CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Porcine_JQ065042 (Region: China: Hong Kong;  Strain: Porcine coronavirus HKU15 strain HKU15-44;  Date: 2009)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCCAAGAACAAGTCCAAGCGCGACGCTATCGCGTTGCCTGAAAATGTACCACCACCTCTGCAACTTTTCATTCACGTTGCAGCTGCTGAAGAGGGTCACCCTAAGGTTACTACTTACCTTGGCAACTATAACCTCTATGCCACCAAGGCTCCGCCTGGCGTGCAGGTTCTTAGTGCTAAAACCTCTCTTACTGACTTTGAGAATGTCTTTGGAGCCCAACCCACCTTGCGATCAATTCGTAATCTGGTTTGTGAGGCTCGCTCGGCTGAATGGACAACTTCCAAGAATGCTTTTGCACTCAAAGCCACTCAACTTGACTACTCTGATGCCGTTTTGAGGGCAATGATTCGTTTCTGCCCTCCAAAGGTGTCCACACTCGCTGCCTTTGCTCTTTTTGGCCGATTGGTTAAAATTGAGGACAAGGAACTTGCTGAGTTAGCTCGTGATACTGCCCTTGAGTTGGCGTACACGGCTAAAATTGGTACATCTCTTGCTGACACGAGATCTGTCTCACTTATTCATAAGGACGCTTATCTAACTCTCAGTAATGAGGTTGTTGGCGTAACTTTTACTGCCGCACTTATGGCAAAGGCTACCACTGTTAATGGAGCAATGCAATACTCAAACTTTTACCTCTACCCTCGTGCCACTATTAAGGTGACCGATGGTAAGGCTGAAGCAATTGCAACCAAGCCTCTGTCTGCTGCCACTAAAGGCAAGCAAATCACAGAGGATGTCAACCTTCTCCCTGACTATCAGCAGCTGCTTGTTGATCAAGTGACTGGCACTGAGGTTAAGGTTGGAGCTCTAACCTATGTTAAGACCACTGATTCACCACCCCTTTACTTTCCCAAAGTCAAGGGTGGTGTTATTGGTATTGCACTTAAGCAGCAGGGCACTGCGGCTAAGAAGCTCAATGTAGTCTTCCATGCTCAACCTGATGATGTTCTGCTAGCCTTCATACAACTTCAGCAATTCTTGAACCGTACTTCGGATTCAAGTGTTGAAATTACTGATTGCCAGAGTTATGAAGTATCTCCAACTGTGACGGTCAAAATTGGCCCGTCTAAACCTGGGGATGTCATCGTGGCTACTGATGAGGAATACCTTAAATGCTTTGAAACCCCTGAGGTAGGTAGGCTCTATAAGGTTTTCCAAACTCAATCTTGGGCTATCATTGAGCGTGCCTTCTCCAGTTTGAAGATCCGCGTGTCCAAAGCTTTATCAGCATTTATAAGTTTTCTGCAAAACCTTGCAGATAACTTTACTGCAATAAGTGGTGTTGTCACTGCACTCATTCGTGAACTCCAGGATCTTACCCTGGATGTGGCGGCACGTATCACTAACATACAATTTGTTTACCGTGCTGGTAAGCTTATTGTCGACACGACAAGTGTCATAGCTAAACTTTTCCAGCCATTTTGTGATTTTATATCACCTTTCCTTCGGAAAGTTGCTGGTTTTGCAATTTACACTGTTGGTAATCGCATGCTTATGTTTACCAGCACTGGCACCTTTCTTCTCACAAAGGCAACTACTAAGATACTCAATAAGGCAAAGTACATCTTTGATGTGGAGCCTGAGTACCCAGTAGCTGTAACAACATCCAAAGTTGTAGTACATGAAGCACTCCAGCAAACCAACACTAAGCCTACTAGAGCTCTAGAGGCTGTTGATGTCGTTGTTGGTAATACTGTACTGCAAATGGCTACTGATGGCACTGCGTTCTACCCATCGGATGGTACGCATGCCTCTCTTCCAGGATTCAAAGCAGGCTCGGATGAGCTTTTCATAAGCTTCAACTGTGACCTCTTTGATGATGAGACTAATGCTCAAATCAACGAAACACTCGCTGCATATGAGCTTAACCAACTAGTGGCTCCAGGTGATTCTACACCGCGTCAAATTGCGACGTTGGTTGTCGATACACTAGCGGATGCTATAACGGACCACTTTCCGGAGAAAACCATTGATCTACCTGAAGACTATCAAGTCTTTTCTGACCATGATGACCTCCCACTCGCACAATACCACATCCCTGATCACCTGAGCCTGTATATTCAGGCTATGGAAGGTGAAGATGATAGTGGTGATGAAATATGTATTGAGGACGATGATTACGACTGTCCTCAAGCCGACGAAGACACAGAAGGAGTAATTCCCCAACAGTGGGAACTTCCTGATGTTGATAAATTTTTACTCAAGATCCAGGAACGGAAGACCAGCAGCGACGAAGTACTTAGCGTTGACGTCTATCCTAAACCAGAGCCGGTTGGTAAGGTTGGGATTGACGACAGCGCGTCGGAAAAGAAGCCAAATGGAGACCCAGTACCGGATCCTGAGGTCCATCCAACACTAGAGAGTGTGGATGTTGAACGACCAACCGAAACAGCAAACCAGGCTGTTGAAGACAAACCTTCTGATACCACCTTTGTGGTTGATGAGGAACAATTACAAGAATTACCACCAGAACCTGAGCTCCGCTCCTATGAGGGGGAGTTTGATTCTGATGATGAAATTATTATTCCTATAGTACCAGTAACACCTGCGGATTTAAAACCACAGACTATTACTATAAAGGAGTACTTTAAGTCTGAAAAACTTGAGACTATTAACGAAGGATCCACAGAGTCAGTTATACAATCTGACGATTCGTTTGACGAGTCATTTGCTGATGCTGAGTCTGATGATCCACAAGATCCTGTTGTATATGATGATACAACAATTATAACAGACAGTACTGATGTAGGCGATGAGCCTGAGACAACTCTAGCTACCATCGTTAACACACCTCTGACACTCGATAATAACTTGCCACCTGAAGCCATTAAACAACCCAGCCCGACTAAGGTTGAGTTAGTTGTTGGTGAATTGGCAAGTATTAAATTTGACAATTCTGTCCTAGTCAACCCTGCTAATGCGCAATTAACAAATGGCGGTGGAGCTGCCCGTGCAATTGCAAAATTAGCTGGTCCAAAATACCAAGAGTACTGTAATAGTGTGGCTCCTATCTCAGGACCGCTTACCACGGACTCTTTTGATGCTAAGAAACTTGGTGTAGCCTGCATCTTGCATGTAGTGCCACCCAAAGGTTCTGACCCTAATGTACAAGAACTCCTGTATCAAGCTTACAAGAGTATCCTTACTGAACCAGCACACTATGTTATACCTATACTAGGTGCTGGTATCTTTGGATGCAACCCAGTCCACTCTCTGGATGCGTTCAGGAAAGCATGTCCAAGTGACATAGGTCGTGTCACTCTTGTCACTATGAACAAAAACCATTTGCAGGTGTGGGATGCTCTCAATAGGACCATTGTACGCACCACTACTGATTATGATCAAGTCACCACCAAGGCCCTTACACCCCAGGGAGTGTTAGAAGCCAATCTCTTTGATGGTGAGGACTTTGTTCAAGAACCAAAACCCGGTCAAATTTACCTTGAGGTTACTGAAGAAGTTCAGAACCAAGCCAAGGAACTTGACCTTAACCTTCAGCAATACTGCGTCTACCTGAAGACTTGCCACCACAAATGGGTTGTGAGTCGTACGAATGGGTTGATGCATCTAAAACAAAAAGATAACAATTGTTTTGTTAGTGCAGGTGTAAACCTGTTTCAAAACACTGCTTATCAACTTAGACCTGCTATTGATGCTCTCTATAGGGAGTATCTCAATGGTAATCCAAACAGATTTGTTGCTTGGATCTACGCATCCACTAACCGTCGTGTTGGTGAGATGGGTTGTCCACAGCAAGTTATTTCTTTGCTCGTTAGTAACTCTGACGCAGCATTTTCAGCAACTACAGCCTGTTGTAACACCTACTTTAACCATACAGGTGTTATTTCAGTAGCTCGTGAATATGACCCAATACAACCAAAGGTCTACTGCATGAAGTGTGACGTGTGGACTCCCTTTACACCCCAGAGTGGAAAAGGTGCAGTTGCAATTGGTACTTCTGCAGATGAACCTACCGGTCCTGCCATTAAATTTGCCGCAGCTCACTGCTGGTACACTAATGGCAAGAAAACAGTTAATGGCTATGACACTAAAGCTAATGTTGTAGCTACTTATCATAGGTTTGACGTGCCTAAGCCTCAACTTGTTGAGGACGTGGTTGCGCTGCCTACTAAAAATGACTTTGAAGTTCTCAATGTTGAAGAACTGCCGCAGGATAGTGTGCTCCATTTGGACCCACCTCCTGTACAGGCCTTACAACCTAAGGCTAACCAACACGTTGAGATTCTAGAAAACCCAGATTATCTGGACATTCTGGATCTTTGGATTCGTAAGCCCAAATTCATCCTCGTAAAGTCGTGGAGTGTTTTGGGTAGAGCACTATGTAAGGCAGGTAAAGTTGTCTTTGTCAGTGCTTCGCTTTTGACCCGTTTCTACAATTACCTTGTAGAGATTGGTGCTCTTGATTCAACAATAAGGTTGTCAATCGATCTTACCTGTAAATTTGTTAGAACGGTTTTTCCATCGTCTAACACTGTACACAAAACTTGTCTTGGTCTGTATTATTCAGCCCAGACACTTTTTGTTTCTTTAGCACCATTCCTTATGTTACCAGCTGTAGTTAGTCTGCTTAATTCAGGCTATACAATTGGCACATATTTGTATGCAAAAACTGGCTGGCCTTGTAATTACAATGCCACGCAACACTTTGATTATAATTCTTACTGTGCAGGTGACTTGGTTTGTCAAGCCTGTTTTGACGGTCAAGACTCCCTACATTTGTATCCGCATTTACGTGTTAATCAGCAGCCCCTTCAGACCACTGACTACACTGTTTATGCGCTTTCACTAATACTACTATTAGCTAACATGACTCTTGTCATGGGCACGCTAATAGTTACTTTCTTTGTGAACTTCTATGGTGTGCAAATACCATTTTATGGTACACTTTTGATAGATTATCAATCCGCGCTGGTGATGACTTTCTCAGTGTACTACTTTTATAAGGTAATGAAGTTTTTCCGCCATCTCACACATGG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Protein
