Strain
Avian_GQ427176
(Region: USA; Strain: Turkey coronavirus strain TCoV/TX-1038/98, complete genome.; Date: 1998)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTACAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAATCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTTTTCTATACGTCACACAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCAGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAACAGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAGGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCACCTTTTGCACGGAAATACCGTGAACTTTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGTTCGTGCACAAACTCTTGATGAAATTTTTGGCCCCACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGAAGAAATAACTGCAAAAGTCATGGATGCTTTGGGCTCAAATTTGAGTGCTCTTTTTAAAATTGTTAAGGAACAAATAGTCAGAATCTTTCAAAAGGCCCTGGCTATCTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGCATTGCTGCACTTAAAATGGCTTTTTCCAAGTGTGCAAAATCAATTACAGCTGTGGTTGTAGGACATGCTCTTGTGATTAGAGAGTTTGCTGGAACTTGCCTTGCAAGCATTAATGGTGCCATTGCTAAATTCTTTGACGAACTTCCCAATGGCTTCATGGGTGCCAAAATTTTTTCAACATTGGCCTTTTTTAAAGAGGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGCACTAAAGGGTTTGAAGTCATTGGCAATGCCAAGGGTACACAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACCTTAACACTGCTTGCCAAAAAGCTGACATCCCTGTGGAGGAAGAAGGTTGGTCTGCAATTTTGGAGGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGGTTCTATGCGACACCGCTTTCTGGAAATTTTGCATTGCATGATGTACATTGCTGCGAGCGTGTTGTCTGTCTTTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGACTCGTTCTTGCTGCAATTTACTCATCCTGCAGTGTGTCAGAACTCGTGGCAGCCATTAAAAAAGGCGAACCATTTAAGTTCTTAGGCCATAAATTTGTGTATGCAAAGGATGAAGCAGTGTCGTTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCCCGCGTGAAAATGGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTTGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTTTGTGCACAACTTAAAAGGGCTAAGCTCGTTGTCACCGAAACTCTTTGTGCTCTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTCCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTCTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTAATAGTATTGATGTTGAGGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTCTTCCGCTCAAAAGGATGAGGACATCTATTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACGTAACAGTGAGAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTCGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGCTCTATGAGAAGATGTGTGACGACCTCAAGTTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCCCCACCATTTGAGAACGTTGCGCTTGTTGATAAGAACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGACTATGAGAGTGGTGATGACATCGAGGAGGAAGATGCTGAGGAGTGTGACACTGACTCAGCTGATGCTGAAGCATGTGACACAGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCGGCAAGTAACAAGTATCCTTTACCGCTTGATGATGATTATAGCGTCTACAATGGTACAATTGTTCATAAGGACGCTCTTGATGTTGTGAATTTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTTGTTAATAATTGTTTTGAAGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCGCAAGAACAATTGTGTCAACAGGAATCTACTCGAGTCGTATTTGAGAAACCGGTTGAGGATTCTATCAGTGGTTTGGAGGCAATGGTTGAACAAGCTGTTGTTGAAGAACAGGAAATAGTTCCTGTTGTTGAAGAGGAACAGGATGTAGTTGTTTATACACCTGCAGACCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAGGTTGATGAGTTCATTCTCATTTCTGATGTTTCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGAGCCACAAGTTGAGCAACATCCTACTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAAGTTAAACCAGCTACATGTGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTGTTGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAATTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGACTTTGTGGAATATTGTGAAGACTATGTTAAGAAACATGGACCACAACAAAGACTTGTTACACCTCATTGTAAGGGCATTCAATGTGTGAATAATGTAGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGCAACTTGCGTGAGAAGCTTGTGGCTGCTTACAAGAAGGTTCTTGTAGATGGCGTCTTCAATTATGTTGTACCAGTTCTCTCGTCAGGAATCTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTGATGGTTGCGACATACGTGTCCTCTTGTTCTCTCTGAGTCCAGAACACATCGATTATTTCAATGCAACTTGTAAGCAGAAGACACTTTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCCATTGTTGTAAAACCTGGTGACTCATTGATTCAATTTAGACAGGTTTTTGCTAAAAATAAGGCAGTCTTTACAGCTGATGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTTCTTGAATATTATGGTTTAGATGCGCAAAAGTATGTAATATATTTGCAAACTCTTGCGCAGAAATGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTAGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAGTTCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAAATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAATTTTTGGGTGGAGATCCTACTGATTTTGTAGCCTGGTGTTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTAGGTGATTTTTCAGATGCTAATTGGCTTTTGGCTAATTTGGCAGAACATTTTGATGCAGATTACACGAATGCACTTCTTAAGAAGCGTGTGTCATGTAACTGTGGTGTTAAGAATTATGAACTTAGGGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCTAATCTGCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCTCAATCTGTGGTGCAAATAGTACGGATGAAGTAATAGAAGCTTCACTACCATACTTGTTGCTCTTTGCTACTGATGGTCCTGCTACAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACRCAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCTTACATTACAGCAATGTATACGCGCTTTTCTCTTAAGAGTGAAAATCCTCTGCCTGTTGTTAAACAGAGTAAGGGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTTGCTACTAGTTCTAAAGCCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAAATGCCTGTGAATTTGGATGATTATGTGTCATTTACAACGAAAGAAGATACTAAGTTGCCACTGACACTTAAGGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTTGACTTTGTTTCAAGAGATGGTTTCTCTTATAAGTTAACACCTGACATTGAAGAAAATTCAAAAGCGCCAGTCTACTACCCAGTCTTAGACTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTAGATGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACATCTTAACAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGG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Protein
MATSLKQGVSPKSRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAVRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDVRAQTLDEIFGPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVEEITAKVMDALGSNLSALFKIVKEQIVRIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFSKCAKSITAVVVGHALVIREFAGTCLASINGAIAKFFDELPNGFMGAKIFSTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVIGNAKGTQVVVRGMRNDLNTACQKADIPVEEEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYATPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLVLAAIYSSCSVSELVAAIKKGEPFKFLGHKFVYAKDEAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVKMEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKRAKLVVTETLCALKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAINSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMSSAQKDEDIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDVTVREIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVLYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESGDDIEEEDAEECDTDSADAEACDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGTIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCQQESTRVVFEKPVEDSISGLEAMVEQAVVEEQEIVPVVEEEQDVVVYTPADLEVVKETAEEVDEFILISDVSKEEVVSQEKEEPQVEQHPTQVVKPQREKKAKKFKVKPATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPHCKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKKVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFDGCDIRVLLFSLSPEHIDYFNATCKQKTLYLTEDGVKYRSIVVKPGDSLIQFRQVFAKNKAVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWISSAVVLLQAAKIRFKGFLAEAWAKFLGGDPTDFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEHFDADYTNALLKKRVSCNCGVKNYELRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYSNCSICGANSTDEVIEASLPYLLLFATDGPATVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYTRFSLKSENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKASFDDLTDFEQWYDSNIYESLKVQEMPVNLDDYVSFTTKEDTKLPLTLKVRGIKSVVDFVSRDGFSYKLTPDIEENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVDGSANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISNAATFIADKIGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKFSPQFIKTLIFFLFYFVKASAKSVVASYKRVLCKVVFATLLIVWFIYTSNPVIFTGIRVLDFLVEGSLCGPYNDYGKDSFDVLLYCGDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQVYKDAVSGIKFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFVDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVGVVVGGRKQIVHVYTNSGYDFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDDFVNLKYKATTPGKDGAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVDKVCDILSRIISVDTASLDYKAGTIRDVLLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGYYHMETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEEACFSNKFANFDAFWGKPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFVHMTQTDRKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYVNGHNDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLVLVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWAVNAFVLCVHSYNSVVAAILLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGTYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVCPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNHEFEVATQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLSGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSIVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVTYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLLVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKIKPPKTVWDVFNANILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSIGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCHSMHLRQPKPSVQSAAGATDFDKNYLKRVRGSSEARLIPLANGCDPDVVKRAFDVCNKESAGMFQNLKRNCARFQEVRDTEDGNLEYCDSYFVVKQTTPSNYEHEKSCYEDLKSEVTADHDFFVFNKNIYNISRQRLTKYTMMDFCYALRHFDPKDCEVLKEILVTYGCIEDYHPKWFEENKDWYDPIENPKYYAMLAKMGPIVRRALLNAIEFGNLMVEKGYVGVITLDNQDLNGKFYDFGDFQKTALGAGVPVFDTYYSYMMPIIAMTDALAPERYFEYDVHKGYKSYDLLKYDYTEEKQEMFQKYFKYWDQEYHPNCRDCSDDRCLIHCANFNILFSTLIPQTSFGNLCRKVFVDGVPFIATCGYHSKELGVIMNQDNTMSFSKLGLSQLMQFVGDPALLVGTSNNLVDLRTSCFSVCALASGITHQTVKPGHFNKDFYDFAEKAGMFKEGSSIPLKHFFYPQTGNAAINDYDYYRYNRPTMFDIRQLLFCLEVTSKYFECYEGGCIPASQVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARLYYEMSLEEQDQLFESTKKNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQFHQKILKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLRNLIQGVEDPILMGWDYPKCDRAMPNLLRIAASLVLARKHTNCCTWSERIYRLYNECAQVLSETVLATGGIYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNIIQATSANVARLLSVITRDIVYDDIKSLQYELYQQVYRRVNFDPAFVEKFYFYLCKNFSLMILSDDGVVCYNNTLAKQGLVADISGFREVLYYQNNVYMSDSKCWVEPDLEKGPHEFCSQHTMLVEVDGEPKYLPYPDPSRILGACVFVDDVDKTEPVAVMERYIALAIDAYPLVHHENEEYKKVFFVLLSYIRKLYQELSQNMLMDYSFVMDIDKGSKFWEQEFYENMYRAPTTLQSCGVCVVCNSQTILRCGNCIRKPFLCCKCCYDHVMHTDHKNVLSINPYICSQPGCGEADVTKLYLGGMSYFCGNHKPKLSIPLVSNGTVFGIYRANCAGSESVDDFNQLATTNWSTVEPYILANRCSDSLRRFAAETVKATEELHKQQFASAEVREVLSMELILSWEPGKTRPPLNRNYVFTGYHFTRTSKVQLGDFIFEKGEGKDVVYYRATSTAKLSVGDIFVLTSHNVVSLVAPTLCPQQTFSRFVNLRPNVMVPECFVNNIPLYHLLGKQKRTTVQGPPGSGKSHFAIGLAAYFSNARVVFTACSHAAVDALCEKAFKFLKVDDCTRIVPQRTTIDCFSKFKANDTGKKYIFSTINALPEVSCDILLVDEVSMLTNYELSFINGKINYQYVVYVGDPAQLPAPRTLLNGSLSPKDYNVVTNLMVCVKPDIFLAKCYRCPKEIVDTVSTLVYDGKFIANNPESRQCFKVIVNNGNSDVGHESGSAYNTTQLEFVKDFVCRNKEWREATFISPYNAMNQRAYRMLGLNVQTVDSSQGSEYDYVIFCVTADSQHALNINRFNVALTRAKRGILVVMRQLGELYSALKFTELDSETSLQGTGLFKICNKDFSGVHPAYAVTTKALAATYKVNDELAALVNVEAGSEITYKHLISLLGFKMSVNVEGCHNMFITRDEAIRNVRGWVGFDVEATHACGTNIGTNLPFQVGFSTGADFVVTPEGLVDTSIGNNFEPVNSKAPPGEQFNHLRALFKSAKPWHVIRPRIVQMLADNLCNVSDCVVFVTWCHGLELTTLRYFCKIGKEQVCSCGSRATTFNSHTQAYACWKHCLGFDFVYNPLLVDVQQWGYSGNLQFNHDLHCNVHGHAHVASADAIMTRCLAINNAFCQDVNWDLTYPHIANEDEVNSSCRYLQRMYLNACVDALKINVVYDIGNPKGIKCVRRGDLSFRFYDKNPIVPNVKQFEYDYNQHKDKFADGLCMFWNCNVDCYPDNSLVCRYDTRNLSVFNLPGCNGGSLYVNKHAFHTPKFDRISFRNLKAMPFFFYDSSPCETIQVDGVAQDLVSLATKDCITKCNIGGAVCKKHAQMYAEFVTSYNAAVTAGFTFWVTNNFNPYNLWKSFSALQSIDNIAFNMYKGGHYDAIVGEMPTIVTGDKVFVIDQGVEKAVFVNQTTLPTSVAFELYAKRNIRTLPNNRILKGLGVDVTNGFVIWDYANQAPLYRNTVKVCAYTDIEPNGLIVLYDDRYGDYQSFLAADNAVLVSTQCYKRYSYVEIPSNMLVQNGMPLKDGANLYVYKRVNGAFVTLPNTLNTQGRSYETFEPRSDIERDFLDMSEEDFVEKYGKDLGLQHILYGEVDKPQLGGLHTVIGMYRLLRANKLNAKSVTNSDCDVMQNYFVLADNGSYKQVCTVVDLLLDDFLELLRNILKEYGTNKSKVVTVSIDYHSISFMTWFEDGSIKTCYPQLQSAWTCGYNMPELYKVQNCVMEPCNIPNYGVGITLPSGIMMNVAKYTQLCQYLSKTTMCVPHNMRVMHFGAGSDKGVAPGSTVLKQWLPEGTLLVDNDIVDYVSDAHVSVLSDCNKYKTEHKFDLVISDMYTDNDSKRKHEGIVANNGNDDVFIYLANFLKNNLALRSFAVKVTETSWHEILYDIAQDCAWWTMFCTAVNASSSEAFLVGINYLGASEKVKVSGKTLHANYIFWRNCNYLQTSAYSIFDVAKFDLKLKATPVVSLKTEQKDRLSFWFS
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009003
Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR040795 Nsp1a_N
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1165 Identity=61.63%
Cov(Q)=14.13% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6602
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
398.673529999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00801
outside
1 - 1724
TMhelix
1725 - 1744
inside
1745 - 1750
TMhelix
1751 - 1773
outside
1774 - 1843
TMhelix
1844 - 1866
inside
1867 - 1885
TMhelix
1886 - 1908
outside
1909 - 2280
TMhelix
2281 - 2298
inside
2299 - 2556
TMhelix
2557 - 2579
outside
2580 - 2583
TMhelix
2584 - 2606
inside
2607 - 2612
TMhelix
2613 - 2630
outside
2631 - 2649
TMhelix
2650 - 2672
inside
2673 - 3094
TMhelix
3095 - 3117
outside
3118 - 3121
TMhelix
3122 - 3139
inside
3140 - 3151
TMhelix
3152 - 3174
outside
3175 - 3188
TMhelix
3189 - 3211
inside
3212 - 3217
TMhelix
3218 - 3240
outside
3241 - 3254
TMhelix
3255 - 3277
inside
3278 - 3296
TMhelix
3297 - 3319
outside
3320 - 6602
