Strain
Rabbit_JN874562
(Region: China; Strain: Rabbit coronavirus HKU14 strain HKU14-10, complete genome.; Date: 2007)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAGCTGCAATGGGCTCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGACTACCCTAGCAGTTCAGAAGTGGGTATGGTTTGCCCCACTACCGCGCAAAAGCTGGGATCAAGTGGAATTTTTCTTAAGAATCACGTGATGGTTGATTGTCGCCGCCTCGTAAAGTATGAGTGTTGTGTGCAGTCTAATCTGATACGTGAAATAAATATGAATACAGGTCCTGATGCTATGGACGCTGTTATTCAAGAAGCACTTCAGTCCCGTAGTGCTGTTTTAGTTACACCACCTCAGCGCATGTCTTTGGACATGTACTATAAATTGGGGTGTTGTCCTAAAGGTTGGACCATGGGTTTGTTTCGTCGTCATTGCCAGTGTAGAACTGGCAATTGTAATGTTGAAACCCATGTTGCCAATCAGCTCTATATGATAGACCCTGAAGGTGTCTGTCTAGGAGCAGGTACGTTTATAGGATGGTTTGTTCCACTCTTTGCGCTACCTGAGCGTGTGCGGGATAAAACCTTTCCCTGGGTTTTGTACCTGCGAAAGCATGGTGAGAAAGGTGCGCATTCTAAGGGTCATGGTGACACTTTTTATGTGGATTATGACTTTGATGTTGAAGATGCTTACGAAGAGGTTCATGATAACCCTAAAGGTAAGTATTCTAAGAAAGCTTATGCTTTGTTGAGGGGATATCGTGGTGTTAAACCACTTCTTTATGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGTAATCTTGCAGAGGGATTGGAAGCTTATGCTGAGTTCTCTCTTCAAGAGATGAAAGAACTTTTTCCCATATGGAGTCTTAGTCTCCCATATGATGTTGTTGTGGCATGGCATGTAGTTCGTGATCCTCAGTTTGTGATGAAGTTGCAATCTCTTGCTACTATTCGTAGCATTGAGTATGTTGCAGAACCTACTGAGGATTTAGTTGATGGCACGGTTGTTATTAAAGAACCCGTGCACACACTTGCCCCAGATGCCATAGTTTTAAAGCTGCCTAAGCTTATTGATCTTATGCAGCATACAGATTCTACTGTAGTGGAGTCTATTTATAAAACCAAGCTGAAACATTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGTTATGTTGAATGTTCTCAGGATGATTGCACCTTTACAGGTTGGGTTCCAGGGAATATGATAGATGGATTTGCCTGCACATCATGTGCTTTTGTTTATGGCACTGTTGATTTGCTTGCACAATCTTCTGGCGTTATGCCCCAAAATCCTGTTCTTTTTACCAAAGGCCAGGCTATTACAAACGGGGATTCATTTAAGCTTTATGGAAATTCTGTTATTCCATTTGGTGGTTGTTTGTATTGGAGCCCAACACCTGGTGTTTGGCTTCCTTTGATTAAGTCATCTGTTAAAGCATACGATGGTATGGTTTATACAGGTGTTGTAGGTTGTAAAAACATTGTCAAAGAAACAGAAGCTGTTTGTAAAGCACTGTATTTGGATTATGTCCAGTACAAGTGTAGTGACCTAAAGCAGAGAGAAGGTTTGGGTCTCGCTGATGTTTGGCATAAACAGCTTTTGATTAATAGAGGTGATTATCAACCTCTTTTGGATAATGTTGATTATTTTAGTATGCGCAGAGCACGTTTTAGTATGGAGACAGCTACTGTCTGTTCAGAGGGATTTATGCCCTTTTTGTTGGATGGTTTGGTGCCGCGCACTTATTATTTGGTTAAGAGTGGCCAAGCTTTTTGTGATATGCTTTGTGAGTTTGGCCAAGAAGTTGCAGATTTGAGCAAAGAGTTGCTTGTTGTGACTTTAGATTCAGTTACTTCTGCATTACAATTTTTGACGCTTAATGTTGGTAGGCTTACCGAATGTCTTAAGGGCTTTGGTATTAAGTTTGTCAACAAGCTGATACAGTACTTTAAAACTGCTACTAGACGTACCGCTCTCGCCTTTGCATGGGTTTTGCTTCATGTTTTGCGAGGCGCATATATAGTGGTTGAAAGTGATATATATTTTATTATGAGCATTCCAGATTATGCGCGCGTTGTTGTGCGTACTTTTCAGAATGTTTTTAAGATGGCATTAGATTGTGTAAAAGTGTCATTTTTAAAAGGCCTTTCTGCTTTTAAGATAGGGCGTGAAAAAATTTGTTTTGTAGGAAGCAAGTTTTATAAAGTGGAACGAGGAAATCTTAATGATTTGGTTCGTAGAGATTTGGTTGTTCCTAGTGTAACACAGAGAGCTAAAAATCAGCAACCTGTCTATTTGACCGGTAATTGTGCTCCTGTTAATGTAGATGATGATGTGGTTGAGGTTGTTACTAACCCAGTTACATCTTGTGGTTATCAAAAACCACCTCAAAAATGTGATAAGATTTGTATTGTGGATAATGTTTATATGGCTAAATGTGGTGAGAAGTTCTTTCCAGTTGTGGTGAACGAAGATTACATTGGCCTTTTAGATCAAGCTTGGAGATTTCCTTGTGCTGGAAAGAAAATTTCCTTTGTAGAGGAACCTTCAGTGAAGGAGATCGTCACAAAGAAGACTGTTAAAGTCTGTTTTGAGCTTGATGCTAATTTTAATACTATCTTGGACACTGCTTGTAGCGTGTTTGAGGTAGATAATACTGTAGATATGGAGGAGTTTGCTGCTGTTGTCGCTGATGCGATAGAGGAGAAACTTACTCCATGTAAGGAGCTTGATGGTGTTGGCATTAAAGTTAGTGCCTTTTTGCAGAAGCTGGAAGATAATAATCTTCACTTCTTTGATGAAGCTGGTGATTGTGTTTTGGCTTCTAAGTTATATTGTACATTTTCGGCTCCTATTGATGAAGATTTTGGAGAGTCAGAATATGAAGAAGGTGATGTTGATGTTGATGAAACTGATTCCATTGTTACTAGTACCTCGCAGGAGGTTTGTGCAGGTTCGGGCATCCCTTGTGGTACGGACTGCAATAGTATTGCCAATGGACAGGAGGAGGCATCAGAAGTCTTTGAAATAGCTGAAGTTGAGGATTCTATTTTGGAAGAACTTCAAGTCAGCATACAAGCGCATGATGAAGTGGACGTTGTGTCTGCGGATTCTGATTCCGTGCTTGTGCATGATTACATAGATGGTGTTAATTATGACACTTTCTATTGTGATACTGTTTTTGATTTTTATGTTGCACACAAGGAACCTGATTTCGTAAAAGTTCTTGGTGTGTATGTTCCTAAAGCAACGCGCAATAATTGTTGGTTGCGTTCTGTCTTGGCTGTTTTTCAGAAGTTGCCATGTACTTTTAAGGATAAAAATTTGCAGAGTTTGTGGTTGTCTTATAAGCAGCAATTTGATCAGTTGTTTGTAGACACTATTATGCAGAAAATACCTGCAAATATAGTTGTTCCACAGGGTGGTTATGTAGCTGATTTTGCTTATTGGCTACTTACTTTGTGCGATTGGAATGCGGCATCTCATTGGAGATGTCTTAAATGTGATTTGGCACTAAACCTTCAAGGTTTGGATGCTATATTCTTTTATGGAGACATAGTGTCACATGTTTGTAAGTGTGGCGAGTCTATGGTTCTTCTTAAAGTTGATGTGCCGTTTACTGCACATTTTGCTGTGAAGGATAAGCAGTTTTGTTCTTTTACGACACAACGTCGTATTTTTAAAGCTGCTTGCGTTATTGATAAAAATGACCGTCATTCTATGGCTGTCATTGATGGTAAACAAATTGATGACAAGCTTGTTACTGATATTAACAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGAGATGGCATTTAGTATGTCATCCTTTGAAATTGCTCAATTGTATGGTTGCTGTATAACACCTAATGTTTGTTTTGTTAAAGGTGATGTTATAAGAATTGCCCAGCTTGTGTATGCTGATGTAGTTGTTAATCCCGCTAATGGCCATATGGCTCATGGTGGTGGTGTGGCAAAAGCTATAGCTAATGCAGCTGGTCAAAGTTTTATTAAGGAGACTGCTAATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACCGGTGATTGTTATGTGTCATCAGGAGGCAAATTATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGTCCTGACGCACGAGCTCAGGGTAAGCAATGTTATGCATTGTTAGAAAAGACATATAAACACCTTAACAAGTATGATTGTAGTCTTACTACACTTATTTCTGCTGGCATATTTAGTGTGCCATCTGATGTGTCTTTGACATACTTACTTGGTGTTGTAGAAAAACAAGTTATTCTTGTTAGTAACAACAAAGAAGATTTTGATTTGATTTCTAAGTGTCAACTAACGGCTGTAGAGGGCACTAGAAAGTTTGCAGAGCGTCTATCTTTTAATGTAGGACGCACTATTAAATATGAAACAGATGCTAATAAGTTGCTTATTAGCAATGATGTAGTATTTGTTTCTACTTTTAATGTGTTGCAAGATGTTAACACATTGCGGCACGATATTAAACTTGATGATGATGCGCGTGTTTTTGTGCAGTCAAATATGGAGAATTTGCCTACAGATTGGCGCATAGTTAATAAGTTTGATCAGATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAATATTTTGAATGTCCTGGTGGCATAGACATTTGTAGCCAGGGTAAAGATTTTGGTTATATACAGCAGGGTTCTTTTTACAAGGCCACTGTAAGCCAAATTAAGGCTTTGTTTGTTGATAAAATAGATGTTTTGCTTACTGTTGATGGTGTTAATTTTACCACTAGGTATGTACCTCTTGGTGAAGTTTTTGGCAAAACACTAGGCAATGTATTTTGTGATGCTATTAATGTCACAAAATGCAAGGCTGAACAGAAATATAAAGGAAAGGTGTTCTTTCAGTTTGATAATCTGTCTAATGCAGATTTAAAAGCTGTTAAGAGTTCTTTCAATTTTGATCAAAAAGAATTGTTGGCTTATTACAATGTCCTTGTGAGTTGTGG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Protein
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MGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDACCTQSDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGNKIEDLSIRALQKRLYSHVYRSDTVDPTFVTEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSDYASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVENDINHGPHEFCSQHTMLVKMDGDDVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENEEYQKVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDESFYKNMYLRSAVMQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCCYDHVMATDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIDDFNRIASCKWTDVDDYILANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQSYASATIQEIVSDRELILSWETGKVKPPLNKNYVFTGYHFTKNGKTVLGEYIFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFVLTSHSVANLSAPTLVPQENYSSIRFASVYSVPETFQSNVVNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAYKFLNINDCTRIVPAKVRVDCYDKFKINDTSRKYVFTTINALPEMVTDIVVVDEVSMLTNYELSVINARIRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLSKGSLEPKYFNTVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYDNKLKAKNENSSLCFKVYFKGVTTHESSSAVNMQQIYLISKFLKANPLWHNAVFISPYNSQNFAAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMCNMQLFEALQFTALTLDKVPSKLQCTTNLFKDCSKSYIGYHPAHAPSFLAVDEKYKVNGDLAVCLGVGDSSVTYSRLISLMGFKLDLTLEGYCKLFITKEEAVKRVRAWVGFDAEGAHATRDNIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGLFAERDGYSFRKAVAKAPPGEQFKHLVPLMSQGQRWDVVRLRIVQMFSDHLVDLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKIGKETCCNVCTNRATVYNSRTGYYGCWRHSVSCDYLYNPLIVDIQQWGYVGSLSSNHDMYCSIHKGAHVASSDAIMTRCLAVYDCFCNNINWNVEYPIISNELSINSSCRTLQRVMLKAAMLCNRYSLCYDIGNPKAIACIKGYDFKFYDAQPIVKSVKTLFYSYEAHKDSFKDGLCMFWNCNVDKYPSNAVVCRFDTRVLNNLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTNPFSRAAFEYLKPMPFFYYSDTPCVYMDGMDNKQVDYVPLKAATCITKCNLGGAVCLKHAEEYREYLECYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTKLQSLENVVYNLVKTGHYTGQTGEMPCAIINDKVVAKIEQEDVVIFTNNTTYPTNIAVELFAKRSVRHHPELKLLRNLNIDVCWKHVIWDYVRQSIYCSNTYGVCTYTDLKFIDKLNVLFDGRDNGALEAFKRCENGVYISTTKIKSLQMIKGPPRAELNGVVVDKVGDTDVVFYFAMRKDGQDVIFSHIDSLGVSPYWSPQGNPGGNGKPGNVGGNDALAQVTIFTQSRVISSFECRSDMEKDFIALDEEMFIQKYGLEDYAFDHIVYGSFNQKIIGGLHLLIGLFRRHQKSNLVVQEFVSYDSSIHSYFITDEKSGSSKSVCTVVDILLDDFVAFVKSLNLNCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAASDWKPGYSMPVLYKYLTSPMERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLNTTTLAVPVNMRVLHLGAGSEKGVAPGSAVLRQWLPAGTILIDNDLYPFVSDSVATYFGDCITLPFECQWDLIISDMYDPITKNIGEYNVSKDGFFTYICHMIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYKLMGYFAFWTVFCTNANASSSEGFLIGINYLGKPKVDIDGNVMHANYLFWRNSTVWNGGAYSLFDMAKFPLKLAGTAVINLKPDQINDMVYSLLEKGKLLIRDTNKEVFVGDSLVNVI
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027417
P-loop_NTPase
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR038083 R1a/1ab
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR042570 NAR_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR037204 NSP7_sf
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR032592 NAR_dom
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014828 NSP7
IPR029063 SAM-dependent_MTases
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1289 Identity=66.27%
Cov(Q)=13.05% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0032259 P:methylation
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0008242 F:omega peptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7112
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
395.342249999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00199
Total prob of N-in:
0.09101
outside
1 - 2218
TMhelix
2219 - 2241
inside
2242 - 2247
TMhelix
2248 - 2270
outside
2271 - 2329
TMhelix
2330 - 2352
inside
2353 - 2371
TMhelix
2372 - 2394
outside
2395 - 2772
TMhelix
2773 - 2795
inside
2796 - 3049
TMhelix
3050 - 3072
outside
3073 - 3081
TMhelix
3082 - 3104
inside
3105 - 3110
TMhelix
3111 - 3133
outside
3134 - 3142
TMhelix
3143 - 3165
inside
3166 - 3580
TMhelix
3581 - 3603
outside
3604 - 3606
TMhelix
3607 - 3629
inside
3630 - 3633
TMhelix
3634 - 3656
outside
3657 - 3675
TMhelix
3676 - 3698
inside
3699 - 3704
TMhelix
3705 - 3724
outside
3725 - 3733
TMhelix
3734 - 3753
inside
3754 - 3772
TMhelix
3773 - 3795
outside
3796 - 7112
