Strain
Avian_JF705860
(Region: China; Strain: Duck coronavirus isolate DK/CH/HN/ZZ2004, complete genome.; Date: 4-May)
Gene
1a protein
Description
Annotated in NCBI,
1a protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCCAAAACAGGGAGTATCTTCCCAAAACCAGAGGAGTGTCGTTCTTGTTGCCAAAGACATTCCTGACCAACTTCGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCATATGACCCTAAGGACTACGCTGATGCCTTTTCTTTTAGGCAGAAGTTCGATCGTAGTCTTGGCGCTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCCAGTCTTCTTAAAAGGAGTGGACAAAATAACACCAGGTGTCCCAGCCAAAGCTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCTGACTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTTTTGCACGGAAATACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTATGAATGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACTCTTGAAGAAATCTTTGATCCATCTGAGATACTCTGGCTCCAAGTGGCTGCAAAGATTCAGGTTTCAGCCATGGCAATGCGCAGACTAGTTGGTGAGGTTACTGCAAAAGTCATGGATTCACTTGGCTCAAATTTGAGCGTTCTATTTCAAGTTGTTAAGGGAACAATGACCAAAATCTTTCAAAAGGCTCTGGCCATTGTTGAGAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCTGCACTTAAAATGGCTTTTGCCAAGTGTGCAAGATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGGCCATGCCCTCATGATTAGAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCAGTTGCCAAATTCTTTGAAGAACTTCCAACTGGCTTTATGGGTGCTAAGATCTTCTCAACACTAGCCTTCTTTAAAGAAGCAGTAGCGAAGATAGTGGATAATATACCAAATGCGCCAAGAGGTACTAAAGGTTTTGAAGTCGTTGGCAATGCCAAAGGTACACAAGTTGTTGTCCGTGGCATGCGAAATGACTTAACTCTGCTTGACCAAAAAGCTGAAGTTCCTGTGGAACCAGAAGGTTGGTCTGCAATTTTGGAGGGACATCTTTGCTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGCTTTTATGCGGCACCTCTTTCAGGAAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGCTGCGAGCGTGTAGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGGCTTGTTCTTGCTGCAATTTACTCATCTTTTAATGTTTCGGAACTTGTGGCAGCACTTAAAAAAGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGGCACAAATTTGTTTATGCGAAGGAAGCGGCAGTTTCTTTCACCTTGGCAAAAGCAGCAACCATTGGAGATGTCCTGAAGCTGTTTCAATCAGCAAGAGTAAAGACGGAAGATGTGTGGTCTGCACTTACTGAACAGTCTTTTGAATTCTGGAAACTTGCGTACAATAGAGTGCGCAATCTTGAAGAATTTCTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTGTGATCCTAGCAGCAGTGCTTGGTGAGGGCATTTGGCATCTTTGTTCACAAGTCATTTATAAATTGAGTGGCTTTTTTTCCAAAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAAGGTTTCTGCACACAGTTGCGAAAAGTTAGGCTTGTTGTTACAGAAAACCTTTGTGTGTTGAAAGGAATTGCTCAGCATTGTTTTCAACTTTTGCTGGAAGCAATACATGCTATGTACAGGAGTTTTAAGAAATGTGCACTTGGTAGGACTTCTGGCGACTTGTTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCATAAAATAATTCACGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCGTCGACACCATTGAAGTTGAAGATCTGGGTACTGTCCAAGAAAAACCTATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGAAGTGACACTTCCAGAAAACCAACCTGGCCACATGGTTCAAATCCAGGATGATGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAGAAGGATGAGAACATTTATTATACACCAATGTCACAACTTGGTGCTATTAATGTTATTTGCAAAGCTGGTGGCAAGACTGTCACTTTTGGTGAAACTACTGTAAAGGAAATACCACTACCTGATGTTGTGTCTATTAAGGTAAGCATTGATTGTTGTGGTGAACCATGGAATACCATCTTCAAGAAGGCTTATAAAGAACCTATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCGCTGTGATCTATGATAAAATGTGTGAAGATCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAACCTCCACCATTTGAGAATGTTGCACTTGTGGATAAGAACGGTAAGGATTTGGATTGCATAAAATCATGCCACCTCATCTACCGCGACTATGAGAGCGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAATGTGACACTGATTCAGCAGACGCAGGAGAATGTGACACTGCTTCAGAGTGTGAAGAAGAAGATGAGGATACTAAAGTGCTGTCTCTCTTACAAGACCCAGCAAGTAACAAGTACCCTCTCCCTCTTGATGAAGATTACAGCGTCTATAATGGTGCAATTGTACATAAGGACGCTCTTGATGTAGTTAACTTACCATCTGGTGAGGAAACTTTTGTTGTCAATAATTGTTTTGAGGGAGCTGTAAAACCGCTTCCACAGAAAGTTATTGACGTCCTAGGGGACTGGGGAGAGGCTGTTGATGCACAAGAAAAATTGTGTGAACAAGCGCCTGAAACTGTTAAAGAGTCAGTTGAGAGATCTACTGATGCTGACGATGCAGCGACAGAACAAGTTGTTGTTGTAGAGCAGGAAATAATCCCTATTGTAGAAGAGTCTCAAGAAGTAGTTATTTACACACCTGCTGATTTGGAAGTTGTTAAAGAAACATCAGATGATGTTGACGAGTTTATACTTGTTGCTGATGTTTCTACAGAAGAAGTTGTGCCTCAAGAAGAAGAGCCACAAGTTATACAAGAATCTTTCCAAGTTGTTAAACTACAACGTGAGAAAAAGGCTAAAAAGTTCAAAGTAAGGAAAACCACATGTGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACGTGTGTAGGTGATCTