CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Avian_JQ065045 (Region: China: Hong Kong;  Strain: Sparrow coronavirus HKU17 strain HKU17-6124, complete genome.;  Date: 2007)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCCAAGAACAAGTCCAAGCGCGACGCTATTGCGTTGCCTGAAAATGTACCACCACCGCTGCAGCTGTTCATTCATGTTGCAGCCGCCGAGGAGGGTCACCCTAAGGTTACCTCTCATCTTGGCAACTATAACCTGTTCACCACCAAGGCTCCGCCAGGCGTGCAGGTTCTTAGTGCTAAAACCTCTCTTACTGACTTTGAGAATGTCTTTGGAGCTCAACCCACTTTGCGGTCCATCCGTAATCTGGTTTGTGAAGCCCGCTCGGCTGAGTGGTCTACTTCCAAGGATGCCTTTGCACTCAAAGCCACCCAACTGACTTACTCTGATGCCGTGCTGAGGGCCATGATTCGCTTCTGTCCCTCCAAGGTATCTGCACTCGCTGCCTTGTCTCTCTATGGCCGGCTGGCTAAGATTGATGACAAGGAACTAGCTGAGTTAGCTCGTGATACTGCCATTGAGTTGGCGTACACAGCTAAAATTGGTACAACTCTCGCGGACGCGAAGGTTGTTTCACTTACCCATAAGGATGCCTACCTCACTCTCAGTAATGAGGTGTTAGGTGTTCCTTTCACTGCAACACTCATGGCAAAGGCTACCATCATCAATGGAGCCATGCAATACTCAAACTTCTACCTTTATCCTCGCGCAACCATTAAGGTCGTCGATGGTAAGGCTGAAGCCATTTCAACCAAACTCCTGACTGCTACCACTAAGGGTAAGCCTGTCACGGAGGATGTGAACCTGCTCCCTGACTATCAGCAGCTGCTTGTTGACCAAGTGACTGGAACTGAAGTTAAGGTTGGAGCAATTATCTATGTTAAGACCACTGATTCACCACCCCTCTACTTTCCCAAAGTTAAGGGTGGTGTCATTGGTATTGCACTTAAACAGCAAGGCACCGCGGCTAAGAAGCTCAATGTAGTCTTCCACGCCCAACCTGATGATGTCCTGCTGGCTTTCATTCAACTTCAACAGTTCCTGAACCGCACTGCGGATTCAAGTGTTGAAATTACTGACTGCCAGAGCTACGAAGTTTCTCCAACCGTGACGGTCAAGATTGGCCCGTCTAAACCTGGAGATGTCGTCGTGGCTACTGATGAAGAATACCTTAAATGCTTTGACACCCCTGAGGTGGGAAAGCTTTACAGGGTTTTCCAAACTGAGTCCTGGGCAACCATTGAGCGTTCCCTCTCCAGTTTGAAGGTCCGTGTGTCCAGGGCGCTCTCTGCATTCATAAGTTTTCTGCAAAATCTTGCAGACAACTTTTCAGCAATTACTGGTGTTGTCACTGCGCTCATCCATGAGCTCCAGGATTTGACCCTGGATGTGGCAGCACGCATCACCAACATACAATTAGTTTACCGCGCCGGTAAGCTTATTGTAGACACTACAAATGCCATTGCAAAATTGTTTCAGCCATTCTGTGATTTCATATCACCTTTCCTTCGGAAAGTGGCTGGATTTGCAATTTACACCGTTGGTAATCGCATGCTCATGTTTACCAGCTGTGGAACATTCCTTCTCACAAAGGCAACTACTAAGATACTCAACAAGGCCAAGTACATCTTTGATGTTGAGCCCGAGTACCCAGTAGATGTAACAACTTCTAAAGTTGTAGTACATGAAACACTCCAGCAAACTGACACTAAGCCTACTAGGGCTCTAGAGGCTGTGGATGTCGTCGTTGGTAACACTGTGCTGCAAATGGCTACTGATGGCAATGCCTTCTATCCTTCGGATGGTACGCATGCCTGCCTCCCAGGATTCAAAGCAGGTTCGGATGAGCTTCTTATAAGCTTCAACTGCGACCTCTTTGATGATGAAACCAATGCTCAAATCAACGAAACACTCGCTGCATATGAGCTTAACCAACTCGTGGCTCCATGTGATTTCACTCCACGTCAAATTGCGACGCTGGTTGTTGACACATTGGTTGATGCCATTACTGACCACTTTCCGGAGAAGACCATTGATCTACCTGAGGACTACCAAGTCTTCTCTGATCATGATGATCTCCCACTCGCACAATACCACATCCCTTCACATCTGAGTCTGTATATACAGGCCATGGAGGGTGAGGATGATAGTGGCGACGAAATTTGCATTGAGGAAGATGACTATGATTGTCCTCAAGTTGAAGATGACACAGATGGAAATATCCCGCAACAATGGGACCTTCCTGATGTCGATAAATTTTTACTCAAACTCCAGAAAAAGGAAGCCAGCAGCGACGAAGTACTAAGCATTGACGTAAATCCGAGACCTAAAGAGGCCCCGGTAGTCCTTGCGCAGGAAAAGAAGCCAAATGACTCCCAAGTATCGGACGCTGAGGTTCATCCTGAACCGGACGGCCAGGATGTTGAACAATCACCTGAAGCAGTCGATGAGACTGTAGCACGAACTCAATCTGAGAGATCGGAGGCGGCTGAGTGCGACCAAGAAACTTCTTCCGAACCCACTTCTGTGGTAGAAGAAGAAGAACAACAAGAATTACCACCAGAACCTGAACTCCGCTCGTATGAGGGAGATGGGGATTCTGATGATGAAATTATCATTCCTATAGTCCCAGATTCACCTGCAGACCTAAAACCGCAGGCTGTGACTATTAAAGAGTATTTCAAGTCTGAAAAACTTGAGACTATTAATGAAGGTTCCACAGAGTCAGTTACACAATCTGACAAGTCGGACGACGAGTCATTTGTGGATGCTGAGTCTGATGACCAACAAGAACCTGCTGTATATGATGACGAAACCATCATTACAGACAGTACAGAAGGTGACGACGAACCCGAGGCTACCCTCGCTACCATCGTCAATACCCCATTAACTCTTGACAATAACTTGCCACCTGAAGCCATTAAACAACCCAGCCCGACCAAGGTTGAGTTGGTTGTTGGTGAATTGGCAAGTGTTAAATTTGACAATTCTGTCTTAGTCAACCCTGCTAATGCGCAATTAACTAATGGCGGTGGCGCTGCTCTTGCTATTGCGAAATTAGCTGGACCAAAATATCAGGAGTACTGTAACAGCGTGGCTCCTATTAATGGACCACTTACGACAGACTCCTTTGATGCAAAGAAACTCGGAGTAGCATGCATCTTGCATGTAGTGCCACCCCGCGGTTCTGATCCTAATGTTCAGGAACTCCTGTACCAAGCATACAAGAGTATCCTTACTGAACCAGCCCACTATGTTATACCCATACTTGGTGCTGGTATTTTTGGTTGCAACCCAGTACATTCGCTGGATGCATTCAAGAAAGCATGTCCAAGTGACATTGGTCGTGTTACCCTTGTCACTATGAACAAAAACCACTTGCAGGTGTGGGATGCCCTTAACAGGACAGTTGTCCGCACCACTACTGACTATGACCAAGTCACCACCAAGGCTTTGACACCTCAGGGGGTTCTCGAAGCTAATCTTTTTGATGGTGAGGACTTTGTTCAAGAACCAAAACCCGGTCAAATCTACCTTGAGGTTACTGATGAAGTTCAGAACCAGGCCAAGGAACTTGACCTAAACCTTCAACAATACTGCGTCTACCTGAAGACTTGCCACCACAAGTGGAGTGTGAGTCGTACGAATGGTGTGATGCACTTAAAMCAAAAAGATAACAACTGTTTTGTTAGTGCTGGCATTAACCTGTTCCAAAACACTGCTTATCAACTCAGACCTGCCATTGATGCTCTCTATCGGGAGTATCTCAATGGTAACCCAAACCGATTTGTTGCTTGGATTTACGCATCCACTAACCGTCAGGTAGGTGAGATGGGTTGTCCACAGCAAGTCATTTCATTGCTCGTTAGTAATTCTGACGCAGCATTCTCAGCCACTACCGCCTGTTGTAACACCTACTTCAACCACACAGGTGTTATTTCAGTCGCTCGTGAATATGATCCACTTTCACCAAAGGTCTACTGCATGAAGTGTGACGTTTGGACTCCCTTTACACCTCAGAGTGGAAAAGGTGCAGTCGCAATTGGCACTTCTGCCGAAGAACCTACAGGTCCCGCCATTAAGTTTGCCGCAGCTCACTGCTGGTACACTAATGGTAAGAAAACAGTCAATGGCTATGACACTAAAGCAAATATCGTAGCTACTTACCATAGGTTTGATCTACCCAAACCTCAGCCTGTTGAGGAAGTGGTAGCCCTGCCTACTAAAAACGACTTTGAAGTACTCAAGGTCGAAGAAGTTCCACAGGAGAGTGTCCTTCTCTTGGATCCTCCTCCTGCACAAGCCCCACAACCTGAGGCTGACCAACACGTCGAGACTCTAGAAAATCCAGACTACCTGGATATTCTAGACCTCTGGATTCGAAAACCCAAATTTATCCTTGTTAAATCATGGAGTGTTTTGGGTCGCGCTCTCTGCAAAGCCGGCAAAGTCGTCTTTCTGAGCGCTAAACTTGTGCAACGTTTCTACAACTATCTTGTAGAAATCGGCGCAATTGACACAACAGCGAGATTGTCCATCGATCTTGCCTGTAAATTTGTTAAGACGGTCTTGCCATCGTCTAACACTGTACGCAAAACTTGTCTTGGACTGTACTATTCAGCCCAGACACTTTTTGTCTCTTTAGCACCTTTCCTTATGTTACCTGCTGTGGCTAGCCTGCTTAGTTCAGGTTACACAATAGGTACATACCTTTATGCAAAAACTGGGTGGCCTTGTAATTACAATGCCACACAACACTTTGATTACAATTCCTATTGTGCTGGTGACTTGGTATGTCAAGCATGCTTTGACGGCCAAGACTCCTTACACTTGTATCCGCATTTACGTGTAAATCAGCAACCTATTCAGGCCGCTGACTATACTGTATATGCGCTTTCGATAATATTACTACTAGCTAACATGACACTTGTCGTGGGTACGCTATTAGTTACACTCTTTGTGAACTTTTACGGTTTGCAAATACCATTCTATGGCACACTTGAGATAGACTATCAGTCCGCACTGGTGCTGACTTTCTCAGTGTACTATTTCTACAAGGT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Protein
