Strain
Avian_GQ504720
(Region: USA; Strain: Infectious bronchitis virus strain Arkansas DPI, complete genome.; Date: 1981)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTCTTTTATACGTCACACAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCCGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAGTCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACGCCTGGCGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATTTTTGGTGTCTCTCCTTTTGCACGGAAGTACCGTGAGTTGTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACGCTTGACGAAATTTTTGACTCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGTTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTACAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTCATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACGGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTCTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGTAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAAAACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACTGCCTCAGCTGATGTTGAAGAATGTGACACAACCTCAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCTGCAAGTAATAAATACCCTCTTCCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTTTAATGGATGTATTGTACATAAGGACGCTCTTGACGTCGTAAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTTGTCAACAACTGCTTTGAGGGAGCTGTAAAACCACTGCCTCAGAAAGTTGTTGATGTTCTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCGCAAGAGCAAATTGCACAAACTACTTCAGAGGAAACCCCTATCAGTAGTTTGGAGGCAACTATTGAGCAAGTTGTTGTTGAGGAACAGAAAATAATTTCTGTTGTTGAAGAAGAACAGCAGGTGGCGGTCTACACACCTGCAGACCTACAAGTTGTTGAAGAAACACCAGATGAGTTTATTCTTATTGCTGATGTTTCCACAGAAGAAATTGTGCCTCATGAAGAAAAGGAGTCACAGATTGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAATCTACTACATGTGAGAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACATGTGTGGGTGACCTAACGGTAGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGTAACTTGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTTTTCTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGCTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCGGTTTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGCAGACGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTTGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCACAACTTTTGGGTGGAGACCCAACTGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAATGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTACACGCAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTTCAAAGAATTCGCCATACATTACAGCAATGTATACGCGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAGCTCTCTGTCTGTTGTTAAACAGAGTAAGAGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTGCCAACCTTGCTACTAATTCTAAAGCCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACATTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAAATACCTGTGAATTTGGATGAGTATGTGTCATTTACAACGAAAGAAGATACTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAAGTCAAGAGATGGTTTTACTTACACGTTAACACCTGACACCGATGAAAATTCAAAAGCACCAGTCTACTACCCAATCTTAGACTCTATTAGTCTCAAGGCAATTTGGGTGGAAGGTAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACATCTTAACAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGGATCCAGTGTTGTTACTACACAATGTAG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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAVRQKFDRSLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDSTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSVLFQIVKQQIARILQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGVINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTASADVEECDTTSECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVFNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQIAQTTSEETPISSLEATIEQVVVEEQKIISVVEEEQQVAVYTPADLQVVEETPDEFILIADVSTEEIVPHEEKESQIEQEPIQVVKSQREKKAKKFKVKSTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLHDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSATVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKIRFKGFLAEAWAQLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFSKNSPYITAMYTRFSLKSESSLSVVKQSKSKTKVVKEDVANLATNSKASFDDLTDFEHWYDSNIYESLKVQEIPVNLDEYVSFTTKEDTKLPLTLKVRGIKSVVDFKSRDGFTYTLTPDTDENSKAPVYYPILDSISLKAIWVEGSANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISKAATFIADKVGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSKPVTFTGTRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKYAASGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFMDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDDYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAYAYHVVDEACLVDDFVNLKYKVAVPGKDSASPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVNKVCDILSRIISVDTASLDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVVSGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHMETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIVAGVPGFVDWVLDGVMFVHMTQTERKPWYIPMWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGHNDAPGALPFSSITSHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQCVFKAYATIVFIIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLLFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGTEFVKLTNEIGDKFESYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVFPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNHEFEVATQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSIVRRVTSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLLVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKINPPKNVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLTDSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSIGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPIPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKSFVQSVAGASDFDKNYLNGVRGSSEARLIPLASGCDPDVVKRAFDVCNKESSGMFRNFKRNCARFQEVRDTEDGNLEYCDSYFVVKQTTPSNYEHERSCHEDLKSDVIADHDFFVFNKNIYNISRQRLTKYTMMDFCYALRHFDPKDCEVLKEILVTYGCIEDYHPKWFEENKDWYDPIENPKYYAMLAKMGPIVRRALLNAIEFGNLMVEKGYVGVITLDNQDLNGKFYDFGDFQKTALGAGVPVFDTYYSYMMPIIAMTDALAPERYFEYDVHKGYKSYDLLKYDYTEEKQEMFQKYFKYWDQEYHPNCRDCSDDRCLIHCANFNILFSTLIPQTSFGNLCRKVFVDGVPFIATCGYHSKELGVIMNQDNTMSFSKMGLSQLMQFVGDPALLVGTSNNLVDLRTSCFSVCALASGITHQTVKPGHFNKDFYDFAEKAGMFKEGSSIPLKHFFYPQTGNAAINDYDYYRYNRPTMFDIRQLLFCLEVTSKYFECYEGGCIPASQVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARLYYEMSLEEQDQLFESTKKNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQFHQKILKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLRNLIQGVEDPILMGWDYPKCDRAMPNLLRIAASLVLARKHTNCCTWSERIYRLYNECAQVLSETVLATGGIYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNIIQATSANVARLLSVITRDIVYDDIKSLQYELYQQVYRRVNFDPAFVEKFYSYLCKNFSLMILSDDGVVCYNNTLAKQGLVADISGFREVLYYQNNVFMSDAKCWVEPDLEKGPHEFCSQHTMLVEVDGEPKYLPYPDPSRILGACVFVDDVNKTEPVAVMERYIALAIDAYPLVHHENEEYKKVFFVLLSYIRKLYQELSQNMLMDYSFVMDIDKGSRFWEQEFYENMYRAPTTLQSCGVCVVCNSQTILRCGNCIRKPFLCCKCCYDHVMHTDHKNVLSINPYICSQPGCGEADVTKLYLGGMSYFCGNHKPKLSIPLVSNGTVFGIYRANCVGSESVDDFNQLATTNWSTVEPYILANRCSDSLRRFAAETVKAT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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009003
Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR040795 Nsp1a_N
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1167 Identity=61.52%
Cov(Q)=14.09% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6620
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
391.945419999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00423
outside
1 - 1707
TMhelix
1708 - 1725
inside
1726 - 1737
TMhelix
1738 - 1755
outside
1756 - 1834
TMhelix
1835 - 1857
inside
1858 - 1876
TMhelix
1877 - 1899
outside
1900 - 2548
TMhelix
2549 - 2571
inside
2572 - 2575
TMhelix
2576 - 2598
outside
2599 - 2601
TMhelix
2602 - 2621
inside
2622 - 2633
TMhelix
2634 - 2656
outside
2657 - 2878
TMhelix
2879 - 2896
inside
2897 - 3086
TMhelix
3087 - 3109
outside
3110 - 3113
TMhelix
3114 - 3131
inside
3132 - 3143
TMhelix
3144 - 3166
outside
3167 - 3180
TMhelix
3181 - 3203
inside
3204 - 3214
TMhelix
3215 - 3237
outside
3238 - 3246
TMhelix
3247 - 3269
inside
3270 - 3288
TMhelix
3289 - 3311
outside
3312 - 6620
