Strain
Feline_FJ938051
(Region: USA: California; Strain: Feline coronavirus RM, complete genome.; Date: 28-Jan-02)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGCGTTGCAGGCCATCAAGGACTGCTACCGCAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTAGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTTTGGGCAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTTATCACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAGGGCTTCATTGTTAGATCCAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCGGTTATTGATGGCGAATTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATTTACGAAGGGGAGGAGTATCATTGTGCTTGGTTAACTGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAACCCTTCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAATAAGGACATCCCACATAAGTTGCCAAATTTAGCTATCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTTGTTCTTTCCGAGGAGTATRAGAAACTCTATGATATCTTCGGTTCACCATTTATGGGCAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCATTTCATTGCTGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGTGCTGAGAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGGTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTCAAGCCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTTTCTGTCTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAACGAAACTGTTTGCACCACGGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAGCCAGAGAGTACATCACCCATTTCATGTTCTATTAAGAGAGCATTTATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAATCTTTTTGGTAGTGCTARCCTRCTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAATTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACTTCTGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTCACATCTAATAGTGTTAAGGAACTTGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCCTTTGATGTCTTCACACAGACAATTACCATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGTTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAATGCACTTGTTAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGCGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCCACTAATTTGATTGGTGCTACTGTTAATGTGACACCACAAAGGACTGAGGCTGCTAACATTAGTTTGAATAAAGTRGATGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATTGTTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAGTATTACTTTATGATGGCAAGTCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCCGCGCGAGTGCCGTCTTATAACATTGTTTATGATGTGAATGATGACACCAAGAGTAAGATGTTGGTTAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGAACTCGATGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACACGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAGAATGCCAGTTTGTCTTAAGAAACATGTTGGTTTGTGGGACATCATAAGACGTGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGATACTTTCAATCATCTTAATGAATTGGAAGACGTCAAGGATACAAAAATTCAGGCCATTAGAAACATTCTCTGCCCTGACCTTCTATTGGAACTGGATTTTGGTGCCATTTGGTACAAATGTATGCCAACATGCTCTGATCAGTCTATCTTAGGTAACGTTAAAATTATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTTGCTTGTGATGGTTGTCAAAGTTTTGCTAATCGTCTAACGATTAACTACAACAAACTTTGTGACACAGCTCGTAAAGACATTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAGACACCATCTAGCAGTTTTATTGATATGAAAGATGCTATCTACTCCGTAGTTGAGTACGGTGAGGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGTACTGTTAAAAATGACGACTGGTCAGACCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATATACCTTTTATAAGGATGAAGATGACCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAATAAGATGGGCGGTGGTGACAAGTCAGTTTCCTTCTCAGACGCTGTTACCGTCGAAGAGATAAAACCTATTACACGTGTTAAGCTCGAGTTTGAGTTTGACAATGAAGTGGTAACACAGGTGCTCGAAAAAGTCATTGGTACTAAATATAAGTTTATGGGTACAACTTGGGATGAGTTTGAGGATTCAATTTCTGAGGAACTTGATAAAATTTTTGACACGCTTGCTGAACAGGGTATAGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACATGTGGCGGCTTTGACATTAATAACCCAGATGGTATTATGATCTCACAGTATGATCTTAACATAGCTGCTGATGAAAAAAGCGACTCTGATGCAAGCGTGGAAGATGTCTCTTTGATTTCTGACAACGMAGACGTGGATGCCGAAAATGCCCCATTTGTAGAGGGAGAAACTGTGTCAGTTGTCGATGTTGAAGACTGTGTTGAACAAGTTTCTCTTGTAGAAGAAAATAATCTTGTTGTAAACCCCGATGAGCAACTCGCCTCAGTAGAGGAAAAAGTTGAAGTCTCTGCTAAAAATGACCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGACACCTTTCAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAACGCTTGCTGTTATCAATTGCAAGCCTTTGATTTCTTCAACCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGATGATGTTATGCCCTTTGTAGATTATTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGTGACTCGGGGGATGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAATCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTGGAACGAACTGTGCTTAAGCTCACACCTCTTAGGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATTAACATGTGTAAGTTTGCTAGCGTGGAAGGCTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAGCCAAACACCTGTGTCACAATTTGTTGTGAAACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAATGGCCATTACGCGATTGATGATTGTGTTCAAGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGATGAATCTAAAGCTATGGTTGAACCACCTGTGCCCGTAAAGGATAAGTGTTTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATCTTATACTACCCTTTTACAAAGCGGGAAAAGTCTTATTTTACCAAGGAGATTTGGATGTTTTGATTAACTTCCTTGAGCCAGATGTGATTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAGACACGTAGGTGGTGTTGCTAAAGCCATCGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAGGAATACCTTAAATCCAATAAAGCAATAACCCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTAAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGATGGTAAACTTTGTAATATTTACAAAGCAATTGCCAAGTGTGATGGTAAAATATTGACACCACTTATTAGTGTTGGTATTTTTAAAGTCAAACTGGAAGTTTCATTGCAGTGTCTACTCAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAGTTACCATAGAGAATTTCTTCAATGGTACTATTCCTGTCAAGGTAACGGAAGATACTGTGAATCAAAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACCTACGGTGAGCAACTTAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGACAAAGATGTTACCAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGTCGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCACTGGATGTTGATTGGAATGCTTACTATGGCTTTCCAAATGCAGCGGCTTTTAGCGCCAGTTCCCATGATGCTTATGAATTTGATGTTGTAACGCATAACAACTTCATAGTTCATAAGCAAACTGATAACAACTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCTACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGAGGCCTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGGTTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAAGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTGGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGCAGTCACTGTCACGCATACAACTGCATGTGATAAGTG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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDALQAIKDCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLITEPSVMLQGFIVRSNCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIDGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNKDIPHKLPNLAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYXKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPISCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSAXLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVTSNSVKELVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIVGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYNIVYDVNDDTKSKMLVKIGTSFDFDGELDAAIAKVNDLLIEFRHEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYRMPVCLKKHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELEDVKDTKIQAIRNILCPDLLLELDFGAIWYKCMPTCSDQSILGNVKIMLGNGVKVACDGCQSFANRLTINYNKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVKNDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDAVTVEEIKPITRVKLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFMGTTWDEFEDSISEELDKIFDTLAEQGIELEGYFIYDTCGGFDINNPDGIMISQYDLNIAADEKSDSDASVEDVSLISDNXDVDAENAPFVEGETVSVVDVEDCVEQVSLVEENNLVVNPDEQLASVEEKVEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLTPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKDDVMPFVDYCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKITLSAKCGCGVKEIVLERTVLKLTPLRNEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIESQTPVSQFVVKPTMHAVYTGTTQNGHYAIDDCVQDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTDESKAMVEPPVPVKDKCLEECQSPKDLILPFYKAGKVLFYQGDLDVLINFLEPDVIVNAANGDLRHVGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKAITPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVDGKLCNIYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERVTIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDVGEKVVKALDVDWNAYYGFPNAAAFSASSHDAYEFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWEAFLTRKTAGFVHMLYHISSLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAVTSLIGPVVGDAIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFCTETVPKKQLVKEPVKTRVFSEVEATPKNIVREPKLLAIESGVDYTVTTLGKYADVFFMAGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPYVFKDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLVALYHFFYLFVSIPVMHKLVCSGSVQTYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVAQLSYFIFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFDSISVEFVIIVVVFKSVLALKHIFFPCNNPSCKTCSKIARQTRIPVQVVVNGSMKTIYVQANGTGKLCKKHNFYCKSCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTAYDYDVKNKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAINNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGTSGVTAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSSLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKSGSGFFDVLKQLKQVFWCLVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKNFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGVAVSKSSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTTVYCAKQGLVEGSKLYSDLMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECIESKAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGRSTLGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACVAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIIYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYVMVFFYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGLLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTELISTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPMEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPMMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPAFVSAILAVTTLVSVILVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATVHNVVWDMTYYESLQVLVANVNTXFLPVDMQGVMLALFCIVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIIKLLGMVGEPWTDDNIMLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVLASYKLAYCIVVYVMHPAFVQDFGFIKCVSVIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGARNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCNDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDASPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPSLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASEGGKSFIYAFVASDSNLKYVKWESNNDIIPIELEVPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGSGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGVTIDQELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGVVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVILGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDECIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVCKYFECYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQRHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNACNNATVKSIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYERSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTTHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLNYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVDDFNKLAVSEWTNVEDYKLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKAEYAYAILKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQINKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTTKLAPGMIFVLTSHNVSPLKANILVNQEKYNTISKLYPTFNIAEAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYMGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLAHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRKMYDNLDFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKNDQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVRARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKMATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKRVDWSIVYPFIENEERINKAGRIVQSHVMRAALKVFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPLPFFYYDDSDCEFIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKRHAALYRAYVEDYNTFVQAGFTIWCPQNFDTYMLWQGFVNGKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVIADRIMVRDGPTDKCVFVNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATHKFVLWDYEAECPFSNFTKQVCAYTDLXGEVVTCFDNSISGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGSKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLKRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSITGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFINEKLALGGSVAIKITEFSWNKSLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKTIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALVVNLKERELNDMVVGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1106 Identity=59.07%
Cov(Q)=13.85% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6686
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
417.395779999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00045
Total prob of N-in:
0.00040
outside
1 - 1890
TMhelix
1891 - 1913
inside
1914 - 1982
TMhelix
1983 - 2005
outside
2006 - 2019
TMhelix
2020 - 2042
inside
2043 - 2402
TMhelix
2403 - 2425
outside
2426 - 2497
TMhelix
2498 - 2520
inside
2521 - 2660
TMhelix
2661 - 2683
outside
2684 - 2692
TMhelix
2693 - 2715
inside
2716 - 2721
TMhelix
2722 - 2744
outside
2745 - 2747
TMhelix
2748 - 2770
inside
2771 - 3187
TMhelix
3188 - 3210
outside
3211 - 3214
TMhelix
3215 - 3237
inside
3238 - 3243
TMhelix
3244 - 3266
outside
3267 - 3285
TMhelix
3286 - 3308
inside
3309 - 3314
TMhelix
3315 - 3337
outside
3338 - 3364
TMhelix
3365 - 3387
inside
3388 - 3395
TMhelix
3396 - 3418
outside
3419 - 6686
