Strain
Feline_HQ392471
(Region: Netherlands: Utrecht; Strain: Feline coronavirus UU20, complete genome.; Date: 23-Aug-07)
Gene
polyprotein orf1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein orf1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACATTTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTTCTTTCCGTGATGCGCTGCAGGACATTAAGTACTGCTATCGCAACGGTTTTGAGGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTCACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATCGTTAAGGCCAAYTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAATTCGCTCGTACTGGAAACGGTGTCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCTGATGGTAAACCAGTTATTGAGGGTGAGTTTAAGGACTATTTTGGTGATGAGGACACTATTATCTATGAAGGAGAGGAGTATCATTGTGCCTGGCTTACAGTGCGCGATGAAAAACCTTTATGTCAACAGACTCTCCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAATCTGGACATCCCACACAAATTGCCAAATTGTGCTATTAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAAAAGAACTCTAAGGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAGAAAACTCTATGACATCTTTGGTTCACCATTTATGGGCAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGTCTCCACTTCATTGCTGCCACTCTTAAGTGTCCGTGTGGCGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACCGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTTCTGTCAAGCCGGGTGATGCTGTTATCACTAGCATGAGCGCTGGCAAGGGCGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATACGCTGGTGATGTAGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAGACATTCACTGTTAATGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGATTTGAATGACTTCATCAAGCCAGAGAGTACTTCGCCAGTCTCATGCTCTATTAAGAGAGCATTTATCACTGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTGTTCGGTAGTGCTAACCTACTTTTTAAGAAAAAACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGTTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACTTCTGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTTAAGGACCTTGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCCTTCGATGTATTCACACAGACAATTACCATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGTTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGCGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTTTTTGCTACTAACTTAATTGGTGCGACTGTTAATGTGACACCACAGAGGACTGAGGCTGCTAACATTAGCCTTAATAAAGTGGACGATGTCGTCATACCAGGTGAAGGCCACATTGTCATTATTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAATACTATTTTATGATGGCAAGTCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTATTTAAAGCAGCTCGGGTGCCATCTTATAAAATCGACTATGATGTTGATGACGACACCAAGAGTAAGATGTTAGTTAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGATCTCGATGCTGCTATCGYTAAGGTTAATGACTTACTTGTTGAATTCAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAAGATGGTGAAAACATCTTAGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAGATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTCGGTTTGTGGGACATTATAAGGCGCGATTCTGGCAAGAAGGGTTTCCTTGACACCTTCAACCATCTTAATGCGTTGGAGGATGTCAGGGATACAAATATTCAGGCTATTAAAACTATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTTGAATTGGACTTTGGTGCGATCTGGTATAGAAGCATGCCAACCTGCTCTGAYGTGTCTATTTTGGGTAATGTTAAAATTATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGTTGTCACAGTTTAGCTAATCGTCTAACGATTAATTACAACAAACTGTGTGATACAGCTCGTAAAGACATTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGTTTTATTGACATGAAAGATGCCATTTATTCTGTAGTTGAATACGGTGAGGCATTTTCTTTTAAGAATGCAAGTGTGCCCGTAATTAATAGTGGCACTGTCACAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATATACCTTTTATAAGGATGACGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGATTGTGCAGAAGATGTACAATAAGATGGGTGGTGGTGACAAATCTGTTTCATTTTCGGACAATGTTAATGTTAGAGAGATAGAACCTRTTACATGTGTCAGGCTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTTCTTGAAAAAGTCATTGGTACCAAATATAAGTTTATAGGKGCCACTTGGGAAGATTTTGAAGATTCTATTTCTGAGAAACTTGACAAAATCTTTGACACGCTTGCTGAACAAGGTGTAGAACTTGAAGGYTACTTCATTTATGACACATGTGGTGGATTTGACATTAATAACCCGGATGGTGTTATGATTTCACAGTATGATCTTAACACAGCTGTTGATGTCAAAAGCGACTCTGATGCAAGCGTAGAGGAAACCTCTTCGATTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAAGAGAATGTCTCAACTGCTGATGTCGAAGAAGAAACTGTGGCAGTTGYAAACGTTGAGGACTCTTTTGAACAAGTTACCCCTGTAGAGGATAACTCTGATGCGGAAATTGCATCAGTRGAGGAAGAAGTTGATGTCTCTGCTAAAAATGACCCGTGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCGTCCCTAACACCATTCAAGATAACAAATCTTAATGGTAAAATCATAATTAAACAACAAGACAATAATTGTTGGATAAATGCTTGCTGTTATCAATTGCAAGCCTTTGATTTTTTCAACCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGATGATGTTATGCCTTTTGTAGATTTTTGTTATGCAGCTCTGACTTTGAAGCAGGGTGACTCAGGAGATGCTGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTCACGCTTAGTGCTAAGTGTGGCTGCGGTGTTAAAGAAATAGTTTTAGAGCGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTCAAGAAAGAGTTTAAATATGGTGTTTGTGGTGACTGTAAACAAATTAACATGTGTAGGTTTGCTAGCGTGGAAGGTTCAGGTGTTTTCGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACACCTGTATCACAATTCATTGTGACACCTACCATGCACGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAATGGTCATTATATGATTGAAGATTGTGTTCATGATTACTGCGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACACAAGTTTTACACATCCACTCTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACATCTGAATCTAAAATCAGGAGTGAACTACCTGTGCCCGTTAAGGATGTGTGTGTAGAAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGAGCTCCTAACACCCTTCTATAAAGCGGGAAAAGTTTCATTTTACCAAGGAGATTTGGATGTTTTGGTTAACTTTCTTGAGCCTGACGTCGTTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTCAGGCACGTGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAGCGCTCTAAAGAATACCTTAAATCTAATAAGCCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGTAATGTCTATAAAGCAATTGCTAAGTGTGATGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTTGAAATCTCATTGCAGTGCCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGAATTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAAGTGTCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACAATGTGAATCAAAAACGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTACGGTGAGCAACTCAAAGGAACAGTTGTTATCAAAGACAAAGATGTCACCAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGCTGGTGAAAAAGTTGTTAAAGCATTGGAAGTTGATTGGAATGCTTATTATGGCTTTCCAAATGCAGCTGCTTTTAGCGCCAGTTCCCATGATGCTTATAAATTTGAAGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCACAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCGTTACAGAGACTTAAACCTACATGGAAATTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGAAGCCTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTCTATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCGGGTGATGCTGAATTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGCAGTCACTGTCACACATACAACTGCATGTGATAA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Protein
