Strain
Avian_FJ904715
(Region: USA; Strain: Infectious bronchitis virus strain Cal557 2003, complete genome.; Date: 2003)
Gene
replicase polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTTTTCTACACGTCACATAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCATTTAGGCAAAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTTTGTGGTCTCTTCCTATTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGCGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTTTTGCACGGAAGTACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAATGCTTGACGAAATTTTTGACTCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGCTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCTAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGCACTAAAGGGTTTGAAGTCATTGGTATCGCCAGGGAAATGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTTGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACACTTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGTTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACGGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTCTAGCAGYAGTGCTTGGCGAAGGTATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGGAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAAATCTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTTATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGGTAGTATTGATGTTGAAGGTCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGACGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGTATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAATTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGATGACCTCAAGTTGTTTCCAGAGGCACCTGAGCCTCCACCATTTGAGAACGTTGCGCTTGTTGATAAGCACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGACTATGAGAGTGATGAGGACATCGAGGAGGAAGATGCTGAGGAGTGTGGTACTGACTCAGCTGATGAAGAATGTGACACAGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACTAGACCCTGCGAGTAATAAATACCCTCTTCCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTTTAATGGATGTATTGTACATAAGGACGCTCTTGACGTCGTAAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTTGTCAACAACTGCTTTGAGGGAGCTGTTAAACCACTGCCTCAGAAAGTTGTTGATGTTCTAGGAGACTGGTGTGAGGCTGTTGATATGCAAGAGCAAATTGCACAAACTACTTCAGAGGAAACCCCTATCAGTAGTTTGGAGGCAACTATTGAGCAAGTTGTTGTTGAGGAACAGAAAATAGTTTCTGTTGTTGAAGAAGAACAGCAGGTGGCGGTCTACACACCTGCAGACCTACAAGTTGTTGAAGAAACACCAGATGAGTTTATTCTTACTGCTGATGTTTCCACAGAAGAAATTGTGCCTCATGAAGAAGAGGAGCCACAGATTGAACAGGAGTCTATTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAATCTACTACATGTGAGAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACATGTGTGGGTGACCTAACGGTAGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGTAACTTGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTTTTCTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATATTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGCTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCTGTTTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGCAGACGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTTGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGAAAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCACAACTTTTGGGTGGAGACCCAACTGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAATGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTACACGCAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTTCAAAGAATTCGCCATACATTACAGCAATGTATACGCGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAGCTCTCTGTCTGTTGTTAAACAGAGTAAGAGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTGCCAACCTTGCTACTAGTTCTAAAGCCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACATTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTACAGGAAATACCTGTGAATTTGGATGAGTATGTGTCATTTACAACGAAAGAAGATACTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTTGACTTTATTTCAAGAGACGGTTTCTCTTATAAGTTGACACCTGACATTGAAGAAAATTCAAAAGCGCCAGTCTACTACCCAGTCTTAGACTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTAGATGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAGTCACTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGGATCCAGTGTTGTTACTACACAATGTAGTAA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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQMLDEIFDSTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSALFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVIGIAREMQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAXVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCGKHWKGFCAQLKKAKLVVTENLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIYGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIGSIDVEGLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVEIDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKHGKDLDCIKSCHLIYRDYESDEDIEEEDAEECGTDSADEECDTASECEEEDEDTKVLALILDPASNKYPLPLDDDYSVFNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWCEAVDMQEQIAQTTSEETPISSLEATIEQVVVEEQKIVSVVEEEQQVAVYTPADLQVVEETPDEFILTADVSTEEIVPHEEEEPQIEQESIQVVKPQREKKAKKFKVKSTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLHDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDITCKQKTIYLTEDGVKYRSATVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRENFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKIRFKGFLAEAWAQLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFSKNSPYITAMYTRFSLKSESSLSVVKQSKSKTKVVKEDVANLATSSKASFDDLTDFEHWYDSNIYESLKVQEIPVNLDEYVSFTTKEDTKLPLTLKVRGIKSVVDFISRDGFSYKLTPDIEENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVDGSANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISEAATFIADKVGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVVASYKSVLSKVVFTMLFILWFIYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSLCGPYNGYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHFYKHAYSVEQVYKDAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQLVHVYTNSGYNFCKKHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEASVVDDFVNLKYKAATPGKDGAPPAVKCFSVTDFLKKVVFLKDALKCEQISNDSFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKHVVDKVCDILSRIISVDTASLDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEIEYTCDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHLETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGHNDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSILAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPMWLACCYIGFVIYMYTPLVVWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEAYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVFPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNYEFEVATQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFTIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVEDYNKWAVDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMAKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSVVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTSVLANVSSNSLIGLIVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNCMGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKINPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLVTLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTIMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCVSGDNIAWPLKVSLTRNGHNSVDVALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGHGCQCDALRQPKPSVQSAAGVADFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 662 Identity=93.85%
Cov(Q)=9.08% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3941
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
408.199509999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00315
outside
1 - 1714
TMhelix
1715 - 1734
inside
1735 - 1740
TMhelix
1741 - 1763
outside
1764 - 1833
TMhelix
1834 - 1856
inside
1857 - 1875
TMhelix
1876 - 1898
outside
1899 - 2270
TMhelix
2271 - 2289
inside
2290 - 2547
TMhelix
2548 - 2570
outside
2571 - 2574
TMhelix
2575 - 2597
inside
2598 - 2603
TMhelix
2604 - 2626
outside
2627 - 2640
TMhelix
2641 - 2663
inside
2664 - 3085
TMhelix
3086 - 3108
outside
3109 - 3112
TMhelix
3113 - 3130
inside
3131 - 3142
TMhelix
3143 - 3165
outside
3166 - 3179
TMhelix
3180 - 3202
inside
3203 - 3213
TMhelix
3214 - 3236
outside
3237 - 3245
TMhelix
3246 - 3268
inside
3269 - 3287
TMhelix
3288 - 3310
outside
3311 - 3941
