Strain
Canine_JQ404410
(Region: USA; Strain: Canine coronavirus strain TN-449, complete genome.; Date: presumed 2012)
Gene
1a
Description
Annotated in NCBI,
1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTCAAGATCCTCGTCAACGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGTCTTCCTATTCGTGACGTGTTGCAGGAAATCAAGTACTGTTACCGTAATGGATTCGAGGGCTATGTTTTCGTGCCAGAATACTGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTCGGCAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTTCTTACCGAACCCTCCGTCATGCTGCAAGGCTTTATTGTTAGAGCTAGCTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAGAGGTGCCATATATGTTGACCAATACATGTGTGGTGCCGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGTGATTTTAAGGATTACTTCGGTGATGAAGACGTTATTGAATTTGAAGGAGAGGATTACCATTGCGCTTGGACTGTTGTGCGCGATGAGAAACCGCTGAATCAGCAAACTCTCTTTACCATTCAGGAAATCCAATACAATCTGGACATTCCTCATAAACTGCCAAACTGTGCTACTAGACATGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAAATAGTTCTGTCTGAAGATTACAGGAAGCTCTATGATATCTTCGGATCACCCTTTATGGGAAATGGTGACTGTCTTAGCAAATGCTTTGACACTCTTCATTTTATCGCTGCTACTCTTAGATGCCCATGTGGTTCTGAAAGTAGTGGTGTTGGAGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTTCTGGCAAAGTTAAGGGTGTCACTTTGGGTGATGTTAAACCTGGTGATGCTGTTGTCACTAGTATGAGCGCAGGTAAGGGAGTCAAGTTCTTTGCCAATTGTGTTCTTCAACATGCTGGTGATGTTGAAAATGTCTCTATCTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACAGTTGATGAGACTGTTTGCACCCCTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATCAAACCTGAGAGTAAGTCACCAACTGCATGCAGCATTAAGAGAGCATTCATTACTGGTGAAATTGATGATGCTGTGCATGATTGTATCATTACAGGCAAATTGGATCTTAGTACCAACCTTTTTGGTAATGTTGGTCTATTATTCAAGAAAACTCCATGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCACTTTTTGTAGATGCTTGGAAAGTAGTAGAGGAGCTTTGCAGTTCACTCAAACTCACATACAAGCAAATTTACGAAGTTGTAGCATCACTTTGCACTTCTGCTTTTACGATTGTAAACTACAAACCAACATTTGTAGTTTCAGACAATCGTGTTAAGGATCTTGTAGACAAGTGTGTGAAAGTTCTTGTAAAAGCATTTGATGTTTTTACTCAGACTATCACAATTGCTGGTATTGAGGCCAAATGCTTTGTGCTTGGTGCTAAATACCTGTTGTTCAATAATGCACTTGTTAAACTTGTCAGCGTTAAAATACTTGGCAAGAAGCAAAAAGGTCTTGAGAGTGCTTTCTTTGCTACCAGCTTAGTTGGTGCAACTGTTAATGTGACACCGAAAAGAACTGAGACTGCCAATATCAGCTTGAATAAAGTTGATGATGTAGCTGCACCAGGAGAGGGTTATATTGTCATTGTTGGTGATATGGCTTTCTACAAGAGTGGTGAATACTACTTCATGATGGCTAGTCCTGATTCTGTGCTTATTAACAATGTTTTTAAAGCAGCTAGAGTTCCATCTTATAACATCGTTTATGATGTTGATGATGATACAAAAAGCAAAATGATTGCAAAACTTGGCTCATCATTTGAATATGATGGTGATATTGATGCTGCCATTGTAAAAGTCAATGAACTACTCATTGAATTTAAACAGCAAAACTTGTGCTTCAGAGCTCTTAAAGACGACGAAAGCATTTTTGTTGAAGCTTATCTCAAAAAGTACAAAATGCCTGCATGCCTTGCAAAACATATTGGTTTGTGGAACATCATAAAGCAAGATTCATGTAAGAAGGGTTTTCTTAGTCTTTTCAATCACTTGAACGAATTGGAAGACGTCAAAGAAACCAATGTTCAGGCTATTAAGGATATTCTTTGTCCTGATCTTCTTCTTGATCTGGATTATGGTGCCATTTGGTACAAGTGCATGCCGAGTTGCTCTGATTTATCTGTGTTGGGGAGTGTCCAACTTTTGATTGGCAACGGTGTGAAAGTAGTTTGTGATGGCTGCAAAGTTTTTGCTAACCAACTTTCAAATGGTTACAATAAGCTCTGTAATGCTGCTCGCACTGATATTGAAATCGGTGGTATACCATTTTCTACTTTCAAAACACCTACAAATACTTTTATTGAAATGACAGATGCTATCTACTCAGTTATTGAACAAGGTAAAGCATTGTCCTTTGGAAATGCTGATGTGCCAGTTTTAGACAATGGTACCATTTCTACTGATGATTGGTCTGAACCCATTTTGCTTGAACCTGCTGAATATGTGAAACCCAAGAACAATGGTAATGTCATTGTTATTGCAGGTTACACATTTTATAAAGATGAAGATGAACACTTCTATCCTTATGGTTCTGGTAAAATTGTGCAGAGAATGTATAATAAAATGGGTGGTGGTGATAAAACTGTCTCATTTTCAGAAGAAGTAGATGTTCAGGAAATTGCACCTGTTACACGTGTTAAACTTGAATTTGAATTTGACAATGAAATTGTAACTGGTGTGCTTGAGCAGGCTATTGGTACTAGATATAAATTTACTGGTACAACTTGGGAAGAATTTGAAGATTCTATTTCTGAAGAACTTGATGCAATTTTTGATACTCTAGCAAACCAAGGTGTCGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGATACTTGTGGTGGCTTTGATATCAAAAATCCAGATGGTATTATGATCTCTCAGTATGATATCAATAATATTGCTGATGAAAAATCAGAAACAGGTGCATCAAGTGAGGAAGAAGAAGTTGAGTCTGTTGAAGAAGACGCTGAGAATGAAATTGAAGCATCTGACTGTGTTGAAGAGACTTCTTCTCAAGAAGATGTTGAAACAGTAGAAGTTGAAGATGTTACTTCTACAGAAGAAGATGTTGAAATTGTTGAAGTATCTGCTAAAGATGACCCTTGGGCTGCAGCTGTTGATGTACAAGAAGCTGAACAAATTAAACCTTCTTTACCACCTTTTAAAACAACAAATCTCAATGGTAAAATTATCCTTAAACAACAGGATAACAATTGTTGGATAAATGCTTGTTGCTATCAGCTTCAGGCCTTTGATTTTTTCAACAACGAGGCTTGGGAGAAATTTAAGAAAGGTGATGTTATGGATTTTGTAAATCTTTGTTATGCAGCTACAACACTTGAAAGAGGTCATTCAGGTGATGCAGAATACCTTCTTGAACTTATGCTCAATGATTACAGCACAGCCAAAATAGTACTTGCTGCTAGGTGTGGTTGTGGTGAAAAAGAAATTGTTTTGGAGAGAACTGTATTTAAACTTAGTCCTTTAAGGAACGATTTTAAATATGGTGTTTGTGGTGATTGTATGCAAATTAATAATGCGGGGGTTGTCGAATGTTTGAAAGATCTGGTGTATTTGTCCATGATAGAATGGAAAAACGCTAGACCAGTATCTGATTTTATTGTAAAACCTATTATGCATGCAGTCTACATTGGTTCAACCCAGAGTGGTCATTATATGATAGATGATTGTGAACATGGTTATTGTGTGGATGGTATGGGTATTAAACCATGTAAAGGCAAACTTTACACATCCACATTATTCATCAATGCTAATGTAATGACTAGAGTTGAAAAGCCAAAACAACAATCAAAAGTTGAAAAAGTAGAACAGCAACCAGAAATAGAGGAAAAGAAACCTTCAATTGAAAAAGAGGAATTTCAAAGTCCTAAAAATGATGATCTTATACTTCCATTTTACAAAGCTGGTAAACTTTCCTTTTACCAGGGTGATCTGGATGTTTTGATCAATTTCTTGGAACCTGATGTCATTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACATGGGTGGTGTCGCAAGAGCCATCGATGTGTTCACTGGTGGCAAATTAACAGTACGTTCTAAGGATTATCTTAAAAAGAACAAATCTATTGCTCCTGGTAACGCTGTTTTCTTTGAAAATGTCATTGAGCATCTTAGTGTCTTGAATGCGGTCGGACCACGTAATGGTGACAGCCGAGTTGAAGCAAAACTTAACAACGTTTACAAAGCAATTGCAAAATGTGAAGGAAAAATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATTTTCAATGTCAAACTCGAAACATCATTACAGTGCTTACTTAAGACTGTGAATGATAGAGAATTGAACATCTTTGTATATACCGATCAGGAGAGACAAGCCGTTGAGAATTTCTTCTCTGGTTCTATTCCTGTCAAAGTTACTGAAGATAATGTCAACCATGAACGTGTGTCCGTTTCTTTTGATAAAACATACGGTGAACAACTTAAAGGCACCGTAGTCATTAAAGACAAAGATGTTACAAACCAGTTGCCTAGTGCTTTTGATGTTGGCCAGAAAGTTGTTAAGGCTATTGACTTAGATTGGCAAGCGCATTATGGTTTCCATGATGCTGCTGCCTTCAGTGCTAGTAGCCATGATGCTTACAAATTTGAAGTTGTTACACATAGCAACTTCATTGTACATAAGCAGACTGATAACAACTGTTGGATCAATGCAATTTGTCTTGCATTACAGAGACTTAAACCTCAATGGAAATTTCCTGGTGTTAGAGGTCTCTGGAATGAATTTCTTGAGCGTAAAACACAAGGTTTTGTACATATGCTGTATCACATCTCTGGAGTAAAGAAAGGTGAACCAGGTGATGCTGAATTAACACTTCATAAACTTGGTGATTTGATGGACAATGATTGTGAAATCATTGTCACACATACTACAGCATG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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=0.0 Score= 622 Identity=98.68%
Cov(Q)=7.57% Cov(P)=98.06%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4018
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
439.274879999998
Exp number, first 60 AAs:
0.0003
Total prob of N-in:
0.00036
outside
1 - 1835
TMhelix
1836 - 1854
inside
1855 - 1891
TMhelix
1892 - 1914
outside
1915 - 1971
TMhelix
1972 - 1989
inside
1990 - 1995
TMhelix
1996 - 2015
outside
2016 - 2029
TMhelix
2030 - 2052
inside
2053 - 2404
TMhelix
2405 - 2427
outside
2428 - 2496
TMhelix
2497 - 2519
inside
2520 - 2659
TMhelix
2660 - 2682
outside
2683 - 2691
TMhelix
2692 - 2714
inside
2715 - 2720
TMhelix
2721 - 2743
outside
2744 - 2746
TMhelix
2747 - 2769
inside
2770 - 3184
TMhelix
3185 - 3204
outside
3205 - 3213
TMhelix
3214 - 3236
inside
3237 - 3242
TMhelix
3243 - 3265
outside
3266 - 3284
TMhelix
3285 - 3307
inside
3308 - 3313
TMhelix
3314 - 3333
outside
3334 - 3364
TMhelix
3365 - 3387
inside
3388 - 3393
TMhelix
3394 - 3416
outside
3417 - 4018
