDFITPFLRKIAGFATYAYGKSMLLFTSAGTFLLKQTTGVVNKACYVFDVSPDYPVDLTTDKIYHEDSLHPTDDKPTRALEVVSVVVGNAILQMATDGVAYYPTDGKYASTPAFKAGSDELNIVFTCDLFDDDTNAMINETLVGYELNNLVAPRNSTPRDIATLVVNTLVDAITDHYPEKCLDLPENYQVFSTHDDMPLTNEHIPGHLTLYVQAMEGSDDGDDIIIEEDEYSCEDDGADEGVIPQCWDVPNLDTILTKIKKDEPCVEVQQGVQNAESTNVEASSLVENTQQTTDDAQETELSTETSEHLLVINDDEFLAIPEFDRPLKDYIQEKQLDVIIEESESSSVTSNSPEPVGDDVPSALDDSNIHTASETPSDEEFQDAECGNDDVSTIITDSTENGEEDPLPETIVNQPFIVDNNLPVCAIKEPSSTKVELVVGDLATIKFDNSVLVNPANPQLTNGGGAAKAIADLAGPEYQAHCNKIAPITGVVVTEPYNARTVGVACILHVVPPKGTDADVQEKLYEAYRSILTEPAHYVIPLLGAGIYGCNPVHSLDAFKKACPPDIGRVTIVTKDVNHVQLWDALNRTVVRTTKDFDQITTQALTPQGILDANLFDGDTFVQEPVPDVVYLAVDDSVQEQAKELGLTLSQYCKYLKACHHKWVTVRTNGILHLKQKDNNCFVSAAINLFQATHYKLRPAIDQLYQEYLNGNPCRFVAWIYASIDQTIGDMGCPQQVTSLLVNNSNSKFSGTVHCCKTYFTHDGVVSNVREFDLLQPKVFCMRCDTWTTFSAENVEGVIVLGNTPGKAPTHAIQFGNSHCWYTNGKKSVNGYDIDSDVVAIYHKFQTTPVRNIVVTQPISTSNTFSVLPVQDIPKESILNDDPSVVVVSSKKAQNHEVLDNPNCLDLLDVWIRKPKYVMVKSWDVVGKPLFKTGKVVLLSGKHLTRIYDYLCSIGAIDTTAKLSISLAYKCVKRVLPSSNTLIRTIKGLFYSFRTILFACAPFLLLPAVASILASGYQLGVYVYAKTGIPCYGNSTDHYDYQSFCAGDLTCLACFDGQDSLHLYKHLRVDQRTYGSNDYTTHALAIVLLLANTTLVLLTLVACFLFNFYKFTIPFYGVVSVDYQTTLVVVFSVYYLLRVVKFLRHIAKGCKTPTCTICSKLRIPPTITVDTIVQGRKYPSVVQTNAGFKICKEHNFYCKNCSQQNPDTFIPTEAIESLSRATRLNVKSTAPAYVLARDVECQTDAILARASHDGQPMVCISKYSDVRTVEALLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNAGSLKTAKELAVVLSMDLKRTIFIIDQSYSRPVDNYTEIVSRMEKYFTFQKITPTGDIFTDVKTATNGQASDTAINAAILAVQKGLDFTIDNPNHILPHYAFDFNTLSAEDQSVLLEAGCAKGNLKGTNVGVVLAANLVMRLSQSAIRIIANAASRNGVTCAVTPSNITLRGNIATQPFQRVKAGSDNKHSVVKFLVVFLVLYATAFSLSTIASYAYNPSHPAVMSDIHTTGFYVIRDGVLDTIRSTDTCFSNKFVSFDGYIQAEYTNDPACPVVVGVADVTTKSIPGIPAGVLHRDGGILHIYEQALYDRLQRQSMVQEALNLKVRPLFNLGQQTIVGYTRTEVVVGTSYLRSPALFNAKCTYLEHHGERNLYCYDVVNKDHKLYTDVVPHVEYKAVDFNGNLVPFKIPEQLMFYPHIVRYTGNSYCRMGQCFKTNPGICISFTDQFPYSENVQPGVYCADTGLQLATNFLVGTISGVHVFTSTAALIGSTCVILLCVVGILIFQRLFKEYTTFVLYTLAIAIVNVCGIVLIYKYTAISFVYYTIYLYFVLTFVPVKRNIALFYFAVVVIPHISNMQLLTIAVVCVLYLCYSYIRVVSKTTGKFSSFLEASKSTFVIDNDKYVILKDLAGSDYDSYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSAFREGGGSQLYTPPKLAVVQSLKAKLQAGIKILLHPSGVVERCMVAVTYNGSALNGVWLNNVVYCPRHVLGKYRGEQWQHMVSIADCRDFAITCPAQGIQLTVQSIKMVGAILQLTVHTSNSGTPDYEFVRITPGSSMTIACAYDGVVRNVYHVVLQTNNLIYASFLNGACGSVGYTLRGKTLLLHYMHHLEFNNQTHGGTDLHGQFYGPYIDEEVAQQQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTIDASPRWLASAEISESDFNSWASSNSFANFPCEQSNMAYILGLSQTAKVSVGRILNTIIQLTLNRSGALIMGKPDFECDWTPEMVYNQAPITLQSGVVKRASMWFFHFLFNTFLFVLAMLHVLPVDLYPIGLPVVVSLAFLITLSVKHSVVFTTTYLLPAFLMFVVKAPTLWIPNTYLRSAYEWVFGLSMSERLTTYTVGCYIAVYAFIAINYTLRCLRYRSTSVLSFCMQMLQYGYIAQITYRLMTQAWTERLLFTAFSLLTSHPLLAGFSWYVAGKFTVPLILPDLAIRITIYVCIGYVMCMRFGLLWILNKFTTVPMGTYNYMVSIDQLKYMMAIKMSPPRNVFEVIIANIRLIGLGGVRNIAVSTVQNKLLDAKAAAVVVANLLDKAGVTNKHAVCKKIVKLHNDTLKASTYEEAEMSLVKLLTHIIEFLPTDQVDAYLADTVKVQALNTYFDHLLENKLVLQAVVDANINLDSYRVYKEADATYRKSVEMDEPLQIQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAVVGVSNDNLKVIFNDKDSYLQYVDGNTLIFKGQRYNIVKKLSLDNTPIEGIPEEYPVAVETIKEGVPQIQNNELCLRNVFTAQAPVLDGNGKETTAKSFYVSRAGKKILVAVTSTKDDLKTVTCSTDQGKVVLNLDPPMRFSHVVGGKQNLVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTQIEYQENASLLTYLAFAVNPKEAYLKHLADGGKPIQGCIQMIASLGPGFAVTTKPQPNEHQFSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCVYKGRFVHIDKDKEPVSFALTHEPCNSCQRWSNYDCTCGTILQNSPYLNRVTGSSGARLEPQQPGVTPDAVKRAFHVHNNTTSGIFLSTKTNCSRFRTTKQNLPLPNKGSVELYFVSKQCSQQVFEIEETCYNMFDDSLKSTPEKFGVLARTEFFKFDKIPNVNRQFLTKYTLLDLAYALRHLSTSRDVIKEILITICGTTEEWFGDSWFDPIENPTFYREFHKLGSVLNRCVLNANAFAKACSELGIVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQPGNGCVDLSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECYDNDGNEIDYDGFQYDFTDFKLSLFSKYFTYWDRPYHPNTVDCPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPSTAFGNLCSQATVDGHKIIQTVGVHLKELGIVLNQDVNTHMSNINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDFRTPCQTLATMSSGITKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSDILNQLGIDLKHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFVLEVADKYLQPYEGGCLNAQSVVVNNLDKYAGYPFNKLGKARNYYDMTYAEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMNGINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTSSHNSREIADLHRNLYEDIYRGDSNNTTIIDQFYQHLQKYFGLMILSDDGVACIDTEAAASGVVSNLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMTVGPHEFCSQHTVLAEHEGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPIQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRILAQELQDGILDTFQSMTDMSYVNNFVQEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCASPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVDNCNEDNVEKLYISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGTVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSNFDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRYIKLVWEHGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILTKTDGSDSYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKSLIPDTVNASFYVQHFKSYNEIALQKVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQDFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTTGQLAPADYNVVTDIMVHTGADVMLDMCYRCPREIVDTVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIINFGSSDIAHEGQSAYNEPQLRFALAFRRYKRWDNVTFISPYNAMNVKAAMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMSRLNVALTRAKVGILVVFRQANDLYNSLQFESIDPSLVGQEGVLLMTDRRSTALAKSGSTPMTLQSSEDTTQEVFPEGSSSTRLLCPLFKRCSFEYSGQHPAHALTWHDCGSEYRCDEPLAKLVGVSDGTLISYKTLVSALGFLPSLKIETYHNMFLTKEACRIYVQSWIGIDVEAAHAVKPNVGTNLPLQIGFSTGKNFSVIPEGIWVNEFGTCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRNEIAAHLADVAPHTDHICFVTWAHQLELATMRYFVKIGTEEKCFCGRRACFTNCNEYTCKAHRNLSSPSADYVYNPFIIDVATWGFSGRLSTNHDEVCTYHSNAHVASADAIMTVCLAIHELFKSVDWDLEFPVTPEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRRAGIKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFMEGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYINKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLIYYSTTDCSTEQPIVVSYRDCVTRCNTGTTICPTHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGQLDVVINNNAVYAKVDTQLVKLFDNRTNLPVSTAFEHYTNRHTKSLPTTQLLAGLGVTATRNFTIWVDDDTAFQNTINVSTYTDVDPTLHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKTTPFICTALTLNGIAIDGDELYIYYRKDNQIVNFTTTLTQGRSVDKFITKTPMEKDFLEMSPEDFITNYQLQGLGVEHIIYGDDTTPVIGGTHAMISLVKNKFSFELVNHIYNPVQNCVVTSPNASTKQVCTLIDITLDDYVNIIKTAHANFSTKSKVFSVNIDCQNVNFMLWHDEQVKTCYPIVQSLTNGYQMPSIYKTLVCDLEPCDIPNYHAYTPKVPGVVKNVLKYRQLFNYIIKKDRLAVPHNMTVLHLGAASVDGTAPGTSVIKQMLPEGTVIIDLDIREFTSDANQIIVSDYRTYMPPHHVDAIFSDLYSSDDIHFFDNLVRIVKERLALGGSIFVKVTEHSYSPTLYQLAGYFDDYQFFCTAVNAASSEAFLCCFNYLGTAKESVEGHNLHASYIKWRNEIALTPTYSPLADNPATVCKLKATPIISLKELEKKPILKFLVSSGRLLVRPPECRELY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR001205
RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR009466 NSP11
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score= 954 Identity=51.65%
Cov(Q)=14.99% Cov(P)=99.68%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6264
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
344.339199999997
Exp number, first 60 AAs:
0.01095
Total prob of N-in:
0.00493
outside
1 - 1470
TMhelix
1471 - 1493
inside
1494 - 1558
TMhelix
1559 - 1581
outside
1582 - 1590
TMhelix
1591 - 1613
inside
1614 - 1963
TMhelix
1964 - 1986
outside
1987 - 2251
TMhelix
2252 - 2274
inside
2275 - 2280
TMhelix
2281 - 2303
outside
2304 - 2307
TMhelix
2308 - 2325
inside
2326 - 2329
TMhelix
2330 - 2344
outside
2345 - 2347
TMhelix
2348 - 2367
inside
2368 - 2781
TMhelix
2782 - 2801
outside
2802 - 2804
TMhelix
2805 - 2824
inside
2825 - 2828
TMhelix
2829 - 2851
outside
2852 - 2870
TMhelix
2871 - 2893
inside
2894 - 2931
TMhelix
2932 - 2954
outside
2955 - 2968
TMhelix
2969 - 2991
inside
2992 - 3022
TMhelix
3023 - 3045
outside
3046 - 6264
