Strain
Avian_GQ504725
(Region: USA; Strain: Infectious bronchitis virus strain Mass41 Vaccine, complete genome.; Date: 1941)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTTTTCTAYACGTCACACAACCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCATTTAGGCARAAGTTTGACCGTARTCTGCAGACTGGGAAGCAGTTCAAATTTGAAACTGTKTGTGGTCTCTTCCTMTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGCGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATYTTTGGTGTCTCTCCTTTTGCACGGAAGTACCGTGARTTGTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACGCTTGACGAAATTTTTGACTCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGTTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGGACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGYAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAMAATATACCAAATGCACCAAGAGGYACTARAGGKTTTGAAGTCRTTGGYAAYGCYAAGGGWACRCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACYTAACACTGCTTAACCAAAAAGCTGACATCCCTGTGGAGCCAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTTTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGYCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACGGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTCTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAMCACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTCCCGCTTCAAAAAGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAAAACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACTGATTTAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCTGCAAGTAATAAATACCCTYTWCCKCTTGATGATGATTATAGCGTCTWYAATGGATGYATTGTACATAAGGACGCTCTTGAYGTYGTRAATCTACCATCTGGTGAAGAARCCTTTGTYRTYAAYAAYTGYTTTGARGGAGCTGTWAAACCACTSCCWCAGAAAGTTGTTGATGTTYTAGGTGACTGGGGTGMGGCTGTTGATGCRCAAGAACAATTGTGTCAACAGGAACCTACTCAAGTCATACTTGAAAAATCAGTTGAGTATTTTACTGGTGGTTGTGAGGCAATGGCTGAACGAGCTGTCTTTGAAGAACAGGAGGTAGTTTCTGTATTTGAAGAAAAGTCTGAGGTGATTTTTTGCACACCTTCAGACCTAGAAGTTGCTAAAGAAACAGCAGAAGAATTTGATGAGTTCATTCTCATTTCTGATGTCCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGTGGAGCCACAAGTTGAGCAAGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAATTCAGAGTTAAACCAGCCACATGCGAAAAACCCAAGTTTTTGGAGTATAAAACCTGTGTGGGTGATTTAACTGTTGTAATTGCCAAAGCACTGGACGAGTTTAAAGAGTTCTGTGTTGTAAACGCCGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGAGGCGTTGCGAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGCGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAGCAGAGACTTGTTACACCCTCGTTTGTTAAAGGTATTCAATGTGTGAATAATGTTGTGGGGCCACGCCATGGAGACATTAACTTGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTCTTCAATTATGTTGTGCCAGTTCTCTCATCAGGGATCTTTGGTGTAGATTTTAGAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTAATGGTTGCGACATACGCGTCCTCCTGTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATTGAATATTTCGATGCAACTTGCAAGCAGAAGACACTTTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCCGTTGTTGTAAAACCTGGCGACTCTCTGAGTCAATTAGGACAGGTTTTTGCAAGAAATAAGGCAGTCTTTTCGCCTGAWGAGGTTGATGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTTGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGAYGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGRTTARGTTTARAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCWCARYTTTTGGGTGGAGAYCCMACKGATTTTGTRGCCTGGTGCTATGCRAGTTGCAATGCTAAWGTTGGTGAGTTTTCAGATGCYAATTGGCTTYTKGCTAATTTGGCAGAATACTTTGATGCWGAYTACACGAAYGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGKGTTAAGAATTGTGAAGTAAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTACACGCAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTKSAAAGAAKTCGCCWTACATTACAGCAATGTATAYGSGCTTYTCTCTTAAGAGTGAAAGYYCTCTRYCTGTTGTTAAACAGAGTAAGAGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTKCYAACCTYGCTACYAGTTCYAAAGCCAGTTTTGAYRATCTTACTRRCTTTGAACAKTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAAATACCTGTGAATTTGGATGAGTATGTGTCATTTACAACGAAAGAAGATACTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTTGACTTTATKTCAAGAGACGGTTTCTCTTATAAGTTRACACCTGACATTGAWGAAAATTCAAAAGCRCCAGTCTACTACCCAGTCTTAGACTCTATTAGTCTYAAGGCAATATGGGTAGACGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAGTYTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGSGTGCAGAACAYCTTAACAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGGATCCAGTGTTGTTACTACACAATG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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFRQKFDRXLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDSTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSVLFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVXKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVXNIPNAPRGTXGFEVXGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLNQKADIPVEPEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLXDGVTPEINDGLILAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVXLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFSRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDLECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPXPLDDDYSVXNGCIVHKDALDVVNLPSGEEXFVXNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGXAVDAQEQLCQQEPTQVILEKSVEYFTGGCEAMAERAVFEEQEVVSVFEEKSEVIFCTPSDLEVAKETAEEFDEFILISDVPKEEVVSQEKVEPQVEQEPIQVVKSQREKKAKKFRVKPATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCVVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDINLHDKLVAAYKNVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFRMSIDAMREAFNGCDIRVLLFSLSQEHIEYFDATCKQKTLYLTEDGVKYRSVVVKPGDSLSQLGQVFARNKAVFSPXEVDDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKXXFXGFLAEAWAQXLGGDPTDFVAWCYASCNAXVGEFSDANWLXANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFXKXSPYITAMYXXFSLKSESXLXVVKQSKSKTKVVKEDVXNLATSSKASFDBLTXFEXWYDSNIYESLKVQEIPVNLDEYVSFTTKEDTKLPLTLKVRGIKSVVDFXSRDGFSYKLTPDIXENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVDGSANFVVGHPNYYSKXLRIPTFWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWXAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISKAATFIADKVGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSKPVTFTGTRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAASGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFMDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRXEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDDYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAXAYHVVDEACXVDDFVNLKYKAATPGKDGAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVNKVCDILSRIISVDTASLDYKAGTLRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASXANLRVKNAPPVVWKFSDLXKLSDXCLKYLISATVKSGXRFFITXSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVXSGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHMETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANSDAFWGKPYXNSRBCPIVTAVIDGDGTVAAGVPGFVSWVMDGAMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFGSIXPHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQCVFKAYATIVFIIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLLFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGXEFVKLTNEIGDKFXXYLSAYARLKYYSGTGSEQDYXQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVFPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNHEFEVVTQNNVTLNVVSRRLKGAVLILQTAVANAETPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSPGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLDSTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSXVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPXXLLPLVLYTAFKCVQXCYMNSFNTSLLVLYQFLKLGFVIYASSSTLAAYTEGNWDLFFELVHTTVLANVSSNSLIGLFVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIINGFGWLFTCYFGVYWWINKVFGLTLGKYEFKVSVDQYRYMCLHKINSPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVXLHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSXYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADXKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDCVIDADGTELHPTSXXSGLTYCXSGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDXALQNNELMPHGVKTKACVGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGXGNLDGRCXFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSVQSAAGASDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 662 Identity=93.85%
Cov(Q)=9.08% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3942
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
376.781119999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00432
outside
1 - 1708
TMhelix
1709 - 1726
inside
1727 - 1738
TMhelix
1739 - 1756
outside
1757 - 1835
TMhelix
1836 - 1858
inside
1859 - 1877
TMhelix
1878 - 1900
outside
1901 - 2549
TMhelix
2550 - 2572
inside
2573 - 2576
TMhelix
2577 - 2599
outside
2600 - 2602
TMhelix
2603 - 2622
inside
2623 - 2634
TMhelix
2635 - 2657
outside
2658 - 2879
TMhelix
2880 - 2897
inside
2898 - 3087
TMhelix
3088 - 3110
outside
3111 - 3114
TMhelix
3115 - 3132
inside
3133 - 3144
TMhelix
3145 - 3167
outside
3168 - 3181
TMhelix
3182 - 3204
inside
3205 - 3215
TMhelix
3216 - 3238
outside
3239 - 3247
TMhelix
3248 - 3270
inside
3271 - 3289
TMhelix
3290 - 3312
outside
3313 - 3942
