Strain

Avian_FJ904721 (Region: USA; Strain: Infectious bronchitis virus strain Mass41 1972, complete genome.; Date: 1972)

Gene

spike glycoprotein

Description

Annotated in NCBI, spike glycoprotein

Location

FJ904721(+):20374-23835

GenBank Accession

ADA83547.1

Sequence

CDS

ATGTTGGTAACACCTCTTTTACTAGTGACTCTTTTGTGTGTACTATGTAGTGCTGCTTTGTATGACAGTAGTTCTTACGTTTACTACTACCAAAGTGCCTTTAGACCACCTAATGGTTGGCATTTACACGGGGGTGCTTATGCGGTAGTTAATATTTCTAGCGAATCTAATAATGCAGGCTCTTCACCTGGGTGTATTGTTGGTACTATTCATGGTGGTCGTGTTGTTAATGCTTCTTCTATAGCTATGACGGCACCGTCATCAGGTATGGCTTGGTCTAGCAGTCAGTTTTGTACTGCACACTGTAACTTTTCAGATACTACAGTGTTTGTTACACATTGTTATAAATATGATGGGTGTCCTATAACTGGCATGCTTCAAAAGAATTTTTTACGTGTTTCTGCTATGAAAAATGGCCAGCTTTTCTATAATTTAACAGTTAGTGTAGCTAAGTACCCTACTTTTAAATCATTTCAGTGTGTTAATAATTTAACATCCGTATATTTAAATGGTGATCTTGTTTACACCTCTAATGAGACCACAGATGTTACATCTGCAGGTGTTTATTTTAAAGCTGGTGGACCTATAACTTATAAAGTTATGAGAGAAGTTAAAGCCCTGGCTTATTTTGTTAATGGTACTGCACAAGATGTTATTTTGTGTGATGGATCACCTAGAGGCTTGTTAGCATGCCAGTATAATACTGGCAATTTTTCAGATGGCTTTTATCCTTTTATTAATAGTAGTTTAGTTAAGCAGAAGTTTATTGTCTATCGTGAAAATAGTGTTAATACTACTTTTACGTTACACAATTTCACTTTTCATAATGAGACTGGCGCCAACCCTAATCCTAGTGGTGTTCAGAATATTCAAACTTACCAAACACAAACAGCTCAGAGTGGTTGTTATAATTTTAATTTTTCCTTTCTGAGTAGTTTTGTTTATAAGGAGTCTAATTTTATGTATGGATCTTATCACCCAAGTTGTAATTTTAGACTAGAAACTATTAATAATGGCTTGTGGTTTAATTCACTTTCAGTTTCAATTGCTTACGGTCCTCTTCAAGGTGGTTGCAAGCAATCTGTCTTTAGTGGTAGAGCAACTTGTTGTTATGCTTATTCATATGGAGGTCCTTCGCTGTGTAAAGGTGTTTATTCAGGTGAGTTAGATCTTAATTTTGAATGTGGACTGTTAGTTTATGTTACTAAGAGCGGTGGCTCTCGTATACAAACAGCCACTGAACCGCCAGTTATAACTCAACACAATTATAATAATATTACTTTAAATACTTGTGTTGATTATAATATATATGGCAGAACTGGCCAAGGTTTTATTACTAATGTAACCGACTCAGCTGTTAGTTATAATTATCTAGCAGACGCAGGTTTGGCTATTTTAGATACATCTGGTTCCATAGACATCTTTGTTGTACAAGGTGAATATGGTCTTAATTATTATAAGGTTAACCCTTGCGAAGATGTCAACCAGCAGTTTGTAGTTTCTGGTGGTAAATTAGTAGGTATTCTTACTTCACGTAATGAGACTGGTTCTCAGCTTCTTGAGAACCAGTTTTACATCAAAATCACTAATGGAACACGTCGTTTTAGACGTTCTATTACTGAAAATGTTGCAAATTGCCCTTATGTTAGTTATGGTAAGTTTTGTATAAAACCTGATGGCTCAATTGCCACAATAGTACCAAAACAATTGGAACAGTTTGTGGCACCTTTATTTAATGTTACTGAAAATGTGCTCATACCTAACAGTTTCAACTTAACTGTTACAGATGAGTACATACAAACGCGTATGGATAAGGTCCAAATTAATTGCCTGCAGTATGTTTGTGGCAGTTCTCTGGATTGTAGAAATTTGTTTCAACAATATGGGCCTGTTTGCGACAACATATTGTCTGTAGTAAATAGTGTTGGTCAAAAAGAAGATATGGAACTTTTGAATTTCTATTCTTCTACTAAACCGGCTGGTTTTAATACACCAGTTCTTAGTAATGTTAGCACTGGTGAGTTTAATATTTCTCTTCTGTTAACAACTCCTAGTAGTCCTAGAAGGCGTTCTTTTATTGAAGACCTTCTATTTACAAGCGTTGAATCTGTTGGATTACCAACAGATGACGCATACAAAAATTGCACTGCAGGACCTTTAGGTTTTCTTAAGGACCTTGCGTGTGCTCGTGAATATAATGGTTTGCTTGTGTTGCCTCCCATTATAACAGCAGAAATGCAAACTTTGTATACTAGTTCTCTAGTAGCTTCTATGGCTTTTGGTGGTATTACTGCAGCTGGTGCTATACCTTTTGCCACACAACTGCAGGCTAGAATTAATCACTTGGGTATTACCCAGTCACTTTTGTTGAAGAATCAAGAAAAAATTGCTGCTTCCTTTAATAAGGCCATTGGTCGTATGCAGGAAGGTTTTAGAAGTACATCTCTAGCATTACAACAAATTCAAGATGTTGTTAATAAGCAGAGTGCTATTCTTACTGAGACTATGGCATCACTTAATAAAAATTTTGGTGCTATTTCTTCTATGATTCAAGAAATCTACCAGCAACTTGACGCCATACAAGCAAATGCTCAAGTGGATCGTCTTATAACTGGTAGATTGTCATCACTTTCTGTTTTAGCATCTGCTAAGCAGGCGGCGCATATTAGAGTGTCACAACAGCGTGAGTTAGCTACTCAGAAAATTAATGAGTGTGTTAAGTCACAGTCTATTAGGTACTCCTTTTGTGGTAATGGACGACATGTTCTAACCATACCGCAAAATGCACCTAATGGTATAGTGTTTATACACTTTTCTTATACTCCAGATAGTTTTGTTAATGTTACTGCAATAGTGGGTTTTTGTGTAAAGCCAGCTAATGCTAGTCAGTATGCAATAGTACCCGCTAATGGTAGGGGTATTTTTATACAAGTTAATGGTAGTTACTACATCACAGCACGAGATATGTATATGCCAAGAGCTATTACTGCAGGAGATATAGTTACGCTTACTTCTTGTCAAGCAAATTATGTAAGTGTAAATAAGACCGTCATTACTACATTCGTAGACAATGATGATTTTGATTTTAATGACGAATTGTCAAAATGGTGGAATGACACTAAGCATGAGCTACCAGACTTTGACAAATTCAATTACACAGTACCTATACTTGACATTGATAGTGAAATTGATCGTATTCAAGGCGTTATACAGGGTCTTAATGACTCTTTAATAGACCTTGAAAAACTTTCAATACTCAAAACTTATATTAAGTGGCCTTGGTATGTGTGGTTAGCCATAGCTTTTGCCACTATTATCTTCATCTTAATACTAGGATGGGTTTTCTTCATGACTGGATGTTGTGGTTGTTGTTGTGGATGCTTTGGCATTATGCCTCTAATGAGTAAGTGTGGTAAGAAATCTTCTTATTACACGACTTTTGATAACGATGTGGTAACTTAA