MSSKHFKILVNEDYQVNVPSLSFRDALQDIKYCYRNGFEGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVKANCNGVLEDFDLKFARTGNGVIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDTIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGSVKPGDAVITSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGDLNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKKPWFVQKCGAIFVDAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVIPGEGHIVIIGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYKIDYDVDDDTKSKMLVKIGTSFDFDGDLDAAIXKVNDLLVEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSGKKGFLDTFNHLNALEDVRDTNIQAIKTILCPDLLLELDFGAIWYRSMPTCSDVSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHSLANRLTINYNKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKNASVPVINSGTVTTDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDDDDHFYPYGSGMIVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVREIEPXTCVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFIGATWEDFEDSISEKLDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAVDVKSDSDASVEETSSISDNEDVEQIEEENVSTADVEEETVAVXNVEDSFEQVTPVEDNSDAEIASVEEEVDVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLTPFKITNLNGKIIIKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKDDVMPFVDFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLKKEFKYGVCGDCKQINMCRFASVEGSGVFVHDRIEKQTPVSQFIVTPTMHAVYTGTTQNGHYMIEDCVHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTSESKIRSELPVPVKDVCVEEECQSPKELLTPFYKAGKVSFYQGDLDVLVNFLEPDVVVNAANGDLRHVGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKPIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEISLQCLLKTVTDRELNVFVYTDQERSVIENFFNGTIPVKVTEDNVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALEVDWNAYYGFPNAAAFSASSHDAYKFEVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWEAFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFERNLLQVTTAIASNFVANTPKEEIVPKSLAKXPNVARVFSEVEETPKNIDRKEKLLAIESGVDYTITTLGKYADXFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFRDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVILLIALYHFFYLFVSIPVMHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVMQLSYFTFLAVFGNNYVRFLLMYFVTQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFIPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGNGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTAYDYDVKNKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLXGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKVCNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVSFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSSKSGSGFFDVFKQLKQIFWCLVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYLVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKNSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTIVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVRTQATTYCRVGECIESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSILGFFKNVLALFNSNMSVVATSGAMLANXVIACFAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVLMIIITLIVNNVSYFITQNTFFMIVYAIVYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVANFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRLINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLFDCIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAMXILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAITTLVSVILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNLVWDLTYYESLQVLVENVNTTFLPVDIQGVMLAMFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWNEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYVFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIESYFENTTILQSVASAYAALPTWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSDFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASECGKSFIYAFIASDSNLKYIKWESNNDVIPIELEVPLRFYVDGANGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGSTVDQELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAVRNFDEKNCEVLKEILVTVGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGVITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFHKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDVCQAQFVYKIVCKYFECYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVXVKSIQRKIYDNCYRSNSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADCGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYANLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLG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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1109 Identity=59.16%
Cov(Q)=13.94% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6691
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
426.147119999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00026
Total prob of N-in:
0.00024
outside
1 - 1895
TMhelix
1896 - 1918
inside
1919 - 1998
TMhelix
1999 - 2021
outside
2022 - 2035
TMhelix
2036 - 2058
inside
2059 - 2407
TMhelix
2408 - 2430
outside
2431 - 2502
TMhelix
2503 - 2525
inside
2526 - 2665
TMhelix
2666 - 2688
outside
2689 - 2697
TMhelix
2698 - 2720
inside
2721 - 2726
TMhelix
2727 - 2749
outside
2750 - 2752
TMhelix
2753 - 2775
inside
2776 - 3192
TMhelix
3193 - 3215
outside
3216 - 3219
TMhelix
3220 - 3242
inside
3243 - 3248
TMhelix
3249 - 3271
outside
3272 - 3290
TMhelix
3291 - 3313
inside
3314 - 3319
TMhelix
3320 - 3342
outside
3343 - 3368
TMhelix
3369 - 3387
inside
3388 - 3399
TMhelix
3400 - 3422
outside
3423 - 6691
