Strain
Feline_JQ408981
(Region: ; Strain: Feline infectious peritonitis virus strain DF-2, complete genome.; Date: )
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTTCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGCACTGCAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTCTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCAATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTTTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAGGGTTTCATTGTTAGAGCCAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAATTCGCCCGTACTGGAAACGGCGCCATATATGTGGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAGCCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGTGCCTGGCTAACAGTGCGCGATGAAAAACCTTTATGTCAACAAACTCTCCTTACAATTAGGGAAATCCAATACAACCTGGATATCCCACATAAGTTGCCAAATTGTGCTATCAGAGAGGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAATTCTAAGGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAGAAAACTCTATGACATCTTCGGCTCGCCATTTATGGGCAATGGAGACAGTCTTAACACGTGTTTTGACAGCCTTCACTTCATTGCTGCCACCCTTAAGTGTCCTTGTGGCGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGCTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTCCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAGCCAGGTGATGCCATTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTCTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAGACCAGAGAGTACTTCGCCTGTTTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTCATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCGCAGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAATCTTTTTGGTAGTGCTAACCTGCTTTTTAAGAAAACGCCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCGATTTTTTCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTAGCATCACTCTGCACTTCTGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTATTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTTAAGGACCTCGTTGATAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCCTTCGATGTCTTCACACAGACAATTACCATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGCTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAATGCACTTGTTAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGTAAGAGACAAAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCCACTAACTTAATTGGTGCTACTGTTAATGTGACACCACAACGGACTGAGTCAGCCTACATTAGCCTGAATAAAGTAGATGACGTTGTTACGCCTGGTGGAGGTCATATTGTCATTATTGGTGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAATACTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCCGCGCGAGTGCCATCTTATAACATTGTTTATGATGTGAATGATGACACCAAGAGTAAGATGGTGGTTAAAATAGGAACATCATTCGACTTTGATGGTGACCTCGATGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCGCTTAAGGATGGTGAAAACATCCTAGTTGAGGCATATCTTAAGAAGTACAAGATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTTGGTTTATGGGACATCATACGACAAGATTCCGGTAAGAAGGGTTTTCTTGACACTTTCAATCATCTTAATGAATTGGAGGACGTCAAGGATATAAAAATTCAGACCATTAAAAACATTATTTGTCCTGACCTCCTACTGGAATTGGATTTTGGTGCCATCTGGTACAGATGCATGCCAGCATGCTCTGACAAGTCCATTTTAGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGCAATGGTGTTAAAGTAGTTTGTGATGGTTGTCACAGTTTTGCTAATCGTTTAACGATTAATTACAATAAACTCTGTGACACAGCTCGCAAAGACATTGAAATTGGTGGCATACCGTTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGTTTTATTGATATGAAAGATGCTATCTATTCCGTAGTTGAATATGGTGAAGCACTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCATCATTACAACTGATGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTTTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAAATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTCAGACAATGTTAATGTTAGAGAGATAGAACCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACCAAATATAAATTTATAGGTACCACTTGGGAAGAGTTTGAAGATTCTATCTCCGAGAAACTTGACAAAATTTTTGACACGCTTGCTGAGCAGGGTGTAGAACTTGAAGGCTATTTCATTTACGACACATGTGGTGGATTTGACATTAATAACCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTACGATCTTAACACAGCTGCTGATGACAAAAGCGATTCTGATGCAAGTGTGGAAGACATCTCTTTGATTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAAGATAATACTTCAACTGATGATGCTGAAGATGTTTCATCTGTAGAAGGAGAAACTGTATCAGTTGTCGATGTTGAAGACTTTGTTGAACAAGTTTCGCTCGTAGAAGAAAATAATGTTTTAACTCCTGCTGTAAACCCTGATGAGCAACTTTCCTCAGTAGAGAAAAAAGATGAAGTCTCTGCTAAAAATGATCCGTGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGACACCATTCAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAACGCTTGCTGTTATCAATTGCAAGCCTTTGATTTCTTCAACCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGATGATGTTATGCCTTTTGTAGACTTTTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGTGATTCAGGGGATGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAGGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATTAACATGTGTAAGTTTGCTAGCGTGGAAGGTTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAGACACCTGTGTCACAATTTATTGTGACACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCACGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTAAATCTAAAACTATGGTTGAACCACCTGTGCCCGTAGAGGATAAGTGTGTAGAAGACTGTCAAAGTCCTAAAGATCTTATACTACCCTTTTATAAAGCGGGAAAAGTCTCATTTTACCAAGGAGATTTAGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCTGACGTCCTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAGACACGTGGGTGGCGTTGCTAGAGCTATTGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAGGAGTACCTTAAATCCAGCAAAGCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGTAATGTCTACAAAGCAATCGCTAAGTGTGATGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTGGAAGTTTCGTTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAGTTACCATAGAAAATTTTTTCAATGGTACTATTCCTATCAAGGTAACGGAAGATACTGTGAATCAAAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGACAAAGATGTTACTAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGTCGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTACTATGGCTTTCCAAATGCAGCAGCTTTTAGCGCCAGTTCCCATGATGCTTATGAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGCATTTCTCACGCGTAAAACTGCTGGATTTGTACATATGCTATATCACATTTCGGGCTTAACGAAAGGACAACCTGGCGATGCCGAGTTGACTTTACATAAGCTTGTTGATTTGATGTCAAGTGA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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDALQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCNRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKFARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNTCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAIVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIRPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIIAGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFSDAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTESAYISLNKVDDVVTPGGGHIVIIGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYNIVYDVNDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIAKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRQDSGKKGFLDTFNHLNELEDVKDIKIQTIKNIICPDLLLELDFGAIWYRCMPACSDKSILGNVKIMLGNGVKVVCDGCHSFANRLTINYNKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEALSFKTASVPVTNSGIITTDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVREIEPVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFIGTTWEEFEDSISEKLDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAADDKSDSDASVEDISLISDNEDVEQIEEDNTSTDDAEDVSSVEGETVSVVDVEDFVEQVSLVEENNVLTPAVNPDEQLSSVEKKDEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLTPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKDDVMPFVDFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLRNEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQTPVSQFIVTPTMHAVYTGTTQSGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAKSKTMVEPPVPVEDKCVEDCQSPKDLILPFYKAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVLVNAANGDLRHVGGVARAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSSKAIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERVTIENFFNGTIPIKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDVGEKVVKALDVDWNAYYGFPNAAAFSASSHDAYEFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDAFLTRKTAGFVHMLYHISGLTKGQPGDAELTLHKLVDLMSSDSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLVCGTDEICVHGVHVNVKVTSIRGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDADKAYHFEKNLLQVTTAIASNFVANTPKKEIMPKTQAKESKAKESNTARVFSEVEENPKNIVRKEKLLAIESGVDYTITTLGKYADVFFMAGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFRNLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYIKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFIFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFLPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECTDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYNPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSELLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKLCNLDVTFSTFEMAINNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSTLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKSGSGFFDVLKQLKQLFWCLVLFITLYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQSFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKHGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKNSYFDTCVFNSACTTLTGIGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELLPDYYYEHASGNMVKIPAIIRSFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSTLGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGVLDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGVVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNTSMTLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSIFYPMMTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVVLAITTLVSVLLVAGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDMTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVICTIRFFTCKQSWFSLFATTIFVMFNIVKLLGMIGEPWTDDHFLLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKVAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSFKLMGIGGGRNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPDAVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIESYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASEGGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKSLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLTNGCMCDRTSIQGTTIDQSYLNECGVLVQLDLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGVVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTTPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGADYKQYDLLAYDFTDHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDECIIHCANFNTLFSMTIPSTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLSMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAITDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVGKYFECYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGSTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMILGSKHVGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYFKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNACNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSIDEEFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADINAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYTLLDWVKHLQKNLNAGVLDSFSVTMLEEGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSFNGCNVNDVTKLFLGGLSYYCMDHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAVGSEDVEDFNKLAVSDWTNVEDYKLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKSEYAYAILKEVIGPKEIVLQWEASKTKPPLNRNSVFTCFQISKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTYKLTPGMIFVLTSHNVSPLKATILVNQEKYNTISKLYPVFNIAEAYNTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKAAKNFNVDRCSRIIPQRIRVDCYTGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEASCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGVLQPQDYNVVTQRVCTLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFVPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLAHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHATNVNRFNVAITRAKVGILCIMCDRTMYENLDFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKSEQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANIPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRKGQPWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGRPQKCECGKSATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSIVYPFIDNEEKINKAGRIVQSHVMKAALKIFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKPKLMPFFYYDDSNCELVDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRAYVEDYNMFMQAGFTIWCPQNFDTYMLWHGFVNSKALQSLENVAFNVVKKGAFTGLKGDLPTAVIADKIMVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYEAECPFSNFTKQVCSYTDLDSEVVTCFDNSIAGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSIDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMTNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIIKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSAEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVRLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTVCVPHKMRVLHLGAAGASGVAPGSTVLRRWLPDDAILVDNDLRDYVSDADFSVTGDCTSLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFIKEKLSLGGSAAIKITEFSWNKDLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALIVNLKEKELNEMVVGLLRKGKLLIRNNGKLLNFGNHLVNVP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1112 Identity=58.35%
Cov(Q)=13.92% Cov(P)=97.80%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6709
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
420.831399999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00047
Total prob of N-in:
0.00042
outside
1 - 1859
TMhelix
1860 - 1878
inside
1879 - 1917
TMhelix
1918 - 1940
outside
1941 - 2000
TMhelix
2001 - 2023
inside
2024 - 2042
TMhelix
2043 - 2065
outside
2066 - 2686
TMhelix
2687 - 2709
inside
2710 - 2721
TMhelix
2722 - 2756
outside
2757 - 2770
TMhelix
2771 - 2793
inside
2794 - 3210
TMhelix
3211 - 3233
outside
3234 - 3237
TMhelix
3238 - 3260
inside
3261 - 3266
TMhelix
3267 - 3286
outside
3287 - 3310
TMhelix
3311 - 3333
inside
3334 - 3337
TMhelix
3338 - 3360
outside
3361 - 3386
TMhelix
3387 - 3405
inside
3406 - 3417
TMhelix
3418 - 3440
outside
3441 - 6709