MAKNKSKRDAIALPENVPPPLQLFIHVAAAEEGHPKVTTYLGNYNLYATKAPPGVQVLSAKTSLTDFENVFGAQPTLRSIRNLVCEARSAEWTTSKNAFALKATQLDYSDAVLRAMIRFCPPKVSTLAAFALFGRLVKIEDKELAELARDTALELAYTAKIGTSLADTRSVSLIHKDAYLTLSNEVVGVTFTAALMAKATTVNGAMQYSNFYLYPRATIKVTDGKAEAIATKPLSAATKGKQITEDVNLLPDYQQLLVDQVTGTEVKVGALTYVKTTDSPPLYFPKVKGGVIGIALKQQGTAAKKLNVVFHAQPDDVLLAFIQLQQFLNRTSDSSVEITDCQSYEVSPTVTVKIGPSKPGDVIVATDEEYLKCFETPEVGRLYKVFQTQSWAIIERAFSSLKIRVSKALSAFISFLQNLADNFTAISGVVTALIRELQDLTLDVAARITNIQFVYRAGKLIVDTTSVIAKLFQPFCDFISPFLRKVAGFAIYTVGNRMLMFTSTGTFLLTKATTKILNKAKYIFDVEPEYPVAVTTSKVVVHEALQQTNTKPTRALEAVDVVVGNTVLQMATDGTAFYPSDGTHASLPGFKAGSDELFISFNCDLFDDETNAQINETLAAYELNQLVAPGDSTPRQIATLVVDTLADAITDHFPEKTIDLPEDYQVFSDHDDLPLAQYHIPDHLSLYIQAMEGEDDSGDEICIEDDDYDCPQADEDTEGVIPQQWELPDVDKFLLKIQERKTSSDEVLSVDVYPKPEPVGKVGIDDSASEKKPNGDPVPDPEVHPTLESVDVERPTETANQAVEDKPSDTTFVVDEEQLQELPPEPELRSYEGEFDSDDEIIIPIVPVTPADLKPQTITIKEYFKSEKLETINEGSTESVIQSDDSFDESFADAESDDPQDPVVYDDTTIITDSTDVGDEPETTLATIVNTPLTLDNNLPPEAIKQPSPTKVELVVGELASIKFDNSVLVNPANAQLTNGGGAARAIAKLAGPKYQEYCNSVAPISGPLTTDSFDAKKLGVACILHVVPPKGSDPNVQELLYQAYKSILTEPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFRKACPSDIGRVTLVTMNKNHLQVWDALNRTIVRTTTDYDQVTTKALTPQGVLEANLFDGEDFVQEPKPGQIYLEVTEEVQNQAKELDLNLQQYCVYLKTCHHKWVVSRTNGLMHLKQKDNNCFVSAGVNLFQNTAYQLRPAIDALYREYLNGNPNRFVAWIYASTNRRVGEMGCPQQVISLLVSNSDAAFSATTACCNTYFNHTGVISVAREYDPIQPKVYCMKCDVWTPFTPQSGKGAVAIGTSADEPTGPAIKFAAAHCWYTNGKKTVNGYDTKANVVATYHRFDVPKPQLVEDVVALPTKNDFEVLNVEELPQDSVLHLDPPPVQALQPKANQHVEILENPDYLDILDLWIRKPKFILVKSWSVLGRALCKAGKVVFVSASLLTRFYNYLVEIGALDSTIRLSIDLTCKFVRTVFPSSNTVHKTCLGLYYSAQTLFVSLAPFLMLPAVVSLLNSGYTIGTYLYAKTGWPCNYNATQHFDYNSYCAGDLVCQACFDGQDSLHLYPHLRVNQQPLQTTDYTVYALSLILLLANMTLVMGTLIVTFFVNFYGVQIPFYGTLLIDYQSALVMTFSVYYFYKVMKFFRHLTHGCKIPTCVVCAKLRTPPTITVETVVQGRKYPSVIETNGGFTICKEHNFYCKDCSLQTPGTFIPTEAIESLSRATRLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARAMHNQNAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNRGSLKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPIDNYQEVASRIEKYYPVAKITPTGDIFTDIKQATNGQASDSAINAAVLAVQRGLDFTIDNPNNILPHYAFDFSTLNAEDQSTILESGCAKGNLKGTNVGVVLSASLVTRLSQQAIRVIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRIKAGAPPMRQKILCVILALAIVYFAAMAFGFLASQITLNTVPTIKSDIRASTFYVVRDGVLDTVRSNDKCFANKFLAFDSFIQAPYTNSPDCPVVVGVVDVTTHSIPGIPAGVIHRDGLILNIYEQSLYETHQRQSMVRDALSLKTANLFNLGKRVVVGYTQHEVVVGTSYFNSPALFNAKCTFLQYQDTRQLYCYDTVPTEHKLYSDVLPHVEYKAIDINGDLVPFKIPEQIMFYPHIVRYTSNSYCRMGHCFNTNPGICISFTDEFPYSENVKPGVYCADTSLQLFSNLVLGTVSGIHIFTSTAALLGSTIVIILCVVAVLAVQRFFKEYTTFVMYTCGLALVNIVGIALMYKCLVFAIFYYAIYLYFVLTFPSFKRNVALFYFAVVIVPHVSNMQLLALIVCSIIYFLYTYVHTVAKTAGKFSSFLDAAKATFVIDNEKYVLLKDLAGAEFDQYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALASFREGGGSQLYTPPKFAVVQSLKTKLQAGIKILLHPSGVVERCMVSVVYNGSALNGIWLKNVVYCPRHVIGKFRGDQWTHMVSIADCRDFIVKCPIQGIQLNVQSVKMVGALLQLTVHTNNTATPDYKFERLQPGSSMTIACAYDGIVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLYLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGNFYGPYVDEEVIQQQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDARPKWLAQSQISIEDFNSWAANNSFANFPCEQTNMSYIMGLSQTARVPVERILNTIIQLTTNRDGACIMGSYDFECDWTPEMVYNQAPISLQSGVVKKTCTWFFHFLFMAITMLLAAMHVFPVHLYPIVLPCFTVVAFLLTLTIKHTVVFTTTYLLPSLLMMVVNANTFWIPNTFLRTCYETIFGSPIAQRLYGYTVALYVLIYAGLAINYTLKTLRYRATSFLSFCMQWFQYGYVAHIAYKLLNKPWTESLLFTAFTMLTSHPLLAALSWWLAGRVTLPIIMPDLAIRVLAYNVIGYVICVRFGLMWLANRFTTVPMGTYQYMVSVEQLKYMMAVKMSPPRNAFEVLIANIRLLGLGGNRNIAVSTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAVCKKIVKLHNDTLKATTYEEVEVALVKLLSHIIEFLPTDQVDAYLADAANAQHVNTYFDNLLENKAVVQAVADININLDSYRIYKEADAIYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKAQILPIHAVVGISNDNLKVIFNDKDSYSHYVEGNTLIHKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGVPEEFPVVVETVREGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAQDFNGNESTVKSFYVTRTGKKILVAITSTKDNLKTVTCLTETGKTVLNLDPPMRFAHTVGGKQSVVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISETTILQASGTQIEYQQNASLLTYLAFAVDPKTAYLKHLADGGSPIQGCIQMIATMGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVHIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVNYDCTCGSSLQNSAYLNRVTGSSDARLEPLQPGTQPDAVKRAFHVHNDTTSGIFLSTKSNCARFKTTRSALPLPNKGEVELYFVTKQCAAKVFEIEEECYNALSTELYTTDDTFGVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSKDVIQEILITMCGTPEDWFGENWFDPIENPSFYKEFHKLGDILNRCVLNANKFASACIDAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQPGNGCVDLASYYSYLMPIMSMTHMLKCECMDSDGNPLEYDGFQYDFTDFKLGLFEKYFKYWDRPYHPNTVECPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSRATVDGHLVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMANINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCVDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSNLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLEPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTHAEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMCNINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVIVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTTHLNKDIADLHRSLYEDIYRGDSNDITVINRFYQHLQSYFGLMILSDDGVACIDSVVAKAGAVADLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMNVGPHEFCSQHTVLAEHDGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDAFQSLTDMSYVNNFMNEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCNSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVENCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLLWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGSDTYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLTQTTYVRKSLLPDSVGASYYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYFPSARICYTASSHAAIDALCEKAFKTIPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDVAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKASLAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQSSAEKNLTPLFKRCGYEYNGVHPAHALTWHDCGAEYRCEEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSTLGFLPSLKIDAYHNMFLTRDACRTYVQSWIGIDVEAAHAIKPNTGTNLPLQIGFSTGKNFSVTPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRREIATHIAEVAPHTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGMEEKCFCGRRACFTNGTEFACKAHHSLTIPQCDYVYNPFLIDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHANAHVASADAIMTVCLAIHELFSTVDWNLEFPITAEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRKPGVKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFTDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLNLAPLIYYSTTDCSSEQPIVVTYRDCVTRCNTGKTLCPNHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGQLDVVINNNAVYAKVDNNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTRSLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWFDNDTIFQYTINVSTYTDIDPSTHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKTEPFVCTALTLNGLAIDGEELYIYVRYNNQLTTFATTCTQGRNVEQFIPKTPMERDFLEMSQQSFIQQYQLQDLGVEHIIYGDDSSPVIGGTHTLISLVKNKFEHQLVNHVYNPVQNCVVTSPNASSKNVCTVLDVLLDDYIDIIRQAHASYTSKSKVFTVSIDNQQIRFMLWHDEQVKTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLVTDLQPADIPNYHSYTPRVPGVVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMFPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIVTDYRTYIPPHHVDVIFSDLYCCDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSFSPELYSLAGWFDDYQLFCTAVNASSSEAFLCCFNYLGHAKENINGFNLHASYIQWRNEIALTPTYSPLADNPATACKLKATPIISARELEKKPILRYLVASGRLLVRPPECRELY

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF16348   Corona_NSP4_C
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF13087   AAA_12
PF08717   nsp8
PF06478   Corona_RPol_N
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF09401   NSP10
Interpro
IPR008740   Peptidase_C30
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR036333   NSP10_sf
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR027352   CV_ZBD
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR037227   EndoU-like
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR009466   NSP11
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR014827   Viral_protease
IPR014829   NSP8
IPR036499   NSP9_sf
IPR017896   4Fe4S_Fe-S-bd
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
SUPFAM
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF52540   SSF52540
SSF144246   SSF144246
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6M71     E-value=0.0     Score= 945     Identity=50.69%     Cov(Q)=15.08%     Cov(P)=100.32%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6267
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
326.212919999998
Exp number, first 60 AAs:
0.00507
Total prob of N-in:
0.07224
outside
1  -  1512
TMhelix
1513  -  1535
inside
1536  -  1600
TMhelix
1601  -  1623
outside
1624  -  1632
TMhelix
1633  -  1655
inside
1656  -  2003
TMhelix
2004  -  2026
outside
2027  -  2292
TMhelix
2293  -  2315
inside
2316  -  2335
TMhelix
2336  -  2358
outside
2359  -  2372
TMhelix
2373  -  2404
inside
2405  -  2824
TMhelix
2825  -  2844
outside
2845  -  2847
TMhelix
2848  -  2865
inside
2866  -  2871
TMhelix
2872  -  2894
outside
2895  -  2913
TMhelix
2914  -  2936
inside
2937  -  2942
TMhelix
2943  -  2960
outside
2961  -  2974
TMhelix
2975  -  2997
inside
2998  -  3008
TMhelix
3009  -  3031
outside
3032  -  6267
 
 
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