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAATTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAACGCTGCAAATGAGCACATGGCTCATGGGGGTGGCGTTGCAAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGATTATGTTAAGAAACATGGTCCGCAACAAAAACTTGTCACACCTTCGTATGTCAAAGGCATTCAATGTGTAAATAATGTTGTAGGCCCTCGCCATGGTGATAAAGATTTGGAGGAAAAACTTGTCACTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTTGTAAACTATGTTGTTCCAGTACTTTCTTCTGGAATTTTTGGTGTAGATTATAAATTGTCAATAGACGCGATGCGTAAGGCCTTTGAGGGGTGTAACATACGCGTGCTTCTTTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGCAACTTGCAAGCAGAAGAAAATTTATCTTACAGAAGATGGTGTTAAATATCGCTCTGTTGTAGTGAAACCTGGCGACTCTTTGGGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCAAAGAACAAGACAGTTTTTACAGCAGATGATGTTGAGGACGAAGAAGTTCTCTTCCTTCCAACAACAGACAAAGCTGTTCTTGAGTACTATGGATTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATATTTGCAAACACTTGCGCAGAAATGGGAAGTCCAATATAGGGACGATTTTATTGTACTTAAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAGTTCATCAATTGTACTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAAGGGTTTTCTTGAAGAAGCATGGGCTAAACTGTTGGGTGGAGATCCTACTGAGTTTGTAGCTTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGATTTTTCAGACTGCAATTGGCTGTTGGCTAATTTAGCAGAATACTTTGATGCAGACTACACGAATGCACTTCTTAAGAAGCGTGTGTCATGTAACTGCGGTGTTAAGAGCTATGAACTTAGGGGCCTTGAAGCTTGTATTCAGCCAGTAAGAGCTCCTAATCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCAACTTGTGGTGCAAATAGTATGGATGAAGTTGTTGAAGCTTCACTCCCGTATCTATTGCTTTTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGTTGCAGGAAATGTGGTTTTTATTGGTTCCACTAATAGTGGCCATTGTTATACACAAGCTGCTGGAAAAGCTTTTGATAATTTGGCTCAAGATAGAAAATTTGGAAAGAGGTCGCCTTATATTACAGCAATGTACACGCGTCTCTCTCTTAAGAGTGAAAATTCTCTATTTGTTGCTAAAAAGAGTAAGAGCAAGAGTAAGTTAGTGAAAGAAGATGTTTCTGACCTTGCCACAAGCTCAAAGGTCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAGCGGTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGCCTTAAAGTTCAGGAAACACCTGAGAATATTGATGAGTATGTGTCATTTACAACAAAGGAGGATTCCAAGTTGCCACTGGCACTTAAAGTTAGGGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAAGTCAAAGGATGGCTTTACTTATAAGTTAATACCTGATACTGATGAGAATTCAAAAGCACCAATTTATTACCCAGTCTTAGACTCTGTTAGTCTTAGGGCAATATGGGTTGAAGGTAGTGCTAATTTTGTTGTTGGACATCCCAACTATAATAGTAGAGCGCTGCGTGTTCCTACATTTTGGGAATGTGCAGAGAGCTTTGTTAAAATAGGTGAAAAAGTAGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACACCTTACTAAACCTAATTTAGAAAGAATGTTCAATATCATTAAGAAAATGATTGTTGG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Protein
MASSPKQGVSSQNQRSVVLVAKDIPDQLRDALFFYTSYDPKDYADAFSFRQKFDRSLGAGKQFKFETVCGPVFLKGVDKITPGVPAKALKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSMNVETLDARAQTLEEIFDPSEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMDSLGSNLSVLFQVVKGTMTKIFQKALAIVENVSELPQRIAALKMAFAKCARSITVVVVGHALMIREFAGTCLASINGAVAKFFEELPTGFMGAKIFSTLAFFKEAVAKIVDNIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKAEVPVEPEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLVLAAIYSSFNVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKEAAVSFTLAKAATIGDVLKLFQSARVKTEDVWSALTEQSFEFWKLAYNRVRNLEEFLKTHFCKAQMSIVILAAVLGEGIWHLCSQVIYKLSGFFSKVVDFCEKHWKGFCTQLRKVRLVVTENLCVLKGIAQHCFQLLLEAIHAMYRSFKKCALGRTSGDLFFWKGGVHKIIHDGDEVWFDAVDTIEVEDLGTVQEKPIDFEVCEEVTLPENQPGHMVQIQDDGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVICKAGGKTVTFGETTVKEIPLPDVVSIKVSIDCCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLAVIYDKMCEDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDSADAGECDTASECEEEDEDTKVLSLLQDPASNKYPLPLDEDYSVYNGAIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEKLCEQAPETVKESVERSTDADDAATEQVVVVEQEIIPIVEESQEVVIYTPADLEVVKETSDDVDEFILVADVSTEEVVPQEEEPQVIQESFQVVKLQREKKAKKFKVRKTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMAHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQKLVTPSYVKGIQCVNNVVGPRHGDKDLEEKLVTAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDYKLSIDAMRKAFEGCNIRVLLFSLSQEHIDYFDATCKQKKIYLTEDGVKYRSVVVKPGDSLGQFGQVFAKNKTVFTADDVEDEEVLFLPTTDKAVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWEVQYRDDFIVLKWRDGNCWISSSIVLLQAAKIRFKGFLEEAWAKLLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGDFSDCNWLLANLAEYFDADYTNALLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSMDEVVEASLPYLLLFATDGPTTVDCDENVAGNVVFIGSTNSGHCYTQAAGKAFDNLAQDRKFGKRSPYITAMYTRLSLKSENSLFVAKKSKSKSKLVKEDVSDLATSSKVSFDDLTDFERWYDSNIYESLKVQETPENIDEYVSFTTKEDSKLPLALKVRGIKSVVDFKSKDGFTYKLIPDTDENSKAPIYYPVLDSVSLRAIWVEGSANFVVGHPNYNSRALRVPTFWECAESFVKIGEKVDGVTMGLWRAEHLTKPNLERMFNIIKKMIVGSSVVTTQCGKLIGKTATFIADKVGDGAVRNVTDRIRGVFGLTRGHLERKMSPQFLKTLMFFFFYLIKASAKSIVASYKSLLCKVVFTALLILWFVYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKDAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLNSTVLQTGVGFLDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYVQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYRFCKSHNWYCKNCDEYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDGFVNLKYKAATPGKDSAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEDAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYDQLVVEPVSKSVVDKVCNILSKIVSVDTAVLNYKAGTIRDTLLSVTKDEEAVDMAIFCHNNEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLLNADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGCRFFITKSGAKQVISCHTQKLLVEKKAGGIVGGTFKWIKSCCKWLLIFYVIFTLCCLGYHHMEINKSFVHSMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVLREIVPEDTCFSNKFANFDAFWGRPYVNSRDCPIVTAIIDGAGTVAAGVPGFVQWVMDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFSSIIPHRVYFQPNGVRLIVLQQMMHTPYIVKFLSDSYCRGSVCEHTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYASQPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYASIVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSVLAVILLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPLWVACCYLAFVLYIYTPLFFWCYGTTKNSRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFDAYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYSLDQYRNSGVEIVYTPPRFNVGVSRLQAGFKKLVCPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKYSGDQWCDVLNLANNHEFEVTTQNGVTLNVVSRRLRGAVLVLQTAVANAETPKYKFLKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVEESSFSLPKWLESTTVSVDDYNKWAVDNGFTSFSTSTAVIKLSAITGVDVCKLLRTIMVKANQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSFVKKATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILMVAVVFIAFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLISQIVIFFSQWYDPVVFDTMVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYSVNSFNTSLLVLYQFMKLGFVIYTSSNTVTAYSEGNWELFFELVHTTVLANISSNSLIGLFVFKFAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMINGLGWLFTCYFGFYWWINKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKIAPPKTVWEVFSTNILIQGTGGDRVLPISTVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVTECMDNLLGMLVTLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKQLYEKVLADSKNGGVTQQEFAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGIVPLATVPIVCSNKLTLVVPDPQTWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDNVIDADGTELHPTSTGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQVPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGHGCQCDSLRQPKPSVQSDAGAPGFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 642 Identity=86.31%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3952
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
405.90659
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00534
outside
1 - 1724
TMhelix
1725 - 1744
inside
1745 - 1750
TMhelix
1751 - 1773
outside
1774 - 1841
TMhelix
1842 - 1864
inside
1865 - 1868
TMhelix
1869 - 1888
outside
1889 - 1897
TMhelix
1898 - 1920
inside
1921 - 2281
TMhelix
2282 - 2301
outside
2302 - 2361
TMhelix
2362 - 2384
inside
2385 - 2557
TMhelix
2558 - 2580
outside
2581 - 2584
TMhelix
2585 - 2607
inside
2608 - 2613
TMhelix
2614 - 2631
outside
2632 - 2650
TMhelix
2651 - 2673
inside
2674 - 3095
TMhelix
3096 - 3118
outside
3119 - 3122
TMhelix
3123 - 3142
inside
3143 - 3153
TMhelix
3154 - 3176
outside
3177 - 3195
TMhelix
3196 - 3218
inside
3219 - 3224
TMhelix
3225 - 3247
outside
3248 - 3256
TMhelix
3257 - 3279
inside
3280 - 3298
TMhelix
3299 - 3321
outside
3322 - 3952
