CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Avian_FJ376622 (Region: Hong Kong;  Strain: Munia coronavirus HKU13-3514;  Date: 7-Apr)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  orf1ab polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCCAAGAACAAGGAGAAGCGCAGTCCCATTGTACTGCCTGAATTAGTGCCTCCTCCACTGCAGCTTTTTATATCTGTTGCTGCTTGCGAGGAAGGACATCCCAACAATACTACCTACTTGGCTAACTATAACTTGTACACCACCAAGGCTCCGCCAGGTGTGCAGGTTATTAAGCCTGGTATATCACTTACTGACTTTGAGGCTATTTTTGGATCGCAACCCACTTTGCGTGCCATACGCAATTTGGTTTGTGAGCGCAACGCTAGTTGGGCTAATTCCAAGGATGATTTTTACCTCAAGGCCAAAACTTTGACCTTTTCTGATCCTGTGTTGCGGGCCATAATTCGCTATGCTCCGCCTAGGATTTCATCACTTGCAGCATTGGCTCTGTTTGACCGGCTGGTTAAAATAGAGTATGATGAACTTAAGAAGATTGCCCTAGATGCAGCTGTTGTACTTGCATACGAAGGCAAGATTACCACAACCCTTGCAGATGCAAAGAGTGTTGTGCTTACTCATAAGGACTCCTACTTAACGTTATCCAATGATGTTGTAGGAGCCAAATTTACTTCTGTCCTGCTTGCGCAGGCCAGTCCAGCTAATGCGGCTATGCGGTTCTTAAACTTTTACCTTTATCCTTCGGCAACGGCTGTTGAGAAGGACGGTAAAATGCAACCCGTAGCCTGCAAGCCTATCCCTGCAAATGCTAAAGGAAAACCAATTCAAGAGGACTGCCACCTGATTCCAGACTACCAGCAACTTGTTGTTAGTCAGGTTGAAGGTGTTGATTCCATTGTTGATGGGGTTCTCTACCTTAAGACTAGCTCAGTACCACCCATTTACTATCCTCGTGTAAAGGGCGGTGCCTTGCTTATACCACTTAAACCACAGGGCACTTCATCAAAGAAGCTTAACGTGGTTTTTCATACTGAACCATCTGATGTTTTGATGGCTTTTGTACAAATGCAACAATTTCTCAGTCGCACTGAGCAATCCTGGATTGAAGTGACTGATGCCCAGACCTATGATGTTTCTCCTACCGTAACTGTACGTGTGGGGGTGTCTAAACCTGGAGATGTTGTTGTGTCAACTGAAGAGGAATACCTCAATTGTTTTAATGACCCTGACGTGAAAGAGCTTTATAAGCTTTTTCGCACTGAGTCATGGGCCAAACTTGAACGGAAATTTGCGGGTCTGAGGGTTCGCATTTCGTCCGCTTTATCCAACTTTATAAGCTTTTTGCATGCAATTGCAGATCGCTTTAAACCATTGTATGATGTCATTCATGCAGTTATCTATAAGCTTCAGTGCTTATCTTTGGATGCTGCTGCGCGCATAGCGAGTGTTAAGCTTGTCTATCGCGCTGGCAAACTTATAGTTGACGCTGCATCCTTTGTGGCATCAGCTATACAACCATTATGTGACTTCTTCTTACCCTTTCTGAAGAAAGTCGCTGATTATGCAACTTATGCAGCTGGTAATTACATGTTGATGTTTACTAGCGCAGGTACTTTTGTGTTAAAGAAAGCCCCAGCAAAGATAATTAATAAGGTTAAGTACATCTTTGATGTTAACCCTGATTATCCTGTTGAGGCAACAACCAACAAAGTAGTAACACATGATTCGCTCGCAATAACAGATGCCACTCCTACTAGGGCTCTAGAGGCTGTTGACGTTGTTGTAGGCTCTACAGTGTTACAAATGGCAACAGATGGCACTTCTTACTTTCCTTCGGATGGTAACAGTGCTTCTTTACCTGGATTTCGAGCAGGCGCAGATCACCTTACTGTGAGTTTTGTCTGTGACCTTTTTGATGATCCAACAAATCAGGCTATTAATGAGCTTTTAGCTGGTTATGAGCTTAACAATTTAGTGGCACCAAGCGACTCAACTCCAAGGGACATTGCTCGCCTTGTTGTTGATGCTCTTGTTGACGCTCTAACAGACCACTTCCCAGAGAGGGTCATGGACTTACCGGAAGACTACCAAGTCTTCTCTAGTCATGATGACCTACCTCTGGCAACACACCATATTCCCGACCATCTCACTCTCTATGTTCAAGCTATGGAGAGTGAGGATGACTGTGAAGATGAACTTTATGTGGAGGATGATGACTACTGTGATCAGCCTGCCACAAACTTCGATGATGAAGAAGGACCTATTCCTCAGCAATGGGACCTTCCGGATGTAGACCACTTCTTAGCAAAGTTGCGCAAGGAGCCGGCTGGCGACCAAGCACCTGCTAACACTAGTGATCAACAACAAGATCAAATTACTAGTAACCAGACTCAACCTACCGACGAAGAGCCATCAGCTTATGAGCCGGATGAGGTTAACTCTGATGATGAAATTATTATTCCTATAGTGCCTGACCAACCTGCGGACTTTAAAGCCGCAGTAAGCACTATAGCAGAATATAAGACAAAGGATAAACTTCCACCCATTCAGGAAGAAACATCCAGTCAGGAGAGCAGTCGTTCCACAACTCCTAATCAGGAGGGCATCGACGCTACTTCAGACGTAAATAGTGTAGACTCAGCAGATGAAAGTGCTGAATCGAGCTCAGAAACAGATAGCACCTTTGAAGATGCTACAGAAGATGTTCAACCTCAGCAGGATAGTTCCTCGGCAGTCCGGTCTGTCGGATTAGATGACCAGAATTCCATTGCTAACGCGGCACACGATCGTGGCAATTGTGATAGTAAGGTTATCTTTGAAGATGTCGAGTCGGCCCAGGCTACTACTGCAGAGGCAGTCAACACTGTCCAATCGAGTAACCAGAACTCCATCGCTAACGCGGCATACGATCGTGGCGATTGTGATAGTACGGCTATTTGTGACGATGGTGAGACAATCATTACTGATAGTAGTGAGGGTGACATCACTGATGAACCCCTGGCTACTATAGTAAACACACCTACAACTGTAGATAACAATTTGCCAGCAGTTGCTGTTAAACAACCTAGCCCTACGAAAGTAGAGCTCGTTGTGGGACAGCTGACTAGTATAAAATATGACAATTCCGTGTTAGTAAATCCAGCCAATGAAGCACTTTCCAATGGGGGTGGTGCTGCTAAGGCTATAGCTGACATGGCAGGTCCTAAATATCAGGCTTACTGTGATAGCATAGCGCCTATTACAGGTAATGTTACTACAGAACCTTTTGATGCCGCTAAGTATGGTGTCTCATGTATTTTACATGTGGTGCCACCACGCGGTTCAGATCCTAATGTGCAGGAACTTTTGTACCAGGCGTATAAGAGTATTCTTACTGAACCTGCGCACTACGTTATACCTATCTTAGGTGCTGGCATCTTTGGTTGCAATCCTGTGCATTCGCTTGATGCCTTTAAGAAAGCCTGCCCAAGTGACATCGGGCGTGTAACCCTTGTCACTTTGGACAGCAATCATTTGCAAATTTGGGATGCGATTAACAGAACTGTTGTTCGCACCACAAAGGACTTTGACCAGGTCACCACTAAGGCATTAACACCTCAAGGCATACTTGATGCTAACCTTTTTGATGGCCAAGAATTTGTCCAGGACCCAAAGCCTGGTCAAGTTTATTTGGAGGTTACTGATGAAATACAGCAGCAGGCAAAAGAGCTTGATCTCACCCTGCAGCAGTATGTAACCTACCTTAAACTCTGTCATGCTAACTGGCCCATTAGTCGTACTAATGGCGTTATGCATTTGAAACAACATAGAAATAATTGTTTTGTAAGCGCGGCCTTGAATTTGTTTCAAAACACGCGCTTTCAACTGAGGCCTGCCATTGATCAACTCTACAAAGAGTTTCTTAATGGCAATCCTAGTAGACTTGTAGCTTGGGTCTATGCGGCAACTAACCACACTATTGGTGAGTTTGGATGCCCCCAGGAAGTAATAGCATTGTTCGTTAACAACGCAAACTCTGCATTTTCAGCCACTACAGTTTGTTGTGGCACCTATTTCAACCACACGGGGGTCATATCTGTTTCAAAAGATTATGACCCACTGGTACCGAAGGTCTACTGTATGAAGTGTGACACGTGGACTCCGTTTAACCCTGTTAGTGGTGTAGGAGCAATTGCAGTCGGCACTTCAGATGAGGAACCTACACTTCCTGCCATTAAATATGCGCAAGACCATTGCTGGTATACTAATGGCAAGAAAACTATTAACGGCTATAACGCCAAAGCTAAAGTAGTGGCCACCTATCATAACTTTGATGTGGCACCTGCTCCACGTACAGAGACAGTGTCAATGCCGCTGTCTACTAATAAATACTCTGTACTTCCTACGGAAGACATACCACAGAGTAGTCCACTTTTGTTAGAACCTCCACCCAGGGAACTTCCACAAGATGAAGACAAACCTAAGGCTGAGGTTTTGGACAATCCCACGCACTTAGACCTAATGGACTTGTGGATTCGCAAGCCCAAGTTCATCTTGGTTAAGTCATGGTCTATTTTGGGAAAGGCACTATGTAAAACAGGAACAGTTGTTTTTCTTAGTGCTAAACTCTTACTTAAGTTTTATAACCACCTAGTAGAAATAGGGGCTATAGACAAAACTGTTAAATTGTCTGTTGGTTTGGCCTGTAAGGTGGCACGCCACTTTATGCCATCGGCAGCAACTTTACGGAAAACATGCCTGGGATTGTTTTATTCAACAAAGACAATCTTCATGGCATTAGCTCCATTTTTGATGTTACCGGCTGTAGCGAGTATATTTTCTACTGGTTACAAGCTGGGTGTACACTTATATGCACGTACTGGCATACCATGCGTGTATAATACAACTATGCATTATGATTATAATGCTTTCTGTGCTGGTGATTTAACATGTCTAACATGTTTTAATGGCCAGGACTCATTACATTTGTACCAGCACCTGCGCGTTAATCAACAACCCGTAATGGAAGTTGACTACACGCTTTATGCGCTGGCTTTCATTTTATTACTTGCAAATGCCACTTTAGTTTTAGCGGCCCTTGCATTTGTGTTTATTGTCAA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CCTCAGGTCAACTGTCACCAGCTGACTATAATGTGGTTACTGATATAATGGTGCATGCTGGCGCTGATGTAATGCTAGACATGTGCTACCGCTGCCCACGTGAAATCGTAGATACAGTGTCTAAGCTGGTTTACGATAATAAGCTAAAAGCGGCGAAACCGAACTCAAGACAGTGTTACAAGACCATTGTTAATTTTGGTCCTGGAGACATTGCTCATGAGGGACAATCTGCCTACAACGAGGCCCAGTTACGTTTCGCACTCGCCTTTAGACAACAAAAGCGGTGGGACAACGTGACTTTTATTTCACCATATAATGCCATGAATGTTAAAGCAGCCATGGCAGGCTTTTCGACTCAGACTGTTGACTCATCTCAAGGCTCTGAGTATGATTATGTTATCTTTTGCGTGACTACTGATTCAGCCCACGCTTTAAACATGGCTCGTTTGAATGTTGCTTTAACACGTGCGAAAGTAGGAATACTTGTCGTGTTTAGGCAAGCAAACGAACTATATAACAGCTTGCAGTTTGAGCCTATTGACTCACAGCTTCAGGCGGGAGAACCCCTGACGTCGCTTTTTAAGCGCTGCAGCTTTGAGTATAGTGGTCAACATCCTGCTCATGCCTTGACGTGGCATGACTGCGGCGCAGAGTATCGCTGTGATGAACCACTTGCAAAATTAGTTGGCGTTACCGATGGTACGCTGATATCATATAAAACCCTGGTCTCAGCACTTGGGTTTTTGCCATCTCTAAAGATTGATACATATCATAATATGTTTTTAACACGTGATGTATGTCGCGCCTATGTTCAGAGCTGGATCGGCATAGACGTAGAAGCAGCACATGCCACGAAACCTAATGTTGGTACTAACATGCCGTTGCAGGTTGGTTTTAGTACTGGCAAGAATTTTTCTGTCACCCCAGAAGGTATTTGGGTAAACGAGCACGGATCTTGCACTGAGCCCGTCCCTGCCAAAATACCTCCTGGCGACGAATTCAAACACCTGAAGAAGGATATGCGCCAAGCGCGTCCTTGGAAGGTTGTGCGTTATGAGATTGTTGCACATCTTGCTGATGTTGCACCACATACTGATTATTTATGCTTTGTTACTTGGGCTCACCAGCTTGAGCTCGCAACAATGCGTTATTTTGTTAAAATTGGCGTTGAAGAGCAGTGTTATTGTGGTAGACGTGCTTGCTTCACTAATGGAGTACAGTTCGCCTGCAAAGCACATTATGCTTTAACAACGCCACCATGTGATTATGTTTACAATCCATTTTTAGTCGACGTGGCAACGTGGGGATTCTCGGGACGTCTCTCCACTAACCATGACGCGGTTTGTACATACCATTCTAATGCTCATGTTGCATCTGCTGATGCAGCTATGACTATTTGTTTAGCCATACACGAACTGTTCAGTAGTGTAGACTGGAGCTTAGAATTTCCAGTCACCCCTGAGCAATCACAACTTAACAAAGCTTGTCGATTAGTACAAGCCAATTATCTTAACATTCTGTTAACCACAACTAAAGCCACTGTTGTTCACGATATTGGTAATCCTAAAGGCATACCTATCGTGAGACGACCTGGTGTTAAATATCACTATTATGATCAGGCACCTATTGTCAAACATGTCCAGAAGCTACGGTATAAGCCAGAGATGGAGGCCCGTTTCGTTGATGGCTTGACCATGTTTTGGAATTGTAATGTTGACACATACCCTGCTAATGCCTTGGTTTGTCGTTATGACACCCACAGGCAAAAACATTTAATTGGCCCTAATGGTGCCGCATTATATGTTAATAAGCATGCATTTCTCACACCAGAGATGCATACTTATGCTACACATAAGCTAACATTGGCTCCTCTTGTCTACTATTCCACTACGGATTGTAGCAGTGAGCAGCCAATAGTTGTAACCTATCGTGACTGTGTTACTCGCTGTAACACTGGCACTACTATCTGTCCTACTCATGCCCTTGAGTATCAGGAATTCATCTCAGCATACAACCTTATGGCACGCCATGGGTTTAATGTTTATATACCACGTAACGTCAACGTCTACAACTGTTGGCTTACATTTACCAATTTACAAAACCTTGAAAACTTGGCTTACAACTGTTACTATAAGAACTGCAATGCACATGTTGATGGTGCGCTTGATGTAGTTATTAATAGTAATGCTGTATATGCTAAGGTTGATAATAATCTTGTCAAGTTATTTGACAATAGAACAAATTTACCGGTCTCTGTAGCCTTTGAGCATTACACGAACCGTCACACAAAGACATTGCCAACCACACAGTTGTTGTCTGGTCTAGGTGTAACCGCCACCAGAAACTTCACTGTCTGGGTTGATGATGACACAGCTTTCACAAACACCCTTAATGTTTCTACTTATACTGATGTTGATCCAACCAACCATGTCGTACTTTGTGATGACAGGTATGGTACGGATTGGAGTCAGTTTAACCAATTACCTAATGCTGTCCTTTTAACAACCATTAAGGTTAAAAAGGCAGAACCATTTTGTTTTGCACTGCTCTTACACTCAATGGCTCTAGCTATTGATGGACAAGAGCTCTACATTTATAAGCGACTTAACGGTCAGCTTGTTTCAATTGATACTATCTGCACTCAAGGCAGATCAGTTGATAAATTTATACCTAAGACACCTATGGAGAGAGACTTTCTTGAAAAGTCCTCTGAAGAGTTTATTAATCTCTACCAGCTCCATGATTTAGGTGTTGAACATATAATTTATGGTGATGACTCCAAACCTATTATTGGAGGAACTCACACACTCATTTCACTTGTCCGAAACAAATTTGACTTTCAACTTGTTAATCATATTTACAACCCAGTTCAGAACTGTGTTGTAACCTCCACTAAAGCAAGCTCTAAAAATGTTTGCACCATTCTTGATGTTCTATTAGATGACTATATAGACATCATTCGTCAAGCACATGCCAATTACACCACTAAGTCCAAGACGTTTAGTGTTGTGATTGACAATCAACCTATTCGTTTTATGCTTTGGCATGATGCCAAAGTAAACACTTGTTACCCAATATTGCAATCATTGACCAATGGATACCAGATGCCATCTGTGTATAAAACATTGATCACTGATATGCAACCAGCAGATATTCCTAACTACCATTCCTATACACCAAAAGTGCCGGGAGTGGTTAAAAATGTAATTAAATATCGCCAACTTTTTAACTATATAGTTAAAAAGGATAGATTGGCGGTACCACATAATATGACTGTCCTACACTTAGGTGCTGCGTCTGCTTTAGGCACTGCACCAGGCAGCTCAGTTATAAAACAAATGTTACCAGATGGAACCGTCCTTATCGATTTAGACATAAGAGACTTCACATCTGATGCCAACCAAATAATAGTATCAGACTACAGAACATATATGCCACCACACCATATAGATGCGATCTTTTCGGATCTATATTGTGGTGATGATATTCACTTTTTCGACAACTTAATAAGAATAGTAAAGGAGAGGTTAGCTCTCGGTGGTTCTATTTTTGTTAAGATTACTGAACATTCATTTTCGCCAGAACTCTACAGCTTAGCTGGATGGTTCGACGAATACCAATTATATTGCACAGCAGTAAATGCAACTTCTTCAGAAGCATTTCTCTGTTGCTTTAACTACTTAGGACATGCAAAAGAGAACGTTGATGGTTACAATTTGCATGCCTCATACATTCGTTGGCGTAATGAAATAGTACTAACACCAACTTATTCTTCGCTTGCAGACAACCCAGCTACTGCCTGTAAGCTCAAAGCAACTCCTATAATTTCCGTTAAGGAATTAGAAAAGAAACCAATACTTAAGTACCTCGTGTCTTCCGGTCGCCTGCTTGTCAGACCACCAGAATGCAGAGCACTTTACTAA
Protein
MAKNKEKRSPIVLPELVPPPLQLFISVAACEEGHPNNTTYLANYNLYTTKAPPGVQVIKPGISLTDFEAIFGSQPTLRAIRNLVCERNASWANSKDDFYLKAKTLTFSDPVLRAIIRYAPPRISSLAALALFDRLVKIEYDELKKIALDAAVVLAYEGKITTTLADAKSVVLTHKDSYLTLSNDVVGAKFTSVLLAQASPANAAMRFLNFYLYPSATAVEKDGKMQPVACKPIPANAKGKPIQEDCHLIPDYQQLVVSQVEGVDSIVDGVLYLKTSSVPPIYYPRVKGGALLIPLKPQGTSSKKLNVVFHTEPSDVLMAFVQMQQFLSRTEQSWIEVTDAQTYDVSPTVTVRVGVSKPGDVVVSTEEEYLNCFNDPDVKELYKLFRTESWAKLERKFAGLRVRISSALSNFISFLHAIADRFKPLYDVIHAVIYKLQCLSLDAAARIASVKLVYRAGKLIVDAASFVASAIQPLCDFFLPFLKKVADYATYAAGNYMLMFTSAGTFVLKKAPAKIINKVKYIFDVNPDYPVEATTNKVVTHDSLAITDATPTRALEAVDVVVGSTVLQMATDGTSYFPSDGNSASLPGFRAGADHLTVSFVCDLFDDPTNQAINELLAGYELNNLVAPSDSTPRDIARLVVDALVDALTDHFPERVMDLPEDYQVFSSHDDLPLATHHIPDHLTLYVQAMESEDDCEDELYVEDDDYCDQPATNFDDEEGPIPQQWDLPDVDHFLAKLRKEPAGDQAPANTSDQQQDQITSNQTQPTDEEPSAYEPDEVNSDDEIIIPIVPDQPADFKAAVSTIAEYKTKDKLPPIQEETSSQESSRSTTPNQEGIDATSDVNSVDSADESAESSSETDSTFEDATEDVQPQQDSSSAVRSVGLDDQNSIANAAHDRGNCDSKVIFEDVESAQATTAEAVNTVQSSNQNSIANAAYDRGDCDSTAICDDGETIITDSSEGDITDEPLATIVNTPTTVDNNLPAVAVKQPSPTKVELVVGQLTSIKYDNSVLVNPANEALSNGGGAAKAIADMAGPKYQAYCDSIAPITGNVTTEPFDAAKYGVSCILHVVPPRGSDPNVQELLYQAYKSILTEPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFKKACPSDIGRVTLVTLDSNHLQIWDAINRTVVRTTKDFDQVTTKALTPQGILDANLFDGQEFVQDPKPGQVYLEVTDEIQQQAKELDLTLQQYVTYLKLCHANWPISRTNGVMHLKQHRNNCFVSAALNLFQNTRFQLRPAIDQLYKEFLNGNPSRLVAWVYAATNHTIGEFGCPQEVIALFVNNANSAFSATTVCCGTYFNHTGVISVSKDYDPLVPKVYCMKCDTWTPFNPVSGVGAIAVGTSDEEPTLPAIKYAQDHCWYTNGKKTINGYNAKAKVVATYHNFDVAPAPRTETVSMPLSTNKYSVLPTEDIPQSSPLLLEPPPRELPQDEDKPKAEVLDNPTHLDLMDLWIRKPKFILVKSWSILGKALCKTGTVVFLSAKLLLKFYNHLVEIGAIDKTVKLSVGLACKVARHFMPSAATLRKTCLGLFYSTKTIFMALAPFLMLPAVASIFSTGYKLGVHLYARTGIPCVYNTTMHYDYNAFCAGDLTCLTCFNGQDSLHLYQHLRVNQQPVMEVDYTLYALAFILLLANATLVLAALAFVFIVNMYGFTIPYIGTLYIDYQTFLVMSFIVYYVYRVCAFLRHLAKGCKQPTCTLCSKMRTSPTITVETIVQGRKYPSVVETNGGFSICKEHNFYCKNCTAEKPGTFIPTEAVESLSRTTKLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARAMHNQTAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVMIAADFDNSGSLKTARELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPLNTYDEVAARMEKYFTLQKITPSGDIFNDLKQATAGQATDSAINAAILAVQRGLDFTIDNPNNILPHYAFDFTTLTADDQATIIETGCAKGNLKGTGVGVILSANLVTRLSQSALRIIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRLKAGAVPSRRVVYTILAICAVYAFAFALSCAAARLTLHTVPSIKTDMRVDNFYVIRDGVLDTIRATDNCFANKFLSFDSFHQATYTNSPACPVVVGVADVKTHSVPGIPAGIILRDNLVLHIYELSIYEREQRASMVRDALKLHTGSIFNLDNRVVVGYTQHEVVVGSSYLRSPALFNAKCTYLQRDGNRTLYCYDAVDVPHKLYSDVLPHVEYQAVDFNGEVVPLKIPEQILYYPHIVRYVSNTYCRMGQCFNTNPGVCVSFTDEFPYSGNEMPGVYCADTSFQLASKLVMGTVSGIHVFTSTAALIASTVVIIVCVVLVLALQRLFREYTTFVMYTCGLAVINLIGIALMYKCLALAVPFYVIYLYFVCTFSSVKRSVALFYFSVVMLPHVSNMQLLAVVVCSIFYCLYNYVYAVTKTGGKFSSFLDASKSTFVIDNDKYVLLRDLAGSDFDAYLASYNKYKYFSGTASDKDYDRVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKLAVVQGVVSKLQAGVKLLLHPSGVVERCMVSVVYNGVALNGIWLKNVVYCPRHVIGKYRGTQWAQMVSIVDCHDFCVKCPTQGVQLNVQSVKMVGALLQLTVHTSNTLTPDYRFERITPGSSMTIACTYDGVVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGFTLKGKTLCLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGTFYGPYVDEEIAQNQTAFQYYTDNVVAQMYAHLLTVDANPRWLAQAAISVDDFNAWASSNAFAHFPCEQTNKAYILGLAQVTRVPLERILNTIIQLTLNRDGVMIMGAPDFDCDWTPEMVYNQAPIALQSGVVKKTCMWLFHCLFMAIAIMLAALHVLPVTLYPLALPFAAAIAVFLVLTIKHTVVFTTTFLLPSLIMMVVSANTFWIPNTYLRTLYQYVFGSSISQQLYCYSVALYIGVYVVLAVNYTLRSLRYRATSISTFSIQCFQFGYLLAILYRLFTTKWSENLVFTAASTFTSHPVLAGVCWWVARRIPLPLFVPDVAVHVFTYTVIGYVICMRFGLMWIINRFTAIPMGTYSYMVSIEQLKYMMAVKMSPPRNAFEVLMANLRLLGIGGVRNIAISTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAICKKIVKLHNETLKATTYQDAETSLVKLLAHIVEFLPTDQVDAYLADEEEAQHVNNYLDNLLENTTVVQAVADANINLDSYRIYKEADAIYRRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWERDAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRVKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAIVGISNDNFKVIFNDKDSYLQYVEGNTLIYKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGVPEEYPVVVETVKEGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAIDINGTESTEKSFYITKTGKKILVAVTSTKDNLKTVTCATDTGKAVLNLDPPMRFAHTVGGKQSVVYLYFIQNCSSLNRGMVIGHISGTTILQANGTHIEYQENASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGKPIQGCVQMVAAMGPGFAVTIKPQPSEHQNSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVQIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVAYDCTCGTSLQNSAYLNRVVGSSEARLEPQQPGTIPDAVKRAFHVHNNTTSGIFLSTKTNCARFKTQRCNLPIPYKGLVDLYFVSKQCSLSVFETEEACYNAFDKALITTEDTFGVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYAIRHLSTSRDVIKEILITICGTPEDWFGELWYDPIENPTFYREFHKLGGVLNRCVLNANKFAEACQQAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFISTQPGNGCCDMSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECYGPDGNAIEYDGFQYDFTDLKLEWFEKYFKFWDRPYHPNTVDCPDDRCVLHCANFNILFAMCIPNTAFGNLCSHATVDGHSVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMSNINLNTLLRLVGDPTTIAAVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGLTKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSDLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLSPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYVEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKILKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMHNINNPILVGWDYPKCDRSMPNILRIASSCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVAAFLSTSTTSHSNNDIACLHRALYEDIYRGDSSDTAVINSFYHHLQTYFGLMILSDDGVACIDSDAAKQGSVADLDGFRDVLFYQNNVYMADSKCWTETDMSVGPHEFCSQHTVLAEHEGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDSFQTLTDMSYVNNFLQEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCSSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTRTSHKRVIAINNYICSVDNCNEDNVEKLYISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSTYDTIAPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVRDVYDQRFIKLVWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGTETYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKSLLPDTVGASFYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYTHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVDTVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKAAMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKVGILVVFRQANELYNSLQFEPIDSQLQAGEPLTSLFKRCSFEYSGQHPAHALTWHDCGAEYRCDEPLAKLVGVTDGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDTYHNMFLTRDVCRAYVQSWIGIDVEAAHATKPNVGTNMPLQVGFSTGKNFSVTPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGDEFKHLKKDMRQARPWKVVRYEIVAHLADVAPHTDYLCFVTWAHQLELATMRYFVKIGVEEQCYCGRRACFTNGVQFACKAHYALTTPPCDYVYNPFLVDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHSNAHVASADAAMTICLAIHELFSSVDWSLEFPVTPEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRRPGVKYHYYDQAPIVKHVQKLRYKPEMEARFVDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGAALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLVYYSTTDCSSEQPIVVTYRDCVTRCNTGTTICPTHALEYQEFISAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGALDVVINSNAVYAKVDNNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKTLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWVDDDTAFTNTLNVSTYTDVDPTNHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVLLTTIKVKKAEPFCFALLLHSMALAIDGQELYIYKRLNGQLVSIDTICTQGRSVDKFIPKTPMERDFLEKSSEEFINLYQLHDLGVEHIIYGDDSKPIIGGTHTLISLVRNKFDFQLVNHIYNPVQNCVVTSTKASSKNVCTILDVLLDDYIDIIRQAHANYTTKSKTFSVVIDNQPIRFMLWHDAKVNTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLITDMQPADIPNYHSYTPKVPGVVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMLPDGTVLIDLDIRDFTSDANQIIVSDYRTYMPPHHIDAIFSDLYCGDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSFSPELYSLAGWFDEYQLYCTAVNATSSEAFLCCFNYLGHAKENVDGYNLHASYIRWRNEIVLTPTYSSLADNPATACKLKATPIISVKELEKKPILKYLVSSGRLLVRPPECRALY

