Strain
Feline_JN634064
(Region: ; Strain: Feline coronavirus strain WSU 79-1683, complete genome.; Date: )
Gene
1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTGTTGCAGGAAATCAAGTACTGCTTCCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATAGTAATCGTAAGGATCACTACGTCATCGGTGTTTTGGGCAACGGTATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGCTACAAGGCTTTATTGTTAGGGCTAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAGTTGCCCGTACTGGGAACGGGGCCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCCGATGGAAAACCAGTTATCGAAGGTGAGTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAGGACATTATCATTTATGAAGGAGAGGAATATCATTGCGCTTGGTTAACTGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAACTCTTCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAATCTGGACATCCCACATAAGTTGCCAAATTGTGCTATTAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAGAAACTCTAAAGTTGTTCTCTCTGAAGAGTATAGAAAACTCTACGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGTAATGGAGACAGTCTTAGCAAGTGTTTTGACAGCCTCCATTTCATCGCCGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGTGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGGTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAGCCGGGTGATGCTGTTATCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAGCTTTCACTGTTAATGAGACCGTTTGCACCACTGATTTCGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAACCAGAGAGTACCTCACCTGTTTCGTGCTCCATTAAGAGAGCCTTCATTACTGGTGAGGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCTAACCTGCTTTTTAAGAAGACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCGATTTTTTCGGATGCTTGGAAAGTTGTTGAGGAACTGCTATGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATCTACGATGTAGTGGCTTCACTTTGCACTTCAGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTAAAGGACCTCGTTGATAAGTGTGTCAAAATTCTTGTGAAGGCTTTTGATGTCTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAGTGTTTTGTTCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAACGCACTTGTCAAGCTTGTCGGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTCGCCACTAATTTAATAGGTGCGACCATTAATGTGACACCACAGAGAACTGAGGCTGCCAATATTAGTTTGAATAAAGTAGACGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATTGTTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAGTACTACTTTATGATGGCAAGTCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTCTTTAAAGCGGCTCGAGCACCATCTTATAACATTGTTTATGATGTGAATGATGACACCAAGAGTAAGATGGTGGTTAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGATCTCGACGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATATCTTAAGAAATACAGAATGCCAGTTTGTCTTAAAAATCATGTTGGTTTGTGGGACATCATAAGACGCGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACTTTCAATCATCTTAATGAATTGGAGGACGTCAAGGATATAAAAATTCAGGCCATTAAAAACATTCTTTGTCCTGACCTTCTACTAGAATTGGATTTTGGTGCCATCTGGTATAGATGCATGCCAACATGTTCGGATACATCCATCCTAGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGTCATAGCCTGGCTAACCGTTTAACTGTTAATTATAGCAAACTCTGTGACACAGCTCGCAAGGACATTGAAATTGGTGGCATACCGTTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGTTTTATTGATATGAAGGATGCTATTTATTCCGTAGTTGAATATGGTGAAGCATTTTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCACCATCACAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGGCAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATATACCTTTTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAATAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTCAGATAATGTCATTGTTAAAGAGATAAAACCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAGTTTGAGTTTAGACAATGCAAAGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATCGGTACTAAATACAAGTTTACAGGTACGACTTGGGATGAATTTGAAGATTCTATCTCTGAGGAACTCGACAGAATTTTTGACACGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATTTACGACACATGTGGTGGATTTGTACATTCAACCCAGATGGTGTTAGCATCTCACAGTATGATCTTAACACAGCTGTTGATGACAAAAGCAGAAGTTTCTGCTAAAAATGATCCATGGGCTGTTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACATTCCTTTTCACCTTTTAGGACGACAGATCTTAATGGTAAAATTATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGGTGAATGCTTGCTGTTACCAACTGCAAGCTTTCGATTTCTTCAAACATGACCTGTGGGATAATTTTAAGAATGGCGATGTCATGCCCTTTGTGAATTTTTGTTATGCAGCTATGACCTTACAGCAGGGTGCCTCTGGAGATGCAGAGTACCTCTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTAATTCTTAACGCCAAGTGCGGCTGTGGTAATAAAGAGATAGTTTTGGAGAGAACCGTGTTTAAACTCACTCCACTTAAGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAACAAACCAACATGTGTAGATTTGCAAGTGTAGAAGGATCTGGTGTTTTTGTCCATGATAGGATAGAAAAACAAACACCAGTGACACAATTTGTTGTGCCGCCTGTCATGCATGCAGTTTACACAGGTACACCACAGAGTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCATGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAGCCTCGTAAACATAGGTTTTACACATCCACATTGTTTCTTAATGCAACTGTAATGACAGCTGAACCTAAAACTACGATTGATAAGTGTGTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATCTCTTAACACCTTTTTACGCGGTAGGAAAAATTTCATTTTATCAAGGAGATTTAGATATTTTGGTTAACTTCCTTGAGCCTGACGTTGTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAGACATGTAGGTGGTGTTGCTAAAGCCATTGATGCATTCACAGGTGGCAAGTTAACAAGCCGCTCTAGAGAATATCTTAAATCCAATAAGTCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTAAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGATAGTAGAGTTGAAGGTAAACTTTGTAATGTCTACAAAGCAATTGCCAAGTGTGAAGGTAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATTTTCAAAGTCAAACTTGAAACATCACTGCAGTGTTTAATTAAAACTATCACTGATAGGGATTTGAATGTCTTCGTTTACACTGACCATGAGAGAACTACCATAGAAAATTTTTTCAAAGGTACTATCCCAGTCAATGTAACGGAAGACACTGTAAATCACAAACGTGTGTCTGTGGCACTTGATAAAACTTATGGTGAACAACTTAAAGGGACTGTCGTTATTAAAGATAAGGATGTCACCAACCATTTGCCTAATGTGTCTGACGTTGGTGAAAAAATCGTCAAGGCTTTAGATATTGACTGGAGTGCACATTATGGCTTTCCAAATGCAGCGGTTTTTAGCGCCAGTTCTCATGATGCTTATCAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGATTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGCCTTTCTCACGCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAAGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTAATAGTGCAGTCACTGTCACACATACAACTGCATGTGATAAGTGCGCAAAAGTTGAAACTTTCACTGGACCTGTGGTGGCGGCACCTCTTATGATCTGTGGAACTGATGAAACTTGTGTCCATGGTGTAAGTGTCAATGTTAAAGTGACAAGTGTTAGAGGTACCGTGGTTATTACTTCTTTGATAGGTCCTGTAGTGGGAGATGTTATTGATGCAACTGGTTACATTTGTTATACTGGGTTGAATTCACGTGGCCATTA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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQEIKYCFRNGFDGYVFVPEYRRDLVDSNRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKVARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDIIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKRNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLSKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVITSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKAFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFSDAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVGVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATINVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIVGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARAPSYNIVYDVNDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIAKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYRMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELEDVKDIKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDTSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHSLANRLTVNYSKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTITTDDWSDPILLEPADYVEPKGNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVIVKEIKPVTRVRLEFEFRQCKVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWDEFEDSISEELDRIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFVHSTQMVLASHSMILTQLLMTKAEVSAKNDPWAVAVDEQEAEQPKHSFSPFRTTDLNGKIILKQQDNNCWVNACCYQLQAFDFFKHDLWDNFKNGDVMPFVNFCYAAMTLQQGASGDAEYLLETMLNDYSTAKVILNAKCGCGNKEIVLERTVFKLTPLKNEFKYGVCGDCKQTNMCRFASVEGSGVFVHDRIEKQTPVTQFVVPPVMHAVYTGTPQSGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHRFYTSTLFLNATVMTAEPKTTIDKCVEECQSPKDLLTPFYAVGKISFYQGDLDILVNFLEPDVVVNAANGDLRHVGGVAKAIDAFTGGKLTSRSREYLKSNKSIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCEGKILTPLISVGIFKVKLETSLQCLIKTITDRDLNVFVYTDHERTTIENFFKGTIPVNVTEDTVNHKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNHLPNVSDVGEKIVKALDIDWSAHYGFPNAAVFSASSHDAYQFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWINAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDAFLTRKTAGFVHMLYHISSLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSNSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLMICGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVVITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNSLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFVVKTPKIENSPKNQVKEPSKTRVFSEVEETPKNIVCEPKLLAIESGVDYTISTFGKYADMFFMTGDKVLRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKFKVKPPHAFKDLGAKIRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVVHRLACSGSVQAYGNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVAWDYKSDPLWNRVVQLSYFMFLAVFGNNYVRCVLMYFISQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVIVFKAVLALKHIFFPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSLKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTAYDYDVKNKKYSGQEVLKTMFLLDDFIVYNPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSELLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKLCNLDVTFSTFEMAVTNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKSGSGFFDVLKQLKQISWCLVFFIIVYGLCSVYSLATQYYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYEGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKNSYFDTCVFSSACTTLSGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPSIIRGLGLRFVKTQATTYCRVGECIDSQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSAMGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMMANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIIYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYVMMFFYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYAASFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIIEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLVGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNSSMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQGGKVKSLFYPVMTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAITTLVSVLLVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATAHNVVWDMTYYESLQFLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFATTVFVMFNIVKLLGMIGEPWTDDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFISYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCISIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSFKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPDVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIESYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARTVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSLTCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASECGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVEGVNGPEVKYLYFVKSLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSSLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVEANTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRYKGKFVQIPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQSSTVDQSYLKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYIVKRCTKTVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFNYKEGRCEFGNVARRNLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTVGACTEEFFENKDWFDPVENEAIHEVYAKLGPIVANAMLKCVAFFDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTEHKEYLFQKYFKYWERTYHPNCSDCTSDECIIHCANFNTLFSMTIPMTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLSMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVGKYFECYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGSTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMILGSKHVGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYFKPGGTTSGDGTTLYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNACNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSIDEEFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADINAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYTLLDWVKHLQKNLNAGVLDSFSVTMLEEGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSFNGCNVNDVTKLFLGGLSYYCMDHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAVGSEDVEDFNKLAVSDWTNVEDYKLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKSEYAYAILKEVIGPKEIVLQWEASKTKPPLNRNSVFTCFQISKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTYKLTPGMIFVLTSHNVSPLKATILVNQEKYNTISKLYPVFNIAEAYNTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKAAKNFNVDRCSRIIPQRIRVDCYTGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEASCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGVLQPQDYNVVTQRMCTLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFVPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLSHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHATNVNRFNVAITRAKVGILCIMCDRTMYENLDFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKSEQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANIPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRKGQPWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGRPQKCECGKSATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSINHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSIVYPFIDNEEKINKAGRIVQSHVMKAALKIFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDDSNCELVDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRAYVEDYNMFMQAGFTIWCPQNFDTYMLWHGFVNSKALQSLENVAFNVVKKGAFAGLKGDLPTAVIADKIMVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYEAECPFSNFTKQVCSYTDLDSEVSTCFDNSIAGSFERFTTTKDAVLISNSAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGDYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIIKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSAEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTVCVPHKMRVLHLGAAGASGVAPGSTVLRRWLPDDAILVDNDLRDYVSDADFSVTGDCTSLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFIKEKLSLGGSVAIKITEFSWNKDLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALIVNLKEKELNEMVVGLLRKGKLLIRNNGKLLNFGNHLVNVP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1120 Identity=58.79%
Cov(Q)=14.01% Cov(P)=97.07%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6618
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
419.652189999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00042
Total prob of N-in:
0.00037
outside
1 - 1768
TMhelix
1769 - 1787
inside
1788 - 1829
TMhelix
1830 - 1852
outside
1853 - 1904
TMhelix
1905 - 1922
inside
1923 - 1928
TMhelix
1929 - 1948
outside
1949 - 1962
TMhelix
1963 - 1985
inside
1986 - 2337
TMhelix
2338 - 2360
outside
2361 - 2429
TMhelix
2430 - 2452
inside
2453 - 2592
TMhelix
2593 - 2615
outside
2616 - 2624
TMhelix
2625 - 2647
inside
2648 - 2653
TMhelix
2654 - 2676
outside
2677 - 2679
TMhelix
2680 - 2702
inside
2703 - 3119
TMhelix
3120 - 3142
outside
3143 - 3146
TMhelix
3147 - 3169
inside
3170 - 3175
TMhelix
3176 - 3198
outside
3199 - 3217
TMhelix
3218 - 3240
inside
3241 - 3246
TMhelix
3247 - 3269
outside
3270 - 3295
TMhelix
3296 - 3314
inside
3315 - 3326
TMhelix
3327 - 3349
outside
3350 - 6618
