Strain
Feline_FJ938055
(Region: Netherlands: Utrecht; Strain: Feline coronavirus UU8, complete genome.; Date: 24-May-07)
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCATGACGTACTGCAGGAAATTAAGTACTGCTATCGTAATGGTTTTGATGGCTATGTGTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTTTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCCGTTCTTCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAGGGTTTCATTGTTAGAGCTAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAGTTGCCCGTACTGGAAACGGCGCCATATATGTAGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGAGAGGAGTATCATTGTGCCTGGTTAACAGTGCGCGATGAAAAACCTTTGAGTCAACAAACTCTCCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAACATGGACATCCCACATAAATTGCCAAATTGTGCTATCAGAGAGGTAGCACCGCCAGTCAAGAAGAACTCTAAGATTGTTCTTTCTGAAGAGTATAAAAAGCTTTATGATATCTTCGGTTCACCATTTATGGGCAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCACTTCATTGCTGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGCTCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTAAAAGGTGTCACACTAGGTGCCGTTAAACCTGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGCGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTTGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAACGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAACCAGAGAGTACTTCACCTGTTTCATGCTCCATTAAGATGGCTTTCATCACTGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATCATCACAGGAAAGTTGGATTTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCTAACCTGCTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAGGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTACGATGTAGTGGCATCACTCTGCAATTCTGCCTTTACTATTATGGATTACAAACCTGTGTTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTTAAGAGTCTCGTTGACAAGTGTGTAAAAATCCTTGTGAAGGCTTTCGATGTTTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAGTGCTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTTTTCGCCACTAATTTAATTGGTGCTACTGTTAATGTGACACCACAGAGGACTGAGGCTGCCAACATTAGCCTGAATAAGGTAGATGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATCATTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAGGAATATTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCAGTTCTTATTAATAATGTTTTTAAAGCAGCTCGTGTGCCATCTTACAACATCACTTATGATGTGGATGATGATACCAAGAGTAAGATTTTGGTCAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGACATCGATGCTGCTATTGTTAAGGTTAATGATTTACTTGTTGAATTCAGACAGGAAAAGTTGTGTTTTAGGGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCTTAGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAAATGCCAGTTTGTCTCAAAAACCATGTCGGTTTATGGGATATTATAAGACGAGATTCTGACAAGAAGGGTTTTCTTGACACTTTCAATCATCTTAACGAATTGGAGGACGTCAAGGACACAAAAATTCAGGCTATTAAAAACATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTTGAATTGGACTTTGGTGCAATCTGGTATAGATGTATGCCAACCTGCTCTGACGTGTCTATTTTAGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGTCATAACTTTGCTAACCGCTTGACAATTAATTACAGCAAACTGTGTGATACAGCTCGTAAAGATGTTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGCTTCATTGACATGAAAGATGCCATTTACTCTGTAGTTGAATATGGTGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGCGTGCCTGTGATTAATAGTGGTACCGTCACAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGACTATGTTGAACCTAAAGATAACGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTCTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCCGTTTCATTTTCAGATGATGTTAATGTTAAAGAGATACAACCTGTTACACGTGTCAAGCTAGAGTTTGAGTTTGACAATGAAGTGGTAACACAAGTGCTTGAAAAAGTTATTGGTACTAAATATAAGTTTACAGGTACGACTTGGGAAGAGTTTGAAGATGCTATCTCTGAGGAACTTGATAAAATCTTTGATACGCTTGCTGAACAAGGTGTAGAACTTGAAGGCTACTTCATTTATGACACATGTGGTGGATTTGATATCAACAACCCAGATGGTGTTATGATCTCACAATATGATCTTAACACATCTGTTGATGAAAAAAGTGACTCCGATGCAAGCGTGGAAGAAACCTCTTCGATTTTTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAGGATAATGTCTCAACTGCTGATGTTGAAGATGTTTCATCTGTAGAAGATGAAACTGTAGCAGTTGCAAACGTTGATGAATCCATTGAACAAGTTACACTTCTAGAGGATAATCCTGAGGGTCAGCTTTCCGCAGTAGAGGAAAAAGTTGAAGTCTCTGCTAAAAATGATCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTACACCTTCCTTGGCACCATTTAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAGACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAACGCTTGCTGTTATCAATTGCAAGCCTTTGATTTCTTTAACCATGATTTGTGGGATGCTTTTAAGAAAGATGACGTTATGCCTTTCGTGAATTTTTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGTGATTCAGGGGATGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTCACACTCAATGCTAAATGTGGCTGTGGTGCTAAAGAGATAGTTTTAGAGCGAACTGTATTTAAGCTCACACCCCTTAAGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAACAAATTAATATGTGTAAGTTTGCCAGCGTTGAAGGTTCAGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACATCTGCGTCACACTTCATTGTGACTCCTACTATGCACGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTACGCGATTGAAGATTGCATTCAAGATTACTGCGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAACGTAATGACAGCTGAATTTAAAACTATGATTAAACCACCTGTGCCCGCTAATGATAAGTGCGTAGAAGAAAGATGTCAAAGTCCTAAAGATCTTATACTACCCTTTTATAAAGCGGGAAAAGTTTCATTCTATCAAGGAGATTTGGATGTTTTGATTAATTTTCTCGAGCCTGATGTTATTGTCAACGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACATGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATCGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAAGAGTACCTTAAATCTAATAAATCCATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGTAATGTCTACAAAGCAATCGCTAAGTGTGACGGTAAAATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTTAAAGTCAAGCTGGAAGTTTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACTGATAGAGATTTGGGTGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAATTGCCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTAAATCAAAAGCGTGTGTCTGTAACACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGGACTGTTGTTATTAAAGACAAAGACGTCACTAACCAGTTGCCTAGTGTATCAGATGTTGGTGAGAAGGTTGTTAAAGCAATAGATGTTGATTGGAACGCTTACTATGGTTTTCCAAATGCAGCGGCTTTTAGTGCCAGCTCCCATGATGCTTATAAATTTGAGGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAACGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCTACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTCTGTGGGATGATTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGTTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGTAGTCACTGTCACACATATAACTGCATGTGATAAGTGTGCAAAAGTCGAAACCTTCACTGGATCTGTGGTAGCAGCACCTCTGATGGTTTACGGCACTGATGAAACTTGCGTTCATGGTGTGAGTGTCAATGTTAAAGTAACAAGTGTTAGAGGTACGGTGGCTATCACTTCTTTAATAGGTCCTGTAGTAGAAGATACTATTGATGCAACTGGTTATATCTGTTACACTGGTTTGAACTCACGTGGTCATTATACCTACTACGATAATCGTGATGGTTTAATGGTCGATGCTGAGAAAGCCTACCATTTTGAGAAAAGTCTTTTACAGGTTACAACAGCTATTATTAGTAATTTTGTTGCTAAAACATCTAAAGAGGAGATTGTGCCTACGAATCCAGTTAAGAAACCAACCACAGCTCGTGTTTTTAGTGAGGTTGAAAAACCTCCTAAAAATATAGTTCGTGAAGAAAAATTGTTGGCTATTGAGAGTGGTGTAGATTATACAATCTCAACACTTGGTAGGTATGCTGATGTATTCTTTATGGCTGGTGACAAAGTTCTTAGGTTTCTCCTCGAAGTCTTTAAGTATTTATTGGTTGTTTTTATGTGTCTTAGAAAATCTAGGATGCCTAAAGTCAAAGTGAAACCACCTCACGTATTTAAAGACTTAGGTGCTAAAGTTAGAACACTGAATTACGTAAGACAATTAAACAAACCTGCCCTATGGCGTTATGCAAAACTAGTACTACTTTTAATAGCATTATACCATTTCTTTTACCTGTTTGTTAGCATACCACTAGTGCATAAATTAGCGTGTAGTGGTAGTGTTCAAGCATATAGTAATTCTAGTTTTGTAAAGTCAGAAGTTTGTGGTAATTCTATTTTGTGCAAGGCTTGTCTGGCATCTTATGATGAATTGGCAGATTTTGATCATCTCCAGGTTTCATGGGATTACAAGTCAGACCCATTATGGAATAGAGTTATACAATTGTCATATTTTACCTTTTTGGCTGTTTTTGGTAACAATTATGTTAGATGTCTTCTTATGTATTTTGTCTCCCAGTACCTCAATCTATGGTTATCTTATTTTGGTTACGTTAAGTATAGCTGGTTTTTGCATGTTGTCAACTTTGAATCAATTTCTGTTGAATTTGTAATCATAGTTGTGGTTTTTAAGGCCGTTCTCGCACTTAAACACATTTTCCTACCATGCAACAACCCATCATGTAAGACATGTTCTAAGATTGCTAGGCAGACACGTATCCCTATACAGGTCGTGGTTAACGGCTCAATGAAGACTGTGTATGTCCATGCTAATGGTACTGGTAAACTCTGCAAAAAGCACAACTTCTATTGTAAGAATTGTGACTCTTATGGATTTGATCACACATTCATTTGTGATGAGATTGTGCGTGATCTGAGTAATAGCATTAAGCAAACTGTTTATGCTACTGACAGGTCATACCAGGAAGTCACAAAAGTTGAATGTTCTGATGGTTTCTACAGGTTCTATGTTGGTGAAGAATTTACGGCATATGACTATGATGTAAAACATAAGAAGTATAGTAGTCAGGAAGTGCTTAAGACTATGTTCCTGCTTGATGACTTCATTGTTTACAGCCCATCGGGGTCTTCTCTTGCTAGTGTTAGAAATGTCTGTGTTTACTTTTCACAACTAATTGGTAGGCCTATTAAGATTGTTAATAGTGATTTGCTTGAAGATTTATCTGTAGACTTTAAGGGAGCACTTTTCAATGCCAAGAAGAATGTTATTAAGAATTCTTTCAATGTTGATGTCTCAGAATGTAAAAATCTGGAAGAGTGCTACAAGGCATGTAACCTTGATGTTACATTCTCCACATTTGAGATGGCAGTTAATAATGCTCACAGATTTGGTATTTTAATTATAGACCGGTCCTTTAACAATTTCTGGCCATCGAAGATTAAGCCTGGTTCTTCCGGTGTCTCTGCTATGGACATTGGTAAGTGCATGACCTTCGATGCTAAGATTGTCAATGCAAAGGTTTTGACACAACGTGGTAAAAGTGTTGTATGGTTAAGTCAAGATTTTTCTGCACTTAGTTCTACAGCACAAAAGGTTTTAGTTAAAACATTTGTAGAAGAGGGTGTGAACTTTTCACTCACGTTTAATGCTGTGGGTTCAGATGAAGATTTGCCATATGAGCGATTCACTGAATCTGTGTCAGCAAAGAACGGTTCAGGTTTCTTTGATGTACTCAAACAGCTTAAACAACTGTTCTGGTGCCTTGTTTTGTTCATCACTATTTATGGTCTGTGCTCAGTCTACAGTGTCGCAACTCAGTCTTACATTGATTCTGCTGAAGGTTATGATTACATGGTTATTAAGAATGGTGTTGTTCAACCATTTGATGATTCTATTAACTGTGTACATAACACATATAAAGACTTTGCAGTGTGGTTCAAGGCTAAATATGGTTTTGTGCCTACATTTGATAAGTCTTGTCCTATTGTTTTAGGAACTGTTTTTGATTTAGGTAATATGAGACCAATCCCCGATGTACCAGCATATGTAGCACTTGTTGGTAGATCTCTCGTGTTTGCAATTAATGCTGCATTTGGTGTTACTAATGTGTGCTATGATCATATGGGTGCCTCTGTAAGTAAGAATTCTTACTTTGACACTTGTGTCTTCAATTCCGCGTGCACCACTCTAACCGGCCTTGGTGGTACAGTAGTTTATTGTGCTAGGCAAGGACTTGTTGAGGGTTCTAAGCTTTACAGTGAATTGTTGCCTGATTATTACTATGAGCACGCTAGTGGTAATATGGTTAAAATACCAGCTATTATTAGGGGTTTTGGCTTGAGATTTGTAAAAACACAGGCTACAACTTATTGCAGAGTCGGAGAGTGTACTGAAAGTCAAGCTGGTTTTTGCTTTGGTGGTGACAACTGGTTTGTCTATGATAAAGAGTTTGGAGATGGTTACATTTGTGGGAGTTCCACACTGGGATTCTTCAAAAATGTGTTTGCACTCTTTAACTCCAACATGTCTGTAGTAGCCACATCTGGTGCAATGTTGGCTAACATTATCATTGCATGCTTGGCTATTGCAGTCTGTTATGGTGTTCTTAAGTTTAAAAAGATCTTTGGTGATTGCACTCTCCTAGTGGTTATGATTATTGTTACATTGATTGTTAATAATGTTTCCTACTTTGTAACCCAAAACACATTCTTTATGATTGTCTATGCTATCATCTATTATTTCACAACAAGAAAACTTGCATACCCAGGCATTTTAGATGCAGGATTCATTATTGCATATGTGAATATGGCTCCGTGGTATGTTCTTGTTTTGTACATAATGGTATTCCTATATGATTCTCTACCATCACTMTTCAAACTTAAGGTAACAACAAACCTTTTTGAAGGTGATAAATTTGTAGGTAGTTTTGAATCAGCAGCTATGGGTACTTTTGTTATAGACATGCGTTCATATGAAACACTCGTTAATTCTACATCTTTAGATAGAATTAAGTCATATGCTAACAGCTTTAACAAGTACAAGTACTATACTGGTTCAATGGGAGAGGCTGATTACCGCATGGCTTGTTATGCTCATTTGGGTAAGGCATTAATGGATTATTCTGTTTCAAGAAATGACATGCTTTACACGCCACCAACGGTCAGTGTTAATTCAACACTGCAGTCTGGATTGAGAAAAATGGCACAGCCTAGCGGTATTGTGGAACCCTGCATTGTAAGGGTGGCTTATGGTAATAATGTCCTTAATGGTTTGTGGCTAGGTGATGAAGTTATCTGCCCTAGACACGTCATTGCCTGTGACACATCGCGAGTGATCAATTATGAGAATGAGTTGTCTAGTGTGCGTTTACATAACTTTTCTATAGCTAAAAATAATGTGTTTTTGGGTGTTGTGTCTGCCAAATATAAGGGTGTAAATCTCGTCCTTAAGGTGAATCAGGTGAACCCTAACACACCGGAACATAAATTTAAGTCTGTGAAACCAGGTGAGAGTTTTAATATTCTTGCTTGTTATGAAGGCTGTCCTGGTAGTGTTTATGGTGTGAACATGAGGAGCCAGGGTACTATCAAGGGTTCATTCATTGCTGGTACTTGTGGGTCAGTAGGTTATGTGTTAGAAAATGGAACTCTCTATTTTGTGTACATGCACCACTTAGAGTTAGGTAATGGCTCCCATGTCGGTTCAAACCTGGAAGGGGAAATGTACGGCGGTTATGAAGATCAACCTAGCATGCAATTGGAAGGTACTAACGTCATGTCATCAGATAATGTGGTTGCATTTTTGTATGCTGCTCTTATCAACGGTGAGAGATGGTTTGTTACAAACGCATCAATGTCGCTAGAATCTTATAATGCATGGGCCAAAACCAACAGTTTTACGGAAATCGTGTCAACTGATGCGTTTAATATGTTGGCCGCAAAAACTGGTTACAGTGTTGAAAAGTTGCTTGAGTGTATTGTTAGACTCAACAAAGGTTTTGGAGGACGCACTATACTGTCTTATGGTTCACTGTGTGATGAATTCACACCTACGGAGGTCATAAGGCAAATGTATGGTGTTAATCTTCAGTGTGGTAAGGTGAAGTCTCTATTTTACCCCATGATGACTGCTATGGCTATCCTTTTTGCATTTTGGTTAGAATTCTTCATGTACACACCCTTTACGTGGATTAATCCAACATTTGTTAGTGTTATTCTAGCTATTACAACAATTGTATCTGCGATACTAGTCGCTGGAATTAAGCACAAAATGTTGTTCTTTATGTCCTTTGTAATGCCTAGTGTTATCTTAGCTACTGCACATAATGTTGTCTGGGACTTGACCTATTATGAAAGTTTACAGGTTCTTGTAGAAAATGTTAATACCACTTTCTTACCAGTTGACATGCAAGGTGTCATGCTTGCACTGTTTTGTGTTGTTGTGTTTGTTACATACACTATAAGATTCTTTACATGCAAGCAATCATGGTTTTCATTGTTTGTAACAACTGTTTTTGTGGTGTTTAACATTGTTAAATTGCTAGGTATGGTAGGTGAACCATGGACTGAAGATCACATTTTGCTGTGTCTTGTAAACATGCTTACCATGTTGATAAGTCTTACTACAAAGGATTGGTTTGTTGTTTTTGCATCATACAAATTTGCTTATTATATAGTTGTATATGTAATGCAGCCAGCTTTTGTTCAAGATTTTGGTTTCGTCAAGTGTGTAAGCATAATTTACATGGCTTGTGGTTACCTATTCTGTTGTTATTATGGTATTCTCTATTGGGTTAACAGGTTTACATGCATGACGTGTGGCGTTTACCAGTTCACAGTTTCACCAGCCGAGCTTAAATACATGACTGCTAACAATTTGTCTGCACCTAAGACAGCATATGATGCTATGATTCTTAGTGTTAAGTTGATGGGCATTGGTGGGGAGCGGAACATAAAAATTTCCACTGTGCAATCTAAACTCACAGAGATGAAGTGTACGAATGTTGTTTTGCTCGGCCTTTTGTCTAAAATGCATGTCGAATCTAACTCAAAGGAGTGGAACTATTGTGTTGGCCTGCACAATGAGATTAATTTGTGTGATGACCCTGAAGTCGTCCTTGAAAAATTACTTGCTCTCATTGCATTCTTTTTGTCCAAGCATAACACATGTGATCTTAGTGATCTTATTGATTCATACTTTGAGAATACCACTATTTTACAGAGTGTAGCATCTGCTTATGCTGCTTTGCCTAGCTGGATTGCCTATGAGCAAGCTCGTGCCGACCTAGAAGAGGCTAAGAAGAATGATGTTAGCCCTCAACTTTTGAAACAGCTTACAAAGGCTTGTAATATTGCTAAGAGCGAATTTGAGCGAGAAGCTTCCGTGCAAAAGAAACTTGATAAAATGGCAGAGCAGGCTGCAGCTAGCATGTACAAAGAGGCACGTGCCGTGGACAGGAAGTCGAAAATAGTTTCAGCTATGCATAGTTTACTTTTTGGTATGCTTAAGAAACTTGACATGTCCAGCGTTAACACTATTATTGAACAGGCTCGTAATGGTGTATTACCATTGAGTATTATACCAGCTGCCTCAGCTACAAGGCTTATTGTTGTAACACCTAACCTTGAAGTGCTTTCCAAGGTTAGACAAGAAAATAATGTACATTATGCAGGTGCTATTTGGTCAATTGTTGAAGTTAAGGATGCTAATGGCGCTCAAGTCCACTTGAAGGAAGTTACAGCTGCCAATGAGTTGAACCTGACCTGGCCTTTGAGTATTACATGTGAGAGAACCACTAAGTTGCAGAACAATGAAATCTTGCCAGGTAAACTTAAAGAGAAAGCTGTTAAAGCATCTGCTACAATTGATGGTGATGCTTATGGTAGTGGTAAGGCGCTCATGGCTTCCGAATGTGGTAAGAGTTTTATATATGCATTTATAGCATCAGACAGCAACCTTAAGTATGTTAAATGGGAGAGCAACAATGATGTGATACCTATTGAACTTGAAACCCCATTGCGCTTCTATGTTGATGGCGTTAATGGTCCTGAAGTTAAATATTTGTATTTTGTGAAAAACTTAAACACTCTTAGACGTGGTGCCGTTCTTGGTTATATTGGTGCAACAGTTCGTCTGCAAGCTGGTAAACCCACTGAACACCCATCTAATAGTGGTCTGCTGACATTATGTGCCTTTGCACCTGACCCTGCTAAAGCATATGTTGATGCTGTTAAACGAGGTATGCAGCCAGTTACCAACTGTGTAAAAATGCTCTCAAATGGTGCCGGTAATGGTATGGCTATCACAAATGGTGTTGAATCCAACACACAACAAGACTCTTATGGTGGAGCATCTGTGTGTATCTATTGTAGATGTCATGTAGAACATCCTGCAATTGATGGGTTGTGCCGCTTTAAAGGTAAATTTGTCCAAGTACCAACCGGTACCCAAGATCCTATTAGATTCTGTATTGAAAATGAAGTTTGTGTCGTTTGCGGTTGCTGGCTTAATAATGGTTGTATGTGTGATCGTACTTCTATGCAAGGCGCCACTATTGATCAGAGTTATTTAAACGAGTGCGGGGTTCTAGTGCAGCTCGACTAG
Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFHDVLQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKVARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLSQQTLLTIREIQYNMDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKIVLSEEYKKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGSESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKMAFITGEVDDAVHDCIITGKLDFSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCNSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKSLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLINNVFKAARVPSYNITYDVDDDTKSKILVKIGTSFDFDGDIDAAIVKVNDLLVEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELEDVKDTKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDVSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHNFANRLTINYSKLCDTARKDVEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVINSGTVTTDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDDVNVKEIQPVTRVKLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWEEFEDAISEELDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTSVDEKSDSDASVEETSSIFDNEDVEQIEEDNVSTADVEDVSSVEDETVAVANVDESIEQVTLLEDNPEGQLSAVEEKVEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPTPSLAPFKTTNLNGKIILRQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDAFKKDDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLNAKCGCGAKEIVLERTVFKLTPLKNEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQTSASHFIVTPTMHAVYTGTTQSGHYAIEDCIQDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAEFKTMIKPPVPANDKCVEERCQSPKDLILPFYKAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVIVNAANGDLKHMGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKSIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLGVFVYTDQERIAIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVTLDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDVGEKVVKAIDVDWNAYYGFPNAAAFSASSHDAYKFEVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDDFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSVVTVTHITACDKCAKVETFTGSVVAAPLMVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVEDTIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRDGLMVDAEKAYHFEKSLLQVTTAIISNFVAKTSKEEIVPTNPVKKPTTARVFSEVEKPPKNIVREEKLLAIESGVDYTISTLGRYADVFFMAGDKVLRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSRMPKVKVKPPHVFKDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPLVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFTFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFLPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILIIDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKNGSGFFDVLKQLKQLFWCLVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKDFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHMGASVSKNSYFDTCVFNSACTTLTGLGGTVVYCARQGLVEGSKLYSELLPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSTLGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIACDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQCGKVKSLFYPMMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAITTIVSAILVAGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDLTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEQARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASECGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELETPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATIDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 620 Identity=98.01%
Cov(Q)=7.49% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4030
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
422.581989999998
Exp number, first 60 AAs:
0.00033
Total prob of N-in:
0.00028
outside
1 - 1901
TMhelix
1902 - 1924
inside
1925 - 2004
TMhelix
2005 - 2027
outside
2028 - 2041
TMhelix
2042 - 2064
inside
2065 - 2413
TMhelix
2414 - 2436
outside
2437 - 2508
TMhelix
2509 - 2531
inside
2532 - 2671
TMhelix
2672 - 2694
outside
2695 - 2703
TMhelix
2704 - 2726
inside
2727 - 2732
TMhelix
2733 - 2755
outside
2756 - 2758
TMhelix
2759 - 2781
inside
2782 - 3198
TMhelix
3199 - 3221
outside
3222 - 3225
TMhelix
3226 - 3248
inside
3249 - 3254
TMhelix
3255 - 3277
outside
3278 - 3296
TMhelix
3297 - 3319
inside
3320 - 3325
TMhelix
3326 - 3348
outside
3349 - 3374
TMhelix
3375 - 3393
inside
3394 - 3405
TMhelix
3406 - 3428
outside
3429 - 4030
