Strain
Bat_JQ989267
(Region: Hong Kong; Strain: Hipposideros bat coronavirus HKU10 isolate SL12A, complete genome.; Date: 6-Dec)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGATTTCGCTGGCTGTGTATTTGGCTGAATTGTTGGTTCTAATTACTAACTTGCCTTATACACGTGCTACTTGCTCCAGTGCGCAAAACCCTGCTGCATTACCTAACTTAAACCTTGGTTTGCCTGCCAACTCTAATGTTTTTGTTAGTGGTTATTTGCCGATTGAAAACAATTGGCGTTGTCAGACAGGTGATACTGTTTATAACAATGTCAATGCTGTTTATTGGTCATACTACTCACATGGCACACCTGTTGAATTGGCTATTTCTAATTCTGATCAGCTTCAAAATGCTGATCAATGGGCGCTGTATATATACCAGGGTAATAATTATGGTTATATGCACTTTAAAATTTGTAAGTGGAATGGCAAGTATAGTTTTATTAATAACCCATACCCTAGTAGAGGTGTGTGTATGTATAATAAAAAATTTCCATTTGTTTTTCCACATGCGCGTAACACTGTAATAGGTGCTTCTTGGAGTGGTGATTATGTTACACTTTTTACTACCACTAGTGCTAGGCGTTTTTATTTAAAAAATAACTGGTCTAGGGTTAATGTAAAATGTCAGTTAGCAGAATCATGTGCAATACAAACAGTCTCCAACATCAATACACTAAATATTACCACCAATCAACAAGGTTTTATACAGTCTTACAGTGTATGCACTGAGTGTGACGGTTTTCCTAAACATGTTTTTCCTGTCCTTGATGATGGGAAAATACCTGGTGATTTTAGTTTTAGTAATTGGTTTGTTTTGACCAACTCTTCCACTGTTTTGCAGGGTCGAATTGTCACTGTACAACCTTTAAAATTGCTTTGTTTATGGCCTGTACCTTCTCTTAACGCAAATGATAAACCTGTCTATTTTAACCTATCACTTAACTCAGATGTTAGATGTAATGGTCATTCTATTGCTGGTTATGCTCAAGCGTTGAGGTTTTCGCTTAACTTTACAGCAAACCAAGTCTTGAATGGTGTGCATAGTATTAAACTTTTCTCTTCCAATCAAAACTTTACATTCACATGCTCAACTAATGGTACTCTAGAAAGAATACCTTTTGGTCGTGTTGAAAGTGTGTATAAATGTTTTGTTCGTATTGATGCAATTAATTCTACAAAAAATTTGTTTGTGGGTATTTTACCACCTGTTACAAAGGAGTTTGTTATTTCACGTTATGGTGCTGTTTATATAAATGGCGTACATATAATGTCTTTACCTCCTTTGGAAAGTGTCATTTTTAACGTCACTAGTAGTGTGGGTTCTGACTTTTGGACTGTTGCTTTTGCTGATGAAGCTGAAGTTTTGTTGGATTTGAATGCCACAAACATAGTAGACATTTTATATTGTGACACTTTGGTCAATAAAATAAAATGTCAAAATCTTGCATTTTCTTTGGAGGATGGTTTTTATGCTACATCCAATCTTATAGAACGTGACATACCTAGATCTTTCATAACTTTACCCTACCATGTAACTCATTCTGTAGTGGGTTTGGATGTTAGGATTTATTATGAAAATGAAGCTGCAAGTAATCTCACTTTGTCTCCTTCAGATCCTGTGTGTGTTGATAGCTCACAGTTCTCAACTTATTTTAATGTCACTGCTGACACTAATGGTTTCAATGCCAGAATTATTAATGTTGACTGTCCTTTTACTTTTGATAAGCTTAACAATTACATTAGTTTTGAATCCATTTGCTTTTCTCTGGAACCTTTTGCTGGTGGTTGTTCTATGCGTATTGAAAGTTTCTTTTCCAGCTATGTTAGGACTGTGGGCAGTCTTTACATTCTTTTTAAGAATGGTAATAAGATTACTGGTGTTACAGAAAGTTCAGCTGGCGTTTATGATACTAGTTTTCTACACACAGACATTTGCACAGATTACACTATTTATGGCACTACTGGTAGAGGTGTTATAACCAAGCTTAATACTACTATTATAGCTGGTTTATATTACACCTCACAATCTGGTCAAATACTTGGTTTTAAAAATGCCACCAATGGTGACATTTATGCTGTTAGACCTTGTGACTTGTCCAGTCAAGCTGCTGTTGTTAGTAATCAAATTGTTGCTGTTATGTCTGCTTCTGAAAACATTACTTTTGGCTTTAACAATTCTCTGGAATTGCCTAAATTTTACCTACATTCTAATGCTGAAAATGCTACTAATTGCACAGAACCAGTACTTATCTATGGTAAAATTGGCATTTGCGAAGATGGTAGCATTACTGAAGTTAAACCACGTATTGCAGAACCTGAACCTTACTCGCCTATTGTTACAGCTAATATTACAATCCCTAGTAATTTTAGCATTTCTGTGCAGGCTGAGTATGTTCAAATGTTTTTGACACCTGTTAGTGTTGACTGTAATATGTATGTTTGTAATGGTAATAGGCATTGTCTTCGCCTTTTAGGTGAATATGTTACTGCTTGTAAAAATATTGAAGCTGCACTTCAGCTTAGTGCTCGCTTGGAATCTATTGAAGTTAATAATTTCATTACTGTTTCTGAGAATGCTATATCTCTTGCCAACATCTCCAACTTTGATAGCTACAACCTTTCAGTTTTACTACCTAAACAGAATGGTAAGAGTGTCATTGAAGACATTTTGTTTGATAAGGTTGTGACTAATGGTCTTGGTACCGTTGACCAGGATTATAAGGAGTGCATCAAGCGTAGTGGAGTTAAGGATGTGGCAGATGTGGCTTGTGCTCAGTATTACAATGGAATTATGGTGCTCCCTGGTGTTGTTGATGACGTAAAAATGGGTCTTTACACAGCTTCTTTAACTGGTGCTATGGTTATGGGCGGTTTAACTGCCGCTGCTGCTATACCTTTTTCAATAGCTGTTCAATCACGACTCAATTATGTTGCACTTCAAACTGATGTTTTGCAGAAGAACCAGCAAATTTTAGCAGATTCATTTAACAATGCTATGAGTAATATTACTATGGCATTTGCTCAGGTGAATGATGCCATTAAAGAAACTTCTCAAGCCATCAGTACCGTAGCTCAAGCTTTGAGTAAGGTTCAGAGTGTTGTCAATGAACAGGGTGAAGCACTTTCACAGCTTACTAAACAATTGGCTTCCAATTTTCAGGCTATTTCGTCTTCCATAGAAGACATTTATAACCGCTTGGACATGATTGCCGCTGATGCTCAAGTTGACAGACTTATCACGGGCAGAATTGGTGCTTTGAATGCTTTTGTCACACAAACACTTACAAAGTACACTGAAGTTCGTGCTAGTCGTCAACTTGCTTTGCAGAAAATTAATGAATGTGTCAAATCACAGTCTAGCCGATTTGGTTTTTGTGGAAATGGCACTCATTTATTTTCAATCGCTAACGCTGCTCCTAACGGTATAATGTTATTTCACACAGTCCTCATGCCTACTGAGTATGTTGTTGTACGTGCATGGGCTGGACTTTGTATTGAAGACAAAGCTTTTGTGCTACGTGACGTTAAAACAACTCTTTTTAAGACTGGTGATACTTATTACATCACTACTAGAGACATGTATCAACCTAGACTTCCACAAGTTAGTGACTTCGTTCAAATTAAAGATTGTCAAGTTGACTATCTTAATTTGACATCAGATGAAGTTAATAATGTGATACCTGACTATATTGATGTAAATAAAACTTTGGAAGATTTTGGCCAAATACTTGCTAATAATACACGACCACCAATACCTGATTTTGGTTTAGATGTTTACAATAACACAATTCTCAACCTGACTGCTGAGATTGATGTATTGCAAAATAAATCTGAACAACTTTTGGCCTCAACTGAAAGACTTCAACAACTTATTGACAATCTCAATAAGACTTATGTTGATCTTGAGTGGCTCAACAGGTTCGAACAATACATTAAGTGGCCATGGTATGTGTGGCTAGCAATTTTTCTTGCCGTTATACTATTTTCTTTCTTAATGCTTTACTGTTGTTGTGCTACAGGTTGTTGTGGTTGTTTTAGCTGTCTTTCTAATTCTTGTGATTGTCGCGGCAAAAATTTACAACGTTACGAAGTAGAAAAAGTGCACATTCAATAA
