Strain
Feline_HQ012368
(Region: Netherlands: Utrecht; Strain: Feline coronavirus UU18, complete genome.; Date: 24-Jul-07)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTACTGCATGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGCCGTGACCTAGTCGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGCTGCAGGGTTTCATTGTTAGAGCTAACTGCAATGGCGTGCTTGAGGACTTTGACCTTAAACTTGCTCGTACTGGCAATGGTGCCATATATGTAGACCAATACATGTGTGGCGCTGATGGGAAGCCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGTAAGGAGTATCATTGTGCCTGGTCGACAGTGCGCGATGAAAAACCCTTGTGTCAACAAACACTCCTTACAATTAGGGAAATCCAATACAACATGGACGTCCCACACAAGTTGCCGAATTGTGCTATCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAGGAACTCTAAAGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAGAAAACTTTATGACATCTTTGGTTCACCATTTATGGGCAATGGAGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGTCTCCATTTCATTGCTGCCACACTTAAGTGTCCTTGTGGCGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACGCTAGGTGCTGTTAAACCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAACCAGAGAGTACTTCACCTGTCTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTCATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTGTTTGGTAGTGCTAACCTACTTTTTAAGAAAACACCTTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGTTGATGCTTGGAAAGTTATTGAGGAACTGCTTTGTTCCCTTAAACTTACATACAAGCAAATCTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACCTCAGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCCGTGTTTGTGGTTTCATCTAATAGTGTTAAGAGTCTTGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCTTTCGATGTCTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGCTTTATACTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGCGCATTCTTTGCCACTAATTTAATTGGCGCCACTGTTAATGTGACACCGCAGAGGACTGAGGCTGCTAACATTAGCCTGAATAAGGTAGATGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATTATTGGTGATATGGCCTTTTACAAGAGTGGTGAGTACTACTTTATGATGGCAAGTCCAGACTCAGTCCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCCGCTCGAGTGCCATCTTATAACATTGTCTATGATGTGGATGATGACACCAAGAGTAAGATGAAGTTTAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGAACTCGATGCTGCCGTTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTATGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAATATCTTGGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAGATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTTGGTTTATGGGACATCATAAGACGAGATTCCGACAAGAAGGGTTTCCTTGACACCTTCAACCATCTCAATGAATTGGAGGACGTCAAGGACACAAAAATTCAAGCTATCAAGAACATTCTTTGTCCAGACCTTCTGCTTGAATTGGACTTTGGCGCAATATGGTATAGATGTATGCCAACCTGCTCTGATGTGTCTATTTTGGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGTCATAGCTTTGCTAACCGTCTAACAGTTAACTATAGCAAACTGTGTGACACAGCTCGTAAAGACATTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACTTTTAAAACACCATCTAGCAGCTTCATTGACATGAAAGATGCAATCTATTCTGTAGTTGAATACGGTGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGCGGTACTGTTAAAAATGATGACTGGTCAGACCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGATAATGGCGATGTGATTGTCATTGCTGGATATACCTTTTATAAGGATGAAGATGACCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCTGTTTCATTTTCAGATAGTGTCAATGTTAAAGAGATACAACCAGTTACACGTGTCAGGCTAGAGTTTGAGTTTGACAATGATGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACTAAATATAAGTTTACAGGTACAACTTGGGAAGAGTTTGAAGATTCTATCTCTGAGGAACTTGACAAAATTTTTGACACGCTTGCTGAGCAGGGTGTGGAACTTGAAGGTTACTTCATTTACGACACATGTGGTGGATTTGACATTAACAACCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTATGATCTTAACACAGCTGTTGATGACAAAAGTGATTCGATTTCTGACAACGATGATGTTGAACAAATTGAAGAGGGTAACACTTCAACTGCTGATGCTGAGGATGYTTCATCTGTGGAAGGAGAAACTGCGTCAGTTGTTGATGTTGAAGACTTTGTAGAACAAGTTTCTCTCTTAGAAGAAAATACTAACTCTGTTGTAAACCCTGAAGAGCAACTTTCCTCAGTAGATGAAAAAGTTGAAGTCTCTGCTAAGAAYGACCCATGGGCTGCTGCTGTTGACGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGGCAGCATTCAAGACAACTAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAATGTTTGCTGTTATCAATTGCAAGCCTTTGATTTCTTCAACCATGATTTGTGGGGTGATTTTAAGAAAGATGATGTTATGCCTTTTGTGAACTTTTGTTATGCAGCTTTAACTTTGAAGCAGGGTGATTCAGGGGATGCAGAGTACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTTACACTTAGTGCTAAGTGTGGCTGTGGTATTAAAGAAATAGTTTTAGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAAGGATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGCAAACAAATTAACATGTGTAAGTTCGCTAGTGTGGAGGGTTCAGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACGCCTATGTCACAATTTATTGTGAMACCCACCATGCACGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCATGATTATTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACGGCTGAATCTAAAACTAAAGTTGGACCACATGTGCCCGCTAAGGAWGAGTGTGTAGCAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATRTCTTAACACCCTTTTATAAAGCGGGAAAAGTTTCATTTTACCAAGGAGMTTTGGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCAGATGTCGTTGTCAACGCTGCTAATGGTGATCTTAAGAACATGGGTGGCGTCGCTAAAGCTATTGATGTGTTCACTGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAAGAGTACCTTAAATCTAACAAATCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTGGGACCACGCAATGGTGACAGTAGAGTTGAGGGTAAGCTCTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCTAAGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTGGAAATTTCATTGCAGTGTTTGCTTAAAACTGTCACAGATAGGGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAATTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTGAACCAAATGCGTGTGTCTGTAAAACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTAAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGACAAAGACGTCACCAATCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGCTGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAGTGCTTACTATGGCTTTCCAAATGCAGCAGCTTTCAGCGCCAGTTCTCATGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAACTTGTTTAGCATTACAAAGACTTAAACCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGATTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTACAGGCTTGAGGAAAGGRCAACCCGGTGATGCCGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGTAGTCACTGTCACACATACAACTTC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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLHEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKLARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGKEYHCAWSTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNMDVPHKLPNCAIREVAPPVKRNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFVDAWKVIEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKSLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFILGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGDMAFYKSGEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYNIVYDVDDDTKSKMKFKIGTSFDFDGELDAAVAKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELEDVKDTKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDVSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHSFANRLTVNYSKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVKNDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDSVNVKEIQPVTRVRLEFEFDNDVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWEEFEDSISEELDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAVDDKSDSISDNDDVEQIEEGNTSTADAEDXSSVEGETASVVDVEDFVEQVSLLEENTNSVVNPEEQLSSVDEKVEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLAAFKTTNLNGKIILKQQDNNCWINVCCYQLQAFDFFNHDLWGDFKKDDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGIKEIVLERTVFKLTPLKDEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQTPMSQFIVXPTMHAVYTGTTQSGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAESKTKVGPHVPAKXECVAEECQSPKDXLTPFYKAGKVSFYQGXLDVLINFLEPDVVVNAANGDLKNMGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKSIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEISLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERITIENFFNGTIPVKVTEDTVNQMRVSVKLDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWSAYYGFPNAAAFSASSHDAYKFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNATCLALQRLKPTWKFPGVKSLWDDFLTRKTAGFVHMLYHITGLRKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSVVTVTHTTSCDKCAKVETFTGPVVAAPLMIXGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAVTSLIGPVVGEVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFVVKASKIETLPKNQVKESSNTRVFSEVEATPKTIVSEPKLLAIESGADYTITTLGKYADMFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKIKVKPPHAFKDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVVQLSYFVFLAIFGNNYVRCLLMYFVFQYLNLWLSYFGYVKYSWFVHVVNFETISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFPCNNPSCKTCSKIARQTRIPVQVVVNGSMKTVYVHANGNGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNNVKQTVHATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTSYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAINNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVSFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESLSPKSGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGIVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGSAVSKNSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSILGFLKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIVYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSARYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSAILAITTXVSAILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDLSYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLTLFCVVVFVTYTIRFFTCRQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDYILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYLFCCYYGVLYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASSTIDGDACGSGKALMASECGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEVPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTMCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVNNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQXTTIDQELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKQDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGLGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDECIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDVCQAQFVYKIVCKYFDCYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNVCNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLNYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVDDFNKLAVSDWTNVDDYKLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKAEYAYAILKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQINKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTTKLAPGMIFVLTSHNVSPLKASILVNQEKYNTISKLYPAFNIAEAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVVGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYMGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLVHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRKMYDNLNFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKNDQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGIKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKMATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKRVDWSIVYPFIENEEKINKAGRIVQSHVMRAALKVFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDESDCEFIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRSYVEDYNMFVQAGFTIWCPQTFDTYMLWQGFVNGKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVVADKIMVRDGPIDKCIFINKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATHKFVLWDYESECPFSNFTKQVCAYTDLDGEVVTCFDNSISGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLKRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSVTGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFINEKLALGGSVAIKITEFSWNKSLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALVVNLKERELNDMVVGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1112 Identity=59.40%
Cov(Q)=13.83% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6694
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
431.263879999994
Exp number, first 60 AAs:
0.00033
Total prob of N-in:
0.00030
outside
1 - 1844
TMhelix
1845 - 1863
inside
1864 - 1902
TMhelix
1903 - 1925
outside
1926 - 1980
TMhelix
1981 - 1998
inside
1999 - 2004
TMhelix
2005 - 2024
outside
2025 - 2038
TMhelix
2039 - 2061
inside
2062 - 2410
TMhelix
2411 - 2433
outside
2434 - 2505
TMhelix
2506 - 2528
inside
2529 - 2668
TMhelix
2669 - 2691
outside
2692 - 2700
TMhelix
2701 - 2723
inside
2724 - 2729
TMhelix
2730 - 2752
outside
2753 - 2755
TMhelix
2756 - 2778
inside
2779 - 3195
TMhelix
3196 - 3218
outside
3219 - 3222
TMhelix
3223 - 3245
inside
3246 - 3251
TMhelix
3252 - 3274
outside
3275 - 3293
TMhelix
3294 - 3316
inside
3317 - 3322
TMhelix
3323 - 3345
outside
3346 - 3371
TMhelix
3372 - 3390
inside
3391 - 3402
TMhelix
3403 - 3425
outside
3426 - 6694