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF08717   nsp8
PF06478   Corona_RPol_N
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10
PF05409   Peptidase_C30
PF08715   Viral_protease
PF06460   NSP16
PF01443   Viral_helicase1
PF00680   RdRP_1
Interpro
IPR008740   Peptidase_C30
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009466   NSP11
IPR036333   NSP10_sf
IPR027352   CV_ZBD
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR014827   Viral_protease
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR042515   Nsp15_N
IPR014829   NSP8
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR036499   NSP9_sf
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR017896   4Fe4S_Fe-S-bd
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
SUPFAM
SSF53335   SSF53335
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF142877   SSF142877
SSF52540   SSF52540
SSF101816   SSF101816
SSF144246   SSF144246
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6M71     E-value=0.0     Score= 951     Identity=51.22%     Cov(Q)=14.98%     Cov(P)=100.32%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6307
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
335.107849999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00683
Total prob of N-in:
0.01071
outside
1  -  1554
TMhelix
1555  -  1577
inside
1578  -  1642
TMhelix
1643  -  1665
outside
1666  -  1679
TMhelix
1680  -  1702
inside
1703  -  2044
TMhelix
2045  -  2067
outside
2068  -  2333
TMhelix
2334  -  2356
inside
2357  -  2376
TMhelix
2377  -  2399
outside
2400  -  2426
TMhelix
2427  -  2449
inside
2450  -  2865
TMhelix
2866  -  2885
outside
2886  -  2888
TMhelix
2889  -  2906
inside
2907  -  2912
TMhelix
2913  -  2935
outside
2936  -  2954
TMhelix
2955  -  2977
inside
2978  -  2983
TMhelix
2984  -  3006
outside
3007  -  3015
TMhelix
3016  -  3038
inside
3039  -  3050
TMhelix
3051  -  3073
outside
3074  -  6307
 
 
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