Strain
Avian_JQ065044
(Region: China: Hong Kong; Strain: White-eye coronavirus HKU16 strain HKU16-6847, complete genome.; Date: 2007)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGCAAGAACAATCCAAAACGCAGCCCTATTGTGCTGCCAGATCCCATACCACCTCCCCTGCAGCTGTTTATAAAGATAGCAGCTGCGGAGGAAGGTCATCCTAAGGATTTGTCCTACTTAGGTGGCTACAATTTGCTCACCACTAAGTCCATACCGGGTGTGCAAGTTCTAGACCCTGTGACATCACTCACGGCTTTTGAGCAGTTCTTTGGTGCTCAACCGATCTTACGCGCTGTCCGCAATCTGATTGTTGACCGCAAAGCTGATTGGTTTGCCTCCAAGGACAATTTTGCTAACAAAGCCATTAATCTTACTTTTACTGATCACGTTTTACGTGCTGTTATTCAGCATGCACCTCAGCGTGTTTCAGCTTTAGCTTCGCTGGCACTCTATCATAAGATTGTGAAGATTGACAGCGTTGAATTGAAAACTATTGCTGATCAGGTTGCTATTGAAGCTGCCTACACCAATAAAATCGGTGTGGCTTTGGCTGATGCCAAGGCTATAACCCTGACACATAAGGATGGCTACCTAACACTCAACAATGCTGTGTTAGGCCCTGTCTTTACTAACACCCTGTTAGCTCAGGCTACACCCAGCAATGGTGCTATGACCTATTCGGACTTTCACCTCTTTCCGAATGCGTCTTTAGCCATTGTGGATGGTGTTAGTGTGCCAATTGTATCTAAACCTATTGTGGCTTCTCAACTTGGAGTCATACCAGATGAAAATGTAACACTTGTGCCTGACTATGACCAGCTCATTCCACCACAAGTTGCTGGAAGTGCTGTAAAAGTAGCAGGACTTACTTACATCAAAACAGCGGATTCTCCACCACTTTACTATCCAAAAGTGAAGGGTGGTGTTCTCGCCGTAGCTCTCAAACCTACAGGCACTAGAGACAAGAAGCTCTCAGTTGTCTTTCATGCCAAACCCAACAATGTTTTGTTGGCCTTCATACAGCTCCAGGAATTTCTCAACAGGTCCACTGGTGTGATTTCCAAAGCTGATCTAGACACCTATGATGTTGCACCTAATGTAAGAGTGTCTTTTGGCACATCCAAACCTGGTGACATCGTAGTTAGTACTGAAGAAGACTACCTTCGTTGCTTTGATACAGAGGAGGTTAGTCATCTCTACAAAATCTTTCAAACTGAGTCCTGGGCCTGTTTGTCACAGCAGTTTCGAAAACTCCGCATACGGGTCTCAGATTCAATCTACCATGTTTTGAGCTTTTTAGAGCGTCTTATGGACCTCTTTAAGCCCTTAACAACACTAGTCAACACACTCATTGACAAGATTAAAGACTTGTCACTTGATGTAGCTGCTAGAATTACAAATGTGCAGATTGTCTATTCTGCTGGACGTCTTGTTGTGGAAACGACGTCTGTACTATCTACTTTGTTGCAGCCTTTGTGTGATTTCATCACACCATTTCTTAAGAAAATGGCAGGTTTTGCAACTTATGCTGTTGGAAGGTCCATGGTCTTGTTTACTAGCATGGGCTCTTTTATTCTTCAGCAAACAAAAGTACGTGTAGTTAATAAGGTTAGGTATGTCTTCGACGTGTCTGCCGACTACCGTATAGACAATGTAACAACAAAAGTTAATTTGCATGATAGTCTTCATGTTACTAGTGACACACCATCTGGCCCTCTGGAGCTAGTTGACGTTGTCATTGGTGACACTGTCCTGCAGATGGCTACTGATGGTAAAGCATACTATCCTAGTGATGGAGAATATGCTTCTTTACCTGCGTTTAAAGCTGGATCCGATGAGTTGTCTATCACCTTCACTTGTGATGTGTTTGATGATGACCTTAATTCAGCTATAAATGATACACTTGTTAGCTACGAATTGAATCAACTCGTAGCACCACGTGATTCAACACCCAGGCAGATAGCAGCATTAGTTGTTAATACACTAGTGGATGCCATCACTGATTACTTTCCTGAAAAGTCTTTGGATATGCCTGAAGATTATCAAGTCTTCTCTACTTTTGACGACTTGCCATTAACAAATGAACACATTCCAGATCATCTCACCTTATACATTCAAGCAATGGAGGGTGATGATGAGGATGATGATGTCATTATTGAAGATGATGACCAGGAGGTCATTCTTGACACGGATGAGGATGAGGGTGTTATACCCCAATGTTGGGACATCCCAAACATTGATAAAGTCCTTAACAAATTTAAGACTCAGCAGGATTTGACCATTGATGTTAAACCTACTGAAGAATTGCCAAGTGTTGAACAACCTAAAATTGTTCAAGATGTCGATCAATCTGAGGTTCTATTGAAAGAGCCACAAATTGCGCAAACTCAAGATGCAGAACCCCCTGTACCAATTGTTCCAGAACTTACTGGTTCAAAACCTAAGTCTCTTAAACAATACTTTAGTGCCAATAAGTTAGACACTATTAGTGAAGAGACATGTGATACAATAGTAACCCCTGAGGCTACTATACAAGTGGAAGAGTCAGACATACAAATTGCAGATGATGCAAGTGCTGTTGATGACTCTCTTGAAAATCACGAATCAGACACATGCATTGTGGATGATGACACTTTGTCAGATTCTGCAATTCCAGTTGTTGACGATTCTGACACTATCATCACAGATAGCACAGAAGGTGATGATACTGAACAATTGTTGGACACTGTTGTTAATCAACCACTTACTATTGACAACAACATCCCAACACATGCTATTAAACAACCAAGCCCTACTATGGTAGAGCTGGTTGTTGGTGATTTGTCAACTATAAAGTTTGACAATTCAGTCCTAGTTAACCCAGCTAATGCGCAGCTCACTAATGGTGGTGGTGCTGCAAAAGCAATTGCTGAGTTGGCGGGACCCGATTATCAGGCATTTTGTAAATCGATAGCCCCAATTAGTGGTGCTGTTACTACAGATGCTTATGATGCCAAAAAGCTGGGTGTTGCTTGTATCTTGCATGTAGTACCTCCTCGTGGTACAGATGTTGATGTGCAAGAAAAACTTATACAGGCATACCGCAGCATACTCACAGAACCTGCACACTATGTTATACCAATATTAGGTGTTGGTATATATGGTTGCAATCCTGTACACTCTTTGGATGCCTTTAAGAAAGCATGTCCTCCTAACATAGGCCGTGTTACCTTAGTCACCAAAGATGTAAACCACTTACAGTTGTGGGACGCACTAAATCGAATAGTGGTGCGTACTACTAAGGATTTTGATCAGATTACAACACAAGCACTTACCCCACAGGGAGTTTTGGATGCAAATCTCTTTGATGGTGATGTATTTGTGCAGGAACCTAGTCCAAACCAGGTTTATCTTGCTGTTGATGATCACATCCAACAACATGCTAGAGACTTGGGACTTACATTAAAACAATATTGTAATTTTCTCAAGTACTCACACCACAAGTGGTCGATACAACGCATTAATGGCGTTGTACACCTTAAGCAGAAGGATAATAATTGTTTTGTTAGTTCAGCTTTGAACTTGTTTCAAAACACTCATTATCGACTCACATTTGCCGTTGATGAACTTTATCAGGAGTACAAAAACGGCAATCCTAATAGACTTGTTGCTTGGATCTATGCCTCTGTCAATCATGTAATTGGTGACATGGGCTGTCCTCAACAAGTGCTTTCACTTCTTGTCAATAATGCCAACTGTAAATTTTCTGGTACTGCTAATTGTTGCAATACCTATTTTACGCATGATGGTGTTATTGCCAATACCAATCAATCTGGACCTTTGGAACCAGAAGTCTTTTGTATGCGTTGTGACAAATGGACAACATTCACACCAGATAATGTGGATGGTGTTGTAGTCCTAGGCAATGTTCAAGGCCCTGCAACAACGCATTCAATTATGTTTGCCAACTCCCACTGTTGGTATACTGATGGTAAAAAATCGATTAACAGTTACAATGTTAATGCAAACGTTGTAGCTGTTTATCATAAAATGCAAGTGGCTCGACCTATGTTAGTTCAGCCACAAGCTACTTCTCAGACATTAACTAACCAAAAAGTTGATGTTGCTAAAAATAATAAACCCTTTAAACCAGAGGTAAAGGTTGCACTACCTGTTGCAAACACCTTTGATTGTTTGAAGGTAGAAGAAATACCAACTAGTAGTGTTCTTAACTTGGATCCTAAAGTCAAAGTTGAGAATGCAGCAGTTAAACCCATCAAGTATGAGACATTGAACAATCCCAATGCCTTAGATTTACTTGATTTGTGGATACGTAAACCTAAACACGTTCTTGTAAAAGCATGGACTGTTATTGGTAAACCACTTTTTAAAGCTGGCAAAGTTATTTTGCTAACTACTAAACACATTAAGCGCATCTATGATTATCTGTGTGGTGCAGGTCTCATAGATGTTACTGCGACATTGGGTGTTAAGCTGGCTTACAAAGTTGCAAAGCGCTTTGTGCCATCATTATCAACAGTACGCAGAACTTGTATTGGTTTGTTTTATAGTGCACACACTATATTAAAAACCTGTGCACCTTTTTTACTTTTACCAGCTATAGCTAGTATATTATCATCCGGTTATCAGCTGACTTCTTATTTCTATGGTAAAGCAGGTTTGGCATGTCCAGCCAACCTAAGTAACCATTATGATTACCAATCTTTCTGTGCTGGTGACCTAACTTGCTTAGGTTGTTTTGATGGTACAGATTCTTTACACTTGTATGACCACTTGAAAATTAATCAAGTGGTTGTTAACACTACAAATTATATGCCTTATGCTTTGGCTATAATATTATGTTTTGTTAACATAGTACTTGTTATACTCACAGCTCTTGCTGTGTTCTGTGTTAACTTATATAAACTCAAAATACCTTTGTATGGTATTGTACAACTTGAATATCAAAATACCTTTATTTGTGTCTTTGCTATCTATTATGTAGTGCGCATTTTACTATTTTTTAGACATCTTGCATATGGCTGTAAGAAGCCTAATTGCAATTTGTGTGCTAAAAT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Protein
MGKNNPKRSPIVLPDPIPPPLQLFIKIAAAEEGHPKDLSYLGGYNLLTTKSIPGVQVLDPVTSLTAFEQFFGAQPILRAVRNLIVDRKADWFASKDNFANKAINLTFTDHVLRAVIQHAPQRVSALASLALYHKIVKIDSVELKTIADQVAIEAAYTNKIGVALADAKAITLTHKDGYLTLNNAVLGPVFTNTLLAQATPSNGAMTYSDFHLFPNASLAIVDGVSVPIVSKPIVASQLGVIPDENVTLVPDYDQLIPPQVAGSAVKVAGLTYIKTADSPPLYYPKVKGGVLAVALKPTGTRDKKLSVVFHAKPNNVLLAFIQLQEFLNRSTGVISKADLDTYDVAPNVRVSFGTSKPGDIVVSTEEDYLRCFDTEEVSHLYKIFQTESWACLSQQFRKLRIRVSDSIYHVLSFLERLMDLFKPLTTLVNTLIDKIKDLSLDVAARITNVQIVYSAGRLVVETTSVLSTLLQPLCDFITPFLKKMAGFATYAVGRSMVLFTSMGSFILQQTKVRVVNKVRYVFDVSADYRIDNVTTKVNLHDSLHVTSDTPSGPLELVDVVIGDTVLQMATDGKAYYPSDGEYASLPAFKAGSDELSITFTCDVFDDDLNSAINDTLVSYELNQLVAPRDSTPRQIAALVVNTLVDAITDYFPEKSLDMPEDYQVFSTFDDLPLTNEHIPDHLTLYIQAMEGDDEDDDVIIEDDDQEVILDTDEDEGVIPQCWDIPNIDKVLNKFKTQQDLTIDVKPTEELPSVEQPKIVQDVDQSEVLLKEPQIAQTQDAEPPVPIVPELTGSKPKSLKQYFSANKLDTISEETCDTIVTPEATIQVEESDIQIADDASAVDDSLENHESDTCIVDDDTLSDSAIPVVDDSDTIITDSTEGDDTEQLLDTVVNQPLTIDNNIPTHAIKQPSPTMVELVVGDLSTIKFDNSVLVNPANAQLTNGGGAAKAIAELAGPDYQAFCKSIAPISGAVTTDAYDAKKLGVACILHVVPPRGTDVDVQEKLIQAYRSILTEPAHYVIPILGVGIYGCNPVHSLDAFKKACPPNIGRVTLVTKDVNHLQLWDALNRIVVRTTKDFDQITTQALTPQGVLDANLFDGDVFVQEPSPNQVYLAVDDHIQQHARDLGLTLKQYCNFLKYSHHKWSIQRINGVVHLKQKDNNCFVSSALNLFQNTHYRLTFAVDELYQEYKNGNPNRLVAWIYASVNHVIGDMGCPQQVLSLLVNNANCKFSGTANCCNTYFTHDGVIANTNQSGPLEPEVFCMRCDKWTTFTPDNVDGVVVLGNVQGPATTHSIMFANSHCWYTDGKKSINSYNVNANVVAVYHKMQVARPMLVQPQATSQTLTNQKVDVAKNNKPFKPEVKVALPVANTFDCLKVEEIPTSSVLNLDPKVKVENAAVKPIKYETLNNPNALDLLDLWIRKPKHVLVKAWTVIGKPLFKAGKVILLTTKHIKRIYDYLCGAGLIDVTATLGVKLAYKVAKRFVPSLSTVRRTCIGLFYSAHTILKTCAPFLLLPAIASILSSGYQLTSYFYGKAGLACPANLSNHYDYQSFCAGDLTCLGCFDGTDSLHLYDHLKINQVVVNTTNYMPYALAIILCFVNIVLVILTALAVFCVNLYKLKIPLYGIVQLEYQNTFICVFAIYYVVRILLFFRHLAYGCKKPNCNLCAKMKIAPTLTVDTVVQGRKFPSVIHTNGGVKICPNHNFYCKDCDSTNPTTFIPTEAVESLSKITRLHVKPTAPAYVLARDVECQTDVVVARATISGQAQVCISKYSDIRTVEALLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNAGSLKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSKPIDNYTEIISRIEKYYPTQKINPTGDLYTDIKTATNGQATDSAINAAMIAVQKGLDFTIDNPNHILPHYAFDFSTLSAEDQSVLIETGCAKGNLKGTNVGVVLSANVVTRLSNSAIRVIANAASRNGVTCSVTPSTITLRGNIATQPLQRLKAGARITIKPLLKWVLLFGAVYGAALLLSYAATAVSNPTIPRVKSDIPTTGFYVIRNGVLDTIKSSDTCFSNKFVSFDVYIQADYVNSHHCPVVVGIADVQTLSVPGIPAGIITRDGGILHVYEQALYDRLQRQSMVQEALGLKTKALFNLGHRTVVGYTRTEVVTGASYIRSPALFNAKCTYLQRDGDRRLYCYDTVDTEHRLYTDVLPHVDYKAVDFNGNLVPFKIPEQLLYYPHIVRYVSNSYCRMGHCFKTNPGLCVSFTDEFPYSENAQPGVYCADSGYQLFSNLVLGTVSGLHVFTSTAALLGSTCFILICVVAVLTFQRLFKEYTAFVLYTIFIAIINIVGIVLVYNCISIAFVYYAIYLYCALTLTSVRRNIALFYLAIVVVPHISNMQLLAVCVCSVLYLLYSYIYTVSKTGGKFSSFLEAAKSTFVIDNDKYVLLRDLAGADYDTYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGAQLYTPPKLAVVQSLKTKLQAGIKLLPHPSGVVEQCMVAVTYGSSTLNGIWLNNVVYCPRHVIGKYKGEQWLHMVSIADCRDFLVNCPNQGVQLNVTSIKMVGALLQLTVHTSNTKTPAHEFVRLTPGASMTIACTYDGVVRNVYHVVLHTNNLIYASFLNGACGSVGYTLRGKTLLLHYMHHLEFNNQTHGGTDLHGVFYGPYVDEEIAQQQTVFQYYTDNVVAQIYAHILTHDARPKWLASSDISEADFNAWAANNSFASYPCQSANQAYITGLAQTTRVSVGRVLNTIIQLTLNRNGALIMGKPDFECDWTPEMVYNQAPINLQSNVVKRASLWFLHCCFVAVMIAFAMLHLLPTELLPVGLSVAVCSSFVLTLTIKHSVVFTTTYLLPALLMLVANSSTIWIPNTYLRMTYEWVFGITMSERLSVYTVGLYICVYLALALNYTLRCMRYRSTSFINLCMQCFQFGYMVQIVYRLMTQKWTEQLLFTAISLLTSHPVMAASSWWLAGRCVFSAFLPDLAIRIIVYLFLGYVMCMRFGLLWLVNKFTTIPFGTYSYMVSIEQLKYMMAVKMAPPRNSFEAIVANIRLIGLGGTRNIAISTVQNKVLDAKATAVVVANLLDKAGVTNTHSVCKKIVKLHNDTLKATTFEEAETSLVKLLVHIIDLLPKDQIDTFLSNSVRVQAINDYFDNLLENKLVLQAVVDANINLDSYRIYKEADAAYKKSVELNESPQEQKKKLKAVNIAKSEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAIVGVSNDNLKVILNDKDSYLQYVDGNTLIHKGVRYTIVKKLSLDNSPVDGIPEEYPVVVETVREGVPQIQNNELCLRNVFTAQTSVLDNNGTESTAKAFYVSRTGKKILVAVTSNKDNLSTVTCHTDNGKVVLNLDPPMRFSHVVGGKQNIIYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTQIEYQENASLLTYLAFAVDPKAAYLKHIADGGKPIQGCIQMIATLGPGFAVTTKPQPNEQQFSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCTYKGRFVQIDKDKEPVSFALTHEPCNACQRWSNYDCTCGSVLQGSPYLNRVMGSSGALLEPLQPGSQPDAVKRAFHVHNNITSGIFLSTKTNCSRFKTTLSNLPLPNTGNVDLFFVSKQCSQQVFEIEEACYNKFDDKLKSTDKTFGVLAKTDFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSKDVIREILITMCGTSEDWFGDLWYDPIENPTFYREFHKLGSILNRCVLNANAFAKAAADSGVVGILTPDNQDLLGQIYDFGDCILTEPGNGCIDLSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECYDIDGSSLEYDGFQYDFTDFKLQLFDKYFKYWDRPYHPNTIDCPDDRCVLHCANFNILFAMCIPNTAFGNLCSQATVDGHIIIQTVGVHLKELGIVFNQDVNAHMSNINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCIDLRTPCQTLATMSSGITKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSDLLNQLGIDLKHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLQPYEGGCLNAQSVVVNNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYAEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMDGINNPILVGWDYPKCDRSMPNILRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTTHNSREIAKLHRDLYEDIYRGDSDNQTVIDSFYQHLRTYFGLMIFSDDGVACIDTKAASEGVVSDLNGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMTVGPHEFCSQHTVLAEHEGKSYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKLFYCLLDYIRVLAQELQDGILDSFQSLTDMSYVNNFVQESFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCGSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVDNCNEDNVEKLYISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGTVFGIYRHTARGSDDIDMFNELATSHYDTVEPYKKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVRDVYDQRFIKLQWEHGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILTKTDGTDSYTYRGTSTYRLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTNYVRKSLIADSVGASFYVQHFKSYNEIAMQKVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQDFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTTGQLSPADYNVVTDIMVHNGADVMLDMCYRCPREIVDTVSKLVYNNKLKAAKPNSRQCFKTIINTGSSDIAHEGQSAYNEPQLRFALAFRRYKRWENVTFISPYNAMNVKASMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMSRLNVALTRAKVGILVVFRQANDLYNSLQFESIDPSLVGQEGVLLMTDRSSTALAKSGSTPMKLQSSEETTQEVLPEGSSSTRLLCPLFKRCSFAYNGQHPAHALTWHDCGDEYRCDEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLNIESYHKMFLTKEACRSYVQSWIGIDVEAAHAVKPNVGTNLPLQVGFSTGKNFSVVPEGIWVDEFGSCTEPVPSKIPPGEQFKHLKRDMRNARPWKVIRNEIAAHLVETAPQTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKIGMEQNCFCGRRASFTNCVDYTCKAHRTLSTPTSDYVYNPFIVDVATWGFSGRLSTNHDEVCTYHSNAHVASSDAAMTVCLAINELFKGVDWDLQFPVTPEQSQLNKACRMVQANYLNILLTTTKASVVHDIGNPKGIPIVRKAGVKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFMDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYINKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLVYYSTTDCSTEQPIVVSYRDCVTRCNTGTTVCPTHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNIYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYFRNHNAHVNGTLSVVINHNSVYAKVENDLVKLFDNTTLLPVSTAFEHYTNRHVKTLPTTQLLAGLGITATRNFTIWVDNDTVFQHTVNVSTYTDVDPNQHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVLLTKTKVKKTTPFICTALTLNGLAIVGEELYIYYRKDGNLLNFNTICTQGRSVEKFTPKTPMEDDFLNLTAQDFITKYQLQGLGVEHIIYGQDDSPVIGGTHALISLVKNKFDFELVNHIYNPVQNCVVTSPKASTKLVCTLLDLILDDYIDIIKQAHATFDTKSKVFNVNIDYQNVRFMLWHDDEVKTCYPIVQSLTNGYQMPSIYKTLICELEPCDIPNYHAYTPKVPGVVKNVIKYRQLFNYIIKKDRLAVPHNMTVLHLGAASMEGTAPGTAVIKQMLPEGSIIIDLDIREFTSDANQIIITDYRTYMPPHHVDAIFSDLYCCDDIHFFDNLIRIAKERLALGGSMFVKITEHSYSPELYSFMSNFDEYQFFCTAVNAASSEAFLCCFNYLGDAKTSVDGYALHASYIKWRNEIALTPTYSPLADNPSTVCKLKATPIISLKELEKKPILRYLVASGKLLVRPPECRELY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 928 Identity=50.53%
Cov(Q)=14.87% Cov(P)=98.01%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6295
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
346.049439999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00281
Total prob of N-in:
0.00897
outside
1 - 1452
TMhelix
1453 - 1475
inside
1476 - 1495
TMhelix
1496 - 1518
outside
1519 - 1589
TMhelix
1590 - 1612
inside
1613 - 1631
TMhelix
1632 - 1654
outside
1655 - 1994
TMhelix
1995 - 2017
inside
2018 - 2280
TMhelix
2281 - 2303
outside
2304 - 2312
TMhelix
2313 - 2335
inside
2336 - 2339
TMhelix
2340 - 2362
outside
2363 - 2376
TMhelix
2377 - 2396
inside
2397 - 2809
TMhelix
2810 - 2832
outside
2833 - 2835
TMhelix
2836 - 2853
inside
2854 - 2859
TMhelix
2860 - 2882
outside
2883 - 2901
TMhelix
2902 - 2924
inside
2925 - 2930
TMhelix
2931 - 2953
outside
2954 - 2962
TMhelix
2963 - 2985
inside
2986 - 2996
TMhelix
2997 - 3019
outside
3020 - 6295