Protein
MISLAVYLAELLVLITNLPYTRATCSSAQNPAALPNLNLGLPANSNVFVSGYLPIENNWRCQTGDTVYNNVNAVYWSYYSHGTPVELAISNSDQLQNADQWALYIYQGNNYGYMHFKICKWNGKYSFINNPYPSRGVCMYNKKFPFVFPHARNTVIGASWSGDYVTLFTTTSARRFYLKNNWSRVNVKCQLAESCAIQTVSNINTLNITTNQQGFIQSYSVCTECDGFPKHVFPVLDDGKIPGDFSFSNWFVLTNSSTVLQGRIVTVQPLKLLCLWPVPSLNANDKPVYFNLSLNSDVRCNGHSIAGYAQALRFSLNFTANQVLNGVHSIKLFSSNQNFTFTCSTNGTLERIPFGRVESVYKCFVRIDAINSTKNLFVGILPPVTKEFVISRYGAVYINGVHIMSLPPLESVIFNVTSSVGSDFWTVAFADEAEVLLDLNATNIVDILYCDTLVNKIKCQNLAFSLEDGFYATSNLIERDIPRSFITLPYHVTHSVVGLDVRIYYENEAASNLTLSPSDPVCVDSSQFSTYFNVTADTNGFNARIINVDCPFTFDKLNNYISFESICFSLEPFAGGCSMRIESFFSSYVRTVGSLYILFKNGNKITGVTESSAGVYDTSFLHTDICTDYTIYGTTGRGVITKLNTTIIAGLYYTSQSGQILGFKNATNGDIYAVRPCDLSSQAAVVSNQIVAVMSASENITFGFNNSLELPKFYLHSNAENATNCTEPVLIYGKIGICEDGSITEVKPRIAEPEPYSPIVTANITIPSNFSISVQAEYVQMFLTPVSVDCNMYVCNGNRHCLRLLGEYVTACKNIEAALQLSARLESIEVNNFITVSENAISLANISNFDSYNLSVLLPKQNGKSVIEDILFDKVVTNGLGTVDQDYKECIKRSGVKDVADVACAQYYNGIMVLPGVVDDVKMGLYTASLTGAMVMGGLTAAAAIPFSIAVQSRLNYVALQTDVLQKNQQILADSFNNAMSNITMAFAQVNDAIKETSQAISTVAQALSKVQSVVNEQGEALSQLTKQLASNFQAISSSIEDIYNRLDMIAADAQVDRLITGRIGALNAFVTQTLTKYTEVRASRQLALQKINECVKSQSSRFGFCGNGTHLFSIANAAPNGIMLFHTVLMPTEYVVVRAWAGLCIEDKAFVLRDVKTTLFKTGDTYYITTRDMYQPRLPQVSDFVQIKDCQVDYLNLTSDEVNNVIPDYIDVNKTLEDFGQILANNTRPPIPDFGLDVYNNTILNLTAEIDVLQNKSEQLLASTERLQQLIDNLNKTYVDLEWLNRFEQYIKWPWYVWLAIFLAVILFSFLMLYCCCATGCCGCFSCLSNSCDCRGKNLQRYEVEKVHIQ
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
ProteinModelPortal
PDB
6U7K
E-value=0.0 Score=1099 Identity=46.80%
Cov(Q)=95.85% Cov(P)=92.57%
3D Structure
Ontologies
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
1351
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
27.0645
Exp number, first 60 AAs:
0.25308
Total prob of N-in:
0.01225
outside
1 - 1295
TMhelix
1296 - 1318
inside
1319 - 1351
