Strain
Avian_HQ442262
(Region: China; Strain: Duck coronavirus isolate DK/CH/HN/ZZ2004 S1 protein mRNA; Date: 4-May)
Gene
S1 protein
Description
Annotated in NCBI,
S1 protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTGGGGAAGTCACTGTTTTTAGTGACCATTTTGTGTGCACTATGCAGTGCAAACTTGTTTGATTTTGATAATAATTATGTGTACTACTACCAAAGTGCATTTAGGCCTCCAAGTGGGTGGCATTTGCAAGGGGGTGCTTATGCAGTAGTGAATTCTACTAATTATACTAATAATGCAGGTCAGGTAAATGAGTGCACTGTTGGTGTTATTAAGGACGTCTATAATCAAAGTGCGGCTGCTATAGCTATGACAGCACCTCTTCAGGGTATGGCTTGGTCTAAGTCACAATTTTGTAGTGCACACTGTAACTTTTCTGAAATTACAGTTTTTGTCACACATTGTTTTAGGAGCGGTAGTGGGTCTTGTCCTATAACAGGCATGATTCCACAGAACCATATTCGTATTTCTGCAATGAAAAATGGCACTTTATTTTATAATTTAACAGTTAGCGTATCTAAATACCCTAGTTTTAAATCTTTTCAATGTGTTAACAACTTCACATCTGTTTATTTAAATGGTGATCTTGTTTTTACTTCTAACACAACTACTGATGTCACGTCAGCAGGTGTGTATTTTAAAGCAGGTGGACCTGTAAATTATAATATTATGAAAGAATTTAATGTTCTGGCTTATTTTGTCAATGGTACTGTGCAAGATGTAATTCTGTGTGATGACACACCGAGAGGCTTGCTTGCATGTCAATATAATACTGGTAATTTTTCAGATGGGTTTTACCCTTTTACTAATTCTAGTTTAGTTAAGGAAAAGTTTATTGTTTATCGTGAGAATAGTGTTAATACTACTCTTACTTTAACTAACTATACTTTTTATAATGTGACTAATGCCGCGCCTAATCAAGGTGGTGTTCATTCCATTTTAACTTATCAAACACAAACAGCTCAGAGTGGCTATTATAATTTTAATTTATCATTTCTGAGTAGTTTTGTGTATAAAGAGTCTAATTACATGTATGGGTCTTACCACCCTGCATGTAATTTTAGATTAGAAACTATTAATAATGGCTTGTGGTTTAATTCACTGGCAGTTTCACTTGCATACGGACCACTTCAAGGTGGCTGTAAGCAATCAGTTTTTAGTAGTAGAGCTACATGTTGTTATGCTTATTCGTATAACGGTCCTCGCGCTTGTAAAGGCGTTTACAGCGGTGAGTTGACACAAAGTTTTGAATGTGGTTTATTAGTTTATGTTACTAAGAGCGATGGCTCTCGTATACAAACAGCCACTGAACCACCAATTATAACTCAACACAATTATAATAATATTACTTTAAATACTTGTGTTGATTATAATATATATGGCAGAACTGGCCAAGGGTTTATTACTAATGTAACTGACTCAGCTGCTAGCTATAATTATTTAGCTAATGCAGGGTTGGCTATTTTAGACACTTCTGGTGCCATAGACGTCTTTGTTGTACAAGGCGAATATGGTCTTAATTTTTATAAGGTTAATTCCTGTGAGGACATTAACCAACAGTTTGTAGTTTCTGGTGGTAATATAGTTGGTATTCTCACTTCTCGTAATGAAACTGGTTCTCAGCTTATTGAGAATCAATTTTATGTTAAACTCACTAATGTAAGTCGTCGTCACAGACGT
Protein
MLGKSLFLVTILCALCSANLFDFDNNYVYYYQSAFRPPSGWHLQGGAYAVVNSTNYTNNAGQVNECTVGVIKDVYNQSAAAIAMTAPLQGMAWSKSQFCSAHCNFSEITVFVTHCFRSGSGSCPITGMIPQNHIRISAMKNGTLFYNLTVSVSKYPSFKSFQCVNNFTSVYLNGDLVFTSNTTTDVTSAGVYFKAGGPVNYNIMKEFNVLAYFVNGTVQDVILCDDTPRGLLACQYNTGNFSDGFYPFTNSSLVKEKFIVYRENSVNTTLTLTNYTFYNVTNAAPNQGGVHSILTYQTQTAQSGYYNFNLSFLSSFVYKESNYMYGSYHPACNFRLETINNGLWFNSLAVSLAYGPLQGGCKQSVFSSRATCCYAYSYNGPRACKGVYSGELTQSFECGLLVYVTKSDGSRIQTATEPPIITQHNYNNITLNTCVDYNIYGRTGQGFITNVTDSAASYNYLANAGLAILDTSGAIDVFVVQGEYGLNFYKVNSCEDINQQFVVSGGNIVGILTSRNETGSQLIENQFYVKLTNVSRRHRR
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
ProteinModelPortal
PDB
6CV0
E-value=0.0 Score= 820 Identity=79.68%
Cov(Q)=93.89% Cov(P)=45.88%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Topology
Length:
540
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
1.07036
Exp number, first 60 AAs:
0.998889999999999
Total prob of N-in:
0.04861
outside
1 - 540
