Strain
Avian_GU393334
(Region: USA; Strain: Infectious bronchitis virus serotype Gray, complete genome.; Date: 1960)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTGTCTAAAGACATTCCCGAACAATTCTGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACACAATCCTAAAGATTACGCTGATGCTTTTGCAGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAACAGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCCTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAATCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCATTTGCACGGAAGTACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGTCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACCCTTGATGAAATTTTTGACCCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGCTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCTAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAGAATTTTCGCAACATTGGCTTTCTTTAAAGAAGCTGCTGTGAAGATTGTGGAAAACATACCAAATGCACCGAGAGGTACTAAAGGGTTTGAAGTTGTTGGCAATGCCAAGGGTACACAAGTTGTTTTGCGTGGCATGCGAAATGACCTAACACTGCTTAGCCAAAAAGCTGACATCCCTGTGGAGCCAGAAGGCTGGTCTGCAATTTTGGAGGGACATCTCTGTTATGTCTTTAGGAGTGGAGACCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGAAATTTTGCATTGCATGATGTACATTGCTGCGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGACTCATTCTTGCAGCAATTTACTCATCTCTCAGTGTCTCAGAACTTGTGGCAGCCCTTAAAAAGGGTGAGCCATTCAAGTTCTTAGGCCACAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTCTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGCAGATGTCTTGAAGTTGTTTCAATCAGCTCGTGTGAAGGTAGAAGATGTCTGGTCTTCATCCACTGAAAAGTCTTTTGAGTTCTGGAAGATCGCATATGGAAAAGTGCGCAATCTTGAAGAATTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTGTAATTCTAGCAGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCGCAGGTCATCTATAAACTAGGTGGTCTTTTCACTAAAATTGTTGATTTCTGTGAGAAACACTGGAAAGGGTTTTGTGCACAGTTGAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACTGAAACCCTTTGTGTTCTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTTCAATTATTGCTAGAGGCAATACATTCTCTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGCGCACTTGGTAGAATCCATGGAGACTTGCTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCACAAAATCATTCGAGATGGCGATGAAATTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTTCAAGAAAAACCAATTGATTTTGAGGTTTGCGATGATGTGACACTTCCAGAGAACCAACCCGGTCATATGGTTCAAATCAAAGGAGACGGAAAGAACTATATGTCTTTCCGCTTAAAAAGTGAGAACATTTATTACACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGCAAAACTGTCACCTTTGGAGAAACTACTGTGAAAGAAATACCACAACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGTGATGACCTCAAGTTGTTTTCAGAGGCACCTGAGCCTCCACCATTTGAGAATGTTGCGCTTGTTGATAAGCACGGTAACGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATTTACCGTGACTATGAGAGTGATGATGACATTGAGGAAGAAGATGCTGAGGATTGTGACACTGACACAGCTGACGCTGAAGAATGTGACACAGCCTCAGAGTGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCAGCAAGTAATAAATACCCTCTTCCACTTGATGATGACTATAGTGTCTACAATGGATGTATTGTTCATAAAGACGCTCTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTTAATAACTGTTTTGAGGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAATCTACTCAAGTCATACTTGAGAAATCAGTTGAGGATTCTACTGGTAGTTGTGGTGCAATGGCTGAACGAGCCGTTGTTGAAGAACAGGATGTAGTTTCTGTATTTGGGGACAAGTCTGATGTAGTTGTTTATACACCTGCAGATCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAGGTGGATGAGTTTGTTCTCATTTCTGATGTTCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGTGCCACAGGTTGAGCAAGAGTCTACTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTTAAAGTTAAACCATCTACATGTGAAAAACCCAATTTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGATTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAACGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGAGGCGTTGCGAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTTGAATACTGCGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAGCAAAGACTTGTTACACCTTCGTTTGTCAAGGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGCAACTTGCGTGAGAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTCTTTAATTATGTTGTGCCAGTTCTCTCGTCAGGGATCTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTAATGGTTGCGACATACGCGTCCTCTTGTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATCGCTTATTTTGATGCAACTTGCAAGCAGAAGACACTTTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCCGTTGTTGTAAAACCTGGTGACTCATTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCTAAAAATAAGGCAGTCTTTACAGCTGATGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTTCGTTCCTACTACTGACAAAACTGTTCTTGATTATTATCATTTAGATGCTCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTCTGGCGCAGAAATGGGACGTCCAATATAGAGACAATTTTATTGTATTAGAGTGGCGTGATGGAAACTGCTGGGTTAGTTCAGCAATAGTGCTCCTCCAAGCTGCTAAGGTAAAGTTTAGGGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAGTTCTTGGGTGGAGATCCCACGGATTTTGTGGCCTGGTGTTATGCGAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGATTTTTCAGATGCCAATTGGCTTTTGGCTAATTTGGCAGAACATTTTGATGCAGACTATACGAACGCACTTCTTAAGAAGCGTGTGTCTTGTAACTGCGGTGTAAAGAGTTATGAACTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAGCCAGTAAGGGCACCTAACCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCAACTTGTGGTGCAAATAGTACGGATGAAGTAATAGAAGCTTCCTTACCATACTTATTGCTCTTTGCTACTGATGGTCCTGCTGCAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGATCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCGTAGGTAAGACTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCTTACATTACAGCAATGTATATGCGCTTTTCTCTTAAGAGTGAAAATCCTCTACCTGTCGTTAAACAGAGTAAGGGTAAAACTAAGGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTTGCTACTAGTTCCAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTAGCTTTGAACAGTGGTATGACAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGACAATTTTGATGGATATGTGTCATTTACAACAAAGGAGGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAGGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAAGTCTAAGGATGGTTTTACTTATAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAAGCACCGGTTTACTACCCAGTTTTAGACTCTATTAGTCTTAAGGCGATATGGGTGGAAGGTAACGCTAATTTCGTTGTTGGGCATCCAAATTATTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAGGTGCTGAGAGCTTTGTTAAAATAGGTGAAAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGTAGAACATCTTAATAAACCTAATCTTGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQFCDALFFYTSHNPKDYADAFAVRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKSTSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSALFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSRIFATLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVLRGMRNDLTLLSQKADIPVEPEGWSAILEGHLCYVFRSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSLSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSLTLAKAATIADVLKLFQSARVKVEDVWSSSTEKSFEFWKIAYGKVRNLEEFVKTHFCKAQMSIVILAAVLGEGIWHLVSQVIYKLGGLFTKIVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLEAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIIRDGDEIWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCDDVTLPENQPGHMVQIKGDGKNYMSFRLKSENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGETTVKEIPQPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFSEAPEPPPFENVALVDKHGNDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEDCDTDTADAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCQQESTQVILEKSVEDSTGSCGAMAERAVVEEQDVVSVFGDKSDVVVYTPADLEVVKETAEEVDEFVLISDVPKEEVVSQEKEVPQVEQESTQVVKPQREKKAKKFKVKPSTCEKPNFLEYKTCVGDLTVVIAKALDDFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKNVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFNGCDIRVLLFSLSQEHIAYFDATCKQKTLYLTEDGVKYRSVVVKPGDSLSQFGQVFAKNKAVFTADDVEDKEILFVPTTDKTVLDYYHLDAQKYVIYLQTLAQKWDVQYRDNFIVLEWRDGNCWVSSAIVLLQAAKVKFRGFLAEAWAKFLGGDPTDFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEHFDADYTNALLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSTDEVIEASLPYLLLFATDGPAAVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAVGKTFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYMRFSLKSENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTSFEQWYDSNIYESLKVQETPDNFDGYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVEGNANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWEGAESFVKIGEKVDGVTMGLWRVEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISKAATFIADKIGGGVVRNATDRIKGLFGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFIKASAKGLVVSYKSVLCKVVFATLLIVWFIYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCADDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQIYKAASSGIVFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVVICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTNFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDVTCGVCKRVARRNRQEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDDYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAYAYHVVDEACLVDDFVNLKYKAAIPGKDNASFAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSSHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYDKLVVEPVSKSVVDKVCNILSNIISVDTAALNYKAGTLRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTGDGFTNVVPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLTKLSDGCLKYLISATVKSGCRFFITKSGAKQVISCHTQKLLVEKKAGGIIGGAFNWFKSCCKWLVIFYVLFTLCCLGCYHMETNNNFIHPMYDINATMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDTCFSNKFANFDAFWGKPYENSRDCPIVTAIIDGAGTVAAGVPGFVDWVMDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIVTEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFSIITPHRVYFQPNGVRLVVPQQIMHTPYIVKLLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFIGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFIIMLVWVINAFVLCVHSYNSVLAVILLVLYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPMWLACCYLGFVIYMYTPLVVWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFETYLSAYARLKYYSGTGNEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYLLVLVDYMAGFKKLVSPSSAGENCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNYEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFLQPKWLESTTVSIEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAVTKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSIVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLLVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKINPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLTDSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSIGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALRNNELMPHGVKTKACVQGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQSDALRQPNPFVQSVAGASDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 671 Identity=94.13%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3952
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
402.838719999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00665
outside
1 - 1725
TMhelix
1726 - 1745
inside
1746 - 1751
TMhelix
1752 - 1774
outside
1775 - 1830
TMhelix
1831 - 1853
inside
1854 - 1859
TMhelix
1860 - 1882
outside
1883 - 1886
TMhelix
1887 - 1909
inside
1910 - 2282
TMhelix
2283 - 2302
outside
2303 - 2362
TMhelix
2363 - 2385
inside
2386 - 2558
TMhelix
2559 - 2581
outside
2582 - 2585
TMhelix
2586 - 2608
inside
2609 - 2614
TMhelix
2615 - 2637
outside
2638 - 2651
TMhelix
2652 - 2674
inside
2675 - 3096
TMhelix
3097 - 3119
outside
3120 - 3123
TMhelix
3124 - 3141
inside
3142 - 3153
TMhelix
3154 - 3176
outside
3177 - 3190
TMhelix
3191 - 3213
inside
3214 - 3224
TMhelix
3225 - 3247
outside
3248 - 3256
TMhelix
3257 - 3279
inside
3280 - 3298
TMhelix
3299 - 3321
outside
3322 - 3952
