Strain
Avian_JQ088078
(Region: Sweden; Strain: Infectious bronchitis virus strain CK/SWE/0658946/10, complete genome.; Date: 2010)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAATTGTGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACATGACCCCAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCCATTAGGCAGAAGTTTGACCGTAACCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTCTTAAAAGCCACCTCTAAGCTGGCTGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTCTTGCACGTAAATATCGTGATTTGTTGAAGACAGCATGCCAGTGGTCTCTCACTGTGGAAACACTGGATGCTCGTGCGCAAACTCTTGATGAAATCTTTGACCCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTAGCTTCAAAGATCCAGGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGACTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAGAGTCATGGAATCTCTAGGTTCAAATTTGAGCGTTCTTTTTCAAGTTGTTAAAGAACAAATAGTCAGAATCTTTGAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAGAGTGTGAATGATTTACCACAGCGTATTGCAGCACTAAAAATGGCTTTTGCCAAGTGTGCGAAATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGGAAAGACTCTTCTTGTTAAAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCTATTGCAAAGGTTTTTGAAGAACTGCCAACTGGCTTTATGGGTGCCAAAATTTTCACAACACTTGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAATAGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAATTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATTATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTTTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAAAACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGACGCAGATTCAGCTGATGCTGAAGAATGTGACACAGCTTCAGAATGTGAGGAGGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCTGTAAGTAATAAATATCCTCTGCCTCTTGATGATGAAATTAGCGTCTATAATGGATGTATTGTTCATAAAGATGCTCTTGACGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTTAACAACTGTTTTGAGGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGTCATTGGGGAGAAGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAACTTACTCAAATCATACTTGAAAAATCAGTTGAGGATACTACTGTTGGTTGTGAGGCAATGGCTGAACGAGCTGTCGTTGAAGAACAGGATGTAGTTTGTGTATTTGAACAAAAGTCTGAGGTGATTGTTTATACACCTGCAGAACTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGAAGAACACTATGATGAGTTTATTCTTATGTCTGATGTTCCAGAAGAAGAATTTGCTTCTCAAGAGCAAGAGGAGCCACAAGTTGGGCCAGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACATCGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTCTAAGGTTAAATCTACTACATGTGAGAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACATGTGTGGGTGACCTAACGGTAGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGTAACATGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTTTTCTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGCTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCGGTTTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGCAGAAGATGTCGAGGACAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTCGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAAAAGCATGGGCACAACTTTTGGGTGGAGACCCAACTGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAATGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAACACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAATACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAACAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCATTGATAAGGCTTTTGACATTCTTGCTAAAGATAGAAAATTTAGAAAGAAGTCTCCTTACATTACTGCAATGTATACACACTTCTCTCATGAGAGAGAAACTCCTTCTACTGTTGATCAAAAGAGTGAAGATACAACTAAAGTTGTAAAAGAGGATGTTTCTAGCCTAGCAACAAGTTCAAAAGTCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTCGAACAGTGGTATGATAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGACAATCTTGATGAATATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCATTGACGCTTAAAGTTAGAGGTATTAGATCAGTTGTTGATTTTAAATCAAAGGATGGTTTCACTTACAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAGGCACCAGTATACTACCCTGTCTTAGATGCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGAAGGTACTGCAAATTTTCTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAATCTCTTCGCATTCCCACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAAATAGGAGAAAAAGTTGATGGTGTGACTACTGGTCTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAAT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHDPKDYADAFAIRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRDLLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVASKIQVSAMAMRRLVGEVTARVMESLGSNLSVLFQVVKEQIVRIFEKALAIFESVNDLPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVGKTLLVKEFAGTCLASINGAIAKVFEELPTGFMGAKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQIEDVWSAFTEKSFNFWKFAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETFCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDADSADAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPVSNKYPLPLDDEISVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGHWGEAVDAQEQLCQQELTQIILEKSVEDTTVGCEAMAERAVVEEQDVVCVFEQKSEVIVYTPAELEVVKETEEHYDEFILMSDVPEEEFASQEQEEPQVGPEPIQVVKSHREKKAKKSKVKSTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNMHDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSATVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTAEDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKIRFKGFLAKAWAQLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGEFSDANWLLANLAEHFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIDKAFDILAKDRKFRKKSPYITAMYTHFSHERETPSTVDQKSEDTTKVVKEDVSSLATSSKVSFDDLTDFEQWYDSNIYESLKVQETPDNLDEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIRSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDAISLKAIWVEGTANFLVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGEKVDGVTTGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTQCGKLLSKAATFIADKLGGGVVRNITDRVKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSKPVIFTGIRILDFLFEGSVCGPYNDYGKDTFDVLRYCEDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKSAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCKKVVRSNRQEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDEYGHQNTFMSPEVAGELSDKLKRHVKPTAYAYHVVDDACVVDGFVNLKYKAAIPGKDSASPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQISNDSFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYEQLVVEPVSKCVVDKVCSILSNIISVDTAALNYKAGTLRDCLLSVTKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTTDGFTNVIPSYGVDTDRLTPRDRGFLINADASVANLRVKNSPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGGRFFITKSGAKQVFSCHTQKLLVEKKAGGVTSDTFKWLKSCFKWLFIFYILFTACCLSYYYVEMNRSFVHPMYDVNSTLHVEGFKVIDKGVIREIVSEDTCFSNKYVNFDAFWGKPYENNRNCPIVTAVIDGDGTVAAGVPGFVSWVLDGAMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALSFGSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIFHTPYIVKFVSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATVVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSVVAVVLLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPTWLACVYLGFILYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGSYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEAYLAAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFTGDQWSDVLNLANNHEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLQGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVTVDDYNKWAVDNGFTPFATSIAITKLSAITGVDVCKLLRTIIVKSGQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVKLQSSFVRKATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLRYYVHSAVILLAAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPLIYNTLVSQIVIYVSQWYDSVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLIAFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWFCTCYFGLYWWINKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKIDPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKSLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDSETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGIGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNEDYASWCKNKGLRAGVDQAVEEKKINVIIQILVNKTVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVIYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVLLQSKGHETQEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTSDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTMEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWFGYGCQCDALRQPKPSVQSAAGVADSDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 660 Identity=90.22%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3953
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
392.424659999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00410
outside
1 - 1718
TMhelix
1719 - 1736
inside
1737 - 1748
TMhelix
1749 - 1766
outside
1767 - 1845
TMhelix
1846 - 1868
inside
1869 - 1887
TMhelix
1888 - 1910
outside
1911 - 2282
TMhelix
2283 - 2301
inside
2302 - 2559
TMhelix
2560 - 2582
outside
2583 - 2586
TMhelix
2587 - 2609
inside
2610 - 2615
TMhelix
2616 - 2633
outside
2634 - 2652
TMhelix
2653 - 2675
inside
2676 - 3097
TMhelix
3098 - 3120
outside
3121 - 3124
TMhelix
3125 - 3142
inside
3143 - 3154
TMhelix
3155 - 3177
outside
3178 - 3191
TMhelix
3192 - 3214
inside
3215 - 3225
TMhelix
3226 - 3248
outside
3249 - 3257
TMhelix
3258 - 3280
inside
3281 - 3299
TMhelix
3300 - 3322
outside
3323 - 3953