Protein

MLVTPLLLVTLLCVLCSAALYDSSSYVYYYQSAFRPPNGWHLHGGAYAVVNISSESNNAGSSPGCIVGTIHGGRVVNASSIAMTAPSSGMAWSSSQFCTAHCNFSDTTVFVTHCYKYDGCPITGMLQKNFLRVSAMKNGQLFYNLTVSVAKYPTFKSFQCVNNLTSVYLNGDLVYTSNETTDVTSAGVYFKAGGPITYKVMREVKALAYFVNGTAQDVILCDGSPRGLLACQYNTGNFSDGFYPFINSSLVKQKFIVYRENSVNTTFTLHNFTFHNETGANPNPSGVQNIQTYQTQTAQSGCYNFNFSFLSSFVYKESNFMYGSYHPSCNFRLETINNGLWFNSLSVSIAYGPLQGGCKQSVFSGRATCCYAYSYGGPSLCKGVYSGELDLNFECGLLVYVTKSGGSRIQTATEPPVITQHNYNNITLNTCVDYNIYGRTGQGFITNVTDSAVSYNYLADAGLAILDTSGSIDIFVVQGEYGLNYYKVNPCEDVNQQFVVSGGKLVGILTSRNETGSQLLENQFYIKITNGTRRFRRSITENVANCPYVSYGKFCIKPDGSIATIVPKQLEQFVAPLFNVTENVLIPNSFNLTVTDEYIQTRMDKVQINCLQYVCGSSLDCRNLFQQYGPVCDNILSVVNSVGQKEDMELLNFYSSTKPAGFNTPVLSNVSTGEFNISLLLTTPSSPRRRSFIEDLLFTSVESVGLPTDDAYKNCTAGPLGFLKDLACAREYNGLLVLPPIITAEMQTLYTSSLVASMAFGGITAAGAIPFATQLQARINHLGITQSLLLKNQEKIAASFNKAIGRMQEGFRSTSLALQQIQDVVNKQSAILTETMASLNKNFGAISSMIQEIYQQLDAIQANAQVDRLITGRLSSLSVLASAKQAAHIRVSQQRELATQKINECVKSQSIRYSFCGNGRHVLTIPQNAPNGIVFIHFSYTPDSFVNVTAIVGFCVKPANASQYAIVPANGRGIFIQVNGSYYITARDMYMPRAITAGDIVTLTSCQANYVSVNKTVITTFVDNDDFDFNDELSKWWNDTKHELPDFDKFNYTVPILDIDSEIDRIQGVIQGLNDSLIDLEKLSILKTYIKWPWYVWLAIAFATIIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIMPLMSKCGKKSSYYTTFDNDVVT

Summary

Uniprot

A0A0K1RMX2

EMBL

KR902510 AKV63205.1

Proteomes

UP000151562

Pfam

PF01600 Corona_S1
PF01601 Corona_S2

Interpro

IPR002552 Corona_S2
IPR002551 Corona_S1

ProteinModelPortal

A0A0K1RMX2

PDB

6CV0 E-value=0.0 Score=2070 Identity=98.29% Cov(Q)=91.07% Cov(P)=95.02%

3D Structure

View Sequence and Structure Alignments

Ontologies

GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0019031  C:viral envelope
GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell

Subcellular Location

From MSLVP

Host nucleus > host nucleolus. Host cytoplasm. Secreted.

Topology

Length:

1153

Number of predicted TMHs:

Exp number of AAs in TMHs:

43.0605399999999

Exp number, first 60 AAs:

11.54654

Total prob of N-in:

0.51708

POSSIBLE N-term signal

sequence

outside

1 - 1093

TMhelix

1094 - 1116

inside

1117 - 1153