MAKNKSKRDAIALPENVPPPLQLFIHVAAAEEGHPKVTSHLGNYNLFTTKAPPGVQVLSAKTSLTDFENVFGAQPTLRSIRNLVCEARSAEWSTSKDAFALKATQLTYSDAVLRAMIRFCPSKVSALAALSLYGRLAKIDDKELAELARDTAIELAYTAKIGTTLADAKVVSLTHKDAYLTLSNEVLGVPFTATLMAKATIINGAMQYSNFYLYPRATIKVVDGKAEAISTKLLTATTKGKPVTEDVNLLPDYQQLLVDQVTGTEVKVGAIIYVKTTDSPPLYFPKVKGGVIGIALKQQGTAAKKLNVVFHAQPDDVLLAFIQLQQFLNRTADSSVEITDCQSYEVSPTVTVKIGPSKPGDVVVATDEEYLKCFDTPEVGKLYRVFQTESWATIERSLSSLKVRVSRALSAFISFLQNLADNFSAITGVVTALIHELQDLTLDVAARITNIQLVYRAGKLIVDTTNAIAKLFQPFCDFISPFLRKVAGFAIYTVGNRMLMFTSCGTFLLTKATTKILNKAKYIFDVEPEYPVDVTTSKVVVHETLQQTDTKPTRALEAVDVVVGNTVLQMATDGNAFYPSDGTHACLPGFKAGSDELLISFNCDLFDDETNAQINETLAAYELNQLVAPCDFTPRQIATLVVDTLVDAITDHFPEKTIDLPEDYQVFSDHDDLPLAQYHIPSHLSLYIQAMEGEDDSGDEICIEEDDYDCPQVEDDTDGNIPQQWDLPDVDKFLLKLQKKEASSDEVLSIDVNPRPKEAPVVLAQEKKPNDSQVSDAEVHPEPDGQDVEQSPEAVDETVARTQSERSEAAECDQETSSEPTSVVEEEEQQELPPEPELRSYEGDGDSDDEIIIPIVPDSPADLKPQAVTIKEYFKSEKLETINEGSTESVTQSDKSDDESFVDAESDDQQEPAVYDDETIITDSTEGDDEPEATLATIVNTPLTLDNNLPPEAIKQPSPTKVELVVGELASVKFDNSVLVNPANAQLTNGGGAALAIAKLAGPKYQEYCNSVAPINGPLTTDSFDAKKLGVACILHVVPPRGSDPNVQELLYQAYKSILTEPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFKKACPSDIGRVTLVTMNKNHLQVWDALNRTVVRTTTDYDQVTTKALTPQGVLEANLFDGEDFVQEPKPGQIYLEVTDEVQNQAKELDLNLQQYCVYLKTCHHKWSVSRTNGVMHLXQKDNNCFVSAGINLFQNTAYQLRPAIDALYREYLNGNPNRFVAWIYASTNRQVGEMGCPQQVISLLVSNSDAAFSATTACCNTYFNHTGVISVAREYDPLSPKVYCMKCDVWTPFTPQSGKGAVAIGTSAEEPTGPAIKFAAAHCWYTNGKKTVNGYDTKANIVATYHRFDLPKPQPVEEVVALPTKNDFEVLKVEEVPQESVLLLDPPPAQAPQPEADQHVETLENPDYLDILDLWIRKPKFILVKSWSVLGRALCKAGKVVFLSAKLVQRFYNYLVEIGAIDTTARLSIDLACKFVKTVLPSSNTVRKTCLGLYYSAQTLFVSLAPFLMLPAVASLLSSGYTIGTYLYAKTGWPCNYNATQHFDYNSYCAGDLVCQACFDGQDSLHLYPHLRVNQQPIQAADYTVYALSIILLLANMTLVVGTLLVTLFVNFYGLQIPFYGTLEIDYQSALVLTFSVYYFYKVMKFFRHLTHGCKTPTCAVCAKLRTPPTITVETVVQGRKYPSVIETNGGFTICKEHNFYCKDCSAQTPGTFIPTEAIESLSRATKLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARAMHNQNAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNRGSIKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQTYSRPIDNYQEVASRIEKYYPVAKINPTGDIFADIKQATGGQASDSAINAAVLAVQRGLDFTIDNPNNILPHYAFDFSTLNAEDQSTILESGCAKGNLKGTNVGVVLSASLVTRLSQQAIRVIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRIKAGAPPMRHKILRVILALAIVYFAAMALGFLANQITLNTVPTTKSDIRASTFYVVRDGVLDTIRSNDKCFANKFMAFDSFIQAPYTNSPDCPVVVGVVDVTTHSIPGIPAGVIHRDGLILNIYEQAIYETHQRQSMVRDALSLKTANLFNLGKRVVVGYTQHEVVVGTSYLNSPALFNAKCTFLQYQGNRHLYCYDAVPTEHKLYSDVLPHVEYKAIDINGDLVPFKIPEQIMFYPHIVRYTSNSYCRMGHCFNTNPGICISFTDEFPYSENVKPGVYCADTSLQLLSNLVLGTVSGIHIFTSTAALLGSTIVIILCVVAVLAVQRFFKEYTTFVMYTCGLAFVNIIGIALMYKCLVFAIFYYAIYLYFVLTFPSFKRNVALFYLAVVIVPHVSNMQLLALIVCSIIYFLYTYVHTVAKTAGKFSSFLDAAKSTFVIDNEKYVLLRDLAGSEFDQYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKFAVVQSLKTKLQAGIKILLHPSGVVERCIVSVVYNGSALNGIWLKNVVYCPRHVIGKFRGDQWTHMVSIADCRDFIVKCPTQGVQLNVQSVKMVGALLQLTVHTNNTATPDYKFERLAPGSSMTIACAYDGVVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLYLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGNFYGPYVDEEVIQHQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDARPKWLAHSQISIEDFNSWAANNSFANFPCEQTNMSYIMGLSQTARVPVERILNTIIQLTLNRDGACIMGSHDFECDWTPEMVYNQAPISLQSGVVKKTCMWFFHFLFMAITMLLAAMHVFPVHLYPIVLPGFTIVAFLLTLTIKHTVVFTTTYLLPSLLMMVVNANTFWIPNTFLRTCYETIFGSPIAQRLYGYTVALYMLIYAGLAINYTLKTLRYRATSFSTFCMQWLQYGYVAHIVYKLLTKPWTESLLFTAFSMLTIHPLLAALSWWLAGRVALPIIMPDLAIRVLAYNVIGYVMCVRFGLIWLANRFTTIPMGTYQYMVSVEQLKYMMAVKMSPPRNAFEVLIANIRLLGLGGNRNIAVSTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAVCKKIVKFHNDTLKATSYEEAEVALVKLLAHIIEFLPTDQVDAYLADAAKAQHVNTYLDNLLENKVVVQAVADININLDSYRIYKEADAIYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAVVGISNDNLKVIFNDKDSYSHYVEGNTLIHKGVRYTIVKKLSLDNALIEGVPEEFPVVVETVREGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAQDLNGNESTAKSFYVTRTGKKILVAITSTKDNLKTVTCLTDTGKTVLNLDPPMRFSHTVGGKQSVVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTQIEYQQNASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGSPIQGCIQMIATMGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVHIDKDREPVSFALTHEPCSSCQRWVNHDCTCGSSLQNSAYLNRVTGSSDARLEPLQPGTQPDAVKRAFHVHNDTTSGIFLSTKTNCARFKTVRSALPLPNKGEVDLYFVTKQCAQKVFEIEEKCYNALSAELYTTDETFGVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSKDVIQEILTTMCGTPEDWFGENWFDPIENPSFYKEFHKLGDILNRCVLNANKFASACIDAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQPGNGCVDLASYYSYLMPIMSMTHMLKCECMDSDGNPLEYDGFQYDFTDFKLGLFEKYFKYWDRPYHPNTVECPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSRATVDGHLVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMSNINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCVDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSNLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMLDIKMFLFCLEVADKYLEPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTHAEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKXISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMCNINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVAAFLSTSTTTHLNKDIADLHRSLYEDIYRGDSNDITVIDRFYQHLQSYFGLMIFSDDGVACIDSDVAKSGAVADLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMTVGPHEFCSQHTVLAEHDGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDAFQSLTDMSYINNFLNEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCNSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVENCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLLWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGSDTYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKSLLPDSVGASYYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYFPSARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVXCFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKASLAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQSSDEKTLTPLFKRCGYEYTGVHPAHALTWHDCGIEYRCEEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDAYHNMFLTRDACRAYVQSWIGIDVEAAHAVKPNTGTNLPLQIGFSTGKNFSVTPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRREIATHIAEVAPHTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGMEEKCFCGRRACFTNGTEFACKAHHSLTTPQCDYVYNPFLIDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHANAHVASADAIMTVCLAIHELFSTVDWTLEFPVTAEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRKPGVKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFTDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLSLAPLIYYSTTDCSNEQPIVVTYRDCVTRCNTGTTLCPTHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGQLDVVINNNAVYAKVDNNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTRSLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWVDNDTIFQYTINVSTYTDVDPSTHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKTEPFVCTALTLNGLAIDGDELYIYVRYNNQLTTFSTICTQGRNVEQFIPKTPMERDFLEMSQESFIDHYQLQDLGVEHIIYGDDSSPVIGGTHTLISLVRNKFEHQLVNHVYNPVQNCVVTSSNASSKNVCTVLDVLLDDYIDIIRQAHANYTSKSKVFTVSVDNQQIRFMLWHDEQVKTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLITDLQPADIPNYHSYTPRVPGVVKNVIKYRQLFNYIVKKDRMAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMFPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIVTDYRTYMPPHHVDAIFSDLYCCDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSYSPELYALAGWFDDYQLFCTAVNASSSEAFLCCFNYLGHAKENVNGFNLHASYIQWRNEIALTPTYSPLADNPATACKLKATPIISARELEKKPILRYLVASGRLLVRPPECRELY

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF08715   Viral_protease
PF01443   Viral_helicase1
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
PF08717   nsp8
Interpro
IPR008740   Peptidase_C30
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR036333   NSP10_sf
IPR027352   CV_ZBD
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037227   EndoU-like
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466   NSP11
IPR014827   Viral_protease
IPR042515   Nsp15_N
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR014829   NSP8
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR017896   4Fe4S_Fe-S-bd
SUPFAM
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF52540   SSF52540
SSF144246   SSF144246
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score= 939     Identity=51.22%     Cov(Q)=14.96%     Cov(P)=98.32%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6277
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
322.961309999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00322
Total prob of N-in:
0.08398
outside
1  -  1530
TMhelix
1531  -  1553
inside
1554  -  1610
TMhelix
1611  -  1633
outside
1634  -  1642
TMhelix
1643  -  1665
inside
1666  -  2013
TMhelix
2014  -  2036
outside
2037  -  2302
TMhelix
2303  -  2325
inside
2326  -  2345
TMhelix
2346  -  2368
outside
2369  -  2382
TMhelix
2383  -  2414
inside
2415  -  2834
TMhelix
2835  -  2854
outside
2855  -  2857
TMhelix
2858  -  2875
inside
2876  -  2881
TMhelix
2882  -  2904
outside
2905  -  2923
TMhelix
2924  -  2946
inside
2947  -  2952
TMhelix
2953  -  2974
outside
2975  -  2983
TMhelix
2984  -  3006
inside
3007  -  3018
TMhelix
3019  -  3041
outside
3042  -  6277
 
 
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