Strain
Feline_JN634064
(Region: ; Strain: Feline coronavirus strain WSU 79-1683, complete genome.; Date: )
Gene
1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTGTTGCAGGAAATCAAGTACTGCTTCCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATAGTAATCGTAAGGATCACTACGTCATCGGTGTTTTGGGCAACGGTATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGCTACAAGGCTTTATTGTTAGGGCTAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAGTTGCCCGTACTGGGAACGGGGCCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCCGATGGAAAACCAGTTATCGAAGGTGAGTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAGGACATTATCATTTATGAAGGAGAGGAATATCATTGCGCTTGGTTAACTGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAACTCTTCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAATCTGGACATCCCACATAAGTTGCCAAATTGTGCTATTAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAGAAACTCTAAAGTTGTTCTCTCTGAAGAGTATAGAAAACTCTACGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGTAATGGAGACAGTCTTAGCAAGTGTTTTGACAGCCTCCATTTCATCGCCGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGTGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGGTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAGCCGGGTGATGCTGTTATCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAGCTTTCACTGTTAATGAGACCGTTTGCACCACTGATTTCGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAACCAGAGAGTACCTCACCTGTTTCGTGCTCCATTAAGAGAGCCTTCATTACTGGTGAGGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCTAACCTGCTTTTTAAGAAGACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCGATTTTTTCGGATGCTTGGAAAGTTGTTGAGGAACTGCTATGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATCTACGATGTAGTGGCTTCACTTTGCACTTCAGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTAAAGGACCTCGTTGATAAGTGTGTCAAAATTCTTGTGAAGGCTTTTGATGTCTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAGTGTTTTGTTCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAACGCACTTGTCAAGCTTGTCGGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTCGCCACTAATTTAATAGGTGCGACCATTAATGTGACACCACAGAGAACTGAGGCTGCCAATATTAGTTTGAATAAAGTAGACGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATTGTTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAGTACTACTTTATGATGGCAAGTCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTCTTTAAAGCGGCTCGAGCACCATCTTATAACATTGTTTATGATGTGAATGATGACACCAAGAGTAAGATGGTGGTTAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGATCTCGACGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATATCTTAAGAAATACAGAATGCCAGTTTGTCTTAAAAATCATGTTGGTTTGTGGGACATCATAAGACGCGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACTTTCAATCATCTTAATGAATTGGAGGACGTCAAGGATATAAAAATTCAGGCCATTAAAAACATTCTTTGTCCTGACCTTCTACTAGAATTGGATTTTGGTGCCATCTGGTATAGATGCATGCCAACATGTTCGGATACATCCATCCTAGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGTCATAGCCTGGCTAACCGTTTAACTGTTAATTATAGCAAACTCTGTGACACAGCTCGCAAGGACATTGAAATTGGTGGCATACCGTTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGTTTTATTGATATGAAGGATGCTATTTATTCCGTAGTTGAATATGGTGAAGCATTTTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCACCATCACAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGGCAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATATACCTTTTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAATAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTCAGATAATGTCATTGTTAAAGAGATAAAACCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAGTTTGAGTTTAGACAATGCAAAGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATCGGTACTAAATACAAGTTTACAGGTACGACTTGGGATGAATTTGAAGATTCTATCTCTGAGGAACTCGACAGAATTTTTGACACGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATTTACGACACATGTGGTGGATTTGTACATTCAACCCAGATGGTGTTAGCATCTCACAGTATGATCTTAACACAGCTGTTGATGACAAAAGCAGAAGTTTCTGCTAAAAATGATCCATGGGCTGTTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACATTCCTTTTCACCTTTTAGGACGACAGATCTTAATGGTAAAATTATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGGTGAATGCTTGCTGTTACCAACTGCAAGCTTTCGATTTCTTCAAACATGACCTGTGGGATAATTTTAAGAATGGCGATGTCATGCCCTTTGTGAATTTTTGTTATGCAGCTATGACCTTACAGCAGGGTGCCTCTGGAGATGCAGAGTACCTCTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTAATTCTTAACGCCAAGTGCGGCTGTGGTAATAAAGAGATAGTTTTGGAGAGAACCGTGTTTAAACTCACTCCACTTAAGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAACAAACCAACATGTGTAGATTTGCAAGTGTAGAAGGATCTGGTGTTTTTGTCCATGATAGGATAGAAAAACAAACACCAGTGACACAATTTGTTGTGCCGCCTGTCATGCATGCAGTTTACACAGGTACACCACAGAGTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCATGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAGCCTCGTAAACATAGGTTTTACACATCCACATTGTTTCTTAATGCAACTGTAATGACAGCTGAACCTAAAACTACGATTGATAAGTGTGTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATCTCTTAACACCTTTTTACGCGGTAGGAAAAATTTCATTTTATCAAGGAGATTTAGATATTTTGGTTAACTTCCTTGAGCCTGACGTTGTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAGACATGTAGGTGGTGTTGCTAAAGCCATTGATGCATTCACAGGTGGCAAGTTAACAAGCCGCTCTAGAGAATATCTTAAATCCAATAAGTCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTAAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGATAGTAGAGTTGAAGGTAAACTTTGTAATGTCTACAAAGCAATTGCCAAGTGTGAAGGTAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATTTTCAAAGTCAAACTTGAAACATCACTGCAGTGTTTAATTAAAACTATCACTGATAGGGATTTGAATGTCTTCGTTTACACTGACCATGAGAGAACTACCATAGAAAATTTTTTCAAAGGTACTATCCCAGTCAATGTAACGGAAGACACTGTAAATCACAAACGTGTGTCTGTGGCACTTGATAAAACTTATGGTGAACAACTTAAAGGGACTGTCGTTATTAAAGATAAGGATGTCACCAACCATTTGCCTAATGTGTCTGACGTTGGTGAAAAAATCGTCAAGGCTTTAGATATTGACTGGAGTGCACATTATGGCTTTCCAAATGCAGCGGTTTTTAGCGCCAGTTCTCATGATGCTTATCAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGATTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGCCTTTCTCACGCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAAGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTAATAGTGCAGTCACTGTCACACATACAACTGCATGTGATAAGTGCGCAAAAGTTGAAACTTTCACTGGACCTGTGGTGGCGGCACCTCTTATGATCTGTGGAACTGATGAAACTTGTGTCCATGGTGTAAGTGTCAATGTTAAAGTGACAAGTGTTAGAGGTACCGTGGTTATTACTTCTTTGATAGGTCCTGTAGTGGGAGATGTTATTGATGCAACTGGTTACATTTGTTATACTGGGTTGAATTCACGTGGCCATTA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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 619 Identity=98.01%
Cov(Q)=7.64% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3951
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
420.039859999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00042
Total prob of N-in:
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TMhelix
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