Strain
Avian_GQ427173
(Region: USA; Strain: Turkey coronavirus strain TCoV/VA-74/03, complete genome.; Date: 2003)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTTTTCTACACGTCACATAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCATTTAGGCAAAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTTTGTGGTCTCTTCCTATTGAAGGGAGTTGACAACTTAACACCTGGCGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAGGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCGCTCCTTTTGCACGGAAGTACCGTGAATTGTTAAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATACTCGTGCACAAACGCTTGACGAAATTTTTGACTCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAGTTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGTTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTAGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTCATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAGGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGGGGCACTAAAGGGTTTGAAGTCATTGGCAATGCCAAGGGTACACAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATCTAACGTTGCTTGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTGTAGTGTCTCAGAACTCGTGGTAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTTAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTATTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACGGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAATTTTTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTGTTGTCTTAGCAGTAGTGCTTGGAGAAGGCGTTTGGCAGCTTGTTTCTCAAGTCATCTACAAATTAGGTGGTCTTTTTACTAAAGTTGTTGATTTTTGTGAGAAACACTGGCAAGGGTTTTGTGTTCAGTTGAAGAAAGCTAAGCTCGTTGTCACTGAAAATCTTTGTGTTTTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTCCAACTACTGCTTGATGCAATACATTCTCTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGCGCACTTGGTAGGATCCATGGAGATTTGCTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTTAAAGAAAAACCTGTTGATTTTGAGGTTTGTGAAGATGTGACACTCTCAGAGAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAAGAAGATGGAAAGAACTATATGTTTTTCGCTCAAAAAGATGAGCACATCTATTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGGCACTACTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGTGATGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCTCCAGAGCCTCCACCATTTGAGAACGTCGCTCTTGTTGATAAGAACGGTAAAGACTTGGATTGTATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGGTGATGATATCGAGGAGGATGATGCTGAGGAGTTTGATACTGACTCAGCTGATGCTGAAGAATGTGACACAGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCGGCAAGTAACAAGTACCCTCTTCCACTAGATGATGATTATAGCGTCTACAATGGTGCAATTGTTCATAAAGACGCTCTTGATGTTGTGAATTTACCATCTGGTGAAGAATCTTTTGTTGTTAATAATTGTTTTGAGGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGTGACTGGAGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAATCTACTCGAGTCGTATTTGAGAAACCGGTTGAGGATTCTACTGGTAGTTGCGAGGCAATGGTTGAACGAACTGTTGTTGAAGAACATGCTGTAGTTCCTGTGGTTGAGAATAAGTCGGATGTAGTTGTTTATACACCTGCCGACCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAGGTTGATGAGTTCATTCTCATTTCTGATGTTTCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGAGCCACAAGTTGAGCAACATCCTATTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAAGTTAAACCAGCTACTTGTGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTGTTGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAATTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGACTTTGTGGAATATTGTGAAGACTATGTTAAGAAACATGGACCACAACAAAGACTTGTTACACCTCATTGCAAGGGCATTCAATGTGTGAATAATGTAGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGCAACTTGCGTGAGAAGCTTGTGGCTGCTTACAAGAAGGTTCTTGTAGATGGCGTCTTCAATTATGTTGTACCAGTTCTCTCGTCAGGAATCTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTGATGGTTGCGACATACGTGTCCTCTTGTTCTCTCTGAGTCCAGAACACATCGATTATTTCAATGCAACTTGTAAGCAGAAGACACTTTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCCATTGTTGTAAAACCTGGTGACTCATTGATTCAATTTAGACAGGTTTTTGCTAAAAATAAGGCAGTCTTTACAGCTGATGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTTCGTTCCTACTACTGATAAGACTGTTCTTGAGTATTATCATTTAGATGCGCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTCTTGCGCAGAAATGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTATTATACTAGAGTGGCGTGATGGAAACTGCTGGGTTAGTTCAGTAGCAGTACTCCTTCAAGCTGCCAAAATTAGGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAATTCCTAGGTGGTGATCCTACGGAGTTTGTAGCTTGGTGTTATGCGAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGATTTTTCAGATACCAATTGGCTTTTGGCTAATTTGGCAGAACATTTTGATGCAGACTACACGAACGCACTTCTTAAGAAGCGTGTGTCTTGTAACTGTGGTGTAAAGAGTTATGAACTTAGGGGCCTTGAAGCTTGTATACAACCAGTAAAGGCACCTAACCTGCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCTCAATCTGTGGTGCAAATAGTACGGATGAAGTAATAGAAGCTTCACTACCATACTTGTTGCTCTTTGCTACTGATGGCCCTGCTGCAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGATCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCATAGATAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGACAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCTTACATTACAGCAATGTATATGCGCTTTTCTCTTAAGAGTGAAAATCCTTTACCTGTTGTTAAACAGAGTAAGGGTAAAACTAAGGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTCGCTACTAGTTCTAAGGTTAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACATTGGTATGATAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAATCACCTGACAATTTTGGTGGGTATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGCTGTTGACTTTAGGTCGAAGGATGGTTTCACGTACAAGTTAATACCTGATACTGATGAAAATTCAAAAGCACCAGTCTACTATCCAGTCTTGGACGCTATTAGTCTTAAGGCGATATGGGTGGAAGGTAATGCTAATTTTGTTGTTGGACATCCAAATTGTTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAGTGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGGGTGCAGAACATCTTAACAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGG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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDNLTPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVAPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDTRAQTLDEIFDSTEILWLQVAAKVQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSVLFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVIGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSCSVSELVVALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEFLKTHFCKAQMSIVVLAVVLGEGVWQLVSQVIYKLGGLFTKVVDFCEKHWQGFCVQLKKAKLVVTENLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVKEKPVDFEVCEDVTLSENQPGHMVQIEEDGKNYMFFAQKDEHIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGGTTVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESGDDIEEDDAEEFDTDSADAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGAIVHKDALDVVNLPSGEESFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWSEAVDAQEQLCQQESTRVVFEKPVEDSTGSCEAMVERTVVEEHAVVPVVENKSDVVVYTPADLEVVKETAEEVDEFILISDVSKEEVVSQEKEEPQVEQHPIQVVKPQREKKAKKFKVKPATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPHCKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKKVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFDGCDIRVLLFSLSPEHIDYFNATCKQKTLYLTEDGVKYRSIVVKPGDSLIQFRQVFAKNKAVFTADDVEDKEILFVPTTDKTVLEYYHLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFIILEWRDGNCWVSSVAVLLQAAKIRFRGFLAEAWAKFLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGDFSDTNWLLANLAEHFDADYTNALLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYSNCSICGANSTDEVIEASLPYLLLFATDGPAAVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAIDKAFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYMRFSLKSENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDDLTDFEHWYDSNIYESLKVQESPDNFGGYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSAVDFRSKDGFTYKLIPDTDENSKAPVYYPVLDAISLKAIWVEGNANFVVGHPNCYSKSLRIPTFWESAESFVKIGDKVDGVTMGLWGAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCGKLISKAATFIADKVGGGVVRNITDSIKGFCGFTRGHFERMSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVVASYKRLLSKVVFTTLFILWFIYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSLCGPYNGYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAGSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRQEASVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDDFVNLKYKAATPGKDSAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQTLIVEPVSKSVVDKVCDILSRIISVDTASLDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFVTRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVVSGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHMETNSFVHPMYDVNFTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNNRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLNDVMFVHMAQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYVNGDSDAPGALPFSSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIMHTPYIVKLLSDSYCRGSVCEYTKPGYCMSLNSQWVLFNDEYIGRPGVFCGSTVRELVFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVIVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWAVNAFVLCVHSYNSVVAAILLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYVYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEAYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVCPSSAVENCIVSVSYRGNNLNGLWLGDAIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNHEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLAGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLASTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSIVRRATSWFWSRCMLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPMFTVIIGACAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQSMKLGFVTYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLLVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKIPAPKSVWDVVKTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSYIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSVGSGLTYCISSDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGHGCQCDAIRQQKPSVQSVAGASDFGKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 667 Identity=93.58%
Cov(Q)=9.07% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3947
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
400.64611
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00362
outside
1 - 1723
TMhelix
1724 - 1743
inside
1744 - 1749
TMhelix
1750 - 1772
outside
1773 - 1842
TMhelix
1843 - 1865
inside
1866 - 1884
TMhelix
1885 - 1907
outside
1908 - 2279
TMhelix
2280 - 2297
inside
2298 - 2554
TMhelix
2555 - 2577
outside
2578 - 2581
TMhelix
2582 - 2604
inside
2605 - 2610
TMhelix
2611 - 2628
outside
2629 - 2647
TMhelix
2648 - 2670
inside
2671 - 3092
TMhelix
3093 - 3115
outside
3116 - 3119
TMhelix
3120 - 3142
inside
3143 - 3148
TMhelix
3149 - 3171
outside
3172 - 3185
TMhelix
3186 - 3208
inside
3209 - 3214
TMhelix
3215 - 3237
outside
3238 - 3251
TMhelix
3252 - 3274
inside
3275 - 3293
TMhelix
3294 - 3316
outside
3317 - 3947
